BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142P01
Chromosome9 (Build37)
Map Location 40,698,854 - 40,808,248
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4931429I11Rik, Crtam
Upstream geneOlfr973, LOC100043015, Olfr974, Olfr975, Olfr976, Olfr977-ps1, Olfr978, Olfr979, Olfr980, Olfr981, 1700001J11Rik, Olfr982, Olfr983, Olfr984, Olfr985, 1700030E15Rik, LOC235279, Olfr986, Zfp202, Scn3b, Gramd1b, LOC270148, 9030425E11Rik, LOC100043076, LOC100043071, Hspa8, Bsx
Downstream gene2810457I06Rik, LOC628495, LOC100042464, EG667566, 6720432D03Rik, Sorl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142P01.bB6Ng01-142P01.g
ACCDH941010DH941011
length1,029685
definitionDH941010|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142P01, 5' end.DH941011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,807,217 - 40,808,248)(40,698,854 - 40,699,537)
sequence
gaattcctggtatcctcagaagccagagaggacattggcttccttggaac
tggagttacaggccactgtgagccacagtaggtgatgtgaatcaaactgt
cctctagaagagcagcaaatgcccctagctgctgagccatctctccagca
cgaggaaatattgtaaatgaaggcagaagcatactgtctttaaaattttg
tcattctggaagaatgatgtaatggcccggcaagaagcaatgggggcctg
aaccaaggccacaccaatggtggggaaaaaaggagtaggttgattaaatc
agtgcttgggagagaggaaaggctagtgtatcgttggtcaaatgtctggg
atgccatggctggtgaccacattaactaatgtaagaaaacagtggagttg
agcctgtagcatatctgtgttagttatgagagcaggagagacacagggga
taggagagatcacagattccaatcagacatggagagacacaggggacaga
gcagaccctgattccaactggacatggagagacacaggggacagagcaga
ccctgattccaactggacatggagagacacaggggacagagcagaccctg
attccaactggacatggagagacacaggggacagagcagaccctgattcc
aactggacatggagagacacaggggacagagcagaccctgattccaactg
gacatggagagacacaggggacagagcagaccctgattccaactggacat
ggagagacagggcagatccagattactaccagacgtggagagacatggat
ataggacagatccggattcccactggacatagagagacacaggtaacaga
cagtccagattccactggacatagagagacacagttacagacaggtccag
attccaacttgacacgctgagtttggggccctgcagcacacagctgtgct
tgctttgaatgtattgtatgcaacaatttgactttaagtccaccttgaaa
aaaaaaaaagataatttccattatttttt
gaattctcacattgctgtcatccttccaacctgttagagcgatgtaatag
caaagaccatttatccagcttattgaaaattaattacttatgtgacctag
gtttgcaaaggggaaataaaaaggcaatggagaggcaacaagagacataa
acctatccaccaaattctttttctctcgtttcacgttttctaaagagcac
tgctcgacagatagctgaaaaaaaaatacccatttattttacaccttatt
gaagccccagctttccagttaatttgctgcacaaaattaagtcgtcaaca
gtaaaatctgtggatgtctcaagctgtgtagtgatttagggagtgagctg
agcagatgagaaactggctgccaaaagctgttagcctgagaagtcggtat
ctatgttttctcagtcgctttatgagaggggtgtgtgctgctgctgctgc
tgctgctactgctgctgctgaaggaagccaccgagtggaagtggacatga
tactcagtatggaagcagtgggcaggggacagtgctgaatgccactggct
ttcaaccgtgctgagttttaaaaagtgaaataaactaaacttaactttga
gtgtgcttgcaggcgcatgcttgtgcgtgcgtgcatgcatgcgtgcgtga
gtgtgtgtgtgagtgtatgtgtgtgtgtgtttagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_40807217_40808248
seq2: B6Ng01-142P01.b_46_1074 (reverse)

seq1  AAAAAATAATGAAAATATTCTTTTTTTTTTTT-AAAGTTGACTTAATGTC  49
      ||||||||||| ||||  |||||||||||||| || || ||||||| |||
seq2  AAAAAATAATGGAAATTATCTTTTTTTTTTTTCAAGGTGGACTTAAAGTC  50

seq1  AAATTGTTGCATACAATACATTCAAAGCCAAGCACAGCTGTGTGCTGCAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTGCATACAATACATTCAAAG-CAAGCACAGCTGTGTGCTGCAG  99

seq1  GGCCCCAAACTCAGCGTGTCCAGTTGGAATCTGGACCTGTCTGTTACCTG  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||
seq2  GGCCCCAAACTCAGCGTGTCAAGTTGGAATCTGGACCTGTCTG-TAACTG  148

seq1  TGTCTCTCTATGTCCAGTGGGAATCTGGACCTGTCTGTTACCTGTGTCTC  199
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCTATGTCCAGT-GGAATCTGGA-CTGTCTGTTACCTGTGTCTC  196

seq1  TCTATGTCCAGTGGGAATCCGGATCTGTCCTATATCCATGTCTCTCCACG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTCCAGTGGGAATCCGGATCTGTCCTATATCCATGTCTCTCCACG  246

seq1  TCTGGTAGTAATCTGGATCTGCCCTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTAGTAATCTGGATCTGCCCTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCA  296

seq1  GGGTCTGCTCTGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTGCTCTGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTC  346

seq1  TGCTCTGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTC  396

seq1  TGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCC  446

seq1  CCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCCCCTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCCCCTGT  496

seq1  GTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCCCCTGTGTCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCATGTCCAGTTGGAATCAGGGTCTGCTCTGTCCCCTGTGTCTC  546

seq1  TCCATGTCTGATTGGAATCTGTGATCTCTCCTATCCCCTGTGTCTCTCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTGATTGGAATCTGTGATCTCTCCTATCCCCTGTGTCTCTCCT  596

seq1  GCTCTCATAACTAACACAGATATGCTACAGGCTCAACTCCACTGTTTTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCATAACTAACACAGATATGCTACAGGCTCAACTCCACTGTTTTCT  646

seq1  TACATTAGTTAATGTGGTCACCAGCCATGGCATCCCAGACATTTGACCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTAGTTAATGTGGTCACCAGCCATGGCATCCCAGACATTTGACCAA  696

seq1  CGATACACTAGCCTTTCCTCTCTCCCAAGCACTGATTTAATCAACCTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATACACTAGCCTTTCCTCTCTCCCAAGCACTGATTTAATCAACCTACT  746

seq1  CCTTTTTTCCCCACCATTGGTGTGGCCTTGGTTCAGGCCCCCATTGCTTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTTCCCCACCATTGGTGTGGCCTTGGTTCAGGCCCCCATTGCTTC  796

seq1  TTGCCGGGCCATTACATCATTCTTCCAGAATGACAAAATTTTAAAGACAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGGGCCATTACATCATTCTTCCAGAATGACAAAATTTTAAAGACAG  846

seq1  TATGCTTCTGCCTTCATTTACAATATTTCCTCGTGCTGGAGAGATGGCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTCTGCCTTCATTTACAATATTTCCTCGTGCTGGAGAGATGGCTC  896

seq1  AGCAGCTAGGGGCATTTGCTGCTCTTCTAGAGGACAGTTTGATTCACATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTAGGGGCATTTGCTGCTCTTCTAGAGGACAGTTTGATTCACATC  946

seq1  ACCTACTGTGGCTCACAGTGGCCTGTAACTCCAGTTCCAAGGAAGCCAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTGTGGCTCACAGTGGCCTGTAACTCCAGTTCCAAGGAAGCCAAT  996

seq1  GTCCTCTCTGGCTTCTGAGGATACCAGGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTCTGGCTTCTGAGGATACCAGGAATTC  1029

seq1: chr9_40698854_40699537
seq2: B6Ng01-142P01.g_70_754

seq1  GAATTCTCACATTGCTGTCATCCTTCCAACCTGTTAGAGCGATGTAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACATTGCTGTCATCCTTCCAACCTGTTAGAGCGATGTAATAG  50

seq1  CAAAGACCATTTATCCAGCTTATTGAAAATTAATTACTTATGTGACCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACCATTTATCCAGCTTATTGAAAATTAATTACTTATGTGACCTAG  100

seq1  GTTTGCAAAGGGGAAATAAAAAGGCAATGGAGAGGCAACAAGAGACATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAAAGGGGAAATAAAAAGGCAATGGAGAGGCAACAAGAGACATAA  150

seq1  ACCTATCCACCAAATTCTTTTTCTCTCGTTTCACGTTTTCTAAAGAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCCACCAAATTCTTTTTCTCTCGTTTCACGTTTTCTAAAGAGCAC  200

seq1  TGCTCGACAGATAGCTGAAAAAAAAATACCCATTTATTTTACACCTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGACAGATAGCTGAAAAAAAAATACCCATTTATTTTACACCTTATT  250

seq1  GAAGCCCCAGCTTTCCAGTTAATTTGCTGCACAAAATTAAGTCGTCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCCAGCTTTCCAGTTAATTTGCTGCACAAAATTAAGTCGTCAACA  300

seq1  GTAAAATCTGTGGATGTCTCAAGCTGTGTAGTGATTTAGGGAGTGAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATCTGTGGATGTCTCAAGCTGTGTAGTGATTTAGGGAGTGAGCTG  350

seq1  AGCAGATGAGAAACTGGCTGCCAAAAGCTGTTAGCCTGAGAAGTCGGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGAGAAACTGGCTGCCAAAAGCTGTTAGCCTGAGAAGTCGGTAT  400

seq1  CTATGTTTTCTCAGTCGCTTTATGAGAGGGGTGTGTGCTGCTGCTGCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTTCTCAGTCGCTTTATGAGAGGGGTGTGTGCTGCTGCTGCTGC  450

seq1  TGCTGCTACTGCTGCTGCTGAAGGAAGCCACCGAGTGGAAGTGGACATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTACTGCTGCTGCTGAAGGAAGCCACCGAGTGGAAGTGGACATGA  500

seq1  TACTCAGTATGGAAGCAGTGGGCAGGGGACAGTGCTGAATGCCACTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTATGGAAGCAGTGGGCAGGGGACAGTGCTGAATGCCACTGGCT  550

seq1  TTCAACCGTGCTGAG-TTTAAAAAGTGAAATAAACTAAACTTAACTTTGA  599
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCGTGCTGAGTTTTAAAAAGTGAAATAAACTAAACTTAACTTTGA  600

seq1  GTGTGCTTGCAGGCGCATGCTTGTGCGTGCGTGCATGCATGCGTGCGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTGCAGGCGCATGCTTGTGCGTGCGTGCATGCATGCGTGCGTGA  650

seq1  GTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGTGTTTAGG  684
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGAGTGTATGTGTGTGTGTGTTTAGG  685