BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168G21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,962,659 - 29,104,807
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168G21.bB6Ng01-168G21.g
ACCDH959669DH959670
length1,1391,064
definitionDH959669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G21, 5' end.DH959670|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,962,659 - 28,963,795)(29,103,731 - 29,104,807)
sequence
gaattcaaagtgacttgggttgtctccttcctatgtgcagttcagagcac
ttctgaacttcaggaaaagtgaatatcattaaagtgttccactcacctca
tcctttgtagttacttgagcatttctggttagtcattttccccccactgg
aagttattctttcccatgtgtgcaaaccaggatttatcctgtctacttcc
ctctggtctagaatttcagagtcctggtttcctaaaagaaagtatagttg
tcagatagccaaccaccactgcctagcagggagagacggctataattgcc
ttccaccgtcttcttcgattgctgagtgttggaactccacatggggactg
tgaaatgcatagcatactcctttgagttaagatatctcctctccatctaa
tgtacccattgcagagacacctgaggtcaattatcttgcgtataacataa
gaagattctgaaagggtgtatgacagcccaacttctgcctggatgggagt
gaactcgattgaaatggacagatcagccacttccacatgttttctaagaa
acagaatagtcagaccggagtgtactggtacttgttaattaaagaaaatc
ttcagaaatccttaatacaactataaattgtgaagacagtgaattcttga
gaatcaggaaagtaaagaagaagggaacagaagaaatgaaggaaatcttc
aaaaggaagagaggaaaactgcaagtgttgttcattgctattaatgaagt
cacataacctgggtagaacaagtacttaattaatttttaacaaatgaatg
aacagaacagagtagaataaataaagcagggtagggcaggatggaaggga
ggatacagaaacttggaaaggatggatcagaggataaggatatgccatgg
gaaaaggtgaggtatggaaaggttgattgtttctgcatgagttgggcatg
cccagtgaatatttcccactcaaatatcactttatcttgtaattattgat
cttgttaaagaagcactgctaataggagacagtggtccctcatatctctt
gcttcttaaagggttgtaactgtggttattaggataatgttccaaataga
cctgatgacagagaaaagtagcctcaaggggggtcctca
gaattcccctggcaaagccttcacagtgactaggttagggtggctcagta
ttcgacttactggttcttcattagagctgagaagaattctacatggatat
accactctccgggtgttttctacccttgctcagtgaatgtgcctcacaac
gtttggctgccacttttgatcaactttatcttgagacttttagtgcatat
atttactgatctcttttcttggctacagcagatgccagtaggctttattt
agcatggttctgagacatttatacgcatagccttggggaatgctgcttgt
aagttacagggtatctgttatcagcctctaaacttgttagtaaattttga
gagctgcatggcattgcaaaagatcctgccctacttttgacagtcactat
gagcttacctatcagccttcttagacttagagtctaggatctcatctctg
tctgtgaagtacatttcagaccatgttgctgaggtcagtggtcaaacggc
atcctcaatctaagtttctcttgaactcattggttaaactcaagatgagt
atttcataggcagctttagttctgaagttgtcctgtgggtggagtgtctg
taagtgcctggtataaagaacagaggaaagagtcttaggaaatgtgcatc
attctcctttaagattcgagagctgcaatccaagggctgtaaagaccttc
agctggtgataattggatttgtaagacagtgcaacatgtgataaaaactc
tcctgttggataggatcccagttttcttccatccttcctattaatgtgat
aaatgttgctgtctcagctgatagggccatgttggataatcagattggaa
tcaagtttgagttccttaggctggctccacatgaagctcgtgggaagact
tctgaaaacaaaaaaccaaaccaaacaaaaacactgtggagactacgagg
gaatctgctctgccaaaggaagagtgtatttcatcagatctctgaagggc
agcggtctaaccaccccagaccttgtcaatgctctctgaatgctctgcct
atgaaacactggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28962659_28963795
seq2: B6Ng01-168G21.b_47_1185

seq1  GAATTCAAAGTGACTTGGGTTGTCTCCTTCCTATGTGCAGTTCAGAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTGACTTGGGTTGTCTCCTTCCTATGTGCAGTTCAGAGCAC  50

seq1  TTCTGAACTTCAGGAAAAGTGAATATCATTAAAGTGTTCCACTCACCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAACTTCAGGAAAAGTGAATATCATTAAAGTGTTCCACTCACCTCA  100

seq1  TCCTTTGTAGTTACTTGAGCATTTCTGGTTAGTCATTTTCCCCCCACTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTAGTTACTTGAGCATTTCTGGTTAGTCATTTTCCCCCCACTGG  150

seq1  AAGTTATTCTTTCCCATGTGTGCAAACCAGGATTTATCCTGTCTACTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTCTTTCCCATGTGTGCAAACCAGGATTTATCCTGTCTACTTCC  200

seq1  CTCTGGTCTAGAATTTCAGAGTCCTGGTTTCCTAAAAGAAAGTATAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCTAGAATTTCAGAGTCCTGGTTTCCTAAAAGAAAGTATAGTTG  250

seq1  TCAGATAGCCAACCACCACTGCCTAGCAGGGAGAGACGGCTATAATTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGCCAACCACCACTGCCTAGCAGGGAGAGACGGCTATAATTGCC  300

seq1  TTCCACCGTCTTCTTCGATTGCTGAGTGTTGGAACTCCACATGGGGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCGTCTTCTTCGATTGCTGAGTGTTGGAACTCCACATGGGGACTG  350

seq1  TGAAATGCATAGCATACTCCTTTGAGTTAAGATATCTCCTCTCCATCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGCATAGCATACTCCTTTGAGTTAAGATATCTCCTCTCCATCTAA  400

seq1  TGTACCCATTGCAGAGACACCTGAGGTCAATTATCTTGCGTATAACATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCATTGCAGAGACACCTGAGGTCAATTATCTTGCGTATAACATAA  450

seq1  GAAGATTCTGAAAGGGTGTATGACAGCCCAACTTCTGCCTGGATGGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTCTGAAAGGGTGTATGACAGCCCAACTTCTGCCTGGATGGGAGT  500

seq1  GAACTCGATTGAAATGGACAGATCAGCCACTTCCACATGTTTTCTAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCGATTGAAATGGACAGATCAGCCACTTCCACATGTTTTCTAAGAA  550

seq1  ACAGAATAGTCAGACCGGAGTGTACTGGTACTTGTTAATTAAAGAAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATAGTCAGACCGGAGTGTACTGGTACTTGTTAATTAAAGAAAATC  600

seq1  TTCAGAAATCCTTAATACAACTATAAATTGTGAAGACAGTGAATTCTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAATCCTTAATACAACTATAAATTGTGAAGACAGTGAATTCTTGA  650

seq1  GAATCAGGAAAGTAAAGAAGAAGGGAACAGAAGAAATGAAGGAAATCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGGAAAGTAAAGAAGAAGGGAACAGAAGAAATGAAGGAAATCTTC  700

seq1  AAAAGGAAGAGAGGAAAACTGCAAGTGTTGTTCATTGCTATTAATGAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGAGAGGAAAACTGCAAGTGTTGTTCATTGCTATTAATGAAGT  750

seq1  CACATAACCTGGGTAGAACAAGTACTTAATTAATTTTTAACAAATGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAACCTGGGTAGAACAAGTACTTAATTAATTTTTAACAAATGAATG  800

seq1  AACAGAACAGAGTAGAATAAATAAAGCAGGGTAGGGCAGGATGGAAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACAGAGTAGAATAAATAAAGCAGGGTAGGGCAGGATGGAAGGGA  850

seq1  GGATACAGAAACTTGG-AAGGATGGATCAGAGGATAAGGATATGCCATGG  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAGAAACTTGGAAAGGATGGATCAGAGGATAAGGATATGCCATGG  900

seq1  GAAAAGGTGAGGTATGG-AAGGTTGATTGTTTCTGCATGAGTTGGGCATG  948
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGTGAGGTATGGAAAGGTTGATTGTTTCTGCATGAGTTGGGCATG  950

seq1  CCCAGTGAATATTTCCCACTCAAATATCACTTTATCTTGTAATTATTGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGAATATTTCCCACTCAAATATCACTTTATCTTGTAATTATTGAT  1000

seq1  CTTGTTATAGAAGCACTGCTAATAGGAGACAGTGGTCCCCTCATATCTCT  1048
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTTGTTAAAGAAGCACTGCTAATAGGAGACAGTGGT-CCCTCATATCTCT  1049

seq1  TGC-TCATAAAGGGTTGTAACTGTGGTAATAGGAATAATGTTCAAAGTAG  1097
      ||| || |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||| || |||
seq2  TGCTTCTTAAAGGGTTGTAACTGTGGTTATTAGGATAATGTTCCAAATAG  1099

seq1  ACTTGATGACAGAAGAAAAGTCAGCTC-AGGGTGGTCCTCA  1137
      || ||||||||| ||||||||   ||| |||| ||||||||
seq2  ACCTGATGACAG-AGAAAAGTAGCCTCAAGGGGGGTCCTCA  1139

seq1: chr9_29103731_29104807
seq2: B6Ng01-168G21.g_68_1131 (reverse)

seq1  CTCCAGTGTCTCATAGGGCAGAGCATTCAGAGGAGCATATGACAGGGTCT  50
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||
seq2  CTCCAGTGTTTCATA-GGCAGAGCATTCAGA-GAGCAT-TGACAAGGTCT  47

seq1  GGGGTGGGTAAGACGGCTGCCCTTCAGAGACTCTGATGAAAATACACTCT  100
      ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GGGGT-GGTTAGACCGCTGCCCTTCAGAGA-TCTGATG-AAATACACTCT  94

seq1  TCCTTTGGCAGAGCCAGATTCCCCTCGTAGTCTCCACAGTGTTTTTTTGT  150
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
seq2  TCCTTTGGCAGAG-CAGATT-CCCTCGTAGTCTCCACAGTGTTTTT---G  139

seq1  TTTGGTTTGGTTTTTTTGTTTTTCAGAAGTCTTCCCACGAGCTTCATGTG  200
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTGGTTTTTT--GTTTTCAGAAGTCTTCCCACGAGCTTCATGTG  187

seq1  GAGCCAGCCTAAGGAACTCAAACTTGATTCCAATCTGATTATCCAACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCCTAAGGAACTCAAACTTGATTCCAATCTGATTATCCAACATG  237

seq1  GCCCTATCAGCTGAGACAGCAACATTTATCACATTAATAGGAAGGATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATCAGCTGAGACAGCAACATTTATCACATTAATAGGAAGGATGGA  287

seq1  AGAAAACTGGGATCCTATCCAACAGGAGAGTTTTTATCACATGTTGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTGGGATCCTATCCAACAGGAGAGTTTTTATCACATGTTGCACT  337

seq1  GTCTTACAAATCCAATTATCACCAGCTGAAGGTCTTTACAGCCCTTGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACAAATCCAATTATCACCAGCTGAAGGTCTTTACAGCCCTTGGAT  387

seq1  TGCAGCTCTCGAATCTTAAAGGAGAATGATGCACATTTCCTAAGACTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCTCGAATCTTAAAGGAGAATGATGCACATTTCCTAAGACTCTT  437

seq1  TCCTCTGTTCTTTATACCAGGCACTTACAGACACTCCACCCACAGGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTTCTTTATACCAGGCACTTACAGACACTCCACCCACAGGACAA  487

seq1  CTTCAGAACTAAAGCTGCCTATGAAATACTCATCTTGAGTTTAACCAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAACTAAAGCTGCCTATGAAATACTCATCTTGAGTTTAACCAATG  537

seq1  AGTTCAAGAGAAACTTAGATTGAGGATGCCGTTTGACCACTGACCTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGAGAAACTTAGATTGAGGATGCCGTTTGACCACTGACCTCAGC  587

seq1  AACATGGTCTGAAATGTACTTCACAGACAGAGATGAGATCCTAGACTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGTCTGAAATGTACTTCACAGACAGAGATGAGATCCTAGACTCTA  637

seq1  AGTCTAAGAAGGCTGATAGGTAAGCTCATAGTGACTGTCAAAAGTAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGAAGGCTGATAGGTAAGCTCATAGTGACTGTCAAAAGTAGGGC  687

seq1  AGGATCTTTTGCAATGCCATGCAGCTCTCAAAATTTACTAACAAGTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTTTTGCAATGCCATGCAGCTCTCAAAATTTACTAACAAGTTTAG  737

seq1  AGGCTGATAACAGATACCCTGTAACTTACAAGCAGCATTCCCCAAGGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGATAACAGATACCCTGTAACTTACAAGCAGCATTCCCCAAGGCTA  787

seq1  TGCGTATAAATGTCTCAGAACCATGCTAAATAAAGCCTACTGGCATCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTATAAATGTCTCAGAACCATGCTAAATAAAGCCTACTGGCATCTGC  837

seq1  TGTAGCCAAGAAAAGAGATCAGTAAATATATGCACTAAAAGTCTCAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCAAGAAAAGAGATCAGTAAATATATGCACTAAAAGTCTCAAGAT  887

seq1  AAAGTTGATCAAAAGTGGCAGCCAAACGTTGTGAGGCACATTCACTGAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGATCAAAAGTGGCAGCCAAACGTTGTGAGGCACATTCACTGAGC  937

seq1  AAGGGTAGAAAACACCCGGAGAGTGGTATATCCATGTAGAATTCTTCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAGAAAACACCCGGAGAGTGGTATATCCATGTAGAATTCTTCTCA  987

seq1  GCTCTAATGAAGAACCAGTAAGTCGAATACTGAGCCACCCTAACCTAGTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAATGAAGAACCAGTAAGTCGAATACTGAGCCACCCTAACCTAGTC  1037

seq1  ACTGTGAAGGCTTTGCCAGGGGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAAGGCTTTGCCAGGGGAATTC  1064