BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172E07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 107,945,524 - 108,119,658
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIhpk1, Gmppb, Rnf123, Amigo3, Mst1, Apeh, Bsn, LOC100042108, Dag1
Upstream geneDock3, Mapkapk3, Cish, Hemk1, 6430571L13Rik, Cacna2d2, Tmem115, Cyb561d2, Tusc4, Zmynd10, Rassf1, Tusc2, Hyal2, Hyal1, Nat6, Hyal3, Ifrd2, BY080835, Sema3b, Gnai2, Slc38a3, Gnat1, Sema3f, Rbm5, Rbm6, Mon1a, Mst1r, 4921517D21Rik, Camkv, Traip, Ube1l, D330022A01Rik, 6230427J02Rik, 1700021K14Rik
Downstream geneNicn1, EG434437, Tcta, Rhoa, Gpx1, Usp4, LOC623859, 1700102P08Rik, Ccdc36, BC048562, Klhdc8b, LOC100042228, Ccdc71, Lamb2, Usp19, Qars, Qrich1, Impdh2, 4733401H18Rik, Dalrd3, Wdr6, 4933406E20Rik, Arih2, ENSMUSG00000074075, Slc25a20, Prkar2a, Ihpk2, Nckipsd, Celsr3, Slc26a6, LOC100038959, Tmem89, Uqcrc1, Col7a1, Pfkfb4, Scotin, Trex1, 6620401K05Rik, Ccdc72, Ccdc51, EG665413, Plxnb1, E330009P21Rik, Fbxw13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172E07.bB6Ng01-172E07.g
ACCGA000930GA000931
length1,162765
definitionB6Ng01-172E07.b B6Ng01-172E07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,118,479 - 108,119,658)(107,945,524 - 107,946,284)
sequence
gaattctatagatcaatatcagtttcgatctctctgtctctgttgttgtt
tgtttttgagacagggtctcaccatgtagctctggctgtcctggaagttg
ctttgtagaccaggctggccttgaactcgagagattcccttgcttctgcc
tcctgatggctgggattaaagacgtgcaccgccagcaccagcccatagaa
ctcttctactccagcaggcagatgctaatctattagttaaagactggtag
ctcgaaggatatgttgcttgcctgattttatatgaccctttgagtgtcct
gactctgcattggttgcctttgttccggtggttattggaatgttttacat
gggttaattttgaccagaagtatcttgaattgatacagtgacttagatat
ttgtagtatctggcagagacatataatgaatgggcttaccaggagcataa
agagcttttactgggaaaacaggatttatctgaacatatttatctgtgga
gaacaaacagtttagtagctgatgagcctttgggagagcagatgaagtac
tggggtgtagttcagcagcagagggcttgcccagcacactggactaagat
tccattctgtagccaccctgctcctcagaaccagggctgtgtggactgag
ggtttggaaaggtaatgcatgacctgattctgggagcttcgctttgcttt
tctcgcctgtgaaaataagcttaaagaggatttacttacttatcttgaga
cagagtcttcgctggcttctgaactatgatcttcctacctcttctgctgt
gtggtgggattacaggtgtgtgccgccgacctgaatgaaaagtcagtggt
aaagcagcaaccgaagggctggagagagagaaggctcagagttaaacact
tgttcagaggacctgggttaaattcttagcacatacctggtggctcacaa
ccactcataacttcagtttcaaatacttcctctgccctttgagggcacaa
aggatgcatgtgggacacagacatatatgccagcaaacaatcatacacat
gaaataagtaaatacatctaaaccaaatttaaaagttccttacacttgca
agtatgtgggagacaaagaagttttgtgcttccaccatttcctatgctat
caaagtggatgt
cgcggaattctctgtctctctctctctctctcttgtctttctctcatcct
ggttatcctggaactcactatgtagaccttgctggcaatctaggaattga
atccaaaagcaacaagtgttctaaactgctcagctacttctccagctcca
aggaataagattgtgatatattttatgatttgggtgaatcttgaaatcat
tttactaggcctgaaataaaaggattaatgctggaaatatccagtaaagt
gagccgcctccagtagacagatttctagacacagggtagaggtctcctga
agctcgccctcagtgggcggagcttcagcgtagggaggtggactgaagcc
tgatgggcatgcttgtgtggtgaaagggcagttcccttctgcttgctttc
ctggaggtaggcactctccagcccaggctgacctcacagaggtctgcatg
cctctgcctctagaatgctgctgttaaaggtgtgtgccacagtgcccagt
cccatttttaatttaatttttgtactttggagacaggatttgaatatgta
gttctaagctagcctacaactcactatatgtagaacaggctggcttcaga
cctacagagatctacctgcctgtcttgtgtgggtatgagtgctgggataa
aggttgtgtgccaccaactacgggctctaagattttatgggatagatatt
ccaaaatttgttaaagtcagtgatttgaaactgccgttttaagaacttgt
gagggggcaggcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_108118479_108119658
seq2: B6Ng01-172E07.b_41_1202 (reverse)

seq1  ACATCCACCTCTTAATAAGCATAGAAAATGGTGGAAGCCACAAAAACTTT  50
      ||||||||   || || ||||||| |||||||||||| ||| ||||||| 
seq2  ACATCCAC--TTTGAT-AGCATAGGAAATGGTGGAAG-CAC-AAAACTT-  44

seq1  TCCTTTGTCTCTCACATACTTTGCAAGTGTATGTAACTTTTTTAAAATTT  100
        ||||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||||   ||||||
seq2  --CTTTGTCTCCCACATAC-TTGCAAGTGTAAGGAACTTTT---AAATTT  88

seq1  TGGTTTTAGATGTATTTACTTTATTTCATGTGTATGATTGTTTTGCTGGC  150
        | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  --GGTTTAGATGTATTTAC-TTATTTCATGTGTATGATTG-TTTGCTGGC  134

seq1  ATATATGTCTGTGTCCCACATGCATCCTTTGTGCCCTCAAAGGGCAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTCTGTGTCCCACATGCATCCTTTGTGCCCTCAAAGGGCAGAGG  184

seq1  AAGTATTTGAAACCTGAAGTTATGAGTGGTTGTGAGCCACCAGGTATGTG  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTGAAA-CTGAAGTTATGAGTGGTTGTGAGCCACCAGGTATGTG  233

seq1  CTAAGAATTTAACCCAGGTCCTCTGAACAAGTGTTTAACTCCTGAGCCTT  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTAAGAATTTAACCCAGGTCCTCTGAACAAGTGTTTAACT-CTGAGCCTT  282

seq1  CTCTCTCTCCAGCCCTTCGGTTGCTGCTTTACCACTGACTTTTCATTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCCAGCCCTTCGGTTGCTGCTTTACCACTGACTTTTCATTCAG  332

seq1  GTCGGCGGCACACACCTGTAATCCCACCACACAGCAGAAGAGGTAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCGGCACACACCTGTAATCCCACCACACAGCAGAAGAGGTAGGAAG  382

seq1  ATCATAGTTCAGAAGCCAGCGAAGACTCTGTCTCAAGATAAGTAAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGTTCAGAAGCCAGCGAAGACTCTGTCTCAAGATAAGTAAGTAAA  432

seq1  TCCTCTTTAAGCTTATTTTCACAGGCGAGAAAAGCAAAGCGAAGCTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTAAGCTTATTTTCACAGGCGAGAAAAGCAAAGCGAAGCTCCCA  482

seq1  GAATCAGGTCATGCATTACCTTTCCAAACCCTCAGTCCACACAGCCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGGTCATGCATTACCTTTCCAAACCCTCAGTCCACACAGCCCTGG  532

seq1  TTCTGAGGAGCAGGGTGGCTACAGAATGGAATCTTAGTCCAGTGTGCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGGAGCAGGGTGGCTACAGAATGGAATCTTAGTCCAGTGTGCTGG  582

seq1  GCAAGCCCTCTGCTGCTGAACTACACCCCAGTACTTCATCTGCTCTCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCCTCTGCTGCTGAACTACACCCCAGTACTTCATCTGCTCTCCCA  632

seq1  AAGGCTCATCAGCTACTAAACTGTTTGTTCTCCACAGATAAATATGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCATCAGCTACTAAACTGTTTGTTCTCCACAGATAAATATGTTCA  682

seq1  GATAAATCCTGTTTTCCCAGTAAAAGCTCTTTATGCTCCTGGTAAGCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCCTGTTTTCCCAGTAAAAGCTCTTTATGCTCCTGGTAAGCCCA  732

seq1  TTCATTATATGTCTCTGCCAGATACTACAAATATCTAAGTCACTGTATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATATGTCTCTGCCAGATACTACAAATATCTAAGTCACTGTATCA  782

seq1  ATTCAAGATACTTCTGGTCAAAATTAACCCATGTAAAACATTCCAATAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGATACTTCTGGTCAAAATTAACCCATGTAAAACATTCCAATAAC  832

seq1  CACCGGAACAAAGGCAACCAATGCAGAGTCAGGACACTCAAAGGGTCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGGAACAAAGGCAACCAATGCAGAGTCAGGACACTCAAAGGGTCATA  882

seq1  TAAAATCAGGCAAGCAACATATCCTTCGAGCTACCAGTCTTTAACTAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCAGGCAAGCAACATATCCTTCGAGCTACCAGTCTTTAACTAATA  932

seq1  GATTAGCATCTGCCTGCTGGAGTAGAAGAGTTCTATGGGCTGGTGCTGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCATCTGCCTGCTGGAGTAGAAGAGTTCTATGGGCTGGTGCTGGC  982

seq1  GGTGCACGTCTTTAATCCCAGCCATCAGGAGGCAGAAGCAAGGGAATCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACGTCTTTAATCCCAGCCATCAGGAGGCAGAAGCAAGGGAATCTC  1032

seq1  TCGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGCAACTTCCAGGACAGCCAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGCAACTTCCAGGACAGCCAGA  1082

seq1  GCTACATGGTGAGACCCTGTCTCAAAAACAAACAACAACAGAGACAGAGA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATGGTGAGACCCTGTCTCAAAAACAAACAACAACAGAGACAGAGA  1132

seq1  GATCGAAACTGATATTGATCTATAGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGAAACTGATATTGATCTATAGAATTC  1162

seq1: chr9_107945524_107946284
seq2: B6Ng01-172E07.g_66_827

seq1  GGAATTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGTCTTTCTCTCATCCTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGTCTTTCTCTCATCCTGGT  50

seq1  TATCCTGGAACTCACTATGTAGACCTTGCTGGCAATCTAGGAATTGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGAACTCACTATGTAGACCTTGCTGGCAATCTAGGAATTGAATC  100

seq1  CAAAAGCAACAAGTGTTCTAAACTGCTCAGCTACTTCTCCAGCTCCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCAACAAGTGTTCTAAACTGCTCAGCTACTTCTCCAGCTCCAAGG  150

seq1  AATAAGATTGTGATATATTTTATGATTTGGGTGAATCTTGAAATCATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGATTGTGATATATTTTATGATTTGGGTGAATCTTGAAATCATTTT  200

seq1  ACTAGGCCTGAAATAAAAGGATTAATGCTGGAAATATCCAGTAAAGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGCCTGAAATAAAAGGATTAATGCTGGAAATATCCAGTAAAGTGAG  250

seq1  CCGCCTCCAGTAGACAGATTTCTAGACACAGGGTAGAGGTCTCCTGAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCTCCAGTAGACAGATTTCTAGACACAGGGTAGAGGTCTCCTGAAGC  300

seq1  TCGCCCTCAGTGGGCGGAGCTTCAGCGTAGGGAGGTGGACTGAAGCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCCTCAGTGGGCGGAGCTTCAGCGTAGGGAGGTGGACTGAAGCCTGA  350

seq1  TGGGCATGCTTGTGTGGTGAAAGGGCAGTTCCCTTCTGCTTGCTTTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGCTTGTGTGGTGAAAGGGCAGTTCCCTTCTGCTTGCTTTCCTG  400

seq1  GAGGTAGGCACTCTCCAGCCCAGGCTGACCTCACAGAGGTCTGCATGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGGCACTCTCCAGCCCAGGCTGACCTCACAGAGGTCTGCATGCCT  450

seq1  CTGCCTCTAGAATGCTGCTGTTAAAGGTGTGTGCCACAGTGCCCAGTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTAGAATGCTGCTGTTAAAGGTGTGTGCCACAGTGCCCAGTCCC  500

seq1  ATTTTTAATTTAATTTTTGTACTTTGGAGACAGGATTTGAATATGTAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAATTTAATTTTTGTACTTTGGAGACAGGATTTGAATATGTAGTT  550

seq1  CTAAGCTAGCCTACAACTCACTATATGTAGAACAGGCTGGCTTCAGACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTAGCCTACAACTCACTATATGTAGAACAGGCTGGCTTCAGACCT  600

seq1  ACAGAGATCTACCTGCCTGTCTTGTGTGGGTATGAGTGCTGGGATAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATCTACCTGCCTGTCTTGTGTGGGTATGAGTGCTGGGATAAAGG  650

seq1  TTGTGTGCCACCAACTACGGGCTCTAAGATTTTATGGGATAGATATTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGCCACCAACTACGGGCTCTAAGATTTTATGGGATAGATATTCCA  700

seq1  AAATTTGTTAAAGTCAGTGATTTGAAACTGCCG-TTTAAGAACTTGTGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTTAAAGTCAGTGATTTGAAACTGCCGTTTTAAGAACTTGTGAG  750

seq1  GGGGCAGGCAGT  761
      ||||||||||||
seq2  GGGGCAGGCAGT  762