BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134M11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 24,063,843 - 24,224,737
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpsr1, Dpy19l1
Upstream geneBmper, LOC100040866, LOC100040878, LOC100040893
Downstream geneCypt4, Tbx20, LOC666251, LOC100040960, Herpud2, LOC666297, 9130004C02Rik, Sept7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134M11.bB6Ng01-134M11.g
ACCDH934990DH934991
length1,1251,001
definitionDH934990|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134M11, 5' end.DH934991|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134M11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,223,604 - 24,224,737)(24,063,843 - 24,064,521)
sequence
gaattccaggtccaaagcgtccctaaacagagagcacagggctggatgat
ttcaccaagagttgagggcattgtatgtgttacatcagaactcttactga
agcctgtgggaagccacatgtgccgttgcagggtggcactggctaccgct
ggccaccacgcatatataggcaataaagttttttttttgccaagatgagg
ttttgagagttaaccaatcagataagagacaaattaaccaatcagatgag
agacaagttaaccaatcagatgagagacaagttaaccaattagatgagag
acatgttaaccaatcagatgtgagacatgcaaatgaggtggtaagcataa
cccatgcataaccaatccgggtgtgagacacgcctctcctaggcctatat
aagcagcaccagttctgggcttggggtctctttgcctctgcaatcaagct
ctcccaataaacgtgtgcagaaggatcctgttgcagcgttgttcttgctg
gctagtcgggcgtgcacaagaaaagcctttagggggctgctctatccttg
tgtgctatttacttcagtgatactaccgggcattaagagaaactgctcac
ataaacttcatgaatgaaaacagttctgtgacatagcatctacatagctt
tgtctacaagacctaagctagtcactgattatggaaagctcttcctatga
gtaggttccaagtaatttgaatttaatcatttataaaaactgttattgct
gttatcacatagaacatgtcttaaatacttataaccaatgtcaaggagat
ggcttagcattatgccatcttggctactcctacagagaacttgggttcat
ttcccagcacctttgagctggctcacaactatcagtaacagcagttcaga
ggatctgatgcactctcctggcctccacaggcattaagctcttatgcagt
gtacatacacataacgcacacaaaacattccctcacattaaaaaaaaaaa
tttaaatgcttgtagtgagtggggtattaaaagattcaccaacctcacat
attcttgttctgacatggaagaatccaggttctaagtatatgaggccggt
taagaagcagcgcctgggtgacatt
gaattctttggtgaagtttaaggtttatggttgttcttttgagttctgaa
tcctgtaattcatatagttaattcttcttgaagataatttctataggaat
aatggatttaggaaatatataattttggcctttttattgtgtgttttggc
tatgtgatttttgtctttgtgggtctgatataaaatattttaaatgtgta
aactaactacagacacatataaaaatacactatgatgaagttagatttat
catagagatttgagtgcataattcaataaatgtaataaataatattaata
aaattaaagacaaaaactacataatctcaataggtgcaaaaaaaaaaacc
gttttgatgaaatatccaacataccctcagggaaaaaagttttagataga
gtaggattggaggaagcatacctcaacataataatgaccatatatggcaa
acccacaggcaagatcatcttaaatgaataaaacctcaaagcaaccccat
taaaatcattaatgagccatggctgtccatttatccactattgccacttt
ttttcaatatagtccttaaagcactagctggagcaattagaaaagagaaa
gaaattaagggatatatattggaaaggagctattcacattatccctgtct
ccaaatgatatattaaacacagaaataccaaaatttcatcagaaaacttc
tagaaagtaccaacatgttaaataaactgatacaatacagaatcgactaa
caaagctcagtagcctctctccatagcaacataacttgttgagaaagaga
ttatacacatacatgcacagtagcctcaaaaaaatctactaatatattta
acaaaggagataaaagacttctctactgaaaagtttaaatacgtaaaaaa
gagattgagaaagacattagacatggtctagaaggcctatgctcatagtt
tgtgaaacaaatatatgaaatgacaattcaccagaagaaattatagattc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_24223604_24224737
seq2: B6Ng01-134M11.b_46_1170 (reverse)

seq1  AATGCTCACCCA-GCGCTGCCTTCTTACACGGCCTCATAATACTTAGACA  49
      |||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||||| ||||||||| |
seq2  AATG-TCACCCAGGCGCTG-CTTCTTAACCGGCCTCAT-ATACTTAGA-A  46

seq1  CTTGGATTCTGTACAATGTACAGAACAGAGATAATTGTTGAGTGTGTGAA  99
      | |||||||  | | |||| |||||||   |||  |||   ||  |||||
seq2  CCTGGATTC--TTCCATGT-CAGAACAAGAATA--TGTGAGGTTGGTGAA  91

seq1  TCTTATAATACCCACATCACTACAAGCATTTAAATTTTTTTTTTTTAATG  149
      |||| ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTTTAATACCCCACTCACTACAAGCATTTAAA-TTTTTTTTTTTAATG  140

seq1  TGAGGGAATGTTTTGTGTGCGTTATGTGTATGTACACTGCATAAGAGCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAATGTTTTGTGTGCGTTATGTGTATGTACACTGCATAAGAGCTT  190

seq1  AATGCCTGTGGAGGCCAGGAGAGTGCATCAGATCCTCTGAACTGCTGTTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTGTGGAGGCCAGGAGAGTGCATCAGATCCTCTGAACTGCTGTTA  240

seq1  CTGATAGTTGTGAGCCAGCTCAAAGGTGCTGGGAAATGAACCCAAGTTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGTTGTGAGCCAGCTCAAAGGTGCTGGGAAATGAACCCAAGTTCT  290

seq1  CTGTAGGAGTAGCCAAGATGGCCTAATGCTAAGCCATCTCCTTGACATTG  349
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGAGTAGCCAAGATGGCATAATGCTAAGCCATCTCCTTGACATTG  340

seq1  GTTATAAGTATTTAAGACATGTTCTATGTGATAACAGCAATAACAGTTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAAGTATTTAAGACATGTTCTATGTGATAACAGCAATAACAGTTTT  390

seq1  TATAAATGATTAAATTCAAATTACTTGGAACCTACTCATAGGAAGAGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATGATTAAATTCAAATTACTTGGAACCTACTCATAGGAAGAGCTT  440

seq1  TCCATAATCAGTGACTAGCTTAGGTCTTGTAGACAAAGCTATGTAGATGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAATCAGTGACTAGCTTAGGTCTTGTAGACAAAGCTATGTAGATGC  490

seq1  TATGTCACAGAACTGTTTTCATTCATGAAGTTTATGTGAGCAGTTTCTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACAGAACTGTTTTCATTCATGAAGTTTATGTGAGCAGTTTCTCT  540

seq1  TAATGCCCGGTAGTATCACTGAAGTAAATAGCACACAAGGATAGAGCAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCCGGTAGTATCACTGAAGTAAATAGCACACAAGGATAGAGCAGC  590

seq1  CCCCTAAAGGCTTTTCTTGTGCACGCCCGACTAGCCAGCAAGAACAACGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAAAGGCTTTTCTTGTGCACGCCCGACTAGCCAGCAAGAACAACGC  640

seq1  TGCAACAGGATCCTTCTGCACACGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGCAGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAGGATCCTTCTGCACACGTTTATTGGGAGAGCTTGATTGCAGAG  690

seq1  GCAAAGAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTATATAGGCCTAGGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGACCCCAAGCCCAGAACTGGTGCTGCTTATATAGGCCTAGGAG  740

seq1  AGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGCATGGGTTATGCTTACCACCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGTGTCTCACACCCGGATTGGTTATGCATGGGTTATGCTTACCACCT  790

seq1  CATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTAACATGTCTCTCATCTAATTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCATGTCTCACATCTGATTGGTTAACATGTCTCTCATCTAATTGG  840

seq1  TTAACTTGTCTCTCATCTGATTGGTTAACTTGTCTCTCATCTGATTGGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTGTCTCTCATCTGATTGGTTAACTTGTCTCTCATCTGATTGGTT  890

seq1  AATTTGTCTCTTATCTGATTGGTTAACTCTCAAAACCTCATCTTGGCAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTCTCTTATCTGATTGGTTAACTCTCAAAACCTCATCTTGGCAAA  940

seq1  AAAAAAACTTTATTGCCTATATATGCGTGGTGGCCAGCGGTAGCCAGTGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACTTTATTGCCTATATATGCGTGGTGGCCAGCGGTAGCCAGTGC  990

seq1  CACCCTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACAGGCTTCAGTAAGAGTTCTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGCAACGGCACATGTGGCTTCCCACAGGCTTCAGTAAGAGTTCTG  1040

seq1  ATGTAACACATACAATGCCCTCAACTCTTGGTGAAATCATCCAGCCCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACACATACAATGCCCTCAACTCTTGGTGAAATCATCCAGCCCTGT  1090

seq1  GCTCTCTGTTTAGGGACGCTTTGGACCTGGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGTTTAGGGACGCTTTGGACCTGGAATTC  1125

seq1: chr9_24063843_24064521
seq2: B6Ng01-134M11.g_71_749

seq1  GAATTCTTTGGTGAAGTTTAAGGTTTATGGTTGTTCTTTTGAGTTCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGTGAAGTTTAAGGTTTATGGTTGTTCTTTTGAGTTCTGAA  50

seq1  TCCTGTAATTCATATAGTTAATTCTTCTTGAAGATAATTTCTATAGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAATTCATATAGTTAATTCTTCTTGAAGATAATTTCTATAGGAAT  100

seq1  AATGGATTTAGGAAATATATAATTTTGGCCTTTTTATTGTGTGTTTTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTTAGGAAATATATAATTTTGGCCTTTTTATTGTGTGTTTTGGC  150

seq1  TATGTGATTTTTGTCTTTGTGGGTCTGATATAAAATATTTTAAATGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATTTTTGTCTTTGTGGGTCTGATATAAAATATTTTAAATGTGTA  200

seq1  AACTAACTACAGACACATATAAAAATACACTATGATGAAGTTAGATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACTACAGACACATATAAAAATACACTATGATGAAGTTAGATTTAT  250

seq1  CATAGAGATTTGAGTGCATAATTCAATAAATGTAATAAATAATATTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGATTTGAGTGCATAATTCAATAAATGTAATAAATAATATTAATA  300

seq1  AAATTAAAGACAAAAACTACATAATCTCAATAGGTGCAAAAAAAAAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGACAAAAACTACATAATCTCAATAGGTGCAAAAAAAAAAACC  350

seq1  GTTTTGATGAAATATCCAACATACCCTCAGGGAAAAAAGTTTTAGATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGATGAAATATCCAACATACCCTCAGGGAAAAAAGTTTTAGATAGA  400

seq1  GTAGGATTGGAGGAAGCATACCTCAACATAATAATGACCATATATGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATTGGAGGAAGCATACCTCAACATAATAATGACCATATATGGCAA  450

seq1  ACCCACAGGCAAGATCATCTTAAATGAATAAAACCTCAAAGCAACCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGGCAAGATCATCTTAAATGAATAAAACCTCAAAGCAACCCCAT  500

seq1  TAAAATCATTAATGAGCCATGGCTGTCCATTTATCCACTATTGCCACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCATTAATGAGCCATGGCTGTCCATTTATCCACTATTGCCACTTT  550

seq1  TTTTCAATATAGTCCTTAAAGCACTAGCTGGAGCAATTAGAAAAGAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATATAGTCCTTAAAGCACTAGCTGGAGCAATTAGAAAAGAGAAA  600

seq1  GAAATTAAGGGATATATATTGGAAAGGAGCTATTCACATTATCCCTGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAAGGGATATATATTGGAAAGGAGCTATTCACATTATCCCTGTCT  650

seq1  CCAAATGATATATTAAACACAGAAATACC  679
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGATATATTAAACACAGAAATACC  679