BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155I05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 67,527,598 - 67,660,493
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik
Upstream geneCar12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, Tln2, LOC100041390
Downstream geneEG244911, Vps13c, LOC100041451, Rora, 9530091C08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155I05.bB6Ng01-155I05.g
ACCDH950275DH950276
length1,137395
definitionDH950275|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I05, 5' end.DH950276|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,659,343 - 67,660,493)(67,527,598 - 67,527,998)
sequence
gaattctttgcctttctgtttaaggagcttccctgcagaatagaatgttt
cagtctaggaagaaactgttacataataactggggctacttctgtcgtct
actagaagctcaaaatcactggggaatgaggctggagagatgatgtcata
gctaggagctcatactgctctttgagagagtcttagttctgttttcagca
tccacatcaaagagttcataactcctataactccagctcttcgggatctg
atgccctcttctagcatctgtgagcacctgcacacacatgcacataccaa
ttactcacacacacacacacacatgaaatttaaaataatacatatattaa
ttatatatatacatatatatatgaaaacttgactgaaactgggtaattct
ctgcctctcactaactgtgacttgggacacatttcttgaccttgctgttt
ctcagtttcctccactacatgttggggattgaaactgggcctatagaaaa
attatagagtggtcgtgagaataaaatatgaccttagtgtgaacttaatt
ctccataatagcttaacatacatggaagctcagtgagcatcccttgttag
cacagacattgatcacaaaacaggtacaggattagcaaactggaatcaga
gtgcacaaaagatattgtccattggggtggtatgcttggttgtgcctata
atcccagatacaagagagactgaagcgagagaattgcaagttcaaggtca
gcttgggcagcctagcaagatcctgtctcaaaataaaaggttaaaaaaat
ggggctgggcacatagctcagtggcaaacttttgcctggtgtgggcaagg
tcctgggtcctggatcagtctccaatactgctatcatcaaactgctttca
tggagtggaggaatgatgagtggggccaagctgacacatttacaggttct
tgtttatctgtgtgttttctatattcatatgtgtgtacgtgggcatatac
acatatgtatgtacttgtactggcgtctagagtcagcatcagtgcctcct
ccgtgctttcataattattataattctattactatttgctactgctgtct
catagcctggagctcgcttgagctggatgctggcctg
atagagatctgcctgcctctgtctcctgagtgctagaattaaaggcatgc
agcgccaccatccagcctgttattgctattctgtaggtgatcttctgaga
tcacatgcatgtcctgtcaggaaaggttcatttcctgtgattctcttatg
ttagccggtatctttgctatctatggatagtattttcctgagttactgtg
ctgatgattgaagggtacctctttaagatttttaatttacattttaatgt
gagtgtatgcatctctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtatct
ccctctccctctttccctctccctcccccctctgtgtgtgtgtgtgtctg
tctctgtgtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_67659343_67660493
seq2: B6Ng01-155I05.b_48_1184 (reverse)

seq1  CAGGCCAGCCATTCAAGCGTCAGCGAGCTCCAGGTCTATGAGACAGCCAG  50
      |||||||||   || |||   ||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  CAGGCCAGC--ATCCAGCTCAAGCGAGCTCCAGG-CTATGAGACAG-CAG  46

seq1  TAGCAAAATAGTAATAGTATTAATAAATAATATGGAAAGCCACGGAGGAA  100
      |||| |||||||||||| ||||   ||||||   ||||| |||||||| |
seq2  TAGC-AAATAGTAATAGAATTA--TAATAATTATGAAAG-CACGGAGG-A  91

seq1  GGCAACTGATGCTGACCTCTAGACGCCAAGTACAAGTACATACATATGTG  150
      ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGC-ACTGATGCTGA-CTCTAGACGCC-AGTACAAGTACATACATATGTG  138

seq1  TATATGCCCACGTACACACATATGAATATAGAAAACACACAGATAAACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCCCACGTACACACATATGAATATAGAAAACACACAGATAAACAA  188

seq1  GAACCTGTAAATGTTGTCAGCTTGGCCCCACTCATCATTTCCTCCACTCC  250
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAACCTGTAAATG-TGTCAGCTTGGCCCCACTCATCA-TTCCTCCACTCC  236

seq1  ATGAAAGCAGTTTGATGATAGCAGTATTGGAGACTGATCCAGGACCCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCAGTTTGATGATAGCAGTATTGGAGACTGATCCAGGACCCAGG  286

seq1  ACCTTGCCCACACCAGGCAAAAGTTTGCCACTGAGCTATGTGCCCAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCCACACCAGGCAAAAGTTTGCCACTGAGCTATGTGCCCAGCCC  336

seq1  CATTTTTTTAACCTTTTATTTTGAGACAGGATCTTGCTAGGCTGCCCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTTAACCTTTTATTTTGAGACAGGATCTTGCTAGGCTGCCCAAG  386

seq1  CTGACCTTGAACTTGCAATTCTCTCGCTTCAGTCTCTCTTGTATCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTGAACTTGCAATTCTCTCGCTTCAGTCTCTCTTGTATCTGGGA  436

seq1  TTATAGGCACAACCAAGCATACCACCCCAATGGACAATATCTTTTGTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGCACAACCAAGCATACCACCCCAATGGACAATATCTTTTGTGCA  486

seq1  CTCTGATTCCAGTTTGCTAATCCTGTACCTGTTTTGTGATCAATGTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATTCCAGTTTGCTAATCCTGTACCTGTTTTGTGATCAATGTCTGT  536

seq1  GCTAACAAGGGATGCTCACTGAGCTTCCATGTATGTTAAGCTATTATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAAGGGATGCTCACTGAGCTTCCATGTATGTTAAGCTATTATGGA  586

seq1  GAATTAAGTTCACACTAAGGTCATATTTTATTCTCACGACCACTCTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGTTCACACTAAGGTCATATTTTATTCTCACGACCACTCTATAA  636

seq1  TTTTTCTATAGGCCCAGTTTCAATCCCCAACATGTAGTGGAGGAAACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTATAGGCCCAGTTTCAATCCCCAACATGTAGTGGAGGAAACTGA  686

seq1  GAAACAGCAAGGTCAAGAAATGTGTCCCAAGTCACAGTTAGTGAGAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCAAGGTCAAGAAATGTGTCCCAAGTCACAGTTAGTGAGAGGCA  736

seq1  GAGAATTACCCAGTTTCAGTCAAGTTTTCATATATATATGTATATATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTACCCAGTTTCAGTCAAGTTTTCATATATATATGTATATATATA  786

seq1  ATTAATATATGTATTATTTTAAATTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATATATGTATTATTTTAAATTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTA  836

seq1  ATTGGTATGTGCATGTGTGTGCAGGTGCTCACAGATGCTAGAAGAGGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTATGTGCATGTGTGTGCAGGTGCTCACAGATGCTAGAAGAGGGCA  886

seq1  TCAGATCCCGAAGAGCTGGAGTTATAGGAGTTATGAACTCTTTGATGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCCCGAAGAGCTGGAGTTATAGGAGTTATGAACTCTTTGATGTGG  936

seq1  ATGCTGAAAACAGAACTAAGACTCTCTCAAAGAGCAGTATGAGCTCCTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAAAACAGAACTAAGACTCTCTCAAAGAGCAGTATGAGCTCCTAG  986

seq1  CTATGACATCATCTCTCCAGCCTCATTCCCCAGTGATTTTGAGCTTCTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACATCATCTCTCCAGCCTCATTCCCCAGTGATTTTGAGCTTCTAG  1036

seq1  TAGACGACAGAAGTAGCCCCAGTTATTATGTAACAGTTTCTTCCTAGACT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGACAGAAGTAGCCCCAGTTATTATGTAACAGTTTCTTCCTAGACT  1086

seq1  GAAACATTCTATTCTGCAGGGAAGCTCCTTAAACAGAAAGGCAAAGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTCTATTCTGCAGGGAAGCTCCTTAAACAGAAAGGCAAAGAATT  1136

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1137

seq1: chr9_67527598_67527998
seq2: B6Ng01-155I05.g_68_468

seq1  GAATTCATAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCTCCTGAGTGCTAGAATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAGATCTGCCTGCCTCTGTCTCCTGAGTGCTAGAATTAAAG  50

seq1  GCATGCAGCGCCACCATCCAGCCTGTTATTGCTATTCTGTAGGTGATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAGCGCCACCATCCAGCCTGTTATTGCTATTCTGTAGGTGATCTT  100

seq1  CTGAGATCACATGCATGTCCTGTCAGGAAAGGTTCATTTCCTGTGATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATCACATGCATGTCCTGTCAGGAAAGGTTCATTTCCTGTGATTCT  150

seq1  CTTATGTTAGCCGGTATCTTTGCTATCTATGGATAGTATTTTCCTGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTTAGCCGGTATCTTTGCTATCTATGGATAGTATTTTCCTGAGTT  200

seq1  ACTGTGCTGATGATTGAAGGGTACCTCTTTAAGATTTTTAATTTACATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTGATGATTGAAGGGTACCTCTTTAAGATTTTTAATTTACATTT  250

seq1  TAATGTGAGTGTATGCATCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGAGTGTATGCATCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCT  300

seq1  GTATCTCCCTCTCCCTCTTTCCCTCTCCCTCCCCCCTCTGTGTGTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCCCTCTCCCTCTTTCCCTCTCCCTCCCCCCTCTGTGTGTGTGTG  350

seq1  TGTCTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTG  400

seq1  T  401
      |
seq2  T  401