BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142L03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 120,867,846 - 121,042,163
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnnb1, Ulk4
Upstream geneTtc21a, Axud1, Cmya1, Cx3cr1, Ccr8, Slc25a38, Rpsa, Snora62, EG546166, Mobp, LOC100039898, Myrip, LOC666044, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010
Downstream geneTrak1, Cck, Lyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142L03.bB6Ng01-142L03.g
ACCDH940825DH940826
length1,2191,086
definitionDH940825|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142L03, 5' end.DH940826|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142L03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,040,432 - 121,042,163)(120,867,846 - 120,868,938)
sequence
gaattctttgggtttttggaagataaaagtgtgttaaaactgtgggaact
tcaaccctggcatctttgtgtaagtatgtgaaaaatatattacacactca
ggtgcacacaaacacacacacacttccacacatgcacacgtatgtatata
cacacacacacttcttggtgaagtgcatgcacacacatgcacacactccc
acacatacacacatgtacacacacacacacacaacttggcgagactcttg
cagtcctctgtaagtgcattaggaagcgtggcaggaaagagcagatgttt
gaaggagaaaccccaccaccaccactgctttcgggtcgatgacacatcat
cctgtaactaaacattagaaagccatttcattgtgaagctgactcactga
acaaataatttgaaatgcagcttgatgttggagatttttaatttaaaatg
actgtcactggctcactagactggtaaattatataaacgaaaaagctttg
tttatagtcaactactcattcagtcagaataaatataaaatctaaaactc
ctagccagtatttttgggaggctaagcaagtgtgcccttggctgggtgtg
tacccccagttcagtgtgtgcacccccagttcagtgtgtgcacccccagt
tcagggtgtgcaccccagttcagtgtgtgcacttccagcccagtgtgtgc
acccctagctcagtgtgtgcacctctagctctgtgtatgcaccccagctc
agtatgtgcacccccagctcagggtgtgcaccccagttcagtgtgtgcac
ctccagcccagtgtgtgcacccctagctcagtgtgtgcacctctagctct
gtgtatgcaccccagctcagtatgtgcaccctcagctcagtgtgcgcacc
tccagctcagtgtatgccccccagcccagtgtgtgcaccctcagctcagt
gtgtgcactccagctcagtgtatgcaccccagctcagtatgtgcacctca
gctcatgtgtgcacctcagctcagtgtgtgcacctcagctctgtgtgtgc
ccccagctcagtgtgtgcacgtcagctcatgggtgcacctcagctcaatg
tgtgcacctcagctttgtgtgtgcactcagctcatggtggcacttcagcc
tgtggtgaactcagccaagtggtgaccttcctcaagtgaccctagctagg
tgcactccagcctgtgtgt
gaattccagagtcagcagcagtgtggagcacagggagcttggccatggcc
tgctgccaatgcatactcctgccagccgtcgcctggcttttcgttggtca
cacaacccttcatcataccttttgtcttggagaaggaacagggagggtat
gggagtacggtggtctaggatgggtgattcatagctgatctatcagagtt
ttttgggaaattaccaaatttgagctgcataaggtgctgttgctatcatc
actctatcccagaggctttatccaaggagctgtgcaacaccttggcttct
catctgatctgtgacaggcagatcagactttcattctcaggaggtcaggc
acagtaagctgctgccactgctgcatgctctgccgggatcagaatcaagt
gtgaaggcacactgctgctggtgtgtggtagatagtctcaggaactgtgt
gaggcctggctttgtgtaattacttagaagagaagcctagaaagcagtgt
tcctggcaagatgtccttaccacagttaatcagtctctcctctttccttt
gcccatcttgtggacaccctgactcctacagatcccagctaccgttcttt
tcactctggtggatacggccaggatgccttggggatggaccctatgatgg
agcatgagatgggtggccaccaccctggtgctgactatccagttgatggg
ctgcctgatctgggacacgcccaggacctcatggatgggctgcccccagg
tgatagcaatcagctggcctggtttgatactgacctgtaaatcgtccttt
aggtaagaaagcttataaaagccagtgtgggtgaatacttttactctgcc
tgcagaactccagaaagacttggtagggtgggaatggtttaggcctgttt
gtaaatctgccaccaaacagatacataccttggaaggagatgttcatgtt
gtgaagtttctccacgttgatgtttttgccacagctttggcagcgtatat
ctcagatgagtaacattttgctgtttcacattaaggcagcctttcctcta
tcagctgtagtgctgaacggcatgggattgcctgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_121040432_121042163
seq2: B6Ng01-142L03.b_48_1266 (reverse)

seq1  ACACACAGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGGAGGTGCACACACAGAG  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGC  100
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGCTGGAGGTGCACACACTGAG  150
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTGAGGGTGCACACACAGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGC  200
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACACTGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACAGAG  250
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CTGGAGGTGCACACACTGAGCTGGAGGTACACACACTGAGCTGAGGGTGC  300
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  ACACACTGAGCTGAGGGTGCACATACTGAGCTGGGGTGCACACACTGAGC  350
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACAGAGCTGGAGGTGCA  400
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  CACACTGAGCTGGGGGAGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGC  450
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  TGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACAGAGCTGGAGGTGCA  500
                                   |||||||| |||||| |||||
seq2  -----------------------------ACACACAG-GCTGGA-GTGCA  19

seq1  CACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGC  550
      |   || |||| |||||   |||  ||||  | |||| ||| ||||  ||
seq2  C---CT-AGCT-AGGGT---CAC-TTGAG--GAAGGT-CAC-CACTTGGC  56

seq1  TGAGGGTGCACACACAGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGGAGGTGCA  600
      |||  || ||| ||||| ||| || |||| |||  |||||||   |||||
seq2  TGA--GTTCAC-CACAG-GCT-GAAGTGC-CACCATGAGCTG--AGTGCA  98

seq1  CACACAGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGC  650
      |||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||
seq2  CACACAAAGCT-GAGGTGCACACATTGAGCTGA-GGTGCACCCA-TGAGC  145

seq1  TGAGGGTGCACACACTGAGCTGGGGGGGCACACACAGAGCTGGAGGTGCA  700
      |||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGA-CGTGCACACACTGAGCT--GGGGGCACACACAGAGCT-GAGGTGCA  191

seq1  CACACTGAGCTGAGGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCACATACTGAGC  750
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACACTGAGCTGA-GGTGCACACA-TGAGCTGA-GGTGCACATACTGAGC  238

seq1  TGGGGTGCATACACTGAGCTGGAGGTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGCATACACTGAGCTGGA-GTGCACACACTGAGCTGAGGGTGCAC  287

seq1  ACACTGGGCTGGGGGGCATACACTGAGCTGGAGGTGCGCACACTGAGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGGCTGGGGGGCATACACTGAGCTGGAGGTGCGCACACTGAGCTG  337

seq1  AGGGTGCACATACTGAGCTGGGGTGCATACACAGAGCTAGAGGTGCACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGCACATACTGAGCTGGGGTGCATACACAGAGCTAGAGGTGCACAC  387

seq1  ACTGAGCTAGGGGTGCACACACTGGGCTGGAGGTGCACACACTGAACTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTAGGGGTGCACACACTGGGCTGGAGGTGCACACACTGAACTGG  437

seq1  GGTGCACACCCTGAGCTGGGGGTGCACATACTGAGCTGGGGTGCATACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACACCCTGAGCTGGGGGTGCACATACTGAGCTGGGGTGCATACAC  487

seq1  AGAGCTAGAGGTGCACACACTGAGCTAGGGGTGCACACACTGGGCTGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAGAGGTGCACACACTGAGCTAGGGGTGCACACACTGGGCTGGAA  537

seq1  GTGCACACACTGAACTGGGGTGCACACCCTGAACTGGGGGTGCACACACT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACACTGAACTGGGGTGCACACCCTGAACTGGGGGTGCACACACT  587

seq1  GAACTGGGGGTGCACACACTGAACTGGGGGTACACACCCAGCCAAGGGCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGGGTGCACACACTGAACTGGGGGTACACACCCAGCCAAGGGCA  637

seq1  CACTTGCTTAGCCTCCCAAAAATACTGGCTAGGAGTTTTAGATTTTATAT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCTTAGCCTCCCAAAAATACTGGCTAGGAGTTTTAGATTTTATAT  687

seq1  TTATTCTGACTGAATGAGTAGTTGACTATAAACAAAGCTTTTTCGTTTAT  1250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGACTGAATGAGTAGTTGACTATAAACAAAGCTTTTTCGTTTAT  737

seq1  ATAATTTACCAGTCTAGTGAGCCAGTGACAGTCATTTTAAATTAAAAATC  1300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTACCAGTCTAGTGAGCCAGTGACAGTCATTTTAAATTAAAAATC  787

seq1  TCCAACATCAAGCTGCATTTCAAATTATTTGTTCAGTGAGTCAGCTTCAC  1350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATCAAGCTGCATTTCAAATTATTTGTTCAGTGAGTCAGCTTCAC  837

seq1  AATGAAATGGCTTTCTAATGTTTAGTTACAGGATGATGTGTCATCGACCC  1400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATGGCTTTCTAATGTTTAGTTACAGGATGATGTGTCATCGACCC  887

seq1  GAAAGCAGTGGTGGTGGTGGGGTTTCTCCTTCAAACATCTGCTCTTTCCT  1450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGTGGTGGTGGTGGGGTTTCTCCTTCAAACATCTGCTCTTTCCT  937

seq1  GCCACGCTTCCTAATGCACTTACAGAGGACTGCAAGAGTCTCGCCAAGTT  1500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGCTTCCTAATGCACTTACAGAGGACTGCAAGAGTCTCGCCAAGTT  987

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTACATGTGTGTATGTGTGGGAGTGTGTGCATGTGT  1550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTACATGTGTGTATGTGTGGGAGTGTGTGCATGTGT  1037

seq1  GTGCATGCACTTCACCAAGAAGTGTGTGTGTGTATATACATACGTGTGCA  1600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCACTTCACCAAGAAGTGTGTGTGTGTATATACATACGTGTGCA  1087

seq1  TGTGTGGAAGTGTGTGTGTGTTTGTGTGCACCTGAGTGTGTAATATATTT  1650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGAAGTGTGTGTGTGTTTGTGTGCACCTGAGTGTGTAATATATTT  1137

seq1  TTCACATACTTACACAAAGATGCCAGGGTTGAAGTTCCCACAGTTTTAAC  1700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATACTTACACAAAGATGCCAGGGTTGAAGTTCCCACAGTTTTAAC  1187

seq1  ACACTTTTATCTTCCAAAAACCCAAAGAATTC  1732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTATCTTCCAAAAACCCAAAGAATTC  1219

seq1: chr9_120867846_120868938
seq2: B6Ng01-142L03.g_67_1152

seq1  GAATTCCAGAGTCAGCAGCAGTGTGGAGCACAGGGAGCTTGGCCATGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTCAGCAGCAGTGTGGAGCACAGGGAGCTTGGCCATGGCC  50

seq1  TGCTGCCAATGCATACTCCTGCCAGCCGTCGCCTGGCTTTTCGTTGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCAATGCATACTCCTGCCAGCCGTCGCCTGGCTTTTCGTTGGTCA  100

seq1  CACAACCCTTCATCATACCTTTTGTCTTGGAGAAGGAACAGGGAGGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCTTCATCATACCTTTTGTCTTGGAGAAGGAACAGGGAGGGTAT  150

seq1  GGGAGTACGGTGGTCTAGGATGGGTGATTCATAGCTGATCTATCAGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTACGGTGGTCTAGGATGGGTGATTCATAGCTGATCTATCAGAGTT  200

seq1  TTTTGGGAAATTACCAAATTTGAGCTGCATAAGGTGCTGTTGCTATCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGAAATTACCAAATTTGAGCTGCATAAGGTGCTGTTGCTATCATC  250

seq1  ACTCTATCCCAGAGGCTTTATCCAAGGAGCTGTGCAACACCTTGGCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATCCCAGAGGCTTTATCCAAGGAGCTGTGCAACACCTTGGCTTCT  300

seq1  CATCTGATCTGTGACAGGCAGATCAGACTTTCATTCTCAGGAGGTCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGATCTGTGACAGGCAGATCAGACTTTCATTCTCAGGAGGTCAGGC  350

seq1  ACAGTAAGCTGCTGCCACTGCTGCATGCTCTGCCGGGATCAGAATCAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGCTGCTGCCACTGCTGCATGCTCTGCCGGGATCAGAATCAAGT  400

seq1  GTGAAGGCACACTGCTGCTGGTGTGTGGTAGATAGTCTCAGGAACTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGCACACTGCTGCTGGTGTGTGGTAGATAGTCTCAGGAACTGTGT  450

seq1  GAGGCCTGGCTTTGTGTAATTACTTAGAAGAGAAGCCTAGAAAGCAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGGCTTTGTGTAATTACTTAGAAGAGAAGCCTAGAAAGCAGTGT  500

seq1  TCCTGGCAAGATGTCCTTACCACAGTTAATCAGTCTCTCCTCTTTCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCAAGATGTCCTTACCACAGTTAATCAGTCTCTCCTCTTTCCTTT  550

seq1  GCCCATCTTGTGGACACCCTGACTCCTACAGATCCCAGCTACCGTTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCTTGTGGACACCCTGACTCCTACAGATCCCAGCTACCGTTCTTT  600

seq1  TCACTCTGGTGGATACGGCCAGGATGCCTTGGGGATGGACCCTATGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGGTGGATACGGCCAGGATGCCTTGGGGATGGACCCTATGATGG  650

seq1  AGCATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCCAGTTGATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGATGGGTGGCCACCACCCTGGTGCTGACTATCCAGTTGATGGG  700

seq1  CTGCCTGATCTGGGACACGCCCAGGACCTCATGGATGGGCTGCCCCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGATCTGGGACACGCCCAGGACCTCATGGATGGGCTGCCCCCAGG  750

seq1  TGATAGCAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTGTAAATCGTCCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCAATCAGCTGGCCTGGTTTGATACTGACCTGTAAATCGTCCTTT  800

seq1  AGGTAAGAAAGCTTATAAAAGCCAGTGTGGGTGAATAC-TTTACTCTGCC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGTAAGAAAGCTTATAAAAGCCAGTGTGGGTGAATACTTTTACTCTGCC  850

seq1  TGCAGAACTCCAGAAAGACTTGGTAGGGTGGGAATGGTTTTAGGCCTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCAGAACTCCAGAAAGACTTGGTAGGGTGGGAATGG-TTTAGGCCTGTT  899

seq1  TGTAAATCTGCCACCAAACAGATACATACCTTGGAAGGAGATGTTCATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCTGCCACCAAACAGATACATACCTTGGAAGGAGATGTTCATGT  949

seq1  GTGGAAGTTTCT-CACGTTGATGTTTTTGCCACAGCTTTTGCAGCGTTAT  998
         ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TGTGAAGTTTCTCCACGTTGATGTTTTTGCCACAGCTTTGGCAGCG-TAT  998

seq1  A-CTCAGATGAGTAACA-TTTGCTGTTTTCAACATTAATAGCAGCCTTTC  1046
      | ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||  ||||||||||
seq2  ATCTCAGATGAGTAACATTTTGCTGTTT--CACATTAA-GGCAGCCTTTC  1045

seq1  TCTCTATACAGCTGTAGTGTCTGAACGTGCATTGTGATTGGCCTGTA  1093
       |||||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||| |||||||
seq2  -CTCTAT-CAGCTGTAGTG-CTGAACG-GCA-TGGGATT-GCCTGTA  1086