BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161O06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 70,656,908 - 70,798,772
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLipc, LOC100041622
Upstream geneBnip2, LOC624164, Gtf2a2, Gcnt3, 6430514L14Rik, Myo1e, Ccnb2, Rnf111, Sltm, B230380D07Rik, Adam10, Cycs-ps1
Downstream geneLOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik, LOC100041660, Aldh1a2, Grinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1, Tcf12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161O06.bB6Ng01-161O06.g
ACCDH954879DH954880
length1,040935
definitionDH954879|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161O06, 5' end.DH954880|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161O06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,797,725 - 70,798,772)(70,656,908 - 70,657,856)
sequence
gaattcttgccctgcctcccttcattgataaactgtgacgaagaattata
agctgaaataaaccctttttccctacaagctgctttggtgttttaccaga
gcagccctaagacaaggccagaagagggtgtcagatctcctggagctgaa
gttacaggtgactgaactgccaggcataggtgttgggaactgaacttagg
tgccctgcaaaagctctatgtgttgttaaccactgagctctctctccagt
gcccccaaccactaaatttcttgatttttatgtagaaaaatgactatctt
tggaaatgcaccttgaagtacttaggtatttagatatgaacttattctca
agtggtttgtgacatatgaacttattctcaaatggtttggaatgttttct
atatgtagaagcagagtggacagtaaagcagaggggtggaggaaggtaag
ctgtgctctcagcagaggctgtaggctcattcacctttcaccatttctaa
aatgggtgtcaactgccagcaattataacaaaactctatgtaatggggct
aagtgggaacttaaggggaaaatgaaccccaccgtgtattaagtgtgagg
ggcgcggtcagagcggtgtgggaagtagagatccagatccacaagtgaaa
aaatgaactaaaattctgacttaaaatctcctgagaaaagtcaacatgga
agtagaaaataataaataataaggacaggaataatctagataaaagaaaa
ttagtgtaggtatataagtttaaatgttcgttttctgagcagataatcag
gtagagggctggagaattggctcagtgtttaagagcaagcactgctctgg
cagaggacccaggttctattcccagcacccatactgggtgactcacaatt
gcctgtaactagttccttgaaatctgacactctcttcagtcttctcagac
atctacactcatgagcacagatgaatacgcgtacacatatgcatacgcat
acacatgtgcatagataactgcaaatatcttttgaaagat
gaattcaacatgaaaaagccttttaggttaggctatggctcagcagggag
aaagtttgtctagcatgtgcagggctctgagttcagccctgagccaagaa
ctaatttattcttatttgaatgcgcataaacacttttattaattctggtg
gaattacaaaggttaagggagaaggcatgatcgctttgcttgcttacctt
atgatgtgtttaattggattgctaataaaatgatttgccccccccccccc
aaattaccctgtgacttcaaagagtccagataagcctgtgttctgacagg
agaaagggattcacatcttgtggataaaaggcctgacggagtctgctgac
ctggaatgaggtgaggtgactccctccagagagaaatctggggtgagccc
atgctgttaaaaaaaaatcctaattctcattcctgtggactctactagtg
ccatttattaaaataaacaaagaccagactttttcttctcccagaggctg
tggtgaacccaaggcacagaatttgtgaaaggcgaatgttttgtttccat
tgatccagaacagggcaagggactatataagtatgtgtatgtgggatgtg
tattccagcggccatatcgaagttcaacacttagggccccatagcttgac
acccagatacaagaagactgggcacctgcccttttgtgggtagtttgtta
gggtgttgtcggctgcctaagaaagaagatagggaaagagtgccctgtgt
ctgtgtatatgtatattatgcctctgtgtgtctgcatgtatgtattcata
tgcatgtatctgaatatatatagtaaaatgtgtatatgctttgtacatat
atgcatgcacatatggcacttgtacatatacgtatatggtatatttgtgt
gtgttgtggattgtgcatgtgcagcaggtgtttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_70797725_70798772
seq2: B6Ng01-161O06.b_49_1088 (reverse)

seq1  ATCTTTTTTAAAAAGATATTTTTGCAGTTTATCTTATGCACATGTGTATG  50
      |||   ||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  ATC---TTTCAAAAGATA--TTTGCAG-TTATC-TATGCACATGTGTATG  43

seq1  CGTATGCATATGTGTACGCGTATGTCTCTGTGCTCATGAGTGTAGATGTC  100
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGCATATGTGTACGCGTATTCATCTGTGCTCATGAGTGTAGATGTC  93

seq1  TGAGAAGACTGGAAGAGAGTGTCAGATTTCAAGGAACTAGTTACAGGCAA  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGACT-GAAGAGAGTGTCAGATTTCAAGGAACTAGTTACAGGCAA  142

seq1  TTGTGAGTCACCCAGTATGGGTGCTGGGAATAGAACCTGGGTCCTCTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGTCACCCAGTATGGGTGCTGGGAATAGAACCTGGGTCCTCTGCC  192

seq1  AGAGCAGTGCTTGCTCTTAAACACTGAGCCAATTCTCCAGCCCTCTACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGTGCTTGCTCTTAAACACTGAGCCAATTCTCCAGCCCTCTACCT  242

seq1  GATTATCTGCTCAGAAAACGAACATTTAAACTTATATACCTACACTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCTGCTCAGAAAACGAACATTTAAACTTATATACCTACACTAATT  292

seq1  TTCTTTTATCTAGATTATTCCTGTCCTTATTATTTATTATTTTCTACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTATCTAGATTATTCCTGTCCTTATTATTTATTATTTTCTACTTC  342

seq1  CATGTTGACTTTTCTCAGGAGATTTTAAGTCAGAATTTTAGTTCATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGACTTTTCTCAGGAGATTTTAAGTCAGAATTTTAGTTCATTTTT  392

seq1  TCACTTGTGGATCTGGATCTCTACTTCCCACACCGCTCTGACCGCGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGTGGATCTGGATCTCTACTTCCCACACCGCTCTGACCGCGCCCC  442

seq1  TCACACTTAATACACGGTGGGGTTCATTTTCCCCTTAAGTTCCCACTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTAATACACGGTGGGGTTCATTTTCCCCTTAAGTTCCCACTTAG  492

seq1  CCCCATTACATAGAGTTTTGTTATAATTGCTGGCAGTTGACACCCATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTACATAGAGTTTTGTTATAATTGCTGGCAGTTGACACCCATTTT  542

seq1  AGAAATGGTGAAAGGTGAATGAGCCTACAGCCTCTGCTGAGAGCACAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGTGAAAGGTGAATGAGCCTACAGCCTCTGCTGAGAGCACAGCT  592

seq1  TACCTTCCTCCACCCCTCTGCTTTACTGTCCACTCTGCTTCTACATATAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCTCCACCCCTCTGCTTTACTGTCCACTCTGCTTCTACATATAG  642

seq1  AAAACATTCCAAACCATTTGAGAATAAGTTCATATGTCACAAACCACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTCCAAACCATTTGAGAATAAGTTCATATGTCACAAACCACTTG  692

seq1  AGAATAAGTTCATATCTAAATACCTAAGTACTTCAAGGTGCATTTCCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGTTCATATCTAAATACCTAAGTACTTCAAGGTGCATTTCCAAA  742

seq1  GATAGTCATTTTTCTACATAAAAATCAAGAAATTTAGTGGTTGGGGGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTCATTTTTCTACATAAAAATCAAGAAATTTAGTGGTTGGGGGCAC  792

seq1  TGGAGAGAGAGCTCAGTGGTTAACAACACATAGAGCTTTTGCAGGGCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAGAGCTCAGTGGTTAACAACACATAGAGCTTTTGCAGGGCACC  842

seq1  TAAGTTCAGTTCCCAACACCTATGCCTGGCAGTTCAGTCACCTGTAACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCAGTTCCCAACACCTATGCCTGGCAGTTCAGTCACCTGTAACTT  892

seq1  CAGCTCCAGGAGATCTGACACCCTCTTCTGGCCTTGTCTTAGGGCTGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCAGGAGATCTGACACCCTCTTCTGGCCTTGTCTTAGGGCTGCTC  942

seq1  TGGTAAAACACCAAAGCAGCTTGTAGGGAAAAAGGGTTTATTTCAGCTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAACACCAAAGCAGCTTGTAGGGAAAAAGGGTTTATTTCAGCTTA  992

seq1  TAATTCTTCGTCACAGTTTATCAATGAAGGGAGGCAGGGCAAGAATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTCGTCACAGTTTATCAATGAAGGGAGGCAGGGCAAGAATTC  1040

seq1: chr9_70656908_70657856
seq2: B6Ng01-161O06.g_68_1002

seq1  GAATTCAACATGAAAAAGCCTTTTAGGTTAGGCTATGGCTCAGCAGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATGAAAAAGCCTTTTAGGTTAGGCTATGGCTCAGCAGGGAG  50

seq1  AAAGTTTGTCTAGCATGTGCAGGGCTCTGAGTTCAGCCCTGAGCCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGTCTAGCATGTGCAGGGCTCTGAGTTCAGCCCTGAGCCAAGAA  100

seq1  CTAATTTATTCTTATTTGAATGCGCATAAACACTTTTATTAATTCTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTATTCTTATTTGAATGCGCATAAACACTTTTATTAATTCTGGTG  150

seq1  GAATTACAAAGGTTAAGGGAGAAGGCATGATCGCTTTGCTTGCTTACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACAAAGGTTAAGGGAGAAGGCATGATCGCTTTGCTTGCTTACCTT  200

seq1  ATGATGTGTTTAATTGGATTGCTAATAAAATGATTTGCCCCCCCCCCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTGTTTAATTGGATTGCTAATAAAATGATTTGCCCCCCCCCCCCC  250

seq1  AAATTACCCTGTGACTTCAAAGAGTCCAGATAAGCCTGTGTTCTGACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACCCTGTGACTTCAAAGAGTCCAGATAAGCCTGTGTTCTGACAGG  300

seq1  AGAAAGGGATTCACATCTTGTGGATAAAAGGCCTGACGGAGTCTGCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGATTCACATCTTGTGGATAAAAGGCCTGACGGAGTCTGCTGAC  350

seq1  CTGGAATGAGGTGAGGTGACTCCCTCCAGAGAGAAATCTGGGGTGAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGAGGTGAGGTGACTCCCTCCAGAGAGAAATCTGGGGTGAGCCC  400

seq1  ATGCTGTTAAAAAAAAATCCTAATTCTCATTCCTGTGGACTCTACTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTAAAAAAAAATCCTAATTCTCATTCCTGTGGACTCTACTAGTG  450

seq1  CCATTTATTAAAATAAACAAAGACCAGACTTTTTCTTCTCCCAGAGGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATTAAAATAAACAAAGACCAGACTTTTTCTTCTCCCAGAGGCTG  500

seq1  TGGTGAACCCAAGGCACAGAATTTGTGAAAGGCGAATGTTTTGTTTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAACCCAAGGCACAGAATTTGTGAAAGGCGAATGTTTTGTTTCCAT  550

seq1  TGATCCAGAACAGGGCAAGGGACTATATAAGTATGTGTATGTGGGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAGAACAGGGCAAGGGACTATATAAGTATGTGTATGTGGGATGTG  600

seq1  TATTCCAGCGGCCATATCGAAGTTCAACACTTAGGGCCCCATAGCTTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCAGCGGCCATATCGAAGTTCAACACTTAGGGCCCCATAGCTTGAC  650

seq1  ACCCAGATACAAGAAGACTGGGCACCTGCCCTTTTGTGGGTAGTTTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATACAAGAAGACTGGGCACCTGCCCTTTTGTGGGTAGTTTGTTA  700

seq1  GGGTGTTGTCGGCTGCCTAAGAAAGAAGATAGGGAAAGAGTGCCCTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTGTCGGCTGCCTAAGAAAGAAGATAGGGAAAGAGTGCCCTGTGT  750

seq1  CTGTGTATATGTATA-TATGCCTCTGTGTGTCTGCATGTATGTATTCATA  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATATGTATATTATGCCTCTGTGTGTCTGCATGTATGTATTCATA  800

seq1  TGCATGTATCTGAATATATATAAGTAAATGTGTATATGCATTTGTACATA  849
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCATGTATCTGAATATATATAGTAAAATGTGTATATGC-TTTGTACATA  849

seq1  TATGCATGCACATAT-GCACTTGTACATATACGTATATGGTATATTTGTG  898
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGCACATATGGCACTTGTACATATACGTATATGGTATATTTGTG  899

seq1  TGTGTATGTGTATTTGTGCATGTGCATGCATGTGTTTATATGTGTGTTTT  948
      ||||| |||| | ||||||||||||| ||| |||||| ||          
seq2  TGTGT-TGTGGA-TTGTGCATGTGCA-GCAGGTGTTT-TA----------  935

seq1  A  949
       
seq2  -  935