BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126C18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,807,893 - 29,953,546
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHnt, LOC625222
Downstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8, Zbtb44, BC038156, St14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126C18.bB6Ng01-126C18.g
ACCDH928612DH928613
length1,1481,064
definitionDH928612|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126C18, 5' end.DH928613|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,952,391 - 29,953,546)(29,807,893 - 29,808,974)
sequence
gaattcaaggactactcagggcatttgcaaagcaatgttcctctatggta
gaagtggtcttagtggggaaggggttgggggctgagtgggatgtacatca
ctaacccattctctcattctgttttctgcccacagctttctccccttcag
attcttcaaatcttagattttgtgaatagacttggtgcaaacaagtaagt
aattggatgggttagaggcatgcctaacatgcctgcagcgttcaaacgag
attcccaaacacatctcagtgtattcaggcactgtactcttccacactcg
tgggacaagagcttgtgatagtttaagcaggagcaaagttctaaagagtg
gcagccaatacaggacgttgggaggagaacatgcagcaggggtatttgtg
tatgagggatacagaatacaaaggcactaccctccttcttaagtgcttag
ctattactaaggttgggagtggaatgagcagtgttttaattcctgcctaa
ctgtatatgtgtcttctataatttcctatacaagattcccaggccgccat
ggtgtcagcgaggttggagtaatagttttaataacatacacttatggagc
tttctatagcgttagcataggtcccatgttaattgttccattcagtagac
aaagcaaccccacagaatgggtttatctccatttcatacatgaagaacct
ggacccggtcaacagcatctcctccatcttgggagctggttctttctcac
ccctgagtagagttttgggatgtgtggtgtttaccttttccaggtctgag
ggacttttctcacaaattgaatcatagctttttgaagaaagtttccaatg
aagctcaaatttaagccaatgccagagccaggcctcacaccatctaaagt
tagtgctaatagctacctgtttagttccataggtgcttacctagcaggag
gtattggcaaataccatgtgtttaccagtaatacacacccatgcagatta
ctcactaataatgctcagcagtgcaaagtcattagccactacaatctctg
gcactgggggttaaaaaaaaaggtacgtgatctgtctgaattgcagaaat
tctgtatttttgggcattgtaactattctttcattccacaggctgggg
gaattcttaagaatgtgagaaggagagatgaaagatctacttagaaaatt
tgtgactccttaattatagttgtaactttcctctctgcatgcatacctgc
tccttgatctctgtcatgtagcttggtattagaaagaaaggtatgatgta
caaacatgtttcacctcatacattatctttgttatatccaagtgatgtat
taaggataagctctagaataaaaggatgggaagccagaactgggaagaga
tgccctgggaagagatgccctgggaagagatgccctgggaagaaattaac
aaagaatctgaagtttctttttacaactgtgctttccaagagagctgagt
tgtatactccaacatcccttagtcattttcatgcatagctgtccagggga
aagtgagtgtgtaggtgtcatttaaaaagtgacatgcctctgagtgctag
ctgtgcttgatacagctctaacaaagtcctacaggtccatgggcaacgaa
tgtgccataattgaagtttaaacaccattgggggagtttccctgccacca
ttctactttctccttcctatagaaaaatctgtggctcatacaaggatatg
tcacacaatggtccaatggcaaaactagactactgatttttctctgttct
gctgcccagtggatgtgggaagtattatggcactgtacacaagtgtcaat
gtttcagttccctcttgctcctgtggggttgttggagcagttgctgggat
gaatccaataggaagaaagggttcatctgggaaaagggaatgaacccctt
gccctgagtgggtccctcaaagatccacatataaatgtttggcaccccag
agtgatgatgttggtgattgccccactgagagggtcccctgccctcctcc
tctcctccagtgtgcccccttgctatgatgtgtatgtaaaacattggagt
caccttaattggactaaatccagatctagactagaaactgttcctaccac
taggtatcttggccagatcattacagtgaagaaagaggcttcccatacat
tgtgtcatgctatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29952391_29953546
seq2: B6Ng01-126C18.b_47_1194 (reverse)

seq1  CCCCAGACATGTGGAATGAAGGATGATCTACAATTACCAAATAATACAGA  50
      |||||| | ||||||||||| ||  |  ||||||  ||||| ||||||||
seq2  CCCCAG-CCTGTGGAATGAAAGAATAGTTACAATGCCCAAA-AATACAGA  48

seq1  ATTACTGCAAATCAAGACAGAATCACGTACCTTTTTTTTTAACCCCCAGT  100
      ||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGCAATTC-AGACAG-ATCACGTACCTTTTTTTTTAACCCCCAGT  96

seq1  GCCAGAGATGTGTTGT-GCTAATGACTTTTGCACCTGCTGAGCATAATTA  149
      ||||||||| ||| || ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||
seq2  GCCAGAGAT-TGTAGTGGCTAATGAC-TTTGCA-CTGCTGAGCATTATTA  143

seq1  GTGAGTAATCTGCATGGGTGTGTAATTACTGGGTAAACACATGGTATTTG  199
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTAATCTGCATGGGTGTGT-ATTACT-GGTAAACACATGGTATTTG  191

seq1  CCAATAACTTCCTGCTAGGTAAGCACTAATGGAACT-AACAGGTAGCTAT  248
      ||||| || |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||
seq2  CCAAT-ACCTCCTGCTAGGTAAGCACCTATGGAACTAAACAGGTAGCTAT  240

seq1  TAGCACTAACTTTAGATGGTGTGAGGCCTGGCTCTGGCATTGGCTTAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTAACTTTAGATGGTGTGAGGCCTGGCTCTGGCATTGGCTTAAAT  290

seq1  TTGAGCTTCATTGGAAACTTTCTTCAAAAAGCTATGATTCAATTTGTGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTTCATTGGAAACTTTCTTCAAAAAGCTATGATTCAATTTGTGAG  340

seq1  AAAAGTCCCTCAGACCTGG-AAAGGTAAACACCACACATCCCAAAACTCT  397
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAAGTCCCTCAGACCTGGAAAAGGTAAACACCACACATCCCAAAACTC-  389

seq1  TACTCAGGGGTGAGAAAGAACCAGCTCCCAAGATGGAGGAGATGCTGTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGGGGTGAGAAAGAACCAGCTCCCAAGATGGAGGAGATGCTGTTG  439

seq1  ACCGGGTCCAGGTTCTTCATGTATGAAATGGAGATAAACCCATTCTGTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGTCCAGGTTCTTCATGTATGAAATGGAGATAAACCCATTCTGTGG  489

seq1  GGTTGCTTTGTCTACTGAATGGAACAATTAACATGGGACCTATGCTAACG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTTTGTCTACTGAATGGAACAATTAACATGGGACCTATGCTAACG  539

seq1  CTATAGAAAGCTCCATAAGTGTATGTTATTAAAACTATTACTCCAACCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGAAAGCTCCATAAGTGTATGTTATTAAAACTATTACTCCAACCTC  589

seq1  GCTGACACCATGGCGGCCTGGGAATCTTGTATAGGAAATTATAGAAGACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACACCATGGCGGCCTGGGAATCTTGTATAGGAAATTATAGAAGACA  639

seq1  CATATACAGTTAGGCAGGAATTAAAACACTGCTCATTCCACTCCCAACCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAGTTAGGCAGGAATTAAAACACTGCTCATTCCACTCCCAACCT  689

seq1  TAGTAATAGCTAAGCACTTAAGAAGGAGGGTAGTGCCTTTGTATTCTGTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATAGCTAAGCACTTAAGAAGGAGGGTAGTGCCTTTGTATTCTGTA  739

seq1  TCCCTCATACACAAATACCCCTGCTGCATGTTCTCCTCCCAACGTCCTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATACACAAATACCCCTGCTGCATGTTCTCCTCCCAACGTCCTGT  789

seq1  ATTGGCTGCCACTCTTTAGAACTTTGCTCCTGCTTAAACTATCACAAGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTGCCACTCTTTAGAACTTTGCTCCTGCTTAAACTATCACAAGCT  839

seq1  CTTGTCCCACGAGTGTGGAAGAGTACAGTGCCTGAATACACTGAGATGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCCACGAGTGTGGAAGAGTACAGTGCCTGAATACACTGAGATGTG  889

seq1  TTTGGGAATCTCGTTTGAACGCTGCAGGCATGTTAGGCATGCCTCTAACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAATCTCGTTTGAACGCTGCAGGCATGTTAGGCATGCCTCTAACC  939

seq1  CATCCAATTACTTACTTGTTTGCACCAAGTCTATTCACAAAATCTAAGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAATTACTTACTTGTTTGCACCAAGTCTATTCACAAAATCTAAGAT  989

seq1  TTGAAGAATCTGAAGGGGAGAAAGCTGTGGGCAGAAAACAGAATGAGAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAATCTGAAGGGGAGAAAGCTGTGGGCAGAAAACAGAATGAGAGA  1039

seq1  ATGGGTTAGTGATGTACATCCCACTCAGCCCCCAACCCCTTCCCCACTAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTAGTGATGTACATCCCACTCAGCCCCCAACCCCTTCCCCACTAA  1089

seq1  GACCACTTCTACCATAGAGGAACATTGCTTTGCAAATGCCCTGAGTAGTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTTCTACCATAGAGGAACATTGCTTTGCAAATGCCCTGAGTAGTC  1139

seq1  CTTGAATTC  1156
      |||||||||
seq2  CTTGAATTC  1148

seq1: chr9_29807893_29808974
seq2: B6Ng01-126C18.g_67_1130

seq1  GAATTCTTAAGAATGTGAGAAGGAGAGATGAAAGATCTACTTAGAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGAATGTGAGAAGGAGAGATGAAAGATCTACTTAGAAAATT  50

seq1  TGTGACTCCTTAATTATAGTTGTAACTTTCCTCTCTGCATGCATACCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTCCTTAATTATAGTTGTAACTTTCCTCTCTGCATGCATACCTGC  100

seq1  TCCTTGATCTCTGTCATGTAGCTTGGTATTAGAAAGAAAGGTATGATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGATCTCTGTCATGTAGCTTGGTATTAGAAAGAAAGGTATGATGTA  150

seq1  CAAACATGTTTCACCTCATACATTATCTTTGTTATATCCAAGTGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGTTTCACCTCATACATTATCTTTGTTATATCCAAGTGATGTAT  200

seq1  TAAGGATAAGCTCTAGAATAAAAGGATGGGAAGCCAGAACTGGGAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATAAGCTCTAGAATAAAAGGATGGGAAGCCAGAACTGGGAAGAGA  250

seq1  TGCCCTGGGAAGAGATGCCCTGGGAAGAGATGCCCTGGGAAGAAATTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGGAAGAGATGCCCTGGGAAGAGATGCCCTGGGAAGAAATTAAC  300

seq1  AAAGAATCTGAAGTTTCTTTTTACAACTGTGCTTTCCAAGAGAGCTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATCTGAAGTTTCTTTTTACAACTGTGCTTTCCAAGAGAGCTGAGT  350

seq1  TGTATACTCCAACATCCCTTAGTCATTTTCATGCATAGCTGTCCAGGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACTCCAACATCCCTTAGTCATTTTCATGCATAGCTGTCCAGGGGA  400

seq1  AAGTGAGTGTGTAGGTGTCATTTAAAAAGTGACATGCCTCTGAGTGCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTGTGTAGGTGTCATTTAAAAAGTGACATGCCTCTGAGTGCTAG  450

seq1  CTGTGCTTGATACAGCTCTAACAAAGTCCTACAGGTCCATGGGCAACGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTGATACAGCTCTAACAAAGTCCTACAGGTCCATGGGCAACGAA  500

seq1  TGTGCCATAATTGAAGTTTAAACACCATTGGGGGAGTTTCCCTGCCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCATAATTGAAGTTTAAACACCATTGGGGGAGTTTCCCTGCCACCA  550

seq1  TTCTACTTTCTCCTTCCTATAGAAAAATCTGTGGCTCATACAAGGATATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTTTCTCCTTCCTATAGAAAAATCTGTGGCTCATACAAGGATATG  600

seq1  TCACACAATGGTCCAATGGCAAAACTAGACTACTGATTTTTCTCTGTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAATGGTCCAATGGCAAAACTAGACTACTGATTTTTCTCTGTTCT  650

seq1  GCTGCCCAGTGGATGTGGGAAGTATTATGGCACTGTACACAAGTGTCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCAGTGGATGTGGGAAGTATTATGGCACTGTACACAAGTGTCAAT  700

seq1  G-TTCAGTTCCCTCTTGCTCCTGTGGGGTTGTTGGAGCAGTTGCTGGGAT  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGTTCCCTCTTGCTCCTGTGGGGTTGTTGGAGCAGTTGCTGGGAT  750

seq1  GAATCCAATAGGAAGAAAGGGTTCATCTGGAAAAGGGGAATGAACCCCTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  GAATCCAATAGGAAGAAAGGGTTCATCTGGGAAAAGGGAATGAACCCCTT  800

seq1  GCACTGAGTGGGTCCCTCAAAGATCCACATATAAATGTTTGGCA-CTCAG  848
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
seq2  GCCCTGAGTGGGTCCCTCAAAGATCCACATATAAATGTTTGGCACCCCAG  850

seq1  AGTGATGATGGTGGTGATTG-CCCACTGAGAGGGTCCCCTGCCCTCCT-C  896
      |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTGATGATGTTGGTGATTGCCCCACTGAGAGGGTCCCCTGCCCTCCTCC  900

seq1  TCTCCTCCAGTGTGCACCCTTGCTATGATGTTGTATGTTAAAAACAATGG  946
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |||||| |||
seq2  TCTCCTCCAGTGTGCCCCCTTGCTATGATG-TGTATGT--AAAACATTGG  947

seq1  AGTCACCTAAATTTGGACTAAATTCCAGATCTAAGAACCAAGACAAACCT  996
      |||||||| || |||||||||| ||||||||| |||  | ||   || ||
seq2  AGTCACCTTAA-TTGGACTAAA-TCCAGATCT-AGA--CTAG---AAACT  989

seq1  GTCTCTACCACATAAGTATCCTGTGCCAGGTATCCATTACAGTGATAGAA  1046
      ||  ||||||| || ||||| || ||||| |   ||||||||||| || |
seq2  GTTCCTACCAC-TAGGTATCTTG-GCCAGAT---CATTACAGTGA-AG-A  1032

seq1  AAGAAGCTTTTCCAATACATTGTTGTACATGCTATC  1082
      |||| ||  |||| |||||||| ||| |||||||||
seq2  AAGAGGC--TTCCCATACATTG-TGT-CATGCTATC  1064