BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143K20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 85,510,814 - 85,609,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIbtk
Upstream geneLOC666672, BC023892
Downstream gene4933431K14Rik, EG434426, 9330154J02Rik, Tpbg, 2610018I03Rik, Pgm3, Rwdd2, Mod1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143K20.bB6Ng01-143K20.g
ACCDH941551DH941552
length9771,115
definitionDH941551|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143K20, 5' end.DH941552|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,510,814 - 85,511,791)(85,608,151 - 85,609,273)
sequence
gaattcaacagaagaatgctaggtaagtttggcaactgtttcttcatgtt
cttaggctcccttctagcatttcctgtcagctgtctggctagataccaga
gaaaagaaaagcctcctcataccattcctgtggggactttgaactgtaag
tatgaaaaatagccatgctccacaaagccagagaaggaaatggtgaaatt
cctgaaagactagagaaagagagatggggaacagagtggcaagtctgtgt
tcttccacctctctgtggtcatgtacaagacacctctctccaccctgagc
tccttcctacaaattggcaggagctgccttagactccggtgagtcacact
ctgcctaaacaccagtgcaaaaatcactcacccatgcagagtgctgtggg
agcaaatgactccatgatggacaggctacacttaatgcaaagttgtttct
gcctatgtcactctgggaagtgtgtaaacaggagccccagtttcctcaca
taggaaatagggttaatgggctggaaacatagcttggttggtagaataca
tacctgccatgctggaagtctaggctcactccccagtgctgtataaacca
agtgtggcggtgtgcacctgtaatcacagcacctgagaggcagaaggatc
aatcacaagttcaaggtcactcttgtctatatagtgagtccaaggccagt
aactttaaatttttagttttatttttaatgatggttttaaaatgctttaa
ccttccttataacccaccacccaccagaggtagtggaaaagaaaggatgt
gggggaagtgagcctaattagaaaggttctttggggcaactcctgcctgt
gtggtctggaaattggcagttcacaggttagcagacagcggcagctcaat
ccactaacaaacacttcatagatacagcagcactccagtttggcagagtt
cagttagcacagagatgaatcaaccta
gaattccccttctctattttgttttctctaaattttttgtttgtgcaagc
tttttttgtctcctcaaaatgagccagttaaaatactttggcatcctata
atgaaactcatttctacatttaccctagcaatcatttttttgttttcttg
ttttaaatgttgaaatcttgtaactttagaaatgcaagtatttcacttat
taaagtaattcacctccatctaattttgcaaatctcttttttttctgtag
ttacccttaagaatgctgcgatgctgctggagtttgcagccttgtacaat
gctgggcagttgaagctctcttgtttacagttcataggactgaatatggc
agctttacttgaagcaaggtgggttgggtgtctctgcagtatgacatgag
caagcagatttttatataaaataaaagatgcatttggaccttaaaaggaa
atcatgtgtttacctggatggaagggaatcatgtgtttacctggatggaa
ggagttgagaagtgctaaggagttggcccttaggatttgagggaccaggg
aaacttcaatatttctagcagcgtcttaaaaattgttttttattgagaca
gctttataggagtagacaaacataacattttatgtaattcttcatcaggt
atatgttttctaagagtgaaaacagcatgtatgtaaatattacaaaaagg
aggctgtctcaaaatatacatagcattccaagctaatgtaattaattatg
ctacagttgttgaaaactgatatgatacagatttgaatatgaaagttgct
ttctactagttgtagaatagcttcaaaaaaacagtttgtatgtgcatgta
tacccatacactttgtatgtataaacactatataggtaatatgtacacac
atataaaatgatgtaaccctgtcttagattttcatggtgactcaagtctt
gttggaaccttctgaaatccttgaaaatacttgatgtatttcaaacatca
ttttatacttgaagaatgttagactccaggagtggcgaggcttcctcaca
gtcaggagtggattggagctgtgggtatgctaagggaacctgggatacgc
gtagcttaagccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_85510814_85511791
seq2: B6Ng01-143K20.b_50_1026

seq1  GAATTCAACAGAAGAATGCTAGGTAAGTTTGGCAACTGTTTCTTCATGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGAAGAATGCTAGGTAAGTTTGGCAACTGTTTCTTCATGTT  50

seq1  CTTAGGCTCCCTTCTAGCATTTCCTGTCAGCTGTCTGGCTAGATACCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCTCCCTTCTAGCATTTCCTGTCAGCTGTCTGGCTAGATACCAGA  100

seq1  GAAAAGAAAAGCCTCCTCATACCATTCCTGTGGGGACTTTGAACTGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAAAGCCTCCTCATACCATTCCTGTGGGGACTTTGAACTGTAAG  150

seq1  TATGAAAAATAGCCATGCTCCACAAAGCCAGAGAAGGAAATGGTGAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAATAGCCATGCTCCACAAAGCCAGAGAAGGAAATGGTGAAATT  200

seq1  CCTGAAAGACTAGAGAAAGAGAGATGGGGAACAGAGTGGCAAGTCTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAGACTAGAGAAAGAGAGATGGGGAACAGAGTGGCAAGTCTGTGT  250

seq1  TCTTCCACCTCTCTGTGGTCATGTACAAGACACCTCTCTCCACCCTGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCACCTCTCTGTGGTCATGTACAAGACACCTCTCTCCACCCTGAGC  300

seq1  TCCTTCCTACAAATTGGCAGGAGCTGCCTTAGACTCCGGTGAGTCACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTACAAATTGGCAGGAGCTGCCTTAGACTCCGGTGAGTCACACT  350

seq1  CTGCCTAAACACCAGTGCAAAAATCACTCACCCATGCAGAGTGCTGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTAAACACCAGTGCAAAAATCACTCACCCATGCAGAGTGCTGTGGG  400

seq1  AGCAAATGACTCCATGATGGACAGGCTACACTTAATGCAAAGTTGTTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGACTCCATGATGGACAGGCTACACTTAATGCAAAGTTGTTTCT  450

seq1  GCCTATGTCACTCTGGGAAGTGTGTAAACAGGAGCCCCAGTTTCCTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGTCACTCTGGGAAGTGTGTAAACAGGAGCCCCAGTTTCCTCACA  500

seq1  TAGGAAATAGGGTTAATGGGCTGGAAACATAGCTTGGTTGGTAGAATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAATAGGGTTAATGGGCTGGAAACATAGCTTGGTTGGTAGAATACA  550

seq1  TACCTGCCATGCTGGAAGTCTAGGCTCACTCCCCAGTGCTGTATAAACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCATGCTGGAAGTCTAGGCTCACTCCCCAGTGCTGTATAAACCA  600

seq1  AGTGTGGCGGTGTGCACCTGTAATCACAGCACCTGAGAGGCAGAAGGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGCGGTGTGCACCTGTAATCACAGCACCTGAGAGGCAGAAGGATC  650

seq1  AATCACAAGTTCAAGGTCACTCTTGTCTATATAGTGAGTCCAAGGCCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAAGTTCAAGGTCACTCTTGTCTATATAGTGAGTCCAAGGCCAGT  700

seq1  AACTTTAAATTTTTAGTTTTATTTTTAATGATGGTTTTAAAATGCTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTAAATTTTTAGTTTTATTTTTAATGATGGTTTTAAAATGCTTTAA  750

seq1  CCTTCCTTATAACCCACCACCCACCAGAGGTAGTGGAAAAGAAAGGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTATAACCCACCACCCACCAGAGGTAGTGGAAAAGAAAGGATGT  800

seq1  GGGGGAAGTGAGCCTAATTAGAAAGGTTCTTTGGGGCAACTCCTGCCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAAGTGAGCCTAATTAGAAAGGTTCTTTGGGGCAACTCCTGCCTGT  850

seq1  GTTGTCTGGAAATTGGCAGTTCACAGGTTAGCAGACAGCGGCAGCTCAAT  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTGGAAATTGGCAGTTCACAGGTTAGCAGACAGCGGCAGCTCAAT  900

seq1  CCACTAACAAACACTTCATAGATACAGCAGCACTCCAGTTTGGCAGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCACTAACAAACACTTCATAGATACAGCAGCACTCCAGTTTGGCAGAGTT  950

seq1  CAGTTAGCAACAGAGATGACACAACCTA  978
      |||||||| ||||||||||  |||||||
seq2  CAGTTAGC-ACAGAGATGAATCAACCTA  977

seq1: chr9_85608151_85609273
seq2: B6Ng01-143K20.g_68_1182 (reverse)

seq1  TCTGGCTTAAGCATCAGCGTAT-CCAGGTTCCACCTAGCATTACCACAGC  49
      |||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||||  |||||||
seq2  TCTGGCTTAAGC-TACGCGTATCCCAGGTTCC-CTTAGCATACCCACAGC  48

seq1  TCCAATCAACTCCTGACTGTGAGCAGCTCGCTCTGCTCCT-GAGTCTTAA  98
      ||||||| ||||||||||||||| |   | | |  ||||| ||||| |||
seq2  TCCAATCCACTCCTGACTGTGAGGAAGCCTCGCCACTCCTGGAGTC-TAA  97

seq1  CA-TCTTCAAGTATAAAATGATGTTTGGAATACATCAAGTATCTTCAA-G  146
      || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |
seq2  CATTCTTCAAGTATAAAATGATGTTTGAAATACATCAAGTATTTTCAAGG  147

seq1  ATGTCAG-AGGTTCCAACAGGAACTTGAGTCACCAATGAAAATCTAAGAC  195
      || |||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTTCAGAAGGTTCCAACAAG-ACTTGAGTCACC-ATGAAAATCTAAGAC  195

seq1  AAGGTTTACATTCATTTTTATATGTGTGTACATATTTACCTATATAGTTG  245
       ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  -AGGGTTACA-TCA-TTTTATATGTGTGTACATA-TTACCTATATAGT--  239

seq1  TTTTATACATACAAAGTGTATGTGTATACATGCACATACAAACTGTTGTT  295
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTTTATACATACAAAGTGTATGGGTATACATGCACATACAAACTGTT-TT  288

seq1  TTTGAAGCTATTTCTACAACTAGTAGAAAGCAACTTTCATATTCAAATCT  345
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGCTA-TTCTACAACTAGTAGAAAGCAACTTTCATATTCAAATCT  337

seq1  GTATCATATCAGTTTTCAACAACTGTAGCATAATTAATTACATTAGCTTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATATCAGTTTTCAACAACTGTAGCATAATTAATTACATTAGCTTG  387

seq1  GAATGCTATGTATATTTTGAGACAGCCTCCTTTTTGTAATATTTACATAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTATGTATATTTTGAGACAGCCTCCTTTTTGTAATATTTACATAC  437

seq1  ATGCTGTTTTCACTCTTAGAAAACATATACCTGATGAAGAATTACATAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTTCACTCTTAGAAAACATATACCTGATGAAGAATTACATAAA  487

seq1  ATGTTATGTTTGTCTACTCCTATAAAGCTGTCTCAATAAAAAACAATTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATGTTTGTCTACTCCTATAAAGCTGTCTCAATAAAAAACAATTTT  537

seq1  TAAGACGCTGCTAGAAATATTGAAGTTTCCCTGGTCCCTCAAATCCTAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACGCTGCTAGAAATATTGAAGTTTCCCTGGTCCCTCAAATCCTAAG  587

seq1  GGCCAACTCCTTAGCACTTCTCAACTCCTTCCATCCAGGTAAACACATGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACTCCTTAGCACTTCTCAACTCCTTCCATCCAGGTAAACACATGA  637

seq1  TTCCCTTCCATCCAGGTAAACACATGATTTCCTTTTAAGGTCCAAATGCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCCATCCAGGTAAACACATGATTTCCTTTTAAGGTCCAAATGCA  687

seq1  TCTTTTATTTTATATAAAAATCTGCTTGCTCATGTCATACTGCAGAGACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATTTTATATAAAAATCTGCTTGCTCATGTCATACTGCAGAGACA  737

seq1  CCCAACCCACCTTGCTTCAAGTAAAGCTGCCATATTCAGTCCTATGAACT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCCACCTTGCTTCAAGTAAAGCTGCCATATTCAGTCCTATGAACT  787

seq1  GTAAACAAGAGAGCTTCAACTGCCCAGCATTGTACAAGGCTGCAAACTCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAAGAGAGCTTCAACTGCCCAGCATTGTACAAGGCTGCAAACTCC  837

seq1  AGCAGCATCGCAGCATTCTTAAGGGTAACTACAGAAAAAAAAGAGATTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATCGCAGCATTCTTAAGGGTAACTACAGAAAAAAAAGAGATTTG  887

seq1  CAAAATTAGATGGAGGTGAATTACTTTAATAAGTGAAATACTTGCATTTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTAGATGGAGGTGAATTACTTTAATAAGTGAAATACTTGCATTTC  937

seq1  TAAAGTTACAAGATTTCAACATTTAAAACAAGAAAACAAAAAAATGATTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTACAAGATTTCAACATTTAAAACAAGAAAACAAAAAAATGATTG  987

seq1  CTAGGGTAAATGTAGAAATGAGTTTCATTATAGGATGCCAAAGTATTTTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGTAAATGTAGAAATGAGTTTCATTATAGGATGCCAAAGTATTTTA  1037

seq1  ACTGGCTCATTTTGAGGAGACAAAAAAAGCTTGCACAAACAAAAAATTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTCATTTTGAGGAGACAAAAAAAGCTTGCACAAACAAAAAATTTA  1087

seq1  GAGAAAACAAAATAGAGAAGGGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACAAAATAGAGAAGGGGAATTC  1115