BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150C18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 102,894,667 - 103,057,169
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco2a1, Rab6b
Upstream geneEphb1, Ky, LOC664843, Cep63, Anapc13, Amotl2, EG434510, Ryk
Downstream geneSrprb, Trf, 1300017J02Rik, Topbp1, Cdv3, Bfsp2, Tmem108, 4932413F04Rik, EG384978, Nphp3, Ube1dc1, Acad11, Ccrl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150C18.bB6Ng01-150C18.g
ACCDH946321DH946322
length1,1181,036
definitionDH946321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150C18, 5' end.DH946322|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,894,667 - 102,895,803)(103,056,134 - 103,057,169)
sequence
gaattcacaacgacaggcggagatgctcacaagcatccccttgcagcttc
ctgagcctaagtgtaaagagaagcatctcactgggggctcagcagagaca
tcagtgggaaagatccgtttcattccagatagtcctgaggcccacagtga
aggaattttaagttatgtattgctgagtgacactgtctactgactccaag
tgacccatcctttgttccctggcaagccagactgcaggataaaagagaat
ctgttttatgtccattttggtcccttatgaaagggaagggtgaaaagaag
aaaaaaaaaaatcctactgaaatgagagcagccaggatcaccttggatct
gctggagtggacagactgtccaggaatgagcacgctcatttacttgccct
gaaattatttattgaccaccttcagccagctaggtgatgatgacccaggc
cctgctgcctcgacattaaagtatggctgttttgaataattaaatcagat
ctggatctttgggagaaagcaaagaccattttattctagcattcaccaaa
gaaaatagcaaatacttttaggcttcctccagggaaacgtaatccctgcc
cccgcacttggtaaaatgtgagtccctgtaccttccttcagccctctggg
tatcagctgccttcttcctgtgcagataggatcagccctgggctgtggaa
aacagggcaggcatttggcacgctctcgaggtaaagccatgtgcagacaa
aggcagagaaaggagccagtgactcggaggctgtgcccctagggagcttt
gctgacctctgtgctgaggctggccatgagttacttacatcagcaaatgc
ctttacctctttcctctctggggctggtatctttctaggcctcagcacag
tatctggggacggggcagaggggactgagggtgctagagaaaatagaacc
taagctgggtgcaatgtacacactgtgggctctggaaatgtgcctttgtg
ttctattaaaacacagatgaggcctagaaaaaaatgcacatgagaccagc
agatggctcattggtaaggcattctgctgccagctctgacactgctacat
tcctggacctactggtaa
gaattcacatgtcatgtacaggcttgggccagagagtggcactattagga
ggtgtggccttgttggaaaaagtatgtcactgtgggcgtggtctttaata
ccattgtcctagctgtctggaagtcagtcttctagcagccttcagatgaa
gatgaactctcagctcctcctgcaccacgatgctgccatgctcctgcctt
gatgataatggactgaacctctgaacctgtgagccagccccaatgaaatg
ttgtccttgatcatggtgtctgttcacagcaataaagccctaactaagac
acatgtttctctgcatgtttttgttcactttgtatgtgtgtgtgcatgca
tgcatgcatggcttttgtgtggaagtcaggggacagtttgctggagctgg
tcctccaccacatgtatctggagaccaaattcaggtcaccgggcttggca
gcaagcacctttacccactgagtcagtctacaggcccttcccatgtcagc
ttctgcatctctttcctgatgctgtccctcctgtgaaatgttcttccata
atcagtacttatgaatttgagatgcttctccgcaaatcagattatcaaca
cttgggatagcccagaggctattcaataccttctctaccaaataggaaat
gtctcagactccctaatctctgcctctggtcaaccatgtggggggtttta
gcatgtaccatgtggatcatgtgcttcagtgtcaccccaggagcttcctt
aaacactgcgactcctgggcccactcaggtagacacaagcacaggctctg
cgtgtcagaatcacagacaagttctcagagcagtgacttgctcagcgaag
cgtgcagataaactgctctgtgctgtgatccagctctgaggaggctgtgc
tctccagggccacagactgataacaagagggtggggaaatgagaataaca
ccagtggatgagtgcttatgcacagggaaggaccaggctcactccgaact
aaggcttgtcacccaaggctgggtagcagaacctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_102894667_102895803
seq2: B6Ng01-150C18.b_45_1162

seq1  GAATTCACAACGACAGGCGGAGATGCTCACAAGCATCCCCTTGCAGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACGACAGGCGGAGATGCTCACAAGCATCCCCTTGCAGCTTC  50

seq1  CTGAGCCTAAGTGTAAAGAGAAGCATCTCACTGGGGGCTCAGCAGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTAAGTGTAAAGAGAAGCATCTCACTGGGGGCTCAGCAGAGACA  100

seq1  TCAGTGGGAAAGATCCGTTTCATTCCAGATAGTCCTGAGGCCCACAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGAAAGATCCGTTTCATTCCAGATAGTCCTGAGGCCCACAGTGA  150

seq1  AGGAATTTTAAGTTATGTATTGCTGAGTGACACTGTCTACTGACTCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTTAAGTTATGTATTGCTGAGTGACACTGTCTACTGACTCCAAG  200

seq1  TGACCCATCCTTTGTTCCCTGGCAAGCCAGACTGCAGGATAAAAGAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCATCCTTTGTTCCCTGGCAAGCCAGACTGCAGGATAAAAGAGAAT  250

seq1  CTGTTTTATGTCCATTTTGGTCCCTTATGAAAGGGAAGGGTGAAAAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTATGTCCATTTTGGTCCCTTATGAAAGGGAAGGGTGAAAAGAAG  300

seq1  AAAAAAAAAAATCCTACTGAAATGAGAGCAGCCAGGATCACCTTGGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAATCCTACTGAAATGAGAGCAGCCAGGATCACCTTGGATCT  350

seq1  GCTGGAGTGGACAGACTGTCCAGGAATGAGCACGCTCATTTACTTGCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTGGACAGACTGTCCAGGAATGAGCACGCTCATTTACTTGCCCT  400

seq1  GAAATTATTTATTGACCACCTTCAGCCAGCTAGGTGATGATGACCCAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTATTTATTGACCACCTTCAGCCAGCTAGGTGATGATGACCCAGGC  450

seq1  CCTGCTGCCTCGACATTAAAGTATGGCTGTTTTGAATAATTAAATCAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGCCTCGACATTAAAGTATGGCTGTTTTGAATAATTAAATCAGAT  500

seq1  CTGGATCTTTGGGAGAAAGCAAAGACCATTTTATTCTAGCATTCACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTTTGGGAGAAAGCAAAGACCATTTTATTCTAGCATTCACCAAA  550

seq1  GAAAATAGCAAATACTTTTAGGCTTCCTCCAGGGAAACGTAATCCCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGCAAATACTTTTAGGCTTCCTCCAGGGAAACGTAATCCCTGCC  600

seq1  CCCGCACTTGGTAAAATGTGAGTCCCTGTACCTTCCTTCAGCCCTCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCACTTGGTAAAATGTGAGTCCCTGTACCTTCCTTCAGCCCTCTGGG  650

seq1  TATCAGCTGCCTTCTTCCTGTGCAGATAGGATCAGCCCTGGGCTGTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCTGCCTTCTTCCTGTGCAGATAGGATCAGCCCTGGGCTGTGGAA  700

seq1  AACAGGGCAGGCATTTGGCACGCTCTCGAGGTAAAGCCATGTGCAGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGCAGGCATTTGGCACGCTCTCGAGGTAAAGCCATGTGCAGACAA  750

seq1  AGGCAGAGAAAGGAGCCAGTGACTCGGAGGCTGTGCCCCTAGGGAGCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGAAAGGAGCCAGTGACTCGGAGGCTGTGCCCCTAGGGAGCTTT  800

seq1  GCTGACCTCTGTGCTGAGGCTGGCCATGAGTTACTTACATCAGCAAATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTCTGTGCTGAGGCTGGCCATGAGTTACTTACATCAGCAAATGC  850

seq1  CTTTACCTCTTTCCTCTCTGGGGCTGGTATCTTTCTAGGCCTCAGCACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTCTTTCCTCTCTGGGGCTGGTATCTTTCTAGGCCTCAGCACAG  900

seq1  TATCTGGGGACGGGGCAGAGGGGACTGAGGGGTGCTAGAGAAAAATAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||
seq2  TATCTGGGGACGGGGCAGAGGGGACTGA-GGGTGCTAGAGAAAA--TAGA  947

seq1  ACCTAAGCTGGGTGCAATGTACAACACTGTGGGCCTCTGGAAATGTGGCT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ACCTAAGCTGGGTGCAATGTAC-ACACTGTGGG-CTCTGGAAATGTGCCT  995

seq1  TTGTGTCCTATTAAAACACACAAGGATGAGGCCTAGAAAAAAATGCAACA  1050
      |||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTGTTCTATTAAAACACA----GATGAGGCCTAGAAAAAAATGC-ACA  1040

seq1  TGAGGAACCAGCAAGATGGCTCAGTGGGTAAGGGCATCTGCTGCCAGCTC  1100
      ||||  |||||| |||||||||| | |||||||   ||||||||||||||
seq2  TGAG--ACCAGC-AGATGGCTCA-TTGGTAAGGCATTCTGCTGCCAGCTC  1086

seq1  TGACAACCTGCATACCATCCCTGGACCTACTTGGTAA  1137
      |||||  |||| || ||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGACA--CTGC-TA-CATTCCTGGACCTAC-TGGTAA  1118

seq1: chr9_103056134_103057169
seq2: B6Ng01-150C18.g_66_1101 (reverse)

seq1  TCAGG-TCTGCTACCCAGCC-TGGGTGACAGACCTTGGTTCGGAGTGAGC  48
      ||||| |||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||
seq2  TCAGGTTCTGCTACCCAGCCTTGGGTGACAAGCCTTAGTTCGGAGTGAGC  50

seq1  CTGGTTCCTTCCCTGTGCATAGCAACTCATCCACTGGTGTTATCTCCATC  98
      |||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||   ||| 
seq2  CTGG-TCCTTCCCTGTGCATAAGCACTCATCCACTGGTGTTATTCTCAT-  98

seq1  TCCCCCACCCTCTTGTTATCAGTCTGTGGCCCTGGAGAGCACAGCCTCCT  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCACCCTCTTGTTATCAGTCTGTGGCCCTGGAGAGCACAGCCTCCT  148

seq1  CAGAGCTGGATCACAGCACAGAGCAGTTTATCTGCACGCTTCGCTGAGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGGATCACAGCACAGAGCAGTTTATCTGCACGCTTCGCTGAGCA  198

seq1  AGTCACTGCTCTGAGAACTTGTCTGTGATTCTGACACGCAGAGCCTGTGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGCTCTGAGAACTTGTCTGTGATTCTGACACGCAGAGCCTGTGC  248

seq1  TTGTGTCTACCTGAGTGGGCCCAGGAGTCGCAGTGTTTAAGGAAGCTCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCTACCTGAGTGGGCCCAGGAGTCGCAGTGTTTAAGGAAGCTCCT  298

seq1  GGGGTGACACTGAAGCACATGATCCACATGGTACATGCTAAAACCCCCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGACACTGAAGCACATGATCCACATGGTACATGCTAAAACCCCCCA  348

seq1  CATGGTTGACCAGAGGCAGAGATTAGGGAGTCTGAGACATTTCCTATTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGACCAGAGGCAGAGATTAGGGAGTCTGAGACATTTCCTATTTG  398

seq1  GTAGAGAAGGTATTGAATAGCCTCTGGGCTATCCCAAGTGTTGATAATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAAGGTATTGAATAGCCTCTGGGCTATCCCAAGTGTTGATAATCT  448

seq1  GATTTGCGGAGAAGCATCTCAAATTCATAAGTACTGATTATGGAAGAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCGGAGAAGCATCTCAAATTCATAAGTACTGATTATGGAAGAACA  498

seq1  TTTCACAGGAGGGACAGCATCAGGAAAGAGATGCAGAAGCTGACATGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGGAGGGACAGCATCAGGAAAGAGATGCAGAAGCTGACATGGGA  548

seq1  AGGGCCTGTAGACTGACTCAGTGGGTAAAGGTGCTTGCTGCCAAGCCCGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTGTAGACTGACTCAGTGGGTAAAGGTGCTTGCTGCCAAGCCCGG  598

seq1  TGACCTGAATTTGGTCTCCAGATACATGTGGTGGAGGACCAGCTCCAGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGAATTTGGTCTCCAGATACATGTGGTGGAGGACCAGCTCCAGCA  648

seq1  AACTGTCCCCTGACTTCCACACAAAAGCCATGCATGCATGCATGCACACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCCCCTGACTTCCACACAAAAGCCATGCATGCATGCATGCACACA  698

seq1  CACATACAAAGTGAACAAAAACATGCAGAGAAACATGTGTCTTAGTTAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAAAGTGAACAAAAACATGCAGAGAAACATGTGTCTTAGTTAGG  748

seq1  GCTTTATTGCTGTGAACAGACACCATGATCAAGGACAACATTTCATTGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTGCTGTGAACAGACACCATGATCAAGGACAACATTTCATTGGG  798

seq1  GCTGGCTCACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGCAGGAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTCACAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCATCAAGGCAGGAGCA  848

seq1  TGGCAGCATCGTGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCATCTTCATCTGAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCATCGTGGTGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCATCTTCATCTGAAGG  898

seq1  CTGCTAGAAGACTGACTTCCAGACAGCTAGGACAATGGTATTAAAGACCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGAAGACTGACTTCCAGACAGCTAGGACAATGGTATTAAAGACCA  948

seq1  CGCCCACAGTGACATACTTTTTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCACAGTGACATACTTTTTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATAGTGC  998

seq1  CACTCTCTGGCCCAAGCCTGTACATGACATGTGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTGGCCCAAGCCTGTACATGACATGTGAATTC  1036