BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128B09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,765,913 - 27,872,269
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneLOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440, LOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128B09.bB6Ng01-128B09.g
ACCDH930031DH930032
length1,1581,076
definitionDH930031|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128B09, 5' end.DH930032|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,871,109 - 27,872,269)(27,765,913 - 27,766,999)
sequence
gaattctcctaggggactgtcagaagtgtctgcaagcctgtagatgaggt
aaatctgagcttttccttctaacactgccacatggcccctgacacaagca
tccttcttggtgtccttgtctattattttggccaaagccgtcctgcaatc
ctactatacaacctacttcctaggcatggtgggggaccaagacttaagag
ttaataaaaataaaaaataaaataaaataaattattgtatgatttctgga
gccaaactcttaggaacgagtacagcatcacattcctagacttcaaaatc
aagacgataatactacccatttttaccttattcacagggctttttttgca
aatcaatagaaaaatgcacataatagtttttagaaaatgtaccctgctat
gcaactgtcatcaatgtgtcataattaattataaatagtgtatagaacac
tcagtaaactaagtgccttaagtggataggattctaccatttgctgaatg
caatagaccttttaatttaattctgtattagattttttttttactacctt
tctagtttagttttcaactcttccataggagtgaaaccaagatcagggct
tttcaaatgccttgtcctctattatcactcttccacactcacctcaagac
ccttttctagtttcctgtcctctacagtcacattaacctaaccactaaca
cgtcaacgttaagatgcacatatgagagtgaacatgtgacatttgtcttg
cctggtgtagactgtctcactcatcatttttccagtttcacccacttacc
tgcaattgtcataatttaatttttctttatagatcaatacaattccattg
tatatgtgtaccttttttaatggacatgttatgtatttatattccaaatg
tttatcccctttccagtttcccctccagagccacctatctcatccctctt
cccctgcttctatgagggtgctcttcatctatcccactcccaactctctt
gccctggcatttcctataactggggaatcgagcctttatgggaccaaagg
ctcttcctcctttaatgttcagacaaatgcaatctcctgctactatggtg
gctggtcccaccatggtatactcttatgggattaatccctgggagttcta
ggagtctg
gaattcattctgttccttgctcataggaccctttatttgaaacatgtctc
aaggattgaccaggaagcaggctcccatcactggtcatcagatttgctgg
tacctaggtacttcattttccaacctccagaactgtgagggatcaatggt
tgtagttctatcccctgcatctgtggtactctggaaaagcagcacagaac
ctggtttggccaatgagatataagaaggagttggtttccaagaaaggctt
cctgtagtagaaagaattctcagatgctgtgagcattaaattctcctcgc
ctgagtgtcagcagccactttatggctaagatgattagcaatgcttttag
actgagtgactgaccaagcaggttgagcctaggcagtgattggcactcaa
gtattcctaatgagaaaaggaaaatctctatttgtttgacccattaacat
gtgtgatgtaagctatctattcctgattcccatcaccttttgaaatgtta
ataactaaggttacagggttacaaagaaaagtagggtcttggggaagtaa
ataggtcatgaaggtgggaccatcattaatggaaccaaaatcttcataag
gggaaatggaagacatttagcttctctttaacatgggtagatacagtaaa
gagatgaccatctgcaaactaggaagccggctttaattgaatcagcataa
gatttgcaggtaccttaatactggatatagctgtttctagagttgtgaca
gatgaatgtttattgttccacccccagtctctggtactttgatctagtag
cacaactaaaacagaagttgtttcttcactgcggtatgacagaggtgtta
aagtctgctctggtaatgattgtgactctagggtgagcttggtgtgatcc
tcatattgatctgatgtgaacctggcatgatcttggtatgctcctcatag
attctagtgtgacttgattgtgaacccgaacttctgatgaaagctgtttg
atcctgatgtgcctctgacgtggacctgggttgatcgagatgcaatttgg
tggattcgatgatatgggttattttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27871109_27872269
seq2: B6Ng01-128B09.b_46_1203 (reverse)

seq1  CAGACTCCCCAGAACTCCCAGGGACTAAATCACCAACCAAAGAGTATA-C  49
      |||||| || |||||||||||||| | |||| |||    ||||||||| |
seq2  CAGACT-CCTAGAACTCCCAGGGA-TTAATC-CCA---TAAGAGTATACC  44

seq1  ATGGTGGGACCAGCCA-CATATGTAGCAGAGGATGGCA-TTGTCTG-ACA  96
      |||||||||||||||| |||| |||||||  ||| ||| ||||||| |||
seq2  ATGGTGGGACCAGCCACCATA-GTAGCAGGAGATTGCATTTGTCTGAACA  93

seq1  TTAATAGGAGGAGAGGCCTTTGGTCCCATAAAGGCTCGATTCCCCAG-TA  145
      |||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTAA-AGGAGGAAGAGCCTTTGGTCCCATAAAGGCTCGATTCCCCAGTTA  142

seq1  TAGGAAAATGCCAGGGC-AGGGAGTTGGGAGTGGGTGAGATGAAGAGCAC  194
      |||| |||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TAGG-AAATGCCAGGGCAAGAGAGTTGGGAGTGGGATAGATGAAGAGCAC  191

seq1  CCTCATAGAAGCAGGGGGAAGAGGGATGGGATAGGTGGCTCTGGAGGGGA  244
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATAGAAGCA-GGGGAAGAGGGATGAGATAGGTGGCTCTGGAGGGGA  240

seq1  AACTGGGAAAGGGGAT-AACATTTGGAATATAAATACATAACATGTCCAT  293
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACT-GGAAAGGGGATAAACATTTGGAATATAAATACATAACATGTCCAT  289

seq1  TAAAAAAGGTACACATATACAATGGAATTGTATTGATCTATAAAGAAAAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGGTACACATATACAATGGAATTGTATTGATCTATAAAGAAAAA  339

seq1  TTAAATTATGACAATTGCAGGTAAGTGGGTGAAACTGG-AAAATGATGAG  392
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTAAATTATGACAATTGCAGGTAAGTGGGTGAAACTGGAAAAATGATGAG  389

seq1  TGAGACAGTCTACACCAGGCAAGACAAATGTCACATGTTCACTCTCATAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGTCTACACCAGGCAAGACAAATGTCACATGTTCACTCTCATAT  439

seq1  GTGCATCTTAACGTTGACGTGTTAGTGGTTAGGTTAATGTGACTGTAGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTTAACGTTGACGTGTTAGTGGTTAGGTTAATGTGACTGTAGAG  489

seq1  GACAGGAAACTAGAAAAGGGTCTTGAGGTGAGTGTGGAAGAGTGATAATA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAAACTAGAAAAGGGTCTTGAGGTGAGTGTGGAAGAGTGATAATA  539

seq1  GAGGACAAGGCATTTGAAAAGCCCTGATCTTGGTTTCACTCCTATGGAAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAAGGCATTTGAAAAGCCCTGATCTTGGTTTCACTCCTATGGAAG  589

seq1  AGTTGAAAACTAAACTAGAAAGGTAGTAAAAAAAAAATCTAATACAGAAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAAAACTAAACTAGAAAGGTAGTAAAAAAAAAATCTAATACAGAAT  639

seq1  TAAATTAAAAGGTCTATTGCATTCAGCAAATGGTAGAATCCTATCCACTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAAAGGTCTATTGCATTCAGCAAATGGTAGAATCCTATCCACTT  689

seq1  AAGGCACTTAGTTTACTGAGTGTTCTATACACTATTTATAATTAATTATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTTAGTTTACTGAGTGTTCTATACACTATTTATAATTAATTATG  739

seq1  ACACATTGATGACAGTTGCATAGCAGGGTACATTTTCTAAAAACTATTAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGATGACAGTTGCATAGCAGGGTACATTTTCTAAAAACTATTAT  789

seq1  GTGCATTTTTCTATTGATTTGCAAAAAAAGCCCTGTGAATAAGGTAAAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTTTTCTATTGATTTGCAAAAAAAGCCCTGTGAATAAGGTAAAAA  839

seq1  TGGGTAGTATTATCGTCTTGATTTTGAAGTCTAGGAATGTGATGCTGTAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGTATTATCGTCTTGATTTTGAAGTCTAGGAATGTGATGCTGTAC  889

seq1  TCGTTCCTAAGAGTTTGGCTCCAGAAATCATACAATAATTTATTTTATTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCCTAAGAGTTTGGCTCCAGAAATCATACAATAATTTATTTTATTT  939

seq1  TATTTTTTATTTTTATTAACTCTTAAGTCTTGGTCCCCCACCATGCCTAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTATTTTTATTAACTCTTAAGTCTTGGTCCCCCACCATGCCTAG  989

seq1  GAAGTAGGTTGTATAGTAGGATTGCAGGACGGCTTTGGCCAAAATAATAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGTTGTATAGTAGGATTGCAGGACGGCTTTGGCCAAAATAATAG  1039

seq1  ACAAGGACACCAAGAAGGATGCTTGTGTCAGGGGCCATGTGGCAGTGTTA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACACCAAGAAGGATGCTTGTGTCAGGGGCCATGTGGCAGTGTTA  1089

seq1  GAAGGAAAAGCTCAGATTTACCTCATCTACAGGCTTGCAGACACTTCTGA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAAGCTCAGATTTACCTCATCTACAGGCTTGCAGACACTTCTGA  1139

seq1  CAGTCCCCTAGGAGAATTC  1161
      |||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCCTAGGAGAATTC  1158

seq1: chr9_27765913_27766999
seq2: B6Ng01-128B09.g_69_1144

seq1  GAATTCATTCTGTTCCTTGCTCATAGGACCCTTTATTTGAAACATGTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTGTTCCTTGCTCATAGGACCCTTTATTTGAAACATGTCTC  50

seq1  AAGGATTGACCAGGAAGCAGGCTCCCATCACTGGTCATCAGATTTGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTGACCAGGAAGCAGGCTCCCATCACTGGTCATCAGATTTGCTGG  100

seq1  TACCTAGGTACTTCATTTTCCAACCTCCAGAACTGTGAGGGATCAATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGGTACTTCATTTTCCAACCTCCAGAACTGTGAGGGATCAATGGT  150

seq1  TGTAGTTCTATCCCCTGCATCTGTGGTACTCTGGAAAAGCAGCACAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTCTATCCCCTGCATCTGTGGTACTCTGGAAAAGCAGCACAGAAC  200

seq1  CTGGTTTGGCCAATGAGATATAAGAAGGAGTTGGTTTCCAAGAAAGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTGGCCAATGAGATATAAGAAGGAGTTGGTTTCCAAGAAAGGCTT  250

seq1  CCTGTAGTAGAAAGAATTCTCAGATGCTGTGAGCATTAAATTCTCCTCGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGTAGAAAGAATTCTCAGATGCTGTGAGCATTAAATTCTCCTCGC  300

seq1  CTGAGTGTCAGCAGCCACTTTATGGCTAAGATGATTAGCAATGCTTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGTCAGCAGCCACTTTATGGCTAAGATGATTAGCAATGCTTTTAG  350

seq1  ACTGAGTGACTGACCAAGCAGGTTGAGCCTAGGCAGTGATTGGCACTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTGACTGACCAAGCAGGTTGAGCCTAGGCAGTGATTGGCACTCAA  400

seq1  GTATTCCTAATGAGAAAAGGAAAATCTCTATTTGTTTGACCCATTAACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCTAATGAGAAAAGGAAAATCTCTATTTGTTTGACCCATTAACAT  450

seq1  GTGTGATGTAAGCTATCTATTCCTGATTCCCATCACCTTTTGAAATGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATGTAAGCTATCTATTCCTGATTCCCATCACCTTTTGAAATGTTA  500

seq1  ATAACTAAGGTTACAGGGTTACAAAGAAAAGTAGGGTCTTGGGGAAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAAGGTTACAGGGTTACAAAGAAAAGTAGGGTCTTGGGGAAGTAA  550

seq1  ATAGGTCATGAAGGTGGGACCATCATTAATGGAACCAAAATCTTCATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTCATGAAGGTGGGACCATCATTAATGGAACCAAAATCTTCATAAG  600

seq1  GGGAAATGGAAGACATTTAGCTTCTCTTTAACATGGGTAGATACAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGGAAGACATTTAGCTTCTCTTTAACATGGGTAGATACAGTAAA  650

seq1  GAGATGACCATCTGCAAACTAGGAAGCCGGCTTTAATTGAATCAGCATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGACCATCTGCAAACTAGGAAGCCGGCTTTAATTGAATCAGCATAA  700

seq1  GATTTGCAGGTACCTTAATACTGGATATAGCTGTTTCTAGAGTTGTGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCAGGTACCTTAATACTGGATATAGCTGTTTCTAGAGTTGTGACA  750

seq1  GATGAATGTTTATTGTTCCACCCCCAGTCTCTGGTACTTTGATCTAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGTTTATTGTTCCACCCCCAGTCTCTGGTACTTTGATCTAGTAG  800

seq1  CACAACTAAAACAAGAAGTTGTTCCTTCACTGCGGTATGACAGGAGGGTG  850
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||
seq2  CACAACTAAAAC-AGAAGTTGTTTCTTCACTGCGGTATGACAG--AGGTG  847

seq1  TAAAAGTCTGCTCTGGTAATGA-TGTGACTCTAGGGTGAGCTTGGTGTGA  899
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTCTGCTCTGGTAATGATTGTGACTCTAGGGTGAGCTTGGTGTGA  897

seq1  TCCTCATATGATTCTGATGTGAACCTGGCATGATCTTGGTATGCTCCTCA  949
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATATTGATCTGATGTGAACCTGGCATGATCTTGGTATGCTCCTCA  947

seq1  TAGGATTCTAGTGTGAACTTGA-TGTGAACCCGAACTTCTGATGAGAGCT  998
      || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TA-GATTCTAGTGTG-ACTTGATTGTGAACCCGAACTTCTGATGAAAGCT  995

seq1  TGGTTTGATCCTGATGTGCCTCTGACGTGGACCTGGTGTGATCGAGATGC  1048
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  --GTTTGATCCTGATGTGCCTCTGACGTGGACCTGGGTTGATCGAGATGC  1043

seq1  AATTCTGTTGGGATTCGCGAATGGATTAGTGTTATTTTC  1087
      ||||  ||  |||||||   || |||  | |||||||||
seq2  AATTTGGT--GGATTCG---AT-GATATGGGTTATTTTC  1076