BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154H13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 6,104,015 - 6,186,171
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdgfd
Upstream geneCasp1, Casp4, Casp12, LOC547033, LOC100039361, LOC100039372, LOC664957, LOC676037
Downstream geneDdi1, EG664919, LOC100039400, LOC100039418, EG547034, Dync2h1, LOC100039658, Dcun1d5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154H13.bB6Ng01-154H13.g
ACCDH949505DH949506
length1,142742
definitionDH949505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H13, 5' end.DH949506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,185,029 - 6,186,171)(6,104,015 - 6,104,754)
sequence
gaattcctcaaaataacacaggacacttcactcagggcaaaatgtttaaa
gtaatctcatctataaaccttgccatatggggtaacatttattaattata
gcattagggtattgattgcttgggtcatatatagcctgctacttaatata
ttgttttctaatttgctctaaaatattttaaaatatgagcagattttcaa
atgacctcaaacattattttaagggtatatgaatgcacaggaactttatg
cccaacaattacatggctgtcacatactgggactgatctctggtcaccac
atcatggaggaggactacagacaacatttatgttcacacagtctgtctat
atatgcacattggatctcagcagctgtgccattccatgagggtaattttt
cacttctcaaatcatgataatgcttttctcccctgaagattccttttcaa
tgacttgccaaggaaaggaaggtggctaactcattagctctgtgtccaaa
gatttgccaaccaatagctgctcaaaagcatttactcttgtaaaaaaata
aataaataaaaatctccaagtcctcaaagttcctaaactggatcttcatg
acctttacacagacatactgcatatttaaagagacttaacacatgaaata
ggttaaaaataaaagtagttaaacatttatctaaattatttcaacatgtt
ttgtatcagacctcaaatttatcaatagcatacagaatagaatagtttca
tataagtgacatgttcccatttctcttgttggtttttaagaactaaattt
agaaaatatgagtgtcttacattaatttacattcccaaccaaaagaagaa
gacaaaaacaaaccaaccaaccaacaaataaaataaggcatattaatcca
tctttgtctactgccatcccagagttaaattatcataatgtttcaaaaag
ttgattctttacaagttggtaattgagtatacatactggttttttatggt
attgaatatttgtttctaagatttgaacacacagaaaaccataactatta
gtcttaaaagttcaattaagttacttttcagtcaactttattcagtgtat
gtaatattcagaggaactgtaccttacttaagtgtagaaaat

gaattcaatagttcttgttgcaactaaatacaattgctgtacagaatttt
gtaggttccctctttaaatctgagtttctctttaacatagagaatatata
cgatgatcatttttacatccatgttgactgaaaactctaacttatttcta
cagtgaaagttattatttgagttttttgggatttttttgttgttgttgtt
ttgtttggtttggtttttggtttttgctttataaatttgatttacaatgt
cttttcttaactgtttttctgaagtcctttaagcctctctataatgtgat
tagaaataataaagccctctcatagctgttaaaatagagttatacacaaa
taggggcactgcaagacgaccatctaaggggaagctgagaaagtaaaaca
acagactgttcactaaaagtgcttcctttataatggtgctatgactcagt
aaggccagaatgcagacagagtgttaatggtatgatgtctctgtcattat
ttccagaatctccacttaactcttgtgctattagcagccttctgtcctct
aggatctccttactgagattccttataagtgctaatcaaaactactctac
accagagaaagagactattagaattttcaaagcatcttctcacatggatc
atcagatcttgatctttttaccatgggatttcaattgacaaggctatgtt
aggtttgtgctgtgttattgacctcaatctaaaatttttatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_6185029_6186171
seq2: B6Ng01-154H13.b_49_1190 (reverse)

seq1  ATTTTCTACACTTTAGTAAGGGTACAGTTTCTCTG-ATATTACATACACT  49
      ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTTCTACACTTAAGTAA-GGTACAGTTCCTCTGAATATTACATACACT  49

seq1  GATTAAAGTTTTGACTGAAAAGTAACTTTTAATTTGACTTTTAAGACT-A  98
      || |||||  ||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||| |
seq2  GAATAAAG--TTGACTGAAAAGTAAC--TTAATTGAACTTTTAAGACTAA  95

seq1  TAGTTATGGTTTTCTGTGTGTTCAGATCTTAG-AACAAATATTTCAATAC  147
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TAGTTATGGTTTTCTGTGTGTTCAAATCTTAGAAACAAATA-TTCAATAC  144

seq1  CAT-AAAAACCAGTATGTATACTCAATTACCAACTTGT-AAGAATCAACT  195
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATAAAAAACCAGTATGTATACTCAATTACCAACTTGTAAAGAATCAACT  194

seq1  TTTTGAAACATTATGATAATTTAACTCCTGGATGGCAGTAGACAAAGATG  245
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAACATTATGATAATTTAACTCTGGGATGGCAGTAGACAAAGATG  244

seq1  GATTAATATGCCTTATTTTATTTGTTGGTTGGTTGGTTTGTTTTTGTCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATATGCCTTATTTTATTTGTTGGTTGGTTGGTTTGTTTTTGTCTT  294

seq1  CTTCTTTTGGTTGGGAATGTAAATTAATGTAAGACACTCATATTTTCTAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTGGTTGGGAATGTAAATTAATGTAAGACACTCATATTTTCTAA  344

seq1  ATTTAGTTCTTAAAAACCAACAAGAGAAATGGGAACATGTCACTTATATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTCTTAAAAACCAACAAGAGAAATGGGAACATGTCACTTATATG  394

seq1  AAACTATTCTATTCTGTATGCTATTGATAAATTTGAGGTCTGATACAAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATTCTATTCTGTATGCTATTGATAAATTTGAGGTCTGATACAAAA  444

seq1  CATGTTGAAATAATTTAGATAAATGTTTAACTACTTTTATTTTTAACCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGAAATAATTTAGATAAATGTTTAACTACTTTTATTTTTAACCTA  494

seq1  TTTCATGTGTTAAGTCTCTTTAAATATGCAGTATGTCTGTGTAAAGGTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTGTTAAGTCTCTTTAAATATGCAGTATGTCTGTGTAAAGGTCA  544

seq1  TGAAGATCCAGTTTAGGAACTTTGAGGACTTGGAGATTTTTATTTATTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATCCAGTTTAGGAACTTTGAGGACTTGGAGATTTTTATTTATTTA  594

seq1  TTTTTTTACAAGAGTAAATGCTTTTGAGCAGCTATTGGTTGGCAAATCTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTACAAGAGTAAATGCTTTTGAGCAGCTATTGGTTGGCAAATCTT  644

seq1  TGGACACAGAGCTAATGAGTTAGCCACCTTCCTTTCCTTGGCAAGTCATT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACAGAGCTAATGAGTTAGCCACCTTCCTTTCCTTGGCAAGTCATT  694

seq1  GAAAAGGAATCTTCAGGGGAGAAAAGCATTATCATGATTTGAGAAGTGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAATCTTCAGGGGAGAAAAGCATTATCATGATTTGAGAAGTGAA  744

seq1  AAATTACCCTCATGGAATGGCACAGCTGCTGAGATCCAATGTGCATATAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACCCTCATGGAATGGCACAGCTGCTGAGATCCAATGTGCATATAT  794

seq1  AGACAGACTGTGTGAACATAAATGTTGTCTGTAGTCCTCCTCCATGATGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACTGTGTGAACATAAATGTTGTCTGTAGTCCTCCTCCATGATGT  844

seq1  GGTGACCAGAGATCAGTCCCAGTATGTGACAGCCATGTAATTGTTGGGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCAGAGATCAGTCCCAGTATGTGACAGCCATGTAATTGTTGGGCA  894

seq1  TAAAGTTCCTGTGCATTCATATACCCTTAAAATAATGTTTGAGGTCATTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTCCTGTGCATTCATATACCCTTAAAATAATGTTTGAGGTCATTT  944

seq1  GAAAATCTGCTCATATTTTAAAATATTTTAGAGCAAATTAGAAAACAATA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTGCTCATATTTTAAAATATTTTAGAGCAAATTAGAAAACAATA  994

seq1  TATTAAGTAGCAGGCTATATATGACCCAAGCAATCAATACCCTAATGCTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTAGCAGGCTATATATGACCCAAGCAATCAATACCCTAATGCTA  1044

seq1  TAATTAATAAATGTTACCCCATATGGCAAGGTTTATAGATGAGATTACTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAATAAATGTTACCCCATATGGCAAGGTTTATAGATGAGATTACTT  1094

seq1  TAAACATTTTGCCCTGAGTGAAGTGTCCTGTGTTATTTTGAGGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTTGCCCTGAGTGAAGTGTCCTGTGTTATTTTGAGGAATTC  1142


seq1: chr9_6104015_6104754
seq2: B6Ng01-154H13.g_66_807

seq1  GAATTCAATAGTTCTTGTTGCAACTAAATACAATTGCTGTACAGAATTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGTTCTTGTTGCAACTAAATACAATTGCTGTACAGAATTTT  50

seq1  GTAGGTTCCCTCTTTAAATCTGAGTTTCTCTTTAACATAGAGAATATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTCCCTCTTTAAATCTGAGTTTCTCTTTAACATAGAGAATATATA  100

seq1  CGATGATCATTTTTACATCCATGTTGACTGAAAACTCTAACTTATTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGATCATTTTTACATCCATGTTGACTGAAAACTCTAACTTATTTCTA  150

seq1  CAGTGAAAGTTATTATTTGAGTTTTTTGGGATTTTTTTGTTGTTGTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAAGTTATTATTTGAGTTTTTTGGGATTTTTTTGTTGTTGTTGTT  200

seq1  TTGTTTGGTTTGGTTTTTGGTTTTTGCTTTATAAATTTGATTTACAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGTTTGGTTTTTGGTTTTTGCTTTATAAATTTGATTTACAATGT  250

seq1  CTTTTCTTAACTGTTTTTCTGAAGTCCTTTAAGCCTCTCTATAATGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTAACTGTTTTTCTGAAGTCCTTTAAGCCTCTCTATAATGTGAT  300

seq1  TAGAAATAATAAAGCCCTCTCATAGCTGTTAAAATAGAGTTATACACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAATAAAGCCCTCTCATAGCTGTTAAAATAGAGTTATACACAAA  350

seq1  TAGGGGCACTGCAAGACGACCATCTAAGGGGAAGCTGAGAAAGTAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCACTGCAAGACGACCATCTAAGGGGAAGCTGAGAAAGTAAAACA  400

seq1  ACAGACTGTTCACTAAAAGTGCTTCCTTTATAATGGTGCTATGACTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGTTCACTAAAAGTGCTTCCTTTATAATGGTGCTATGACTCAGT  450

seq1  AAGGCCAGAATGCAGACAGAGTGTTAATGGTATGATGTCTCTGTCATTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGAATGCAGACAGAGTGTTAATGGTATGATGTCTCTGTCATTAT  500

seq1  TTCCAGAATCTCCACTTAACTCTTGTGCTATTAGCAGCCTTCTGTCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAATCTCCACTTAACTCTTGTGCTATTAGCAGCCTTCTGTCCTCT  550

seq1  AGGATCTCCTTACTGAGATTCCTTATAAGTGCTAATCAAAACTACTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTCCTTACTGAGATTCCTTATAAGTGCTAATCAAAACTACTCTAC  600

seq1  ACCAGAGAAAGAGACTATTAGAA-TTTCAAAGCATCTTCTCACATGGATC  649
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGAAAGAGACTATTAGAATTTTCAAAGCATCTTCTCACATGGATC  650

seq1  ATCAGATCTTGATC-TTTTACCATGGGATTTCAATTGACAAGGCTATGTT  698
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATCTTGATCTTTTTACCATGGGATTTCAATTGACAAGGCTATGTT  700

seq1  AGGTTTGTGCTGTGTTATTGACCTCAATCTAAAATTTTTATG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGTGCTGTGTTATTGACCTCAATCTAAAATTTTTATG  742


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |