BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163G15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 80,543,418 - 80,691,666
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCol12a1, Cox7a2, Tmem30a, Filip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
Downstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163G15.bB6Ng01-163G15.g
ACCDH956005DH956006
length9751,146
definitionDH956005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163G15, 5' end.DH956006|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163G15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,543,418 - 80,543,971)(80,690,566 - 80,691,666)
sequence
gaattctttctggcacaatggttatgttctataattaaagttcttatgag
aaagatcattagttattttttttatatcactgtgacctaatgtgtgacag
aaacaacttaagggcacgtttgtttggttcacacttttagataacatagt
ccatcatggtggtaagaagaagtattgtagaatagatcaccatggcagaa
acatgtggcagaggtgcctaacactgtaacagactaggaagaaaagagtg
tgtagaaccaggagcctgaccatagagatatacttctgcctactagatgc
cagaagagggttctgaacccctagaactggaattataaatgcttatgagc
taccatgtacaggctgaggattgatcagagatcttcaggaagggtagctg
ctgagtctggcttgagcatggcaagaaccatgtgttatggtttctgcctc
aagaacagagccatcaggacatgtgcctctatgaatgttgatggttgttg
tgagtgtaagtcttatttgtataaaaatatacaaattttacttcatgttc
cttcttctggaattactctttctgccaaagttattgggggaagattttcc
ctgccaaggttaatgagttcatggcaattagaaaaagcttgagtctagga
attgagggagtgtctaatgtcacaccaaaatggtagaaagctgtgacctt
caggacagtccttaaggctgtaggaaagaactctgaaaacaagagttcaa
aaaaatatataattttcctactatgcaaaatataaggacacaatatgaat
tgtataaggagttcttcagatctaaaggatcagaggtagctgcactatga
gccaacttgttagaaagatactaaggaaggaggtaaaaagatttaggagt
ggtatcacagggcaagatcctacccagctcagtttttgtttatgattaca
aaggcaggcagattcctgagttcaa
gaattctttgtttagctctgtaccccatttttcaatagttatttggttct
ctggagtttaacttcttgagttctttgtatatattgggtattatccctct
atcggatttaggattgttaaagatcctttcctaatctgtttgttgccttt
ttttcctaatgacagtgtcctttgccttacagaagctttgcaattttatg
aggtcccatttgttgatttttgatcttatagcataagccattggtgttct
gttcaggaatatttcccctgtgcccatatcttcaatgcagtttcccactt
tctcttctataagtttcaatgtctctggttttatgtggaattccttgatc
cacttagacttgagctttgtgcaaggagataagtatgaatcaattcacat
tcttctatatgctaaccgccagttgagccagccccatttgttggaaatgt
tgtcttttttacactggatggttttaaacatatattaggttaaaactgta
taaaaggggcaactgacacatggagaattctgctagctatcagatgtata
agattataagatgagagtaatgttcaaagtaatgccaattatgatgcagg
ctggagattctcagaagaattcaaactgttgctgcaggcattccgttcct
atagcatgtggctcacaacagcctgtatctctagctccagggtataagat
gatgacagcgtccacagcacatccactaattcccatatacatacacacat
acacacacacacatacatacatacatacatacatacatacatacgcaaaa
ctaaaattaatacaaaataaatcttttttaaaatacaaatcctattttac
agaaatattttgattatgttatacatataattattatcacaacacaatag
tttataaagaagccctcaaagtagaattcattagactctcatgtattcgt
aaactatgctatttatggttactattgctatgatgtaataccatgacaaa
aaccaagttgtgaaagaatggatttcattttgcttaagtttcccttctgt
tgtctcattatggaaggaaggtaactcaaacagggaaaagacttggagtc
cggagctgatgtaggataacttgggaggatttttgtttactgcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_80543418_80543971
seq2: B6Ng01-163G15.b_44_597

seq1  GAATTCTTTCTGGCACAATGGTTATGTTCTATTATTAAAGTTCTTATGAG  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGGCACAATGGTTATGTTCTATAATTAAAGTTCTTATGAG  50

seq1  AAAGATCATTAGTTATTTTTTTTATATCACTGTGACCTAATGTGTGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCATTAGTTATTTTTTTTATATCACTGTGACCTAATGTGTGACAG  100

seq1  AAACAACTTAAGGGCACGTTTGTTTGGTTCACACTTTTAGATAACATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACTTAAGGGCACGTTTGTTTGGTTCACACTTTTAGATAACATAGT  150

seq1  CCATCATGGTGGTAAGAAGAAGTATTGTAGAATAGATCACCATGGCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGGTGGTAAGAAGAAGTATTGTAGAATAGATCACCATGGCAGAA  200

seq1  ACATGTGGCAGAGGTGCCTAACACTGTAACAGACTAGGAAGAAAAGAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGGCAGAGGTGCCTAACACTGTAACAGACTAGGAAGAAAAGAGTG  250

seq1  TGTAGAACCAGGAGCCTGACCATAGAGATATACTTCTGCCTACTAGATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAACCAGGAGCCTGACCATAGAGATATACTTCTGCCTACTAGATGC  300

seq1  CAGAAGAGGGTTCTGAACCCCTAGAACTGGAATTATAAATGCTTATGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGGTTCTGAACCCCTAGAACTGGAATTATAAATGCTTATGAGC  350

seq1  TACCATGTACAGGCTGAGGATTGATCAGAGATCTTCAGGAAGGGTAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGTACAGGCTGAGGATTGATCAGAGATCTTCAGGAAGGGTAGCTG  400

seq1  CTGAGTCTGGCTTGAGCATGGCAAGAACCATGTGTTATGGTTTCTGCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCTGGCTTGAGCATGGCAAGAACCATGTGTTATGGTTTCTGCCTC  450

seq1  AAGAACAGAGCCATCAGGACATGTGCCTCTATGAATGTTGATGGTTGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGAGCCATCAGGACATGTGCCTCTATGAATGTTGATGGTTGTTG  500

seq1  TGAGTGTAAGTCTTATTTGTATAAAAATATACAAATTTTACTTCATGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTAAGTCTTATTTGTATAAAAATATACAAATTTTACTTCATGTTC  550

seq1  CTTC  554
      ||||
seq2  CTTC  554

seq1: chr9_80690566_80691666
seq2: B6Ng01-163G15.g_109_1214 (reverse)

seq1  AAGCCAGTAAACAATAATCCT-CCATGGTAT-CTCCATCAGCTCCTGACT  48
      ||| |||||||||| |||||| ||| | ||| || |||||||||| ||||
seq2  AAGGCAGTAAACAAAAATCCTCCCAAGTTATCCTACATCAGCTCCGGACT  50

seq1  CCAGGTTCTTTTCCTGTTTGAGTTA-CTTCCTTCCATAATG-GACTACAG  96
      ||| ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||
seq2  CCAAGTCTTTTCCCTGTTTGAGTTACCTTCCTTCCATAATGAGACAACAG  100

seq1  ATGTGGAAACCTAAGCCAAATG-AATCATTTCTTTCACAACTTGGTTTTT  145
      | | |||||| ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||
seq2  AAG-GGAAACTTAAGCAAAATGAAATCCATTCTTTCACAACTTGGTTTTT  149

seq1  GTCATGGTATTACATCATAGCAATAGTAACCATAAATAGCATAGTTTACG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTATTACATCATAGCAATAGTAACCATAAATAGCATAGTTTACG  199

seq1  AATACATGAGAGTCTAATGAATTCTACTTTGAGGGCTTC-TTATAAACTA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATACATGAGAGTCTAATGAATTCTACTTTGAGGGCTTCTTTATAAACTA  249

seq1  TTGTGTTGTGATAATAATTATATGTATAACATAATCAAAATATTTCTGTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTGTGATAATAATTATATGTATAACATAATCAAAATATTTCTGTA  299

seq1  AAATAGGATTTGTATTTTTAAAAAAGATTTA-TTTGTATTAATTTTAGTT  343
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGATTTGTA-TTTTAAAAAAGATTTATTTTGTATTAATTTTAGTT  348

seq1  TTGCGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTAT  398

seq1  GTGTGTATGTATATGGGAATTAGTGGATGTGCTGTGGACGCTGTCATCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTATATGGGAATTAGTGGATGTGCTGTGGACGCTGTCATCAT  448

seq1  CTTATACCCTGGAGCTAGAGATACAGGCTGTTGTGAGCCACATGCTATAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACCCTGGAGCTAGAGATACAGGCTGTTGTGAGCCACATGCTATAG  498

seq1  GAACGGAATGCCTGCAGCAACAGTTTGAATTCTTCTGAGAATCTCCAGCC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGAATGCCTGCAGCAACAGTTTGAATTCTTCTGAGAATCTCCAGCC  548

seq1  TGCATCATAATTGGCATTACTTTGAACATTACTCTCATCTTATAATCTTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCATAATTGGCATTACTTTGAACATTACTCTCATCTTATAATCTTA  598

seq1  TACATCTGATAGCTAGCAGAATTCTCCATGTGTCAGTTGCCCCTTTTATA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTGATAGCTAGCAGAATTCTCCATGTGTCAGTTGCCCCTTTTATA  648

seq1  CAGTTTTAACCTAATATATGTTTAAAACCATCCAGTGTAAAAAAGACAAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTAACCTAATATATGTTTAAAACCATCCAGTGTAAAAAAGACAAC  698

seq1  ATTTCCAACAAATGGGGCTGGCTCAACTGGCGGTTAGCATATAGAAGAAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAACAAATGGGGCTGGCTCAACTGGCGGTTAGCATATAGAAGAAT  748

seq1  GTGAATTGATTCATACTTATCTCCTTGCACAAAGCTCAAGTCTAAGTGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTGATTCATACTTATCTCCTTGCACAAAGCTCAAGTCTAAGTGGA  798

seq1  TCAAGGAATTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAACTTATAGAAGAGAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAATTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAACTTATAGAAGAGAAA  848

seq1  GTGGGAAACTGCATTGAAGATATGGGCACAGGGGAAATATTCCTGAACAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAACTGCATTGAAGATATGGGCACAGGGGAAATATTCCTGAACAG  898

seq1  AACACCAATGGCTTATGCTATAAGATCAAAAATCAACAAATGGGACCTCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAATGGCTTATGCTATAAGATCAAAAATCAACAAATGGGACCTCA  948

seq1  TAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGACACTGTCATTAGGAAAAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGCAAAGCTTCTGTAAGGCAAAGGACACTGTCATTAGGAAAAAA  998

seq1  AGGCAACAAACAGATTAGGAAAGGATCTTTAACAATCCTAAATCCGATAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACAAACAGATTAGGAAAGGATCTTTAACAATCCTAAATCCGATAG  1048

seq1  AGGGATAATACCCAATATATACAAAGAACTCAAGAAGTTAAACTCCAGAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATAATACCCAATATATACAAAGAACTCAAGAAGTTAAACTCCAGAG  1098

seq1  AACCAAAT  1101
      ||||||||
seq2  AACCAAAT  1106