BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170C10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 43,406,684 - 43,533,762
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384931
Upstream geneGrik4, Arhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik, Trim29
Downstream genePvrl1, LOC100042548, Thy1, Usp2, Mfrp, Rnf26, LOC100042569, Mcam, Cbl, BC038167, Pdzd3, Nlrx1, Abcg4, Mizf, Tmem24, Dpagt1, H2afx, Hmbs, Vps11, LOC100043172, Hyou1, LOC100043178, Slc37a4, Trappc4, Rps25, Ccdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1, Ddx6, LOC667406, LOC100042660, Treh, Phldb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170C10.bB6Ng01-170C10.g
ACCDH960937DH960938
length1,1461,139
definitionDH960937|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170C10, 5' end.DH960938|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,532,616 - 43,533,762)(43,406,684 - 43,407,832)
sequence
gaattctgtgggtggagtgacccataattggctagccagactgaggttca
gggggccatctcatctccttccccactcctgcctttagctgacaatagga
cagaagaataattaaccttctcacttactcagggcttcagagtaagtcct
acattatctgggcaccagagaactcctccttttgtctcactccaagcgcc
ttcctaaggtgcatcttgttcttttgcacattgcacagtgggtgcaaggt
ttgatgccaagggccaagcctttcccagccaccccgtctccctggcagta
tcattgtaagatgaggtacaattaagctcccagctgtcatctctgtagag
gcgaagataggaccatctttatgactgtgctagatgggcccacccctctc
tcccgggtgcccaccactcctgctctgtaaaagaaagggacagcagggat
gctgatcgtctgtcttatatttaccaagtgtaacgtgccaagtgacattt
ttctttgtggctctccctacccactggcagcggtacattcagtcttcagt
ccccagaagagtgagacacgcgttctgcacagttcacataggaagccact
gtgcagcttccatccagtccaaccataaagataacggaagtgataatgag
atgatgtctgttgagctcttgctgtgtgccagacactcccaaagtgttca
gcatgggtatgcgcttcctaccaatgctgtaacaaatggctcaaactcag
gagcttacagcaatacccagttcttctcttacagtcctgcccagggttag
aaatctgatacaagatcctcttggttaaaacctgtttctgggctccaggg
tctaggttaggctctgatcaaaagaggcaagagctgggtgtcttgtttcc
caggggaccctgctctatcagctccaagtggccaggctgggtcagctctg
ggctaatggggatggcttactgcttctggccatccatcatgacagaaaat
gggccttgggcaagcttgggacctgcaaatcacagaaattatggccatta
aagggggtgaacacagtccatggtgggagctatgggccaagaggcacttc
gggagctttatggacgctctccctccccttttgggtccaactggga
gaattcagtagcaccatggagctgactgtagccatctgagaatgggaaat
ctgaagagcccaggggtcttccttagttaaagacaacatgatgaggagac
tcatgccaggccaggctgccccggttcacaccctggtgatatgttcacac
cctggttcatatccttcaaggctgtgtgaagtcagcccagtttcatcagc
tctctgagcctggcgtctcctctctaaacaggacatagttgctgcatggc
tcaaatacaataaagcagtaagtactcatgaggcatgcactaagtgcatc
ctgggagatgcatggctcttccctacggtggagcctcatcgcaccaggga
ggtctggatgtgtccctctctcagctccctcatactctgtattggcacca
gatccaagagcagctttccttgcaagcatgctggtcttgagcttctgcca
acagatagagccctatgcctgataccaaaaccctctggttctaagctgcc
tgtgtccttccatcacaccggataactgccactgcagttatagagaatgc
catcatatgttcaagtccctcctgggacttggcagagcctccacctctac
tgtttagaggaccgagtctatcttcccatgtgagtgagaggaatattctg
ctatgcctgaggacagatagggtaggaggccattgggtgccaggctgagc
tacatctaccccttgctgatttctaattcttctttctccatgttcagatt
gaggtgactggttggagcctgctcagctctcagcctcatctatgaagacc
taagtcctctgtttgacattgagccagcgttagtctgtgcggttatcttc
ctttgctctcatttccaacagccttatgtttgtccaagctctcctggaat
aagaagtcaatgtccctccacgtgggcaagcacacgaatcccagagtgaa
ataaataagctgtgtctgtggtcgtgtgtcctcctgatgacttggtgctt
ctcagagcttcacccttcatcctggacttctgtggtccatcttcgtctcc
tgcggccctcacacccaattcgcccaagtggtggttgtcagaatttcccc
cgtcagcacttgccgatgggaactggaggtcttccactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_43532616_43533762
seq2: B6Ng01-170C10.b_44_1189 (reverse)

seq1  TCCCAGTTGGACCACAAAATGGGAGG--GAGCGTCCATAAAGCTCCGGAG  48
      ||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||| || 
seq2  TCCCAGTTGGACC-CAAAAGGGGAGGGAGAGCGTCCATAAAGCTCCCGAA  49

seq1  TTGCCTCTGTGGCCCTAAGCT-CCACCATGGACTGCTGCTTCACCCCTTT  97
       ||||||| ||||||  |||| ||||||||||||| || |||||||| ||
seq2  GTGCCTCT-TGGCCCATAGCTCCCACCATGGACTG-TG-TTCACCCCCTT  96

seq1  AATTGGCCATAATTTCTGTGATTTGCAGGTCCCAAGCTTGCCCAAGGCCC  147
       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCCATAATTTCTGTGATTTGCAGGTCCCAAGCTTGCCCAAGGCCC  146

seq1  ATTTTCTGTCATGATGGATGGCCAGAAGCAGTAAGCCATCCCCATTAGCC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGTCATGATGGATGGCCAGAAGCAGTAAGCCATCCCCATTAGCC  196

seq1  CAGAGCTGACCCAGCCTGGCCACTTGGAGCTGATAGAGCAGGGTCCCCTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGACCCAGCCTGGCCACTTGGAGCTGATAGAGCAGGGTCCCCTG  246

seq1  GGAAACAAGACACCCAGCTCTTGCCTCTTTTGATCAGAGCCTAACCTAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAAGACACCCAGCTCTTGCCTCTTTTGATCAGAGCCTAACCTAGA  296

seq1  CCCTGGAGCCCAGAAACAGGTTTTATCCAAGAGGATCTTGTATCAGATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGCCCAGAAACAGGTTTTAACCAAGAGGATCTTGTATCAGATTT  346

seq1  CTAACCCTGGGCAGGACTGTAAGAGAAGAACTGGGTATTGCTGTAAGCTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCTGGGCAGGACTGTAAGAGAAGAACTGGGTATTGCTGTAAGCTC  396

seq1  CTGAGTTTGAGCCATTTGTTACAGCATTGGTAGGAAGCGCATACCCATGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTGAGCCATTTGTTACAGCATTGGTAGGAAGCGCATACCCATGC  446

seq1  TGAACACTTTGGGAGTGTCTGGCACACAGCAAGAGCTCAACAGACATCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACTTTGGGAGTGTCTGGCACACAGCAAGAGCTCAACAGACATCAT  496

seq1  CTCATTATCACTTCCGTTATCTTTATGGTTGGACTGGATGGAAGCTGCAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATCACTTCCGTTATCTTTATGGTTGGACTGGATGGAAGCTGCAC  546

seq1  AGTGGCTTCCTATGTGAACTGTGCAGAACGCGTGTCTCACTCTTCTGGGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTCCTATGTGAACTGTGCAGAACGCGTGTCTCACTCTTCTGGGG  596

seq1  ACTGAAGACTGAATGTACCGCTGCCAGTGGGTAGGGAGAGCCACAAAGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGACTGAATGTACCGCTGCCAGTGGGTAGGGAGAGCCACAAAGAA  646

seq1  AAATGTCACTTGGCACGTTACACTTGGTAAATATAAGACAGACGATCAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCACTTGGCACGTTACACTTGGTAAATATAAGACAGACGATCAGC  696

seq1  ATCCCTGCTGTCCCTTTCTTTTACAGAGCAGGAGTGGTGGGCACCCGGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGCTGTCCCTTTCTTTTACAGAGCAGGAGTGGTGGGCACCCGGGA  746

seq1  GAGAGGGGTGGGCCCATCTAGCACAGTCATAAAGATGGTCCTATCTTCGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGTGGGCCCATCTAGCACAGTCATAAAGATGGTCCTATCTTCGC  796

seq1  CTCTACAGAGATGACAGCTGGGAGCTTAATTGTACCTCATCTTACAATGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGAGATGACAGCTGGGAGCTTAATTGTACCTCATCTTACAATGA  846

seq1  TACTGCCAGGGAGACGGGGTGGCTGGGAAAGGCTTGGCCCTTGGCATCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCAGGGAGACGGGGTGGCTGGGAAAGGCTTGGCCCTTGGCATCAA  896

seq1  ACCTTGCACCCACTGTGCAATGTGCAAAAGAACAAGATGCACCTTAGGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCACCCACTGTGCAATGTGCAAAAGAACAAGATGCACCTTAGGAA  946

seq1  GGCGCTTGGAGTGAGACAAAAGGAGGAGTTCTCTGGTGCCCAGATAATGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCTTGGAGTGAGACAAAAGGAGGAGTTCTCTGGTGCCCAGATAATGT  996

seq1  AGGACTTACTCTGAAGCCCTGAGTAAGTGAGAAGGTTAATTATTCTTCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTACTCTGAAGCCCTGAGTAAGTGAGAAGGTTAATTATTCTTCTG  1046

seq1  TCCTATTGTCAGCTAAAGGCAGGAGTGGGGAAGGAGATGAGATGGCCCCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTGTCAGCTAAAGGCAGGAGTGGGGAAGGAGATGAGATGGCCCCC  1096

seq1  TGAACCTCAGTCTGGCTAGCCAATTATGGGTCACTCCACCCACAGAATTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTCAGTCTGGCTAGCCAATTATGGGTCACTCCACCCACAGAATTC  1146

seq1: chr9_43406684_43407832
seq2: B6Ng01-170C10.g_69_1207

seq1  GAATTCAGTAGCACCATGGAGCTGACTGTAGCCATCTGAGAATGGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGCACCATGGAGCTGACTGTAGCCATCTGAGAATGGGAAAT  50

seq1  CTGAAGAGCCCAGGGGTCTTCCTTAGTTAAAGACAACATGATGAGGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGCCCAGGGGTCTTCCTTAGTTAAAGACAACATGATGAGGAGAC  100

seq1  TCATGCCAGGCCAGGCTGCCCCGGTTCACACCCTGGTGATATGTTCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCAGGCCAGGCTGCCCCGGTTCACACCCTGGTGATATGTTCACAC  150

seq1  CCTGGTTCATATCCTTCAAGGCTGTGTGAAGTCAGCCCAGTTTCATCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTCATATCCTTCAAGGCTGTGTGAAGTCAGCCCAGTTTCATCAGC  200

seq1  TCTCTGAGCCTGGCGTCTCCTCTCTAAACAGGACATAGTTGCTGCATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGCCTGGCGTCTCCTCTCTAAACAGGACATAGTTGCTGCATGGC  250

seq1  TCAAATACAATAAAGCAGTAAGTACTCATGAGGCATGCACTAAGTGCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACAATAAAGCAGTAAGTACTCATGAGGCATGCACTAAGTGCATC  300

seq1  CTGGGAGATGCATGGCTCTTCCCTACGGTGGAGCCTCATCGCACCAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGATGCATGGCTCTTCCCTACGGTGGAGCCTCATCGCACCAGGGA  350

seq1  GGTCTGGATGTGTCCCTCTCTCAGCTCCCTCATACTCTGTATTGGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGATGTGTCCCTCTCTCAGCTCCCTCATACTCTGTATTGGCACCA  400

seq1  GATCCAAGAGCAGCTTTCCTTGCAAGCATGCTGGTCTTGAGCTTCTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAAGAGCAGCTTTCCTTGCAAGCATGCTGGTCTTGAGCTTCTGCCA  450

seq1  ACAGATAGAGCCCTATGCCTGATACCAAAACCCTCTGGTTCTAAGCTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAGAGCCCTATGCCTGATACCAAAACCCTCTGGTTCTAAGCTGCC  500

seq1  TGTGTCCTTCCATCACACCGGATAACTGCCACTGCAGTTATAGAGAATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCTTCCATCACACCGGATAACTGCCACTGCAGTTATAGAGAATGC  550

seq1  CATCATATGTTCAAGTCCCTCCTGGGACTTGGCAGAGCCTCCACCTCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATATGTTCAAGTCCCTCCTGGGACTTGGCAGAGCCTCCACCTCTAC  600

seq1  TGTTTAGAGGACCGAGTCTATCTTCCCATGTGAGTGAGAGGAATATTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGAGGACCGAGTCTATCTTCCCATGTGAGTGAGAGGAATATTCTG  650

seq1  CTATGCCTGAGGACAGATAGGGTAGGAGGCCATTGGGTGCCAGGCTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCCTGAGGACAGATAGGGTAGGAGGCCATTGGGTGCCAGGCTGAGC  700

seq1  TACATCTACCCCTTGCTGATTTCTAATTCTTCTTTCTCCATGTTCAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTACCCCTTGCTGATTTCTAATTCTTCTTTCTCCATGTTCAGATT  750

seq1  GAGGTGACTGGTTGGAGCCTGCTCAGCTCTCAGCCTCATCTATGAAGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGACTGGTTGGAGCCTGCTCAGCTCTCAGCCTCATCTATGAAGACC  800

seq1  TAAGTCCTCTGTTTGACATTGAGCCAGCGTTAGTCTGTGCGGTTATCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTCTGTTTGACATTGAGCCAGCGTTAGTCTGTGCGGTTATCTTC  850

seq1  CTTTGCTCTCATTTCCAACAGCCTTATGTTTGTCCAAGCTCTCCTGGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTCATTTCCAACAGCCTTATGTTTGTCCAAGCTCTCCTGGAAT  900

seq1  AAGAAGTCAATGTCCCTCCACGTGGGCAAGCACACGAATCCCAGAGTGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTCAATGTCCCTCCACGTGGGCAAGCACACGAATCCCAGAGTGAA  950

seq1  ATAAATAAGCTTGTGTCTGTTGGTCCGTGTGTCCTCCTGATGACTTGGTG  1000
      |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAGC-TGTGTCTG-TGGT-CGTGTGTCCTCCTGATGACTTGGTG  997

seq1  CTTCTCAGAGCTTCACCCTTCATCCTGGACTTCATGTGTCCCCATCTCCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| ||
seq2  CTTCTCAGAGCTTCACCCTTCATCCTGGACTTC-TGTG-GTCCATCTTCG  1045

seq1  TCTCCTGCTGCCCTCCACACCCCATCTCGCCCCAAGTTGTGGTTGTCAAG  1100
      |||||||| ||||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||| ||
seq2  TCTCCTGCGGCCCT-CACACCCAAT-TCG-CCCAAGTGGTGGTTGTC-AG  1091

seq1  TATTTCCACCGTCAGCACTTGCCGAGTGGAACTGGAAGTTCTTCCACTT  1149
       |||||| |||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||
seq2  AATTTCCCCCGTCAGCACTTGCCGATGGGAACTGG-AGGTCTTCCACTT  1139