BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152J18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,169,884 - 63,375,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763
Upstream geneAnp32a, Coro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1
Downstream gene2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152J18.bB6Ng01-152J18.g
ACCDH948142DH948143
length5431,126
definitionDH948142|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152J18, 5' end.DH948143|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152J18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,169,884 - 63,170,432)(63,374,090 - 63,375,219)
sequence
cagtgtcaaatgtggaaataaaacctaagcggtggtgctatgtaaacctc
tgctatgagggccctgggtccccaccacttggcgaagtaaacagcaagtt
tagacagaatgactactcacttgtagactgtgcctccgttgccatgacca
agggtgtctcgataccgtatgtcttgttcattcatctccacaggaaagaa
agaaaaacaaaaagggtgtcatgctgcggatggaaatgtcaaggaaagca
actctgggccataaacaacaagcaggctgggtcattccaagttcagctgc
aagaacgagaggatcaatacaacatttgctgtccaatttataaaagacga
taccaagggacaaagtgatggaaagtttaatgacaatttgtttgcctggg
tcatttcattaaagtttgataaaaggtgtcaaaatggaatgatataacat
agctcagaagggtcaggtcagagatactgataggagagcggtctccagca
tggcgcagaactaacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattctctggcagatcatccatccatagcctttgcttcctgcagtagtc
tgagtcttcgtgactagcaagaccagccagctccacacatggccatctgt
agccattctgcagccattttgcatatccgtttctcatggatggggccctg
ccattctcctctgaatgctaaccttgcgtcatcagaacccatctttgtag
gaaggtagacgtgtggctgcaggcccactctttgacaacatgtaccatct
gccttctccccagccccattgaccactctgcccagcactgaggtctgcta
gcgggaacattccttgttaaactctctcctgcccatttgagaaggagaaa
tttacttagacctgaaaaacagtctacattctcttgctgtcttgtttaga
tcagaaagagagatgactttggctagaagactttatgccttgtagcagtt
gttcagttagaagtttgcaaaggctcaatgctgtgtggagctggtgtgta
gagctagagggactttcccacttcggatggagtccttaggattttgacct
gacagtctatttttctccttagaatgtgggaaaggaatctgaggttgttt
ttatttctctgtctgtggttggttactgtgtctttagtataaatatatat
cttgtcttacattttctcttagactctcagacttagaggataagacttta
tgcctggtccttgatgactctctgttaacaattatttgagacaacgtatg
aaccagcctaacctagcagtgctgtgtcacaagagttattgatacactca
catttcccctctgagttttgtgaaaggttttaaaatttcagagaacaaca
tagccctgtgtttcatacaaatgggcatatggatgttccatagttatgtg
gaagacagttgatgttttaaattcccggagtaagcagaaccagtcatccc
agcaggtagtgctctcctcactgcggagagctcaggtcagaaagctcgcg
ctttccctttccctagctcctctctgggcattggggcactttagaatcct
ggtatgaactctcttttcaatgcacaagtgcctgaaactgtgaaatcagc
aggtttatttgggcaaatgtccttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63169884_63170432
seq2: B6Ng01-152J18.b_45_593

seq1  GAATTCCAGTGTCAAATGTGGAAATAAAACCTAAGCGGTGGTGCTATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGTCAAATGTGGAAATAAAACCTAAGCGGTGGTGCTATGTA  50

seq1  AACCTCTGCTATGAGGGCCCTGGGTCCCCACCACTTGGCGAAGTAAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGCTATGAGGGCCCTGGGTCCCCACCACTTGGCGAAGTAAACAG  100

seq1  CAAGTTTAGACAGAATGACTACTCACTTGTAGACTGTGCCTCCGTTGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTAGACAGAATGACTACTCACTTGTAGACTGTGCCTCCGTTGCCA  150

seq1  TGACCAAGGGTGTCTCGATACCGTATGTCTTGTTCATTCATCTCCACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAAGGGTGTCTCGATACCGTATGTCTTGTTCATTCATCTCCACAGG  200

seq1  AAAGAAAGAAAAACAAAAAGGGTGTCATGCTGCGGATGGAAATGTCAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGAAAAACAAAAAGGGTGTCATGCTGCGGATGGAAATGTCAAGG  250

seq1  AAAGCAACTCTGGGCCATAAACAACAAGCAGGCTGGGTCATTCCAAGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACTCTGGGCCATAAACAACAAGCAGGCTGGGTCATTCCAAGTTC  300

seq1  AGCTGCAAGAACGAGAGGATCAATACAACATTTGCTGTCCAATTTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAAGAACGAGAGGATCAATACAACATTTGCTGTCCAATTTATAAA  350

seq1  AGACGATACCAAGGGACAAAGTGATGGAAAGTTTAATGACAATTTGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGATACCAAGGGACAAAGTGATGGAAAGTTTAATGACAATTTGTTTG  400

seq1  CCTGGGTCATTTCATTAAAGTTTGATAAAAGGTGTCAAAATGGAATGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCATTTCATTAAAGTTTGATAAAAGGTGTCAAAATGGAATGATA  450

seq1  TAACATAGCTCAGAAGGGTCAGGTCAGAGATACTGATAGGAGAGCGGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGCTCAGAAGGGTCAGGTCAGAGATACTGATAGGAGAGCGGTCT  500

seq1  CCAGCATGGCGCAGAACTAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  549
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATGGCGCAGAACTAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  549

seq1: chr9_63374090_63375219
seq2: B6Ng01-152J18.g_72_1197 (reverse)

seq1  AGAAGGACATTTTGCCAATAAAAACTTGCTGTATTT--CAGTTTCAGGCA  48
      ||||||||| |||||| | | |||| ||||| ||||  ||||||||||||
seq2  AGAAGGACA-TTTGCCCAAATAAACCTGCTG-ATTTCACAGTTTCAGGCA  48

seq1  CTTGTTGCATTAGAAAGAGAGTTCATACCAGGATCTAAAAGTGCCCAATG  98
      |||| ||||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||| |  
seq2  CTTG-TGCATTGAAAAGAGAGTTCATACCAGGATTCTAAAGTGCCCCAAT  97

seq1  GCCCAGGAGAGGAGCTAGGGAAAGGGAAAGCGCGGAGGTTTCTGCCCTGA  148
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||
seq2  GCCCA-GAGAGGAGCTAGGGAAAGGGAAAGCGC-GAGCTTTCTGACCTGA  145

seq1  GCTCTCCGCAGTGAGGAGAGGCACTAACCTGCTGGGATGACTGGTTCTGC  198
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCGCAGTGAGGAGA-GCACT-ACCTGCTGGGATGACTGGTTCTGC  193

seq1  TTACTCCGGG-ATTTAAAACATCAACTGTCTTCCACATACCTATGGAACA  247
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTACTCCGGGAATTTAAAACATCAACTGTCTTCCACATAACTATGGAACA  243

seq1  TCCATATGCCCATTTGTATGAAACACAGGGCTATGTTGTTCTCTGAAATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATGCCCATTTGTATGAAACACAGGGCTATGTTGTTCTCTGAAATT  293

seq1  TTAAAACCTTTCACAAAACTCAGAGGGGAAATGGTGAGTGTATCAATAAC  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCTTTCACAAAACTCAGAGGGGAAAT-GTGAGTGTATCAATAAC  342

seq1  TCTTGTGACACAGCACTGCTAGGTTAGGCTGGTTCATACGTTGTCTCAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGACACAGCACTGCTAGGTTAGGCTGGTTCATACGTTGTCTCAAA  392

seq1  TAATTGTTAACAGAGAGTCATCAAGGACCAGGCATAAAGTCTTATCCTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTAACAGAGAGTCATCAAGGACCAGGCATAAAGTCTTATCCTCT  442

seq1  AAGTCTGAGAGTCTAAGAGAAAATGTAAGACAAGATATATATTTATACTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGAGAGTCTAAGAGAAAATGTAAGACAAGATATATATTTATACTA  492

seq1  AAGACACAGTAACCAACCACAGACAGAGAAAT-AAAACAACCTCAGATTC  546
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGTAACCAACCACAGACAGAGAAATAAAAACAACCTCAGATTC  542

seq1  CTTTCCCACATTCTAAGGAGAAAAATAGACTGTCAGGTCAAAATCCTAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCACATTCTAAGGAGAAAAATAGACTGTCAGGTCAAAATCCTAAG  592

seq1  GACTCCATCCGAAGTGGGAAAGTCCCTCTAGCTCTACACACCAGCTCCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCATCCGAAGTGGGAAAGTCCCTCTAGCTCTACACACCAGCTCCAC  642

seq1  ACAGCATTGAGCCTTTGCAAACTTCTAACTGAACAACTGCTACAAGGCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTGAGCCTTTGCAAACTTCTAACTGAACAACTGCTACAAGGCAT  692

seq1  AAAGTCTTCTAGCCAAAGTCATCTCTCTTTCTGATCTAAACAAGACAGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTTCTAGCCAAAGTCATCTCTCTTTCTGATCTAAACAAGACAGCA  742

seq1  AGAGAATGTAGACTGTTTTTCAGGTCTAAGTAAATTTCTCCTTCTCAAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATGTAGACTGTTTTTCAGGTCTAAGTAAATTTCTCCTTCTCAAAT  792

seq1  GGGCAGGAGAGAGTTTAACAAGGAATGTTCCCGCTAGCAGACCTCAGTGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGAGAGAGTTTAACAAGGAATGTTCCCGCTAGCAGACCTCAGTGC  842

seq1  TGGGCAGAGTGGTCAATGGGGCTGGGGAGAAGGCAGATGGTACATGTTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAGTGGTCAATGGGGCTGGGGAGAAGGCAGATGGTACATGTTGT  892

seq1  CAAAGAGTGGGCCTGCAGCCACACGTCTACCTTCCTACAAAGATGGGTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTGGGCCTGCAGCCACACGTCTACCTTCCTACAAAGATGGGTTC  942

seq1  TGATGACGCAAGGTTAGCATTCAGAGGAGAATGGCAGGGCCCCATCCATG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACGCAAGGTTAGCATTCAGAGGAGAATGGCAGGGCCCCATCCATG  992

seq1  AGAAACGGATATGCAAAATGGCTGCAGAATGGCTACAGATGGCCATGTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGGATATGCAAAATGGCTGCAGAATGGCTACAGATGGCCATGTGT  1042

seq1  GGAGCTGGCTGGTCTTGCTAGTCACGAAGACTCAGACTACTGCAGGAAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTGGCTGGTCTTGCTAGTCACGAAGACTCAGACTACTGCAGGAAGC  1092

seq1  AAAGGCTATGGATGGATGATCTGCCAGAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTATGGATGGATGATCTGCCAGAGAATTC  1126