BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135L06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 118,006,867 - 118,140,020
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2010110K16Rik
Upstream geneRbms3, LOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2
Downstream geneEomes, Golga4, Itga9, LOC100039768, Ctdspl, Vill, Plcd1, Dlec1, Acaa1b, EG546165, Slc22a14, Slc22a13, 9330176C04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135L06.bB6Ng01-135L06.g
ACCDH935674DH935675
length7731,149
definitionDH935674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135L06, 5' end.DH935675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,139,248 - 118,140,020)(118,006,867 - 118,008,022)
sequence
gaattccctcccagtgagttgctgcttacaagatatttatttacagtcta
gccaaatataaactccgtacattcatgtgcatatgcagatatagaggcag
cctgtgtgtgtaggccaaagatcattttatggtgtcgttcctcaggctgt
gcttaccttagtttttgagacagggtttctcactaggtccatggctcgtg
gactgagcaaagatggctggccatcaatccccagagagctgccggtctct
gcctctgcagggctgatacacacgtgtatcatcatgcctggatttttact
tgggtgctggagactgattccagttcttctgtggtaagcagttcccagat
cacactctgatttaagacatcagatccctactatagctcaggctgtctgc
aaaattgctagtagctctgaccggcttcaaactggaaatccacaggcgtg
acacaaactctttaattaaagatgtctgccacagaacagatattttgact
tataagacacagatgaacaggcaattcggtccacactaaacacagggttg
tgatgtccggatgcttcaaggtagcaaaccccatatgcatttgaaagtat
cccccggagatacctttccagtagagttccactggcagagttaaagaaaa
atcacacatgaagatactgaaaatcctgcagagaaaaagaaatctaccta
tcacctatgtatgaatctatgtttatatgtatgtatatatgtatgtatgt
agtatgtatatatgtagtatgtg
gaattcagttgacaatcttaggagtgtggttagctcagagaggtttttaa
aacagtgataatggaaaataagcaagatggatcaaaaatactacattgac
ggtggggcgggcaatacgtttatggtttcaaaaaataatgtcagtgctag
ccagtcaatcggtactgttcaaaattaaaatacacaattaaaacagacat
attcaccacgcttaccaatgggtttcataatattttcatgattgaggcca
gtactattccttaagtaaacacaaaaacattaaaatattctttaatgatg
cgtagagcactccaagttttgtattttaaaaacttaaatgtacagttaac
tatgctatagactatatctgtttaaactgaaaaccaaaaaagtaaggcca
cctcaaagaatctaaaaattagaagtggcttaaatatttcagtgaataaa
gggcacttgtcaacaatttaaaagaaaatagagagattaaaaacagcatg
gtctgaaacagactcctaagccaatgttctctgtgaaagcccttactcaa
gcagtccatattatgtgtgaccatagcttgctatagcttataacctataa
tcacagtcaggacttctagacagaatcttatcacatccatagaaggatgt
gagcatgcacacttaaaacttggaaactgtaaagctgggataaaaaacaa
aaacctctgttggggattgaatgtaggctattcctttaaaagttggaaca
cacactctagtaatcagaaagacatagccttatagatttagcatgtaaga
atattcattgcaactcttttaacacaaagctacttttccccggcagtcag
ctaaaggttaatttttcctcttagtcatgatttgatgtttagattccttt
gtttcaatattctaagatttattcaggacacgggcatcttgtgttcagat
tttctttttactactaattataaactaaaatattttcaattagatcctga
aaagatctacaatttttcagaagcttcttaatgccttatgttcaactcac
gtgttagagaaggggcagggatgcagacggcaccagcctgccatcctgca
ggacggctcttatttttcccacgggttggagaagaaagtaaagggtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_118139248_118140020
seq2: B6Ng01-135L06.b_41_813 (reverse)

seq1  CACATACTACATATATACATACTACATACATACATATATACATACATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTACATATATACATACTACATACATACATATATACATACATATA  50

seq1  AACATAGATTCATACATAGGTGATAGGTAGATTTCTTTTTCTCTGCAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGATTCATACATAGGTGATAGGTAGATTTCTTTTTCTCTGCAGGA  100

seq1  TTTTCAGTATCTTCATGTGTGATTTTTCTTTAACTCTGCCAGTGGAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTATCTTCATGTGTGATTTTTCTTTAACTCTGCCAGTGGAACTC  150

seq1  TACTGGAAAGGTATCTCCGGGGGATACTTTCAAATGCATATGGGGTTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAAAGGTATCTCCGGGGGATACTTTCAAATGCATATGGGGTTTGC  200

seq1  TACCTTGAAGCATCCGGACATCACAACCCTGTGTTTAGTGTGGACCGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAAGCATCCGGACATCACAACCCTGTGTTTAGTGTGGACCGAAT  250

seq1  TGCCTGTTCATCTGTGTCTTATAAGTCAAAATATCTGTTCTGTGGCAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTCATCTGTGTCTTATAAGTCAAAATATCTGTTCTGTGGCAGAC  300

seq1  ATCTTTAATTAAAGAGTTTGTGTCACGCCTGTGGATTTCCAGTTTGAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAATTAAAGAGTTTGTGTCACGCCTGTGGATTTCCAGTTTGAAGC  350

seq1  CGGTCAGAGCTACTAGCAATTTTGCAGACAGCCTGAGCTATAGTAGGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCAGAGCTACTAGCAATTTTGCAGACAGCCTGAGCTATAGTAGGGAT  400

seq1  CTGATGTCTTAAATCAGAGTGTGATCTGGGAACTGCTTACCACAGAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTCTTAAATCAGAGTGTGATCTGGGAACTGCTTACCACAGAAGAA  450

seq1  CTGGAATCAGTCTCCAGCACCCAAGTAAAAATCCAGGCATGATGATACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATCAGTCTCCAGCACCCAAGTAAAAATCCAGGCATGATGATACAC  500

seq1  GTGTGTATCAGCCCTGCAGAGGCAGAGACCGGCAGCTCTCTGGGGATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATCAGCCCTGCAGAGGCAGAGACCGGCAGCTCTCTGGGGATTGA  550

seq1  TGGCCAGCCATCTTTGCTCAGTCCACGAGCCATGGACCTAGTGAGAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAGCCATCTTTGCTCAGTCCACGAGCCATGGACCTAGTGAGAAACC  600

seq1  CTGTCTCAAAAACTAAGGTAAGCACAGCCTGAGGAACGACACCATAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAAACTAAGGTAAGCACAGCCTGAGGAACGACACCATAAAAT  650

seq1  GATCTTTGGCCTACACACACAGGCTGCCTCTATATCTGCATATGCACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTGGCCTACACACACAGGCTGCCTCTATATCTGCATATGCACATG  700

seq1  AATGTACGGAGTTTATATTTGGCTAGACTGTAAATAAATATCTTGTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTACGGAGTTTATATTTGGCTAGACTGTAAATAAATATCTTGTAAGC  750

seq1  AGCAACTCACTGGGAGGGAATTC  773
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTCACTGGGAGGGAATTC  773

seq1: chr9_118006867_118008022
seq2: B6Ng01-135L06.g_70_1218

seq1  GAATTCAGTTGACAATCTTAGGAGTGTGGTTAGCTCAGAGAGGTTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGACAATCTTAGGAGTGTGGTTAGCTCAGAGAGGTTTTTAA  50

seq1  AACAGTGATAATGGAAAATAAGCAAGATGGATCAAAAATACTACATTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGATAATGGAAAATAAGCAAGATGGATCAAAAATACTACATTGAC  100

seq1  GGTGGGGCGGGCAATACGTTTATGGTTTCAAAAAATAATGTCAGTGCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGCGGGCAATACGTTTATGGTTTCAAAAAATAATGTCAGTGCTAG  150

seq1  CCAGTCAATCGGTACTGTTCAAAATTAAAATACACAATTAAAACAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAATCGGTACTGTTCAAAATTAAAATACACAATTAAAACAGACAT  200

seq1  ATTCACCACGCTTACCAATGGGTTTCATAATATTTTCATGATTGAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCACGCTTACCAATGGGTTTCATAATATTTTCATGATTGAGGCCA  250

seq1  GTACTATTCCTTAAGTAAACACAAAAACATTAAAATATTCTTTAATGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATTCCTTAAGTAAACACAAAAACATTAAAATATTCTTTAATGATG  300

seq1  CGTAGAGCACTCCAAGTTTTGTATTTTAAAAACTTAAATGTACAGTTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGAGCACTCCAAGTTTTGTATTTTAAAAACTTAAATGTACAGTTAAC  350

seq1  TATGCTATAGACTATATCTGTTTAAACTGAAAACCAAAAAAGTAAGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATAGACTATATCTGTTTAAACTGAAAACCAAAAAAGTAAGGCCA  400

seq1  CCTCAAAGAATCTAAAAATTAGAAGTGGCTTAAATATTTCAGTGAATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAGAATCTAAAAATTAGAAGTGGCTTAAATATTTCAGTGAATAAA  450

seq1  GGGCACTTGTCAACAATTTAAAAGAAAATAGAGAGATTAAAAACAGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTTGTCAACAATTTAAAAGAAAATAGAGAGATTAAAAACAGCATG  500

seq1  GTCTGAAACAGACTCCTAAGCCAATGTTCTCTGTGAAAGCCCTTACTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAACAGACTCCTAAGCCAATGTTCTCTGTGAAAGCCCTTACTCAA  550

seq1  GCAGTCCATATTATGTGTGACCATAGCTTGCTATAGCTTATAACCTATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCATATTATGTGTGACCATAGCTTGCTATAGCTTATAACCTATAA  600

seq1  TCACAGTCAGGACTTCTAGACAGAATCTTATCACATCCATAGAAGGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCAGGACTTCTAGACAGAATCTTATCACATCCATAGAAGGATGT  650

seq1  GAGCATGCACACTTAAAACTTGGAAACTGTAAAGCTGGGATAAAAAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGCACACTTAAAACTTGGAAACTGTAAAGCTGGGATAAAAAACAA  700

seq1  AAACCTCTGTTGGGGATTGAATGTAGGCTATTCCTTTAAAAGTTGGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTGTTGGGGATTGAATGTAGGCTATTCCTTTAAAAGTTGGAACA  750

seq1  CACACTCTAGTAATCAGAAAGACATAGCCTTATAGATTTAGCATGTAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTAGTAATCAGAAAGACATAGCCTTATAGATTTAGCATGTAAGA  800

seq1  ATATTCATTGCAACTCTTTTAACACAAAGCTACTTTT-CCCGGCAGTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATATTCATTGCAACTCTTTTAACACAAAGCTACTTTTCCCCGGCAGTCAG  850

seq1  CTAAAGTTTAATTTTTCCTCTTAGTCATGATTAAATGTTTAGATTCC-TT  898
      |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||
seq2  CTAAAGGTTAATTTTTCCTCTTAGTCATGATTTGATGTTTAGATTCCTTT  900

seq1  GTTTCAATATTCTAAGATTTATTCAGGACAC-GGCATCTGTGGTTCAAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||   
seq2  GTTTCAATATTCTAAGATTTATTCAGGACACGGGCATCTTGTGTTCAGAT  950

seq1  TTTCTTTTTACTACTAATTATAAAACTTAAAATTATTTTCAATTAGATCC  997
      ||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTTACTACTAATTAT-AAACT--AAAATATTTTCAATTAGATCC  997

seq1  TTGAAAAGATCTACAATTTTCCAAGAAAGCTCTTAATGCCTTATGTTCAA  1047
       ||||||||||||||||||| | ||||   ||||||||||||||||||||
seq2  -TGAAAAGATCTACAATTTTTC-AGAAGCTTCTTAATGCCTTATGTTCAA  1045

seq1  CTCACGGTGGTAGAAGGAAAGGGGCAGGGGATGCAGACGGCACCAGCCCT  1097
      ||||| ||| ||||    |||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCAC-GTGTTAGA---GAAGGGGCA-GGGATGCAGACGGCACCAG-CCT  1089

seq1  GCCCATCCTGCAGGACGGCCTCTATTTTTACCACGGGTTGGAG-AGAAAG  1146
      | |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  G-CCATCCTGCAGGACGGCTCTTATTTTTCCCACGGGTTGGAGAAGAAAG  1138

seq1  TAAA-TGTATT  1156
      ||||  |||||
seq2  TAAAGGGTATT  1149