BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125N02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 45,486,208 - 45,635,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscaml1, Cep164
Upstream geneTreh, Phldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1, Atp5l, Ube4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1, Scn2b, Scn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2
Downstream geneLOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722, EG667890
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125N02.bB6Ng01-125N02.g
ACCDH928347DH928348
length883783
definitionDH928347|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125N02, 5' end.DH928348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,635,118 - 45,635,998)(45,486,208 - 45,486,990)
sequence
gaattcattccgctgtctgcagtagtcatctggcatgcttcagatttctt
ggcagtcggcttcttggcctaaaatcacagtggactggctgaaatcctct
ctgctttctctcttctcttccttcacctagctgcgagaccctgctattct
cctgccctcaggattagccgcttttcattcaggtagccactggcttggtt
cataatttcttggctgcgctttcagaataactgcctctgattttgtcccc
tttttgattggttcttgtgcagctgtcagtcacctttccgaacggtaact
ctcaccacctccaactttctttatgaaattcccatggcagccccttatga
agtcctgtatacagctaaagccctcgcaagcccggactcgctgctccttg
tccttcattcaagcagtctctgtatttgataagtggggatagtaaacctc
tagctgagaggctggggtgggatggtggcgaataaagcccttggtacagt
tctgccgcatacaagtgttccgggaagtgtgtggttagtccaagtttttg
ttgttataattaatccttaccccatcaagcacatttgctgtgcttgtgct
cccccctcccctccccctcatcccttcccccctcccacactcgaatactc
acatatacacagatacacacacacactcacacacacatacacagacacac
acacactcacatactcacatatacacagatacacacacacttcacacaca
cgtacacagacacacacacactcacatactcacatatacacagacacaca
cacactcacacacacgtacacatccacacacacactcacatacttacatt
atacacagatacacacacactcacatacactta
gaattcctgggcttggcacatgcagcactgaatgacaaggggaaccagct
gcaggggacagcatttgtctctggggctcgggacagatccttggcaggat
actaagaggagcccacacagagccaacctagatttggggacttttgaatc
ctcagcagctgagaaataaaagcatctccggatgcaaagactgaatgttt
gattaaccaagggcagggtgcacaactggggcctcttgccacggttctgt
aggggaaatgtctccaccttacatccgagtctccgagagcctctacagct
agactgagggccagaggcacactctgactggagtgaggccatgccaagtc
cccatagaaagcaagccagcagaagagggcactcaccccacacagacact
tcctccaatatccctatcccagactcacacacatatgtccctatcaagtc
tgtgtgtagcttcagccggacagtaactgaaagtaactggatcctgttag
ggatccctgtctcactcccatgaacagattggggtgggaggttctatgat
ctccggatatcagctacccacctacctgaatgcctgctacagttggagct
ggtttggaaggagccctgctggaacccacaggcaaggggcaccacagtct
ccagtactgccgatttttgagagttctctgcttgcagccaggtttccttg
ggaacacagagcaagcaaccaccttcagggacagatggggctggtgatgg
tggtagtgactgtgttagagatggggaagcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_45635118_45635998
seq2: B6Ng01-125N02.b_49_931 (reverse)

seq1  TACGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTATCTGTGTAT-ATGTGAGTATGTGAGT  49
      || |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TAAGTGTATGTGAGTGTGTGTGTATCTGTGTATAATGTAAGTATGTGAGT  50

seq1  GTGTGTGTGGATGTGTACGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTATAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGGATGTGTACGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTATAT  100

seq1  GTGAGTATGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTACGTGTGTGTG-AGTGTGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGAGTATGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTACGTGTGTGTGAAGTGTGTG  150

seq1  TGTATCTGTGTATATGTGAGTATGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTATGTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGTGTATATGTGAGTATGTGAGTGTGTGTGTGTCTGTGTATGTG  200

seq1  TGTGTGAGTGTGTGTGTGTATCTGTGTATATGTGAGTATTCGAGTGTGGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGTGTGTGTGTGTATCTGTGTATATGTGAGTATTCGAGTGTGGG  250

seq1  AGGGGGGAAGGGATGAGGGGGAGGGGAGGGGGGAGCACAAGCACAGCAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGAAGGGATGAGGGGGAGGGGAGGGGGGAGCACAAGCACAGCAAA  300

seq1  TGTGCTTGATGGGGTAAGGATTAATTATAACAACAAAAACTTGGACTAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGATGGGGTAAGGATTAATTATAACAACAAAAACTTGGACTAAC  350

seq1  CACACACTTCCCGGAACACTTGTATGCGGCAGAACTGTACCAAGGGCTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTTCCCGGAACACTTGTATGCGGCAGAACTGTACCAAGGGCTTT  400

seq1  ATTCGCCACCATCCCACCCCAGCCTCTCAGCTAGAGGTTTACTATCCCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGCCACCATCCCACCCCAGCCTCTCAGCTAGAGGTTTACTATCCCCA  450

seq1  CTTATCAAATACAGAGACTGCTTGAATGAAGGACAAGGAGCAGCGAGTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAAATACAGAGACTGCTTGAATGAAGGACAAGGAGCAGCGAGTCC  500

seq1  GGGCTTGCGAGGGCTTTAGCTGTATACAGGACTTCATAAGGGGCTGCCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGCGAGGGCTTTAGCTGTATACAGGACTTCATAAGGGGCTGCCAT  550

seq1  GGGAATTTCATAAAGAAAGTTGGAGGTGGTGAGAGTTACCGTTCGGAAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTCATAAAGAAAGTTGGAGGTGGTGAGAGTTACCGTTCGGAAAG  600

seq1  GTGACTGACAGCTGCACAAGAACCAATCAAAAAGGGGACAAAATCAGAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGACAGCTGCACAAGAACCAATCAAAAAGGGGACAAAATCAGAGG  650

seq1  CAGTTATTCTGAAAGCGCAGCCAAGAAATTATGAACCAAGCCAGTGGCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTCTGAAAGCGCAGCCAAGAAATTATGAACCAAGCCAGTGGCTA  700

seq1  CCTGAATGAAAAGCGGCTAATCCTGAGGGCAGGAGAATAGCAGGGTCTCG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATGAAAAGCGGCTAATCCTGAGGGCAGGAGAATAGCAGGGTCTCG  750

seq1  CAGCTAGGTGAAGGAAGAGAAGAGAGAAAGCAGAGAGGATTTCAGCCAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGGTGAAGGAAGAGAAGAGAGAAAGCAGAGAGGATTTCAGCCAGT  800

seq1  CCACTGTGATTTTAGGCCAAGAAGCCGACTGCCAAGAAATCTGAAGCATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTGATTTTAGGCCAAGAAGCCGACTGCCAAGAAATCTGAAGCATG  850

seq1  CCAGATGACTACTGCAGACAGCGGAATGAATTC  881
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGACTACTGCAGACAGCGGAATGAATTC  883

seq1: chr9_45486208_45486990
seq2: B6Ng01-125N02.g_70_852

seq1  GAATTCCTGGGCTTGGCACATGCAGCACTGAATGACAAGGGGAACCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGGCTTGGCACATGCAGCACTGAATGACAAGGGGAACCAGCT  50

seq1  GCAGGGGACAGCATTTGTCTCTGGGGCTCGGGACAGATCCTTGGCAGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGACAGCATTTGTCTCTGGGGCTCGGGACAGATCCTTGGCAGGAT  100

seq1  ACTAAGAGGAGCCCACACAGAGCCAACCTAGATTTGGGGACTTTTGAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGGAGCCCACACAGAGCCAACCTAGATTTGGGGACTTTTGAATC  150

seq1  CTCAGCAGCTGAGAAATAAAAGCATCTCCGGATGCAAAGACTGAATGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGCTGAGAAATAAAAGCATCTCCGGATGCAAAGACTGAATGTTT  200

seq1  GATTAACCAAGGGCAGGGTGCACAACTGGGGCCTCTTGCCACGGTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACCAAGGGCAGGGTGCACAACTGGGGCCTCTTGCCACGGTTCTGT  250

seq1  AGGGGAAATGTCTCCACCTTACATCCGAGTCTCCGAGAGCCTCTACAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAATGTCTCCACCTTACATCCGAGTCTCCGAGAGCCTCTACAGCT  300

seq1  AGACTGAGGGCCAGAGGCACACTCTGACTGGAGTGAGGCCATGCCAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGGGCCAGAGGCACACTCTGACTGGAGTGAGGCCATGCCAAGTC  350

seq1  CCCATAGAAAGCAAGCCAGCAGAAGAGGGCACTCACCCCACACAGACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAAAGCAAGCCAGCAGAAGAGGGCACTCACCCCACACAGACACT  400

seq1  TCCTCCAATATCCCTATCCCAGACTCACACACATATGTCCCTATCAAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAATATCCCTATCCCAGACTCACACACATATGTCCCTATCAAGTC  450

seq1  TGTGTGTAGCTTCAGCCGGACAGTAACTGAAAGTAACTGGATCCTGTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAGCTTCAGCCGGACAGTAACTGAAAGTAACTGGATCCTGTTAG  500

seq1  GGATCCCTGTCTCACTCCCATGAACAGATTGGGGTGGGAGGTTCTATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCTGTCTCACTCCCATGAACAGATTGGGGTGGGAGGTTCTATGAT  550

seq1  CTCCGGATATCAGCTACCCACCTACCTGAATGCCTGCTACAGTTGGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGATATCAGCTACCCACCTACCTGAATGCCTGCTACAGTTGGAGCT  600

seq1  GGTTTGGAAGGAGCCCTGCTGGAACCCACAGGCAAGGGGCACCACAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGAAGGAGCCCTGCTGGAACCCACAGGCAAGGGGCACCACAGTCT  650

seq1  CCAGTACTGCCGATTTTTGAGAGTTCTCTGCTTGCAGCCAGGTTTCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACTGCCGATTTTTGAGAGTTCTCTGCTTGCAGCCAGGTTTCCTTG  700

seq1  GGAACACAGAGCAAGCAACCACCTTCAGGGACAGATGGGGCTGGTGATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACAGAGCAAGCAACCACCTTCAGGGACAGATGGGGCTGGTGATGG  750

seq1  TGGTAGTGACTGTGTTAGAGATGGGGAAGCTTT  783
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGACTGTGTTAGAGATGGGGAAGCTTT  783