BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128M05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 47,219,839 - 47,275,388
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
Downstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik, EG640268, EG434401, LOC667933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128M05.bB6Ng01-128M05.g
ACCDH930528DH930529
length9961,140
definitionDH930528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128M05, 5' end.DH930529|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,219,839 - 47,220,838)(47,274,247 - 47,275,388)
sequence
gaattctatgagagatgagggcatcttcagtgacagagcatcttgtagaa
ccctctagatcacactgagaaagaaatgaagggcaaggaaacaaagaaga
tccactcaatccttcacactcagagtccttctgacaaagacgtaaccaca
gagatggttggagagggaggagaaggtgctttcctgactgcctgccctct
gcctgccctaacagcccatggggctctaagaacaattcgagaatcttgct
aaattcaagcaccaatatgactctccttacacctttgttctctgtcggtc
ctgttcatgatccccaacacgcacacacactgaggagccaggggtcttgt
ctaaagcctgggcaggggaagttcatgaaggatccatcactctacctgaa
tctaatagcagaagccagcttgtgcatatgaagcctgagcacatgctctg
gggaccacagccatgctccctcttcctacttgttgccctggggttaacca
ggggctttcaagggtcatctcacttctcccttagccaggtgctctgagct
ccctctaaacacagccaagagttttctactcttcagccacaactgtgaat
tcccttaaccttcaactctgtgtttgcacgcctctgccagatctcctttg
aacttagtgaagtcagaacactcggcttcttatcagctgtctgactttct
gtaagtcagcccacttctccgagttccaattctctcctgtgagaatctag
gtgaagaccagcttgttgtgagggtcaaatatggtaatgtacgttgagag
ccttttgtgcacagcagagtcctgtgcaaatgggaaatattattgcagct
gttgctggtccaagccactcacttcattattattattatctaagtctgcc
ttctggtgctttaaactcatttctttttgctctgtctggttgggtatggt
tgtagatttctccctggggttcccactgcacagatgaagagctcag
gaattcatattttacccattgcctctgccaggtcttggttactcaaggct
ccacggcttgcaaggagaaagggatgctgccttgtggccatcactgtaga
tcttaactctaacctgctgctgtctaatgtgcacgagtgagactggtccc
ttctaggcccaactctgctctaggaagctttaaaaatttgcaaaaatatt
ttcatgggctcaagagctcaagtctcagaaagaaagacaagctactgatg
catggtgagagattgtgggcctggatgaagctctgacaacatatctctga
agggaagccacaagacctgtcttactggtttcttgtgagcactagggatc
aggtagcacaaggaaacaggactcagaggcactcagtgtgggacaccatg
actctgattagatcattggagttaaagacggaaggttaacggaatgaaca
tgccttccagggagatattccacaggccaggtaatgtgggtgtgcttacg
atataagtatgtgtatgtggagtaggagggcttgactctgtgtatatgtg
catgcatatatgagtaagggtacatgctagtgtgtacatgtatgtgcaaa
catgtgcctttcagttatggtacacaggataattagctctccaggtagac
ttcgccttggttcacatttctattcctgcctggcctatccttatcacttt
tcctattccatgcactatattaatggatcaggagccagcttgtaatggag
gttctttgaatccatccttgagcttttagagaataactgatcatttcctc
ctctgtcttcctctgccttcactaggcaaggggcaagttagagggcctaa
ctatgtggggtctacacgtcacaagttacagtcttgctcttccataatgc
cttagagcatttcacatggtacctggttcttagtgagtggtcaggccatg
gcacatgtcatcattacctcactgctgtgtctgcacattacacgttagag
gcagatcactgtatttttttttcctcaccaatctggactttcctgagtgg
aagacttttcctctagcactcagttagcagctttgctctgttgactggtt
tggtaacaacatacttctgctcttcgttcaatctttacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_47219839_47220838
seq2: B6Ng01-128M05.b_50_1045

seq1  GAATTCTATGAGAGATGAGGGCATCTTCAGTGACAGAGCATCTTGTAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGAGAGATGAGGGCATCTTCAGTGACAGAGCATCTTGTAGAA  50

seq1  CCCTCTAGATCACACTGAGAAAGAAATGAAGGGCAAGGAAACAAAGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAGATCACACTGAGAAAGAAATGAAGGGCAAGGAAACAAAGAAGA  100

seq1  TCCACTCAATCCTTCACACTCAGAGTCCTTCTGACAAAGACGTAACCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAATCCTTCACACTCAGAGTCCTTCTGACAAAGACGTAACCACA  150

seq1  GAGATGGTTGGAGAGGGAGGAGAAGGTGCTTTCCTGACTGCCTGCCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGTTGGAGAGGGAGGAGAAGGTGCTTTCCTGACTGCCTGCCCTCT  200

seq1  GCCTGCCCTAACAGCCCATGGGGCTCTAAGAACAATTCGAGAATCTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCCTAACAGCCCATGGGGCTCTAAGAACAATTCGAGAATCTTGCT  250

seq1  AAATTCAAGCACCAATATGACTCTCCTTACACCTTTGTTCTCTGTCGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGCACCAATATGACTCTCCTTACACCTTTGTTCTCTGTCGGTC  300

seq1  CTGTTCATGATCCCCAACACGCACACACACTGAGGAGCCAGGGGTCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATGATCCCCAACACGCACACACACTGAGGAGCCAGGGGTCTTGT  350

seq1  CTAAAGCCTGGGCAGGGGAAGTTCATGAAGGATCCATCACTCTACCTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCCTGGGCAGGGGAAGTTCATGAAGGATCCATCACTCTACCTGAA  400

seq1  TCTAATAGCAGAAGCCAGCTTGTGCATATGAAGCCTGAGCACATGCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAGCAGAAGCCAGCTTGTGCATATGAAGCCTGAGCACATGCTCTG  450

seq1  GGGACCACAGCCATGCTCCCTCTTCCTACTTGTTGCCCTGGGGTTAACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCACAGCCATGCTCCCTCTTCCTACTTGTTGCCCTGGGGTTAACCA  500

seq1  GGGGCTTTCAAGGGTCATCTCACTTCTCCCTTAGCCAGGTGCTCTGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTTCAAGGGTCATCTCACTTCTCCCTTAGCCAGGTGCTCTGAGCT  550

seq1  CCCTCTAAACACAGCCAAGAGTTTTCTACTCTTCAGCCACAACTGTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAAACACAGCCAAGAGTTTTCTACTCTTCAGCCACAACTGTGAAT  600

seq1  TCCCTTAACCTTCAACTCTGTGTTTGCACGCCTCTGCCAGATCTCCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAACCTTCAACTCTGTGTTTGCACGCCTCTGCCAGATCTCCTTTG  650

seq1  AACTTAGTGAAGTCAGAACACTCGGCTTCTTATCAGCTGTCTGACTTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGTGAAGTCAGAACACTCGGCTTCTTATCAGCTGTCTGACTTTCT  700

seq1  GTAAGTCAGCCCACTTCTCCGAGTTCCAATTCTCTCCTGTGAGAATCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTCAGCCCACTTCTCCGAGTTCCAATTCTCTCCTGTGAGAATCTAG  750

seq1  GTGAAGACCAGCTTGTTGTGAGGGTCAAATATGGTAATGTACGTTGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGACCAGCTTGTTGTGAGGGTCAAATATGGTAATGTACGTTGAGAG  800

seq1  CCTTTTGTGCACAGCAGAGTCCTGTGCAAATGGGAAATATTATTGCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGTGCACAGCAGAGTCCTGTGCAAATGGGAAATATTATTGCAGCT  850

seq1  GTTGCTGGTCCAAGCCACTCACTTCATTATTATTATTATCTAAGTCTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGTCCAAGCCACTCACTTCATTATTATTATTATCTAAGTCTGCC  900

seq1  TTCTGGTGCTTTAAACTCATTTCTTTTTGCTCTGTCTGGTTGGGTAATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTGGTGCTTTAAACTCATTTCTTTTTGCTCTGTCTGGTTGGGT-ATGG  949

seq1  TTGTAGATTTCTCCCTGGGGTTCCCACTGCACAGATGAAAGAAGGCTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||
seq2  TTGTAGATTTCTCCCTGGGGTTCCCACTGCACAGATG-AAGA--GCTCAG  996

seq1: chr9_47274247_47275388
seq2: B6Ng01-128M05.g_69_1208 (reverse)

seq1  AGGTAAAGATGGAGCAGAAGAG-AGAAGTAATGTTGTTTACCAAA-CAG-  47
      |||||||||| || | |||||| |||||| |||||| |||||||| ||| 
seq2  AGGTAAAGATTGAAC-GAAGAGCAGAAGT-ATGTTG-TTACCAAACCAGT  47

seq1  CTACAGAGCCAAGCTGCTAACTTGAGTGCTAGA-GAAAAGTC-TCCACTC  95
      | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  CAACAGAGCAAAGCTGCTAAC-TGAGTGCTAGAGGAAAAGTCTTCCACTC  96

seq1  AGGAAAGTTCAAGATTGGTGAGGAAAAAAAAATACAGTGATCTG-CTCTA  144
      ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGAAAG-TCCAGATTGGTGAGGAAAAAAAAATACAGTGATCTGCCTCTA  145

seq1  ACGTTGTAATGTTGCAGACACAGCAGTGGAGGTAATGATGACATGTGCCA  194
      ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACG-TGTAATG-TGCAGACACAGCAGT-GAGGTAATGATGACATGTGCCA  192

seq1  TGGCCTGACCACTCACTAAGAACCAGGTACCATGTGAAATGCTCTAAGGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGACCACTCACTAAGAACCAGGTACCATGTGAAATGCTCTAAGGC  242

seq1  ATTATGGAGAGGCAAGACTGTAACTTGTGACGTGTAGACCCCACATAGTT  294
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGAAGAGCAAGACTGTAACTTGTGACGTGTAGACCCCACATAGTT  292

seq1  AGGCCCTCTAACTTGCCCCTTGCCTAGTGAAGGCAGAGGAAGACAGAGGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTCTAACTTGCCCCTTGCCTAGTGAAGGCAGAGGAAGACAGAGGA  342

seq1  GGAAATGATCAGTTATTCTCTAAAAGCTCAAGGATGGATTCAAAGAACCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGATCAGTTATTCTCTAAAAGCTCAAGGATGGATTCAAAGAACCT  392

seq1  CCATTACAAGCTGGCTCCTGATCCATTAATATAGTGCATGGAATAGGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACAAGCTGGCTCCTGATCCATTAATATAGTGCATGGAATAGGAAA  442

seq1  AGTGATAAGGATAGGCCAGGCAGGAATAGAAATGTGAACCAAGGCGAAGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAAGGATAGGCCAGGCAGGAATAGAAATGTGAACCAAGGCGAAGT  492

seq1  CTACCTGGAGAGCTAATTATCCTGTGTACCATAACTGAAAGGCACATGTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGGAGAGCTAATTATCCTGTGTACCATAACTGAAAGGCACATGTT  542

seq1  TGCACATACATGTACACACTAGCATGTACCCTTACTCATATATGCATGCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATACATGTACACACTAGCATGTACCCTTACTCATATATGCATGCA  592

seq1  CATATACACAGAGTCAAGCCCTCCTACTCCACATACACATACTTATATCG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACACAGAGTCAAGCCCTCCTACTCCACATACACATACTTATATCG  642

seq1  TAAGCACACCCACATTACCTGGCCTGTGGAATATCTCCCTGGAAGGCATG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACACCCACATTACCTGGCCTGTGGAATATCTCCCTGGAAGGCATG  692

seq1  TTCATTCCGTTAACCTTCCGTCTTTAACTCCAATGATCTAATCAGAGTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCCGTTAACCTTCCGTCTTTAACTCCAATGATCTAATCAGAGTCA  742

seq1  TGGTGTCCCACACTGAGTGCCTCTGAGTCCTGTTTCCTTGTGCTACCTGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCCCACACTGAGTGCCTCTGAGTCCTGTTTCCTTGTGCTACCTGA  792

seq1  TCCCTAGTGCTCACAAGAAACCAGTAAGACAGGTCTTGTGGCTTCCCTTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTGCTCACAAGAAACCAGTAAGACAGGTCTTGTGGCTTCCCTTC  842

seq1  AGAGATATGTTGTCAGAGCTTCATCCAGGCCCACAATCTCTCACCATGCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATATGTTGTCAGAGCTTCATCCAGGCCCACAATCTCTCACCATGCA  892

seq1  TCAGTAGCTTGTCTTTCTTTCTGAGACTTGAGCTCTTGAGCCCATGAAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGCTTGTCTTTCTTTCTGAGACTTGAGCTCTTGAGCCCATGAAAA  942

seq1  TATTTTTGCAAATTTTTAAAGCTTCCTAGAGCAGAGTTGGGCCTAGAAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGCAAATTTTTAAAGCTTCCTAGAGCAGAGTTGGGCCTAGAAGG  992

seq1  GACCAGTCTCACTCGTGCACATTAGACAGCAGCAGGTTAGAGTTAAGATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTCTCACTCGTGCACATTAGACAGCAGCAGGTTAGAGTTAAGATC  1042

seq1  TACAGTGATGGCCACAAGGCAGCATCCCTTTCTCCTTGCAAGCCGTGGAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGATGGCCACAAGGCAGCATCCCTTTCTCCTTGCAAGCCGTGGAG  1092

seq1  CCTTGAGTAACCAAGACCTGGCAGAGGCAATGGGTAAAATATGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGTAACCAAGACCTGGCAGAGGCAATGGGTAAAATATGAATTC  1140