BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128E21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 71,120,562 - 71,227,447
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAldh1a2
Upstream geneMyo1e, Ccnb2, Rnf111, Sltm, B230380D07Rik, Adam10, Cycs-ps1, Lipc, LOC100041622, LOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik, LOC100041660
Downstream geneGrinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1, Tcf12, EG666001, LOC665959, EG665964, LOC665970, Suhw4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128E21.bB6Ng01-128E21.g
ACCDH930191DH930192
length1,1301,117
definitionDH930191|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128E21, 5' end.DH930192|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128E21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,120,562 - 71,121,704)(71,226,328 - 71,227,447)
sequence
gaattcttttataagagttgctttggtcatagtgtctcttcacagcaata
gaacattgacaaagatagggaggaagctaggtgaggttgggaaagagaat
caggtagaaggagacctgtaacatgcttggctggtaagagcatgtaccat
agtgagaaccacgctctagtgtgcattgttcagctaactttttccagtgg
agtatatatttgatatttctcaaaggaagcttacattcattcagagggga
gccagttctgtggcttttgaaatatcttcatgtttttctatctgaaatga
cattagtggcaaatgtcaaaggaccttatctagaacatgaaaatcaggtt
gtgactatttacagtaacagtgagcaagccgagggtactcataggcagac
agcaccatcctagcctcctcatcccccgctgcctggtatgtattcatcca
tctattctttttaacttttttttttttttggttacttggaaaccacagaa
tcttataaatcaaacatgtcacttaaaagtatatttgtctatagcttctg
ttaggattgtgccagggagaaggaacctattgacacattacaaaacatct
gcaatgttctgaaacaagaagcttagttgaagtggctgccttccatttta
cttcagcaacagcctttagaaagcaaacagtactcagattaaagataggg
tcggcttctctttatgcagctagatacataagcaatacgtgtaaatattt
aataagtgaatatgaaagtcttcttataaacacagagtcaataaacatcc
tcaacaaagtacgggaaggcagtttgcattctgcttgatataatgtattt
cttttcattcagttagattagcaaaccatgatttcatcattagtcaacag
atagtagagagaccatcaaagcagctacaggagagtcagattgatctgtg
ccagccaatgttgtagctagcagctggtgtaccactgatgctattcacgc
agtggggttcttctttcatttcccgagtggggtacactcctgtctatgac
gcagaccaatctggtgctgggaggggtgaatcagtcagctctctctctgt
ctccctcagcccttgaaggtactttggatt
gaattcagtaattagaggataagggatgttctcttcatgcacactctact
ccatccacacactagaactgatgccatcacagattgaatttgggcttttt
ctgtcttgagccaatggattgcctgaaaaagtaaaaacaaaacaaaacaa
aacaaacaaacaacccaacctgaaaaccaggcaaactctaaggaattttg
accagcattttgttttgcaattgatgcaggtagcatacccttccacatca
ccctctaactaattaggtcactctgggtatttagaatggatgttgcatat
gccagccaccaaatggcctgcctcagagccccaaagggtcatctgtttgg
ataaagtccctcaggcctctctgttgttgtttatctcaagttctgagtca
ggaggcttcgtccatcttacttctgtccctgcaaggaaatgccacccaga
gagcagggagatcaacaacagagggtgcaagacaggcaggaaagactgtg
gtgctttgtaggggtaaggggaggcactcggagggctaaaagagtgactt
atatgacctcagttagggtttatgtgtagctatgaatctgaataaacata
tactataaacacgggtatacctatgtataaaccaaatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctattattcat
atatctatgatctctatcatattatttctctatctattatatctgtcata
ccaacaatctattatttctacctatttatctattatctattctatttatc
atctatcatatctatctacttttctatcatctacctacctattatctatg
tatctatcacctatgccatctagccccatcacctatttcatctactatct
atcatccatctacttattatctatctatccactatcatctatctcttgat
ttatcatctatctgtatctatccatcattatctatccctatcacaatctc
tatcatctctcatctacctatattctattactaccactattatgtctata
tttatttatctacctattatcatcatctatttctgttttatcatctactt
aagttcctccttatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_71120562_71121704
seq2: B6Ng01-128E21.b_41_1170

seq1  GAATTCTTTTATAAGAGTTGCTTTGGTCATAGTGTCTCTTCACAGCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATAAGAGTTGCTTTGGTCATAGTGTCTCTTCACAGCAATA  50

seq1  GAACATTGACAAAGATAGGGAGGAAGCTAGGTGAGGTTGGGAAAGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGACAAAGATAGGGAGGAAGCTAGGTGAGGTTGGGAAAGAGAAT  100

seq1  CAGGTAGAAGGAGACCTGTAACATGCTTGGCTGGTAAGAGCATGTACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGAAGGAGACCTGTAACATGCTTGGCTGGTAAGAGCATGTACCAT  150

seq1  AGTGAGAACCACGCTCTAGTGTGCATTGTTCAGCTAACTTTTTCCAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAACCACGCTCTAGTGTGCATTGTTCAGCTAACTTTTTCCAGTGG  200

seq1  AGTATATATTTGATATTTCTCAAAGGAAGCTTACATTCATTCAGAGGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATATTTGATATTTCTCAAAGGAAGCTTACATTCATTCAGAGGGGA  250

seq1  GCCAGTTCTGTGGCTTTTGAAATATCTTCATGTTTTTCTATCTGAAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTCTGTGGCTTTTGAAATATCTTCATGTTTTTCTATCTGAAATGA  300

seq1  CATTAGTGGCAAATGTCAAAGGACCTTATCTAGAACATGAAAATCAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTGGCAAATGTCAAAGGACCTTATCTAGAACATGAAAATCAGGTT  350

seq1  GTGACTATTTACAGTAACAGTGAGCAAGCCGAGGGTACTCATAGGCAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTATTTACAGTAACAGTGAGCAAGCCGAGGGTACTCATAGGCAGAC  400

seq1  AGCACCATCCTAGCCTCCTCATCCCCCGCTGCCTGGTATGTATTCATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATCCTAGCCTCCTCATCCCCCGCTGCCTGGTATGTATTCATCCA  450

seq1  TCTATTCTTTTTAACTTTTTTTTTTTTTTGGTTACTTGGAAACCACAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTTTTTAACTTTTTTTTTTTTTTGGTTACTTGGAAACCACAGAA  500

seq1  TCTTATAAATCAAACATGTCACTTAAAAGTATATTTGTCTATAGCTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAAATCAAACATGTCACTTAAAAGTATATTTGTCTATAGCTTCTG  550

seq1  TTAGGATTGTGCCAGGGAGAAGGAACCTATTGACACATTACAAAACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATTGTGCCAGGGAGAAGGAACCTATTGACACATTACAAAACATCT  600

seq1  GCAATGTTCTGAAACAAGAAGCTTAGTTGAAGTGGCTGCCTTCCATTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTTCTGAAACAAGAAGCTTAGTTGAAGTGGCTGCCTTCCATTTTA  650

seq1  CTTCAGCAACAGCCTTTAGAAAGCAAACAGTACTCAGATTAAAGATAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCAACAGCCTTTAGAAAGCAAACAGTACTCAGATTAAAGATAGGG  700

seq1  TCGGCTTCTCTTTATGCAGCTAGATACATAAGCAATACGTGTAAATATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCTTCTCTTTATGCAGCTAGATACATAAGCAATACGTGTAAATATTT  750

seq1  AATAAGTGAATATGAAAGTCTTCTTATAAACACAGAGTCAATAAACATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTGAATATGAAAGTCTTCTTATAAACACAGAGTCAATAAACATCC  800

seq1  TCAACAAAGTACGGGAAGGCAGTTTGCATTCTGCTTGATATAATGTATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAAGTACGGGAAGGCAGTTTGCATTCTGCTTGATATAATGTATTT  850

seq1  CTTTTCATTCAGTTAGATTAGCAAACCATGATTTCATCATTAGTCAACAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTTCATTCAGTTAGATTAGCAAACCATGATTTCATCATTAGTCAAC-A  899

seq1  GATAGTAGAGAGACCATCAAAGCAAGCTACAGGAGAGTCCAGATTGATCT  950
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATAGTAGAGAGACCATCAAAGC-AGCTACAGGAGAGT-CAGATTGATCT  947

seq1  GTGCCAAGCCAATGTTTGTAGCTAGCAGCTGTGTTACCACTGATGCTAAT  1000
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||
seq2  GTGCC-AGCCAATG-TTGTAGCTAGCAGCTGGTGTACCACTGATGCT-AT  994

seq1  TCACGCAGTGGGGTTCTCCTTTCATTTCCCGAGTGGGGTAACACTCCTGT  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCACGCAGTGGGGTTCTTCTTTCATTTCCCGAGTGGGGT-ACACTCCTGT  1043

seq1  CCTATGACGCAGACCCATTCCTGCTGCT-GGAGTGGTGAATCAGGTCAGC  1099
       |||||||||||||| ||  ||| |||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  -CTATGACGCAGACCAAT--CTGGTGCTGGGAGGGGTGAATCA-GTCAGC  1089

seq1  TCTCTCTTCCTGCTCCCCTCAGCCCTTGTAGGTACTTTGTGATT  1143
      |||||||  |||   ||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TCTCTCT--CTGTCTCCCTCAGCCCTTGAAGGTACTTTG-GATT  1130

seq1: chr9_71226328_71227447
seq2: B6Ng01-128E21.g_66_1182 (reverse)

seq1  CAGATA--GAGGAACTTAAGTAGATGAT-AAACAG-AATAGATGGATGAT  46
      ||||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  CAGATAAGGAGGAACTTAAGTAGATGATAAAACAGAAATAGAT-GATGAT  49

seq1  AGATAGGTAGATAAATAAATATAGACATAAATAGGTGGTAGGTAATAGAA  96
      | |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||
seq2  A-ATAGGTAGATAAATAAATATAGACAT-AATA-GTGGTA-GTAATAGAA  95

seq1  TATAAGGTAGATGAGAGATGATAGAGATTGGTGATAGGGATAGATAATGA  146
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAT-AGGTAGATGAGAGATGATAGAGATT-GTGATAGGGATAGATAATGA  143

seq1  TGGATAGATACAGATAGATGATAAATCAAGAGATAGATGATAGTGGATAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAGATACAGATAGATGATAAATCAAGAGATAGATGATAGTGGATAG  193

seq1  ATAGATAATAAGTAGATGGATGATAGATAGTAGATGAAATAGGTGATGGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAATAAGTAGATGGATGATAGATAGTAGATGAAATAGGTGATGGG  243

seq1  GCTAGATGGCATAGGTGATAGATACATAGATAATAGGTAGGTAGATGATA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATGGCATAGGTGATAGATACATAGATAATAGGTAGGTAGATGATA  293

seq1  GAAAAGTAGATAGATATGATAGATGATAAATAGAATAGATAATAGATAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTAGATAGATATGATAGATGATAAATAGAATAGATAATAGATAAA  343

seq1  TAGGTAGAAATAATAGATTGTTGGTATGACAGATATAATAGATAGAGAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGAAATAATAGATTGTTGGTATGACAGATATAATAGATAGAGAAA  393

seq1  TAATATGATAGAGATCATAGATATATGAATAATAGATAGATAGATAGATA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGATAGAGATCATAGATATATGAATAATAGATAGATAGATAGATA  443

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTTGGTTTATAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATTTGGTTTATAC  493

seq1  ATAGGTATACCCGTGTTTATAGTATATGTTTATTCAGATTCATAGCTACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTATACCCGTGTTTATAGTATATGTTTATTCAGATTCATAGCTACA  543

seq1  CATAAACCCTAACTGAGGTCATATAAGTCACTCTTTTAGCCCTCCGAGTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACCCTAACTGAGGTCATATAAGTCACTCTTTTAGCCCTCCGAGTG  593

seq1  CCTCCCCTTACCCCTACAAAGCACCACAGTCTTTCCTGCCTGTCTTGCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTTACCCCTACAAAGCACCACAGTCTTTCCTGCCTGTCTTGCAC  643

seq1  CCTCTGTTGTTGATCTCCCTGCTCTCTGGGTGGCATTTCCTTGCAGGGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTGTTGATCTCCCTGCTCTCTGGGTGGCATTTCCTTGCAGGGAC  693

seq1  AGAAGTAAGATGGACGAAGCCTCCTGACTCAGAACTTGAGATAAACAACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTAAGATGGACGAAGCCTCCTGACTCAGAACTTGAGATAAACAACA  743

seq1  ACAGAGAGGCCTGAGGGACTTTATCCAAACAGATGACCCTTTGGGGCTCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGGCCTGAGGGACTTTATCCAAACAGATGACCCTTTGGGGCTCT  793

seq1  GAGGCAGGCCATTTGGTGGCTGGCATATGCAACATCCATTCTAAATACCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGCCATTTGGTGGCTGGCATATGCAACATCCATTCTAAATACCC  843

seq1  AGAGTGACCTAATTAGTTAGAGGGTGATGTGGAAGGGTATGCTACCTGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACCTAATTAGTTAGAGGGTGATGTGGAAGGGTATGCTACCTGCA  893

seq1  TCAATTGCAAAACAAAATGCTGGTCAAAATTCCTTAGAGTTTGCCTGGTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGCAAAACAAAATGCTGGTCAAAATTCCTTAGAGTTTGCCTGGTT  943

seq1  TTCAGGTTGGGTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTACTTTTTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTTGGGTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTACTTTTTC  993

seq1  AGGCAATCCATTGGCTCAAGACAGAAAAAGCCCAAATTCAATCTGTGATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATCCATTGGCTCAAGACAGAAAAAGCCCAAATTCAATCTGTGATG  1043

seq1  GCATCAGTTCTAGTGTGTGGATGGAGTAGAGTGTGCATGAAGAGAACATC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGTTCTAGTGTGTGGATGGAGTAGAGTGTGCATGAAGAGAACATC  1093

seq1  CCTTATCCTCTAATTACTGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCCTCTAATTACTGAATTC  1117