BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135E10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 56,689,917 - 56,851,995
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdf3l1, Cspg4, Sh3px3, Imp3, Snupn, Ptpn9
Upstream geneZfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995, LOC665005, Rcn2, Pstpip1, Tspan3, C230081A13Rik, Hmg20a, LOC100039535, LOC100039549, LOC640537, Lingo1
Downstream gene2700012I20Rik, Sin3a, Man2c1, Neil1, Commd4, 1700041C23Rik, Trcg1, 1700017B05Rik, EG330948, Ppcdc, Scamp5, D9Wsu149, LOC620603, Rpp25, Cox5a, 2310046O06Rik, Mpi1, Scamp2, Ulk3, Cplx3, Lman1l, Csk, Cyp1a2, Cyp1a1, Edc3, Clk3, Arid3b, LOC665235, LOC677423, LOC100039509, Ubl7, Sema7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135E10.bB6Ng01-135E10.g
ACCDH935358DH935359
length1,1171,089
definitionDH935358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135E10, 5' end.DH935359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135E10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,689,917 - 56,691,038)(56,850,888 - 56,851,995)
sequence
gaattctgtgtgaaaagtcagagccatttgctgagggacacataggacag
accactgtggcctctggccacaggtcccacagaatctcagatactgcaca
ctcatgatcccaaagtgcacacatatggcctcagtgtgctttaggtcaga
acactgaaggacccagctggagcctatatctggacagaggtggctcagaa
tgccctaagtcttctctgagagaggaagctctgcactcctgggaggctgc
ctgaggccctgccatgacctaggctcctccccatgctcatctattctgcc
caggagagaaaagcctctcccacagccctaaatgtctctgccctccaaga
ggctggtgtgaatcacaggaatttacagccagcctagagtgggatttatg
agtctgcctgaagccccggcagtgaggaggggctgcctgtcagcccccca
ttgccgctgattgatgaggctgtttcctgccaagaaaaactcccctctga
ggttggcagtgaggagaagactcccaggaacaagctccagacctgaatgt
gcccacactcacagaccagcttccccacacacccccattctcaacatcgc
tatgcaagcttggcaggactagcgtgatacaagtcaggtcttccactttc
tcaacctcggacccatgccttagaagctgttcaactgaacgtgctgagtc
cagaaccagaacagacctctgagaagtccagaacatgtatagacacacac
acatgcacacatagacacacatacagacacatgcatgcacatgctcaact
atgtgcacatacacatgtatacacacatatacatatgtgtgcacacgcac
acacacatatgcacatgaacatacaccatgcacaggcacacatgcataca
catacacacatatacatacacatgcacagatatgcacacatacatgcaca
tagacacacatacagacacatgcatgcatactccacaacacatggtgcac
cacataaatataacatacatgcacacacacatgcacagaccccaccgcac
accatagaccacatatcacccttatacaaccctacccgaaatgcacacat
gaaccaatcacaaattc
gaattctttctaaagcaggaagcagacacagctgattccaggtccccagc
ccagaaaagtgcaggcctagtaaagtgtgacaggagcttcttcccaaact
ccaaagaagcagaacaaaaactagcaattactccagtagttaggaaataa
ctgaaagagttggttttattttgttttttaagagtctcactatgtagccc
aggttatcctcaaacccagccctttctcatacaaaacaaatgccctgcta
ctctgaagttcctcccagtctttctgatgagctgttatatgaaggtatgc
agagagaaaatgttctagtaattaatcaagaaaaataaaatatgctatca
tctaaagttttaaagcaggatgaaaataggaaatgtaaaataactgataa
aagaccagagttagggctcagttccagagtattgagactgtaatgagaca
gtctctctgatatacaatgaggcaggcctatatattttccaagaagataa
agccatagttagaaaagtttattccaatatactaatcctgtcaggtgtgg
aagctcacacctggaactgaagctctaaggtctgtaaataataggtcaca
ttctaggaaaaaaacctgtgggtgcttaataattacaaaactcttaattc
caaaactcaggctccaaaattttaagagtaaaattcatatttcactctta
tttccaaatatacttaaacccaaataacatctcacctaattgctgattac
atacttagtaatgcagtaataggctgagaattcttcacctttccttccat
ttctttcctgtgttctacataggcgatgtctcggaaaagcctcaatttaa
catcatgaatcatttggtccttgacgtctggttccttccagggggacaga
tgacatttagcacaggacatggaagtctgtgggaaaggaaagttcttagc
tacagaaagacaacctctgaccttgggaaaaggcaaaatctttgagtctc
attacagcagttaatattactttagcaggcggtgctatacatgcctttaa
tcccagctctaggaggcaggcaggatctctgggagttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_56689917_56691038
seq2: B6Ng01-135E10.b_46_1162

seq1  GAATTCTGTGTGAAAAGTCAGAGCCATTTGCTGAGGGACACATAGGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGAAAAGTCAGAGCCATTTGCTGAGGGACACATAGGACAG  50

seq1  ACCACTGTGGCCTCTGGCCACAGGTCCCACAGAATCTCAGATACTGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGTGGCCTCTGGCCACAGGTCCCACAGAATCTCAGATACTGCACA  100

seq1  CTCATGATCCCAAAGTGCACACATATGGCCTCAGTGTGCTTTAGGTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGATCCCAAAGTGCACACATATGGCCTCAGTGTGCTTTAGGTCAGA  150

seq1  ACACTGAAGGACCCAGCTGGAGCCTATATCTGGACAGAGGTGGCTCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAAGGACCCAGCTGGAGCCTATATCTGGACAGAGGTGGCTCAGAA  200

seq1  TGCCCTAAGTCTTCTCTGAGAGAGGAAGCTCTGCACTCCTGGGAGGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTAAGTCTTCTCTGAGAGAGGAAGCTCTGCACTCCTGGGAGGCTGC  250

seq1  CTGAGGCCCTGCCATGACCTAGGCTCCTCCCCATGCTCATCTATTCTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCCCTGCCATGACCTAGGCTCCTCCCCATGCTCATCTATTCTGCC  300

seq1  CAGGAGAGAAAAGCCTCTCCCACAGCCCTAAATGTCTCTGCCCTCCAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGAAAAGCCTCTCCCACAGCCCTAAATGTCTCTGCCCTCCAAGA  350

seq1  GGCTGGTGTGAATCACAGGAATTTACAGCCAGCCTAGAGTGGGATTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGTGTGAATCACAGGAATTTACAGCCAGCCTAGAGTGGGATTTATG  400

seq1  AGTCTGCCTGAAGCCCCGGCAGTGAGGAGGGGCTGCCTGTCAGCCCCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGCCTGAAGCCCCGGCAGTGAGGAGGGGCTGCCTGTCAGCCCCCCA  450

seq1  TTGCCGCTGATTGATGAGGCTGTTTCCTGCCAAGAAAAACTCCCCTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGCTGATTGATGAGGCTGTTTCCTGCCAAGAAAAACTCCCCTCTGA  500

seq1  GGTTGGCAGTGAGGAGAAGACTCCCAGGAACAAGCTCCAGACCTGAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCAGTGAGGAGAAGACTCCCAGGAACAAGCTCCAGACCTGAATGT  550

seq1  GCCCACACTCACAGACCAGCTTCCCCACACACCCCCATTCTCAACATCGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACTCACAGACCAGCTTCCCCACACACCCCCATTCTCAACATCGC  600

seq1  TATGCAAGCTTGGCAGGACTAGCGTGATACAAGTCAGGTCTTCCACTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGCTTGGCAGGACTAGCGTGATACAAGTCAGGTCTTCCACTTTC  650

seq1  TCAACCTCGGACCCATGCCTTAGAAGCTGTTCAACTGAACGTGCTGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTCGGACCCATGCCTTAGAAGCTGTTCAACTGAACGTGCTGAGTC  700

seq1  CAGAACCAGAACAGACCTCTGAGAAGTCCAGAACATGTATAGACACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCAGAACAGACCTCTGAGAAGTCCAGAACATGTATAGACACACAC  750

seq1  ACATGCACACATAGACACACATACAGACACATGCATGCACATGCTCAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACATAGACACACATACAGACACATGCATGCACATGCTCAACT  800

seq1  ATGTGCACATACACATGTATACACACATATACATATGTGTGCACACGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCACATACACATGTATACACACATATACATATGTGTGCACACGCAC  850

seq1  ACACACATATGCACATGAACATACA-CATGCACAGGCACACATGCATACA  899
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATATGCACATGAACATACACCATGCACAGGCACACATGCATACA  900

seq1  CATACACACATATACATACACATGCACAGATATGCACACATACATGCACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACATATACATACACATGCACAGATATGCACACATACATGCACA  950

seq1  TAGACACACATACAGACACATGCATGCATACACACACAAACACAT-GTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||
seq2  TAGACACACATACAGACACATGCATGCATACTC-CAC-AACACATGGTGC  998

seq1  A-CACATAAATATACACATACATGCACACACACATGCACAGACACACACG  1047
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   ||
seq2  ACCACATAAATATA-ACATACATGCACACACACATGCACAGACCCCACCG  1047

seq1  CACACACATAGACACACATA-CACACATATACATACACATACACAGATAT  1096
      ||||| ||||||| |||||| ||| | |||||| || | ||| | || ||
seq2  CACAC-CATAGAC-CACATATCACCCTTATACA-AC-CCTAC-CCGAAAT  1092

seq1  GCACACATGAACACATACACAAATTC  1122
      |||||||||||| ||  |||||||||
seq2  GCACACATGAAC-CAATCACAAATTC  1117

seq1: chr9_56850888_56851995
seq2: B6Ng01-135E10.g_68_1156 (reverse)

seq1  TGAACTCACAGAGATCCACTTGCCTCTGCCTCCCTAGAGCTGGGATTAAA  50
      ||||||| |||||||||   |||  |||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCCCAGAGATCC---TGC--CTGCCT-CCTAGAGCTGGGATTAAA  44

seq1  GGCATGTATTAGCACCGCCTGGCTAAAGTTAAATATTTAACTGCTGTAAT  100
      |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  GGCATGTA-TAGCACCGCCT-GCTAAAGT--AATA-TTAACTGCTGTAAT  89

seq1  GAGGACTTCAAAGATTTTTGGCCCTTTTCCCAAGGTCAGAGGTTTGTCCT  150
      || ||| |||||||||||    |||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  GA-GAC-TCAAAGATTTT---GCCTTTTCCCAAGGTCAGAGG-TTGT-CT  132

seq1  TTCTTGTAGCTAAGAACTTTCCTTTCCCACAGACTTCCATGTCCTGTGCT  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTC-TGTAGCTAAGAACTTTCCTTTCCCACAGACTTCCATGTCCTGTGCT  181

seq1  AAATGTCATCTGTCCCCCTGGAAGGAACCAGACGTCAAGGACCAAATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCATCTGTCCCCCTGGAAGGAACCAGACGTCAAGGACCAAATGAT  231

seq1  TCATGATGTTAAATTGAGGCTTTTCCGAGACATCGCCTATGTAGAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGTTAAATTGAGGCTTTTCCGAGACATCGCCTATGTAGAACACA  281

seq1  GGAAAGAAATGGAAGGAAAGGTGAAGAATTCTCAGCCTATTACTGCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAAATGGAAGGAAAGGTGAAGAATTCTCAGCCTATTACTGCATTA  331

seq1  CTAAGTATGTAATCAGCAATTAGGTGAGATGTTATTTGGGTTTAAGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTATGTAATCAGCAATTAGGTGAGATGTTATTTGGGTTTAAGTATA  381

seq1  TTTGGAAATAAGAGTGAAATATGAATTTTACTCTTAAAATTTTGGAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAAATAAGAGTGAAATATGAATTTTACTCTTAAAATTTTGGAGCCT  431

seq1  GAGTTTTGGAATTAAGAGTTTTGTAATTATTAAGCACCCACAGGTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTGGAATTAAGAGTTTTGTAATTATTAAGCACCCACAGGTTTTTT  481

seq1  TCCTAGAATGTGACCTATTATTTACAGACCTTAGAGCTTCAGTTCCAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAATGTGACCTATTATTTACAGACCTTAGAGCTTCAGTTCCAGGT  531

seq1  GTGAGCTTCCACACCTGACAGGATTAGTATATTGGAATAAACTTTTCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTTCCACACCTGACAGGATTAGTATATTGGAATAAACTTTTCTAA  581

seq1  CTATGGCTTTATCTTCTTGGAAAATATATAGGCCTGCCTCATTGTATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCTTTATCTTCTTGGAAAATATATAGGCCTGCCTCATTGTATATC  631

seq1  AGAGAGACTGTCTCATTACAGTCTCAATACTCTGGAACTGAGCCCTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACTGTCTCATTACAGTCTCAATACTCTGGAACTGAGCCCTAACT  681

seq1  CTGGTCTTTTATCAGTTATTTTACATTTCCTATTTTCATCCTGCTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTTTATCAGTTATTTTACATTTCCTATTTTCATCCTGCTTTAAA  731

seq1  ACTTTAGATGATAGCATATTTTATTTTTCTTGATTAATTACTAGAACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGATGATAGCATATTTTATTTTTCTTGATTAATTACTAGAACATT  781

seq1  TTCTCTCTGCATACCTTCATATAACAGCTCATCAGAAAGACTGGGAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTGCATACCTTCATATAACAGCTCATCAGAAAGACTGGGAGGAA  831

seq1  CTTCAGAGTAGCAGGGCATTTGTTTTGTATGAGAAAGGGCTGGGTTTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGTAGCAGGGCATTTGTTTTGTATGAGAAAGGGCTGGGTTTGAG  881

seq1  GATAACCTGGGCTACATAGTGAGACTCTTAAAAAACAAAATAAAACCAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTGGGCTACATAGTGAGACTCTTAAAAAACAAAATAAAACCAAC  931

seq1  TCTTTCAGTTATTTCCTAACTACTGGAGTAATTGCTAGTTTTTGTTCTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGTTATTTCCTAACTACTGGAGTAATTGCTAGTTTTTGTTCTGC  981

seq1  TTCTTTGGAGTTTGGGAAGAAGCTCCTGTCACACTTTACTAGGCCTGCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGAGTTTGGGAAGAAGCTCCTGTCACACTTTACTAGGCCTGCAC  1031

seq1  TTTTCTGGGCTGGGGACCTGGAATCAGCTGTGTCTGCTTCCTGCTTTAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGGCTGGGGACCTGGAATCAGCTGTGTCTGCTTCCTGCTTTAGA  1081

seq1  AAGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1089