BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146H15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 49,844,530 - 50,001,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667975
Upstream geneUsp28, LOC100042785, Zw10, EG629400, Tmprss5, EG235327, Drd2, Ankk1, Ttc12, Ncam1
Downstream geneLOC100042806, LOC100043346, LOC672372, 1600029D21Rik, Pts, Bcdo2, Tex12, Il18, Sdhd, Timm8b, AU019823, Pih1d2, Dlat, Dixdc1, 2310030G06Rik, Hspb2, Cryab, 1110032A03Rik, D630004A14Rik, Alg9, Ppp2r1b, Snf1lk2, Layn, 4833427G06Rik, Btg4, LOC100042825
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146H15.bB6Ng01-146H15.g
ACCDH943611DH943612
length1,1641,001
definitionDH943611|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146H15, 5' end.DH943612|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,000,345 - 50,001,512)(49,844,530 - 49,845,527)
sequence
gaattctacacctggatccacccacagcaggatgtgagccatgaactacg
aggcctggtttgagcttctgagacttcaagcccaccactagtgacacact
tcctccaacaaggccatacctactaatagtgccactccctgtgcatctat
ggggggcattttcattcaaaacacaacaaacatcatagtatatattcgaa
aaatcattagctattattccagaaaatgaactatttggttctctcagtag
atggcaaaatctcaaacagcaaagtctgagtctacttcatctttgtgtct
ccagaatccagcatggtatttggcatataatctgtgttcaatatatattt
cattttcatttgaactgttgtgcagggaaacagaaaggcttgcagtggag
tcagtataagacatggcttaatattggctgttaaattgacatgacagtct
agcttgctgtccaggcctatgagctcaaacacaaacatacactctctcct
tcagccctctgccaaacacccctcctcctcacggttcattccaatttgtt
tataggcagtttctggcgttcagtatgtgtcattgctgctactggtgctg
tagagacatttactgtcacctttttagccaggaatctctcaatggttccc
agaggttgcagacagctccagggctcacagtagacaaacagattatctgt
ggactggagcttgtggaagaatatttggacaggaactcaagaaaccccaa
tcagaccggctttctgcctgttgaacacactgtttattgttctggcctct
gggtttggaaatgtcatgcagcagactttttcaggcctcttggcttcagt
gtgtggtccagaaaaccactgtggtcacagagcgtgcttagaagagcctc
cattcctgggttgtctctgcagttttgggacatcataagccacttgtttt
tctgatctcagacattgcgcaggagtcatgagagggcaagtttgattggc
aggctgctggggcagagcagagtcacacaatccctgaagccctatagtac
gtgggctgggtacctggcaggtctactaaggggtacagagaggtagcttc
ttagggtatggcctccagcactaatcctctcccatattcaatcttacatc
ctatgagatgactc
gaattccttcttactgtttttggctacttggattatcttcctccaatgtg
ctttatggttgatttcaaactaattctgatattcaacaaatgatttaata
caatatgatgcctttgaagcaatagacatgaccccaggtgtttttattat
tgattatttttattttatgtatgtgagtgcttgcctgcacatatgtaaac
ataccatgtgggttcctggtgtcctgggagaccagaagagaggactggat
ttcctgggagtggagtgacaaatggttgtggtctgctatgtgggtgctgg
gaactaaacccagggacttctctgcaagaatagcaagtgatctttgctac
tgactcaactctcaggcccctgttgctgttgttttaaatgtcatgtgcat
ccatatgtatccatgtgagtttggtgaggggaaggttagtatgtgcatgt
ggaggtccccggacaaacttgtgtgcccctcaggaatacactaaactctg
agtcagggtttctcattggcctggatcccaccaaacaggctacactggct
gtaagccccaggtctgcttatctccatctccccagcatttggagtacatg
tgtgtaccaccatactcagcacttttacaggggctctgggaactgaactc
tgatacttatacttgcaagacaagcatgttacctgagccacttcgacagc
ctctgcatattttatcactagtaactcatctcatctccatcacaaaccaa
cagtatggatctaattactacatgccaattttacagagaagacaatgtgg
gctcagggaagggaacgtgccacaagccacagtcaggaaatggcagcgat
gggatttgaactctggaacgtgttacttctatgtgatattccactccatt
ctggttcctactggctgtccctccctgcattatgtcttatctcatcccaa
cagccctgccctatgtagccacttcagaccctgacctacaggtgtcctgc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_50000345_50001512
seq2: B6Ng01-146H15.b_45_1208 (reverse)

seq1  GAGTCATC-CATTG--AGTAAGATTTTGATTATGGGAGAGGA-TAGTGCT  46
      |||||||| ||| |   ||||||  |||| |||||||||||| |||||||
seq2  GAGTCATCTCATAGGATGTAAGA--TTGAATATGGGAGAGGATTAGTGCT  48

seq1  GGAGGCCATACCCTAAAGAAGGCTACCTCTCTGTACCCCTTAGTAGACCT  96
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCATACCCT-AAGAA-GCTACCTCTCTGTACCCCTTAGTAGACCT  96

seq1  GCCAGGTACCCAGCCCACGTACTATAGGGGCTTCAGGGAATGTGTGACTC  146
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  GCCAGGTACCCAGCCCACGTACTATA-GGGCTTCAGGGATTGTGTGACTC  145

seq1  TGCTCTGCCCCAGCAGCCTGCCAATCAAACTTGCCCTCTCCATGACTCCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCTCTGCCCCAGCAGCCTGCCAATCAAACTTGCCCTCT-CATGACTCCT  194

seq1  GCGCAATGTTCTGAGATCAGAAAAACAAGTGGCTTATGGTGTCCCAAAAC  246
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCGCAATG-TCTGAGATCAGAAAAACAAGTGGCTTATGATGTCCCAAAAC  243

seq1  TGCAGAGACAACCCAGGAATGGAGGCTCTTCTAAGCACGCTCTGTGACCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGACAACCCAGGAATGGAGGCTCTTCTAAGCACGCTCTGTGACCA  293

seq1  CAGTGGTTTTCTGGACCACACACTGAAGCCAAGAGGCCTGAAAAAGTCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTTTCTGGACCACACACTGAAGCCAAGAGGCCTGAAAAAGTCTG  343

seq1  CCTGCATGACATTTCCAAACCCAGAGGCCAGAACAATAAACAGTGTGTTC  396
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGCATGACATTTCCAAACCCAGAGGCCAGAACAATAAACAGTGTGTTC  392

seq1  AACAGGCAGAAAGCCGGTCTGATTGGGGTTTCTTGAGTTCCTGTCCAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGCAGAAAGCCGGTCTGATTGGGGTTTCTTGAGTTCCTGTCCAAAT  442

seq1  ATTCTTCCACAAGCTCCAGTCCACAGATAATCTGTTTGTCTACTGTGAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCCACAAGCTCCAGTCCACAGATAATCTGTTTGTCTACTGTGAGC  492

seq1  CCTGGAGCTGTCTGCAACCTCTGGGAACCATTGAGAGATTCCTGGCTAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGCTGTCTGCAACCTCTGGGAACCATTGAGAGATTCCTGGCTAAA  542

seq1  AAGGTGACAGTAAATGTCTCTACAGCACCAGTAGCAGCAATGACACATAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGACAGTAAATGTCTCTACAGCACCAGTAGCAGCAATGACACATAC  592

seq1  TGAACGCCAGAAACTGCCTATAAACAAATTGGAATGAACCGTGAGGAGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGCCAGAAACTGCCTATAAACAAATTGGAATGAACCGTGAGGAGGA  642

seq1  GGGGTGTTTGGCAGAGGGCTGAAGGAGAGAGTGTATGTTTGTGTTTGAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTTTGGCAGAGGGCTGAAGGAGAGAGTGTATGTTTGTGTTTGAGC  692

seq1  TCATAGGCCTGGACAGCAAGCTAGACTGTCATGTCAATTTAACAGCCAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGCCTGGACAGCAAGCTAGACTGTCATGTCAATTTAACAGCCAAT  742

seq1  ATTAAGCCATGTCTTATACTGACTCCACTGCAAGCCTTTCTGTTTCCCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGCCATGTCTTATACTGACTCCACTGCAAGCCTTTCTGTTTCCCTG  792

seq1  CACAACAGTTCAAATGAAAATGAAATATATATTGAACACAGATTATATGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGTTCAAATGAAAATGAAATATATATTGAACACAGATTATATGC  842

seq1  CAAATACCATGCTGGATTCTGGAGACACAAAGATGAAGTAGACTCAGACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACCATGCTGGATTCTGGAGACACAAAGATGAAGTAGACTCAGACT  892

seq1  TTGCTGTTTGAGATTTTGCCATCTACTGAGAGAACCAAATAGTTCATTTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTTGAGATTTTGCCATCTACTGAGAGAACCAAATAGTTCATTTT  942

seq1  CTGGAATAATAGCTAATGATTTTTCGAATATATACTATGATGTTTGTTGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATAATAGCTAATGATTTTTCGAATATATACTATGATGTTTGTTGT  992

seq1  GTTTTGAATGAAAATGCCCCCCATAGATGCACAGGGAGTGGCACTATTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAATGAAAATGCCCCCCATAGATGCACAGGGAGTGGCACTATTAG  1042

seq1  TAGGTATGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACTAGTGGTGGGCTTGAAGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACTAGTGGTGGGCTTGAAGT  1092

seq1  CTCAGAAGCTCAAACCAGGCCTCGTAGTTCATGGCTCACATCCTGCTGTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGCTCAAACCAGGCCTCGTAGTTCATGGCTCACATCCTGCTGTG  1142

seq1  GGTGGATCCAGGTGTAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATCCAGGTGTAGAATTC  1164

seq1: chr9_49844530_49845527
seq2: B6Ng01-146H15.g_67_1067

seq1  GAATTCCTTCTTACTGTTTTTGGCTACTTGGATTATCTTCCTCCAATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTTACTGTTTTTGGCTACTTGGATTATCTTCCTCCAATGTG  50

seq1  CTTTATGGTTGATTTCAAACTAATTCTGATATTCAACAAATGATTTAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGTTGATTTCAAACTAATTCTGATATTCAACAAATGATTTAATA  100

seq1  CAATATGATGCCTTTGAAGCAATAGACATGACCCCAGGTGTTTTTATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGATGCCTTTGAAGCAATAGACATGACCCCAGGTGTTTTTATTAT  150

seq1  TGATTATTTTTATTTTATGTATGTGAGTGCTTGCCTGCACATATGTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATTTTTATTTTATGTATGTGAGTGCTTGCCTGCACATATGTAAAC  200

seq1  ATACCATGTGGGTTCCTGGTGTCCTGGGAGACCAGAAGAGAGGACTGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGTGGGTTCCTGGTGTCCTGGGAGACCAGAAGAGAGGACTGGAT  250

seq1  TTCCTGGGAGTGGAGTGACAAATGGTTGTGGTCTGCTATGTGGGTGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGGAGTGGAGTGACAAATGGTTGTGGTCTGCTATGTGGGTGCTGG  300

seq1  GAACTAAACCCAGGGACTTCTCTGCAAGAATAGCAAGTGATCTTTGCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAACCCAGGGACTTCTCTGCAAGAATAGCAAGTGATCTTTGCTAC  350

seq1  TGACTCAACTCTCAGGCCCCTGTTGCTGTTGTTTTAAATGTCATGTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAACTCTCAGGCCCCTGTTGCTGTTGTTTTAAATGTCATGTGCAT  400

seq1  CCATATGTATCCATGTGAGTTTGGTGAGGGGAAGGTTAGTATGTGCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGTATCCATGTGAGTTTGGTGAGGGGAAGGTTAGTATGTGCATGT  450

seq1  GGAGGTCCCCGGACAAACTTGTGTGCCCCTCAGGAATACACTAAACTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCCCCGGACAAACTTGTGTGCCCCTCAGGAATACACTAAACTCTG  500

seq1  AGTCAGGGTTTCTCATTGGCCTGGATCCCACCAAACAGGCTACACTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGTTTCTCATTGGCCTGGATCCCACCAAACAGGCTACACTGGCT  550

seq1  GTAAGCCCCAGGTCTGCTTATCTCCATCTCCCCAGCATTTGGAGTACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCCCAGGTCTGCTTATCTCCATCTCCCCAGCATTTGGAGTACATG  600

seq1  TGTGTACCACCATACTCAGCACTTTTACAGGGGCTCTGGGAACTGAACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACCACCATACTCAGCACTTTTACAGGGGCTCTGGGAACTGAACTC  650

seq1  TGATACTTATACTTGCAAGACAAGCATGTTACCTGAGCCACTTCGACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTTATACTTGCAAGACAAGCATGTTACCTGAGCCACTTCGACAGC  700

seq1  CTCTGCATATTTTATCACTAGTAACTCATCTCATCTCCATCACAAACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATATTTTATCACTAGTAACTCATCTCATCTCCATCACAAACCAA  750

seq1  CAGTATGGATCTAATTACTACATGCCAATTTTACAGAGAAGACAATGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGGATCTAATTACTACATGCCAATTTTACAGAGAAGACAATGTGG  800

seq1  GCTCAGGGAAGGGAACGTGCCACAAGCCACAGTCAGGAAATGGCAGCGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGGAAGGGAACGTGCCACAAGCCACAGTCAGGAAATGGCAGCGAT  850

seq1  GGGATTTGAACTCTGGAACGTG-TACTTCTATGTGATATTCCACTCCATT  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTGAACTCTGGAACGTGTTACTTCTATGTGATATTCCACTCCATT  900

seq1  CTGGTTCCTACTGGCTGTCCTTCCCTGCATTATGCCTTATCTCAGCCCAC  949
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| 
seq2  CTGGTTCCTACTGGCTGTCCCTCCCTGCATTATGTCTTATCTCATCCCAA  950

seq1  CAGCCCTGCCCTATGTAGCCACTCTAGA-CCTGACCT-CAGGCGTCCTGC  997
      |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||| |||||||
seq2  CAGCCCTGCCCTATGTAGCCACTTCAGACCCTGACCTACAGGTGTCCTGC  1000

seq1  A  998
      |
seq2  A  1001