BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166F18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 94,470,295 - 94,703,480
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc9a9
Upstream geneLOC674371, LOC384967, EG384968, 1190002N15Rik, EG667601
Downstream geneChst2, LOC667088, 2610101N10Rik, LOC100040097, Paqr9, Pcolce2, Trpc1, AI427122
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166F18.bB6Ng01-166F18.g
ACCDH958163DH958164
length1,1391,059
definitionDH958163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166F18, 5' end.DH958164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166F18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,470,295 - 94,471,428)(94,702,427 - 94,703,480)
sequence
gaattcctaaattaggatacattttgaaaaaaaaatttgttcatcagcaa
agtagatcaatgaacacttccaactttgaatttactgtgtaaatactgtt
aactgcattaaactttggccaacaggctcagcagccgttggtgtctgtgc
aaatggagccagtggagtgtgaaaagaaaatatgagaatcttttaagcct
gttaacttcatacacttctgttcatttgaaatgactgtctttgtaaactc
ctatagcatataaggtgatagtataggaataccatgtaaggattttataa
ataaacctatttcctgggtgttctggtgcatattttcattttctgtagca
ccgcataatttgcaatgtttatgagctgtgatgatgattttgaagttccc
ctatgctcatttacatcagagttgcactgctctgatttgcattcctacca
gcagtgtgcaaggacccctttcacctgacacttgttttcttttgtttctg
acactagcctttcagtaccatgagggttttcatttgaattccctggtggc
tggtaggttagacacattttcagacacatgcctattagctacttgaacac
ctttaaaaatgtctttttaggacctttgtccatgtttaatcttcttattg
ggtcctttttgggtttgccttgctattgaactgccggagttccttgtgca
tttaggatacagatagaacacccctgccccttctctctccctttccaccc
tctgtcctttttcactctgttgattgctttgggcagtagaagatgatttc
cagtttgctacaagcccactcatctaatttttttctacatgtgtgtgcct
ttgtttgcatgtgtgtaggtgtgccatctctccacactttatttactgag
acacattctcttgctggacctggagctcacagcttgctccagggatctgg
cctctgccttcagtatgctaggattacacagccccaaacccttctcgggc
ttgtatgtgggtgctggggattaagaatacttgttcttatgtttttttca
agtgtggcatcctccttcagcaccccacttgtctatatttttgttttgta
ggttggttatggggtcatagccgaaaagaaggtcattgc
gaattcatgaatctagtagtcctatgttgcataggattgggtcacttagc
caatttcattcactttgtcacccaggaattcataatttggaaactaaatt
tcttcgttcaacaaataattatcagtagattatgcctgctctcaaggaga
ctacactttaggtgtaacagttcattaactcatttcattcacattgtggc
taagagctctacagagaaataaagatggcccacaggcccaactctgagtc
ctggagaaagctgagggatctctagcttacacagttcagttttaaaaatg
ttgggtctggggtagtgagacagactgctgggtgtctgaaatagatcaat
gagaagtttgcttaagactcagatgttagatcaaatatttaaggtgcatt
agtataaccttggctatagataaaaatatagaaagtacacacattagaag
aaggcctatgaccaaggcttgggttacttgaaggaagttaaaggaggatg
aagaaaacagagaggccaggaatctgtcaacagagatgtatgtgtcacag
gagtacaagggagatgttttaataaggtcagaggagctgaacggtgtcaa
gaggaccaattgatgtagggccattagagtgtaaagttagatcatagtgg
gtgggaaagaacctggaaacatggaaatgacacaaatagctctcaggcat
ctggctaggagggaactcaaatctttctccagacagagggctggggtggg
actggaattgatttcaaatgagtaagaagctctgaagatgcgcatgtctt
actgggactcacaaagaaaggtttaaaaatggcagttctgcttcatctga
ttaggagcttaagatggcacagtggacactggatggcaggatttatagta
tctgtatatacaatgagttgtatagatgatggcgttgaagtgtctgtagg
gccacgtggctcttatgagtgtcaaactcacaatcccttcctttcatcct
ctgttcttatatcccatggaagagaagaagcatttactaagttaaaaagt
cttctgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_94470295_94471428
seq2: B6Ng01-166F18.b_43_1181

seq1  GAATTCCTAAATTAGGATACATTTTGAAAAAAAAATTTGTTCATCAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAATTAGGATACATTTTGAAAAAAAAATTTGTTCATCAGCAA  50

seq1  AGTAGATCAATGAACACTTCCAACTTTGAATTTACTGTGTAAATACTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATCAATGAACACTTCCAACTTTGAATTTACTGTGTAAATACTGTT  100

seq1  AACTGCATTAAACTTTGGCCAACAGGCTCAGCAGCCGTTGGTGTCTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCATTAAACTTTGGCCAACAGGCTCAGCAGCCGTTGGTGTCTGTGC  150

seq1  AAATGGAGCCAGTGGAGTGTGAAAAGAAAATATGAGAATCTTTTAAGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAGCCAGTGGAGTGTGAAAAGAAAATATGAGAATCTTTTAAGCCT  200

seq1  GTTAACTTCATACACTTCTGTTCATTTGAAATGACTGTCTTTGTAAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTTCATACACTTCTGTTCATTTGAAATGACTGTCTTTGTAAACTC  250

seq1  CTATAGCATATAAGGTGATAGTATAGGAATACCATGTAAGGATTTTATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCATATAAGGTGATAGTATAGGAATACCATGTAAGGATTTTATAA  300

seq1  ATAAACCTATTTCCTGGGTGTTCTGGTGCATATTTTCATTTTCTGTAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCTATTTCCTGGGTGTTCTGGTGCATATTTTCATTTTCTGTAGCA  350

seq1  CCGCATAATTTGCAATGTTTATGAGCTGTGATGATGATTTTGAAGTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATAATTTGCAATGTTTATGAGCTGTGATGATGATTTTGAAGTTCCC  400

seq1  CTATGCTCATTTACATCAGAGTTGCACTGCTCTGATTTGCATTCCTACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTCATTTACATCAGAGTTGCACTGCTCTGATTTGCATTCCTACCA  450

seq1  GCAGTGTGCAAGGACCCCTTTCACCTGACACTTGTTTTCTTTTGTTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGCAAGGACCCCTTTCACCTGACACTTGTTTTCTTTTGTTTCTG  500

seq1  ACACTAGCCTTTCAGTACCATGAGGGTTTTCATTTGAATTCCCTGGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGCCTTTCAGTACCATGAGGGTTTTCATTTGAATTCCCTGGTGGC  550

seq1  TGGTAGGTTAGACACATTTTCAGACACATGCCTATTAGCTACTTGAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGTTAGACACATTTTCAGACACATGCCTATTAGCTACTTGAACAC  600

seq1  CTTTAAAAATGTCTTTTTAGGACCTTTGTCCATGTTTAATCTTCTTATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAATGTCTTTTTAGGACCTTTGTCCATGTTTAATCTTCTTATTG  650

seq1  GGTCCTTTTTGGGTTTGCCTTGCTATTGAACTGCCGGAGTTCCTTGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTTTGGGTTTGCCTTGCTATTGAACTGCCGGAGTTCCTTGTGCA  700

seq1  TTTAGGATACAGATAGAACACCCCTGCCCCTTCTCTCTCCCTTTCCACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGATACAGATAGAACACCCCTGCCCCTTCTCTCTCCCTTTCCACCC  750

seq1  TCTGTCCTTTTTCACTCTGTTGATTGCTTTGGGCAGTAGAAGATGATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTTTTTCACTCTGTTGATTGCTTTGGGCAGTAGAAGATGATTTC  800

seq1  CAGTTTGCTACAAGCCCACTCATCTAATTTTTTTCTACATGTGTGTGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGCTACAAGCCCACTCATCTAATTTTTTTCTACATGTGTGTGCCT  850

seq1  TTGTTTGCATGTGTGTAGGTGTGCCATCTCTCCACACTTTATTTACTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGCATGTGTGTAGGTGTGCCATCTCTCCACACTTTATTTACTGAG  900

seq1  ACACATTCTCTTGCTGGACCTGGAGCTCACAGCTTGCTCCAGGGATCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCTCTTGCTGGACCTGGAGCTCACAGCTTGCTCCAGGGATCTGG  950

seq1  CCTCTGCCTTCAGTATGCTAGGATTACACAGCCCCAAACCCTTCTCGGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTTCAGTATGCTAGGATTACACAGCCCCAAACCCTTCTCGGGC  1000

seq1  TTGTATGTGGGTGCTGGGGATT-AGAATACTTGTTCTTATG-TTTTATCC  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || 
seq2  TTGTATGTGGGTGCTGGGGATTAAGAATACTTGTTCTTATGTTTTTTTCA  1050

seq1  AGTGTGGCAT-CTCC-TCAGCAACCCACTTGTC--TATTTTTGTTTTGTA  1094
      |||||||||| |||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||
seq2  AGTGTGGCATCCTCCTTCAGCACCCCACTTGTCTATATTTTTGTTTTGTA  1100

seq1  GTTTGTTTATGGTGTCATAGCCGAAAAAGAAAGTCATTGC  1134
      | ||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GGTTGGTTATGGGGTCATAGCCG-AAAAGAAGGTCATTGC  1139

seq1: chr9_94702427_94703480
seq2: B6Ng01-166F18.g_65_1123 (reverse)

seq1  CAGCAG-AGACTTTTATAC-TAGTAAATGCTTACTCTC-TCCATGGGATA  47
      |||||| ||||||||  || ||||||||||||  |||| |||||||||||
seq2  CAGCAGAAGACTTTTTAACTTAGTAAATGCTTCTTCTCTTCCATGGGATA  50

seq1  TAAGAAACAGA-GATGAAAGGAAGGGATTGTGAGTTTGACACTCATAAGA  96
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAG-AACAGAGGATGAAAGGAAGGGATTGTGAGTTTGACACTCATAAGA  99

seq1  GCCACGTGGCCCTACAGACAC-TCAACGCCATCATCTATACAACTCATTG  145
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACGTGGCCCTACAGACACTTCAACGCCATCATCTATACAACTCATTG  149

seq1  TATATACAGATACTAT-AATCCTGCCATCCAGTGTCCACTGTGCCATCTT  194
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACAGATACTATAAATCCTGCCATCCAGTGTCCACTGTGCCATCTT  199

seq1  AAGCTCCTAATCAGATGAAGCAGAACTGCCATTTTTAAACCTTTCTTTGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCTAATCAGATGAAGCAGAACTGCCATTTTTAAACCTTTCTTTGT  249

seq1  GAGTCCCAGTAAGACATGCGCATCTTCAGAGCTTCTTACTCATTTGAAAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCAGTAAGACATGCGCATCTTCAGAGCTTCTTACTCATTTGAAAT  299

seq1  CAATTCCAGTCCCACCCCAGCCCTCTGTCTGGAGAAAGATTTGAGTTCCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCAGTCCCACCCCAGCCCTCTGTCTGGAGAAAGATTTGAGTTCCC  349

seq1  TCCTAGCCAGATGCCTGAGAGCTATTTGTGTCATTTCCATGTTTCCAGGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCCAGATGCCTGAGAGCTATTTGTGTCATTTCCATGTTTCCAGGT  399

seq1  TCTTTCCCACCCACTATGATCTAACTTTACACTCTAATGGCCCTACATCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCACCCACTATGATCTAACTTTACACTCTAATGGCCCTACATCA  449

seq1  ATTGGTCCTCTTGACACCGTTCAGCTCCTCTGACCTTATTAAAACATCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTCCTCTTGACACCGTTCAGCTCCTCTGACCTTATTAAAACATCTC  499

seq1  CCTTGTACTCCTGTGACACATACATCTCTGTTGACAGATTCCTGGCCTCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTACTCCTGTGACACATACATCTCTGTTGACAGATTCCTGGCCTCT  549

seq1  CTGTTTTCTTCATCCTCCTTTAACTTCCTTCAAGTAACCCAAGCCTTGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTTCATCCTCCTTTAACTTCCTTCAAGTAACCCAAGCCTTGGT  599

seq1  CATAGGCCTTCTTCTAATGTGTGTACTTTCTATATTTTTATCTATAGCCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGCCTTCTTCTAATGTGTGTACTTTCTATATTTTTATCTATAGCCA  649

seq1  AGGTTATACTAATGCACCTTAAATATTTGATCTAACATCTGAGTCTTAAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATACTAATGCACCTTAAATATTTGATCTAACATCTGAGTCTTAAG  699

seq1  CAAACTTCTCATTGATCTATTTCAGACACCCAGCAGTCTGTCTCACTACC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCTCATTGATCTATTTCAGACACCCAGCAGTCTGTCTCACTACC  749

seq1  CCAGACCCAACATTTTTAAAACTGAACTGTGTAAGCTAGAGATCCCTCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCCAACATTTTTAAAACTGAACTGTGTAAGCTAGAGATCCCTCAG  799

seq1  CTTTCTCCAGGACTCAGAGTTGGGCCTGTGGGCCATCTTTATTTCTCTGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCAGGACTCAGAGTTGGGCCTGTGGGCCATCTTTATTTCTCTGT  849

seq1  AGAGCTCTTAGCCACAATGTGAATGAAATGAGTTAATGAACTGTTACACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTTAGCCACAATGTGAATGAAATGAGTTAATGAACTGTTACACC  899

seq1  TAAAGTGTAGTCTCCTTGAGAGCAGGCATAATCTACTGATAATTATTTGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTAGTCTCCTTGAGAGCAGGCATAATCTACTGATAATTATTTGT  949

seq1  TGAACGAAGAAATTTAGTTTCCAAATTATGAATTCCTGGGTGACAAAGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACGAAGAAATTTAGTTTCCAAATTATGAATTCCTGGGTGACAAAGTG  999

seq1  AATGAAATTGGCTAAGTGACCCAATCCTATGCAACATAGGACTACTAGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATTGGCTAAGTGACCCAATCCTATGCAACATAGGACTACTAGAT  1049

seq1  TCATGAATTC  1054
      ||||||||||
seq2  TCATGAATTC  1059