BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161B08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 96,423,157 - 96,539,821
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667174, Rasa2
Upstream geneLOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1, AI427122, 1700065D16Rik, Xrn1, Gk5, Tfdp2, 1110029I05Rik, Atp1b3, BC043934, Rnf7
Downstream geneZbtb38, EG622512, LOC100040230, LOC667216, Acpl2, LOC19034, LOC667226, Spsb4, LOC100040254, Slc25a36, EG622727, LOC384971, Trim42, Clstn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161B08.bB6Ng01-161B08.g
ACCDH954293DH954294
length1,1121,077
definitionDH954293|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161B08, 5' end.DH954294|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,423,157 - 96,424,289)(96,538,728 - 96,539,821)
sequence
gaattcctttctcagacacaaaaccaggccaacacctagctatgtgacag
gaaagttgcaggcatgaggtaatgtctaaggaggaatgtcctctgatgca
aacgagaccaaagtgcaggacaaactctgatgaaggatcacaaagacttt
ttgttcaagacttgctagctagacgctctataaacagcaatggaggataa
acaagaaaacagttgttcattcctgaagtaaacccagagtcccccatctc
tggttagcattaccctctttttcagctccctgtgttgcccagggctatgt
tagccatggcctaagtgtgagttccagaataccacagtgagtgctgtgga
ggccagaggacagtttacagcggtcagttctcggcttttgccctgtgttt
ttgggaattaaagatgggtttctcggtttggtggcatgtgccttctactg
agcccaacaagtaggtttttgttcttaattattttatttagggggctgga
gagatggctcagcagttaagagtactgactgctcttttagaggtcctgaa
ttcaattcccaggacctttatgctggctcacaaccatctgtaatggaatc
cagtgccctcttctggtgggtctgaggaaagcaacagtatactcacatac
ataaaataaatgattccttaatgattttctttaaataaccggcctgacaa
gatattgtccactggtgcagtagtgacacagatatttatgggagttacca
actactttctgcttagatcgagtgcccgatccgtgaggtggagcttatgc
ccaacactgtttccagggccaagactgtatggctaggtaggttatagacc
ccaggggtgactacctaatgctctgctacattgatatagccttaaatgac
tcccagtgacttcttactatactcatagagttgtatatttaaaggatact
acctatcactccacaccctcaggagccgctctgtgctttccactcagggt
ggctgggatcccatgctctgggtagagctgcctgactctcacacctctgt
tctagtgatactcaagcgggggggaacgataagttagcttctccctagaa
ctataacttact
gaattccccttgtgcctgaatccttgactcttagccctcattgcccttcc
attcccagctttgtttcatgagggactttgggtcggctctttagcaccct
tccccccagttacgttttatttgcttgcatgtgtgtgcctggaggccgaa
gaggcgttggatcccctagaactggagttacagaccatcatgagtcgtca
tgtgggagctgggaattgaacctcagtcctctggaagagcagccggtggc
tcttaaccactgagccgtctctccagcctcagccagttcttcgtgaagtt
atactctctcttggctgagacttgagaagattttgaaagtatcatttaac
caactaccattctaatgtattctcggggcactaaggagaggagggggcac
cggaactttctctgagcagagccacgtgggtccacatttccttgactcct
ggaggtgcccatgcggatctgtactagccaggttagtgacaggaacactg
ggaggccctagcagtatcttaagagtgcgggactccattagaccatgtcc
tgaaggtcccatggctgctgggttggcaggggctgcctggcctgaggtac
tctagcctggcacttaactactgaataactgatgggtggctctgggatgc
tggatgagtggatagggctgcccagacaaatgaagaaatgtcctggcaca
gagtccatgaaccaagtgcagagttgctcaacggttccacccttcgtggc
tgttgttttatcagtgaaaagtgacaagaagagtggactggaggaggggt
gaacgcaccatcataattcaaaaggaaggagcctcgggacacttgaagtc
actctgggcaaagggcatatgctgccttatgctcccgcagccgggccttt
aaccgtttcctcaagagctaaacttctttgaaagtattttaaagatgagc
tggagccttcggataaaaaaaaaaatgtcacatattttaccagttttgtc
atgccttgttaggttctgagtaatcttaaagctctctgagcctttcatca
cttcccatgtcagcttggctagaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_96423157_96424289
seq2: B6Ng01-161B08.b_45_1156

seq1  GAATTCCTTTCTCAGACACAAAACCAGGCCAACACCTAGCTATGTGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTCTCAGACACAAAACCAGGCCAACACCTAGCTATGTGACAG  50

seq1  GAAAGTTGCAGGCATGAGGTAATGTCTAAGGAGGAATGTCCTCTGATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTGCAGGCATGAGGTAATGTCTAAGGAGGAATGTCCTCTGATGCA  100

seq1  AACGAGACCAAAGTGCAGGACAAACTCTGATGAAGGATCACAAAGACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGACCAAAGTGCAGGACAAACTCTGATGAAGGATCACAAAGACTTT  150

seq1  TTGTTCAAGACTTGCTAGCTAGACGCTCTATAAACAGCAATGGAGGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAAGACTTGCTAGCTAGACGCTCTATAAACAGCAATGGAGGATAA  200

seq1  ACAAGAAAACAGTTGTTCATTCCTGAAGTAAACCCAGAGTCCCCCATCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAACAGTTGTTCATTCCTGAAGTAAACCCAGAGTCCCCCATCTC  250

seq1  TGGTTAGCATTACCCTCTTTTTCAGCTCCCTGTGTTGCCCAGGGCTATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGCATTACCCTCTTTTTCAGCTCCCTGTGTTGCCCAGGGCTATGT  300

seq1  TAGCCATGGCCTAAGTGTGAGTTCCAGAATACCACAGTGAGTGCTGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATGGCCTAAGTGTGAGTTCCAGAATACCACAGTGAGTGCTGTGGA  350

seq1  GGCCAGAGGACAGTTTACAGCGGTCAGTTCTCGGCTTTTGCCCTGTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGAGGACAGTTTACAGCGGTCAGTTCTCGGCTTTTGCCCTGTGTTT  400

seq1  TTGGGAATTAAAGATGGGTTTCTCGGTTTGGTGGCATGTGCCTTCTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAATTAAAGATGGGTTTCTCGGTTTGGTGGCATGTGCCTTCTACTG  450

seq1  AGCCCAACAAGTAGGTTTTTGTTCTTAATTATTTTATTTAGGGGGCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAACAAGTAGGTTTTTGTTCTTAATTATTTTATTTAGGGGGCTGGA  500

seq1  GAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTACTGACTGCTCTTTTAGAGGTCCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGTACTGACTGCTCTTTTAGAGGTCCTGAA  550

seq1  TTCAATTCCCAGGACCTTTATGCTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTCCCAGGACCTTTATGCTGGCTCACAACCATCTGTAATGGAATC  600

seq1  CAGTGCCCTCTTCTGGTGGGTCTGAGGAAAGCAACAGTATACTCACATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTCTTCTGGTGGGTCTGAGGAAAGCAACAGTATACTCACATAC  650

seq1  ATAAAATAAATGATTCCTTAATGATTTTCTTTAAATAACCGGCCTGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAATGATTCCTTAATGATTTTCTTTAAATAACCGGCCTGACAA  700

seq1  GATATTGTCCACTGGTGCAGTAGTGACACAGATATTTATGGGAGTTACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTGTCCACTGGTGCAGTAGTGACACAGATATTTATGGGAGTTACCA  750

seq1  ACTACTTTCTGCTTAGATCGAGTGCCCGATCCGTGAGGTGGAGCTTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTTCTGCTTAGATCGAGTGCCCGATCCGTGAGGTGGAGCTTATGC  800

seq1  CCAACACTGTTTCCAGGGCCAAGACTGTATGGCTAGGTAGGTTATAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACTGTTTCCAGGGCCAAGACTGTATGGCTAGGTAGGTTATAGACC  850

seq1  CCAGGGGTGACTACCTAATGCTCTGCTACATTGATATAGCCTTAAAATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGGGGTGACTACCTAATGCTCTGCTACATTGATATAGCCTT-AAATGA  899

seq1  CTCCCAGTGACTTCTTACTATACTCATAGAGTTGTATATTTAAAGGATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTGACTTCTTACTATACTCATAGAGTTGTATATTTAAAGGATAC  949

seq1  TACCCTATTCACTCCACACCCTCCAGGAGCCGCTCTGTGCTTTCCCACCT  1000
      || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  
seq2  TA-CCTA-TCACTCCACACCCT-CAGGAGCCGCTCTGTGCTTT-CCAC--  993

seq1  CCAGGGTGGCTGGGATTCCCCATGCTTCCTTGGGTAGAGCTGCCCTGACT  1050
       |||||||||||||||  ||||||||    |||||||||||| |||||||
seq2  TCAGGGTGGCTGGGAT--CCCATGCT---CTGGGTAGAGCTG-CCTGACT  1037

seq1  CTCACCACCTCCTGTTTCTAAGGTGATACTC-AGCGGAGGGAGAACGATA  1099
      |||| ||||| ||| |||||  ||||||||| ||||| ||| ||||||||
seq2  CTCA-CACCT-CTG-TTCTA--GTGATACTCAAGCGG-GGGGGAACGATA  1081

seq1  GTATTAAGCTCTCTCCTAGGACCTATAACTTACT  1133
        | | |||| |||||   || ||||||||||||
seq2  --AGTTAGCT-TCTCCCTAGAACTATAACTTACT  1112

seq1: chr9_96538728_96539821
seq2: B6Ng01-161B08.g_67_1143 (reverse)

seq1  TTCTTCTTAGCAAAGCTGGACATGGGGAAGTTGATGAAAGACTCAGAGAG  50
      |||||| |||| ||||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTCTTC-TAGCCAAGCT-GACAT-GGGAAG-TGATGAAAGGCTCAGAGAG  46

seq1  CTTTTAAGATTTTACTTCAGAACCAAACAAGGCCATGACAAAACTGGTAA  100
      | |||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  C-TTTAAGA--TTAC-TCAGAACCTAACAAGG-CATGACAAAACTGGTAA  91

seq1  AATATGTGGACATTTTTTTTTTTTATCCCGAAGGCTCCAGCTCATCTGTT  150
      ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||
seq2  AATATGT-GACA-TTTTTTTTTTTAT-CCGAAGGCTCCAGCTCATC--TT  136

seq1  TAAAATACTTTCAAAGAAGTTTAGCTCCTGGAGGAAGCGGTTAAAGGCCC  200
      |||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||
seq2  TAAAATACTTTCAAAGAAGTTTAGCT-CTTGAGGAAACGGTTAAAGGCCC  185

seq1  GGCTGCGGGAGCATAAGGCAGCATATGCCCTTTGGCCAGAGTGACTTCAG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GGCTGCGGGAGCATAAGGCAGCATATGCCCTTTGCCCAGAGTGACTTCAA  235

seq1  GTGTCCCGAGGCTCCCTTCCTTTTGAATTATGATGGTGCGTTCACCCCTC  300
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCGAGGCT-CCTTCCTTTTGAATTATGATGGTGCGTTCACCCCTC  284

seq1  CTCCAGTCCACTCTTCTTGTCACTTTTCACTGATAAAACAACAGCCACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCCAGTCCACTCTTCTTGTCACTTTTCACTGATAAAACAACAGCCACG-  333

seq1  AAGGGTGGAACCGTTGAGCAACTCTGCACTTGGTTCATGGACTCTGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGGAACCGTTGAGCAACTCTGCACTTGGTTCATGGACTCTGTGCC  383

seq1  AGGACATTTCTTCATTTGTCTGGGCAGCCCTATCCACTCATCCAGCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTTCTTCATTTGTCTGGGCAGCCCTATCCACTCATCCAGCATCC  433

seq1  CAGAGCCACCCATCAGTTATTCAGTAGTTAAGTGCCAGGCTAGAGTACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCACCCATCAGTTATTCAGTAGTTAAGTGCCAGGCTAGAGTACCT  483

seq1  CAGGCCAGGCAGCCCCTGCCAACCCAGCAGCCATGGGACCTTCAGGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCAGGCAGCCCCTGCCAACCCAGCAGCCATGGGACCTTCAGGACAT  533

seq1  GGTCTAATGGAGTCCCGCACTCTTAAGATACTGCTAGGGCCTCCCAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAATGGAGTCCCGCACTCTTAAGATACTGCTAGGGCCTCCCAGTGT  583

seq1  TCCTGTCACTAACCTGGCTAGTACAGATCCGCATGGGCACCTCCAGGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCACTAACCTGGCTAGTACAGATCCGCATGGGCACCTCCAGGAGT  633

seq1  CAAGGAAATGTGGACCCACGTGGCTCTGCTCAGAGAAAGTTCCGGTGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAATGTGGACCCACGTGGCTCTGCTCAGAGAAAGTTCCGGTGCCC  683

seq1  CCTCCTCTCCTTAGTGCCCCGAGAATACATTAGAATGGTAGTTGGTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTCCTTAGTGCCCCGAGAATACATTAGAATGGTAGTTGGTTAAA  733

seq1  TGATACTTTCAAAATCTTCTCAAGTCTCAGCCAAGAGAGAGTATAACTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTTTCAAAATCTTCTCAAGTCTCAGCCAAGAGAGAGTATAACTTC  783

seq1  ACGAAGAACTGGCTGAGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGGTTAAGAGCCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGAACTGGCTGAGGCTGGAGAGACGGCTCAGTGGTTAAGAGCCACC  833

seq1  GGCTGCTCTTCCAGAGGACTGAGGTTCAATTCCCAGCTCCCACATGACGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCTTCCAGAGGACTGAGGTTCAATTCCCAGCTCCCACATGACGA  883

seq1  CTCATGATGGTCTGTAACTCCAGTTCTAGGGGATCCAACGCCTCTTCGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGATGGTCTGTAACTCCAGTTCTAGGGGATCCAACGCCTCTTCGGC  933

seq1  CTCCAGGCACACACATGCAAGCAAATAAAACGTAACTGGGGGGAAGGGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCACACACATGCAAGCAAATAAAACGTAACTGGGGGGAAGGGTG  983

seq1  CTAAAGAGCCGACCCAAAGTCCCTCATGAAACAAAGCTGGGAATGGAAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAGCCGACCCAAAGTCCCTCATGAAACAAAGCTGGGAATGGAAGG  1033

seq1  GCAATGAGGGCTAAGAGTCAAGGATTCAGGCACAAGGGGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAGGGCTAAGAGTCAAGGATTCAGGCACAAGGGGAATTC  1077