BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-126D06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,803,417 - 116,925,044
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-126D06.bB6Ng01-126D06.g
ACCDH928636DH928637
length1,2331,000
definitionDH928636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126D06, 5' end.DH928637|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-126D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,803,417 - 116,804,682)(116,924,033 - 116,925,044)
sequence
gaattccactcaggaggcacaaaatccctcaccctgttttgagaccctaa
gaagaaaatagctcatgaatgctgaatagatgtaggcatggtcaggttca
cagagatgtagaaaagagggcctgagtgggcaggcactgggtataaagag
aaaagattttattttatacaagacatgtgtttctcctaaaaatgacatca
tagtcaagacgtttgtcccctggtcaatcaggagagataatatgatggca
agagatgatgttataaagtctatgatgttagtggttgcaagacagatgga
ggttttgatgcaggaaatgcccctcatgctattggctaacatcacaatga
acatggtattggcacgaggaggtgtttctgttagctacggtttaaataca
aggaccattattgccttgaacgcagagacatcctcagcttgcattaggtg
gaacacttcattcagaagtaaatagtgatgcacccacaaagacagtatac
ttgccactgatacctgttgggtagttagtcaagtttcagagatgctagca
gtcacttctgtatgaatattttgatgtgtgtgtgtgtgcccacatgcgca
caagtgcatggcactattacaagagaagcattttgaaggtcagagaataa
cttgcaagagttgattttcttctaccatgtgggtcccagggattgaactg
aggtagtcaggtttggcagccagcaccttcgtccactgtgtcacctcact
ggtcccagtatttggcagatcctccagtaaaaattttctagtccatgcca
ataatccttagaacagcgatgtgatgttagaaaggcttatcctaattttg
caggtgaggaaatgtcacctcaagggttttaaggagcttatcagagatcg
ccccagtgaagagcagcagatctggaattacaccactatgcactgatcta
atgctttgtcacctggtccccatcacaagactttctagtaaatctcacca
aagtcctttttttatgaaagtgtttcatttatttcccataatcactcttt
ctgagcagcacatcccagaatatgtgtcatcctttatctctgtgaaatga
tgacttgtgtgaatccgtatgttattccaattctatgggcagaaccttgt
actctcaggcttatatcaggctttttctaacttgtgtgtgctggctgaac
atagagccaatttgttctttgaaagcctgtctt
gaattctatggaagcacctgggtcagttagtcaagagcacagaacacagt
gggacagatacaagagagacacgtgactcaacacggtgggacagatacaa
gagagacacgtgactcaacacggtgggacagatacaagagagacatgtga
cttaacacggtgggggaaaagaaccaaggcccccaaattgtcttctgact
tcatcccatgtcctgtggcacacccgtgcttgaacacacatatacacaca
gaataaataagtagatgcacacacagacgacttcccttgactcaaggaat
gccattggctacattttcatgttcaaggttaacttttaacttgcataaca
ttccacactcgtcgaggggatatttgttaaatgccaatctgtttgttttt
gacggggctcactgtgaaaatgatttgcaagagtgtgatcattgattaag
gtaattctttgtgagtaagtgtgtatataaatgttcatatgtgctcgtgt
gtgtattgcatggtacatgtgtgcacctgcatgttgacatcagaggtcag
cactggctggtttcctacatggctttccactgtattattattttgtatta
tgtgtgtgtgcacacatgtgcgtgaatgtatgtgtgtgctatgcatgtac
ctgtgcatttgcatgtgaatgcgtgcataggtacgcatgttccatagcat
atgtggaacaactctggaattagttgaagccttccccccatagtatccca
ggatcaaactctggtcatcaggtttgtgatcaaatgcttttttacattct
gacccaccttgcaggtcccccctccaacttatttctgagccagggttctc
tcactgaacctgtagctggcgtcttgcttagctctggtgattctcatctc
tgcttctcagcactagattacaggtgagtagcattgctgcgatgccactg
attgcacgatatatttgctcacatagtactttttattcaaggtgtaggga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116803417_116804682
seq2: B6Ng01-126D06.b_50_1282

seq1  GAATTCCACTCAGGAGGCACAAAATCCCTCACCCTGTTTTGAGACCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCAGGAGGCACAAAATCCCTCACCCTGTTTTGAGACCCTAA  50

seq1  GAAGAAAATAGCTCATGAATGCTGAATAGATGTAGGCATGGTCAGGTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAATAGCTCATGAATGCTGAATAGATGTAGGCATGGTCAGGTTCA  100

seq1  CAGAGATGTAGAAAAGAGGGCCTGAGTGGGCAGGCACTGGGTATAAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGTAGAAAAGAGGGCCTGAGTGGGCAGGCACTGGGTATAAAGAG  150

seq1  AAAAGATTTTATTTTATACAAGACATGTGTTTCTCCTAAAAATGACATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTTTATTTTATACAAGACATGTGTTTCTCCTAAAAATGACATCA  200

seq1  TAGTCAAGACGTTTGTCCCCTGGTCAATCAGGAGAGATAATATGATGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAAGACGTTTGTCCCCTGGTCAATCAGGAGAGATAATATGATGGCA  250

seq1  AGAGATGATGTTATAAAGTCTATGATGTTAGTGGTTGCAAGACAGATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGATGTTATAAAGTCTATGATGTTAGTGGTTGCAAGACAGATGGA  300

seq1  GGTTTTGATGCAGGAAATGCCCCTCATGCTATTGGCTAACATCACAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGATGCAGGAAATGCCCCTCATGCTATTGGCTAACATCACAATGA  350

seq1  ACATGGTATTGGCACGAGGAGGTGTTTCTGTTAGCTACGGTTTAAATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTATTGGCACGAGGAGGTGTTTCTGTTAGCTACGGTTTAAATACA  400

seq1  AGGACCATTATTGCCTTGAACGCAGAGACATCCTCAGCTTGCATTAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCATTATTGCCTTGAACGCAGAGACATCCTCAGCTTGCATTAGGTG  450

seq1  GAACACTTCATTCAGAAGTAAATAGTGATGCACCCACAAAGACAGTATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTTCATTCAGAAGTAAATAGTGATGCACCCACAAAGACAGTATAC  500

seq1  TTGCCACTGATACCTGTTGGGTAGTTAGTCAAGTTTCAGAGATGCTAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACTGATACCTGTTGGGTAGTTAGTCAAGTTTCAGAGATGCTAGCA  550

seq1  GTCACTTCTGTATGAATATTTTGATGTGTGTGTGTGTGCCCACATGCGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTCTGTATGAATATTTTGATGTGTGTGTGTGTGCCCACATGCGCA  600

seq1  CAAGTGCATGGCACTATTACAAGAGAAGCATTTTGAAGGTCAGAGAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCATGGCACTATTACAAGAGAAGCATTTTGAAGGTCAGAGAATAA  650

seq1  CTTGCAAGAGTTGATTTTCTTCTACCATGTGGGTCCCAGGGATTGAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAGAGTTGATTTTCTTCTACCATGTGGGTCCCAGGGATTGAACTG  700

seq1  AGGTAGTCAGGTTTGGCAGCCAGCACCTTCGTCCACTGTGTCACCTCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTCAGGTTTGGCAGCCAGCACCTTCGTCCACTGTGTCACCTCACT  750

seq1  GGTCCCAGTATTTGGCAGATCCTCCAGTAAAAATTTTCTAGTCCATGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCAGTATTTGGCAGATCCTCCAGTAAAAATTTTCTAGTCCATGCCA  800

seq1  ATAATCCTTAGAACAGCGATGTGATGTTAG-AAGGCTTATCCTAATTTTG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCTTAGAACAGCGATGTGATGTTAGAAAGGCTTATCCTAATTTTG  850

seq1  CAGGTGAGGAAATGTCACCTCAAGGGTTTTAAGGAGCTTATCAGAGATCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGGAAATGTCACCTCAAGGGTTTTAAGGAGCTTATCAGAGATCG  900

seq1  CCCCAGTGAAGAGCAGCAGATCTGGAATTACACCACTATGCACTGATCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTGAAGAGCAGCAGATCTGGAATTACACCACTATGCACTGATCTA  950

seq1  ATGCTTTGTCACCTGGCCCCCATCACAAAGACTTTCTAAGTAAATCTCAA  999
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| |
seq2  ATGCTTTGTCACCTGGTCCCCATCAC-AAGACTTTCT-AGTAAATCTC-A  997

seq1  CCAAAGTCCTTTTTTTATGAAAGTGTTTCATTTTATTTTCCCAATAATCA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||
seq2  CCAAAGTCCTTTTTTTATGAAAGTGTTTCA-TTTATTT--CCCATAATCA  1044

seq1  CTCTTTCTGAGGCAGCAACATCCCAG-ATATGTGTCATTCTTTTAATCCT  1098
      |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |||  
seq2  CTCTTTCTGA-GCAGC-ACATCCCAGAATATGTGTCATCCTTT--ATC--  1088

seq1  TCCTGTGAAATTGGATGACATGTGTGATTCCGTGATGTTTATTCCACATT  1148
        |||||||||  |||||| ||||||| ||||| ||| ||||||  || |
seq2  -TCTGTGAAAT--GATGACTTGTGTGAATCCGT-ATG-TTATTC--CAAT  1131

seq1  TCTATGGACAGAAAACCTTCTGTTACTTCTCCAGGCTTACTACCAGGGCT  1198
      ||||||| |||  ||||||    ||| ||| |||||||| || || ||||
seq2  TCTATGGGCAG--AACCTT---GTAC-TCT-CAGGCTTA-TATCA-GGCT  1172

seq1  CTTTCCTAACCTTGTGTGTGCTGGGTCTGAGACATAGAAGCCAACTTTGG  1248
       ||| |||| ||||||||||||||  |||| |||||| |||||| |||| 
seq2  -TTTTCTAA-CTTGTGTGTGCTGG--CTGA-ACATAG-AGCCAA-TTTGT  1215

seq1  TCTTTAGAGGTCTGTCTT  1266
      |||||  | | |||||||
seq2  TCTTTGAAAGCCTGTCTT  1233

seq1: chr9_116924033_116925044
seq2: B6Ng01-126D06.g_68_1067 (reverse)

seq1  TCCCTACACCCTTTTGAATTAAAAAGTACTATGTGAGCAAAATAT-TCGT  49
      ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TCCCTACACC---TTGAA-TAAAAAGTACTATGTGAGC-AAATATATCGT  45

seq1  GTGCAAATCAGTGGGCATCGCAGC-ATGCTTACTCACCTGTAATCCTAGT  98
      |    ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
seq2  G---CAATCAGT-GGCATCGCAGCAATGC-TACTCACCTGTAAT-CTAGT  89

seq1  GCTGAGAAGGCAGAGATGGAGAATCACCAGAGCTAAGCAAAGACGCCAGC  148
      |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTGAGAA-GCAGAGAT-GAGAATCACCAGAGCTAAGC-AAGACGCCAGC  136

seq1  TACAGGTTCAGTGAGAG-ACCCTGGCTCAAGAAATAAGTTGGAGGGGGGA  197
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTTCAGTGAGAGAACCCTGGCTC-AGAAATAAGTTGGAGGGGGGA  185

seq1  CCTGCAAGGTGGGTCAGAATGT-AAAAAGCATTTGATTCACAAACCTGAT  246
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTGCAAGGTGGGTCAGAATGTAAAAAAGCATTTGA-TCACAAACCTGAT  234

seq1  GACCAGAGTTTGATCCTTGGATACTATGGGGGGAAGGCTTCAACTAATTC  296
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAGTTTGATCCTGGGATACTATGGGGGGAAGGCTTCAACTAATTC  284

seq1  CAGAGTTGTTCCACATATGCTATGGAACATGCGTACCTATGCACGCATTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGTTCCACATATGCTATGGAACATGCGTACCTATGCACGCATTC  334

seq1  ACATGCAAATGCACAGGTACATGCATAGCACACACATACATTCACGCACA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAAATGCACAGGTACATGCATAGCACACACATACATTCACGCACA  384

seq1  TGTGTGCACACACACATAATACAAAATAATAATACAGTGGAAAGCCATGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCACACACACATAATACAAAATAATAATACAGTGGAAAGCCATGT  434

seq1  AGGAAACCAGCCAGTGCTGACCTCTGATGTCAACATGCAGGTGCACACAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACCAGCCAGTGCTGACCTCTGATGTCAACATGCAGGTGCACACAT  484

seq1  GTACCATGCAATACACACACGAGCACATATGAACATTTATATACACACTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATGCAATACACACACGAGCACATATGAACATTTATATACACACTT  534

seq1  ACTCACAAAGAATTACCTTAATCAATGATCACACTCTTGCAAATCATTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAAAGAATTACCTTAATCAATGATCACACTCTTGCAAATCATTTT  584

seq1  CACAGTGAGCCCCGTCAAAAACAAACAGATTGGCATTTAACAAATATCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGCCCCGTCAAAAACAAACAGATTGGCATTTAACAAATATCCC  634

seq1  CTCGACGAGTGTGGAATGTTATGCAAGTTAAAAGTTAACCTTGAACATGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACGAGTGTGGAATGTTATGCAAGTTAAAAGTTAACCTTGAACATGA  684

seq1  AAATGTAGCCAATGGCATTCCTTGAGTCAAGGGAAGTCGTCTGTGTGTGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAGCCAATGGCATTCCTTGAGTCAAGGGAAGTCGTCTGTGTGTGC  734

seq1  ATCTACTTATTTATTCTGTGTGTATATGTGTGTTCAAGCACGGGTGTGCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTATTTATTCTGTGTGTATATGTGTGTTCAAGCACGGGTGTGCC  784

seq1  ACAGGACATGGGATGAAGTCAGAAGACAATTTGGGGGCCTTGGTTCTTTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACATGGGATGAAGTCAGAAGACAATTTGGGGGCCTTGGTTCTTTT  834

seq1  CCCCCACCGTGTTAAGTCACATGTCTCTCTTGTATCTGTCCCACCGTGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACCGTGTTAAGTCACATGTCTCTCTTGTATCTGTCCCACCGTGTT  884

seq1  GAGTCACGTGTCTCTCTTGTATCTGTCCCACCGTGTTGAGTCACGTGTCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACGTGTCTCTCTTGTATCTGTCCCACCGTGTTGAGTCACGTGTCT  934

seq1  CTCTTGTATCTGTCCCACTGTGTTCTGTGCTCTTGACTAACTGACCCAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTATCTGTCCCACTGTGTTCTGTGCTCTTGACTAACTGACCCAGG  984

seq1  TGCTTCCATAGAATTC  1012
      ||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCATAGAATTC  1000