BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172N23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 79,118,784 - 79,200,595
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC436085, LOC235509
Upstream geneLOC666373, LOC100042314, Omt2a, EG666383, Omt2b, Gsta2, Dppa5, 2410146L05Rik, LOC666408, LOC100042356, LOC666419, E330016A19Rik, Mto1, Eef1a1, Slc17a5, Cd109, LOC384957, EG666456
Downstream geneLOC666479, Col12a1, Cox7a2, Tmem30a, Filip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172N23.bB6Ng01-172N23.g
ACCGA001375GA001376
length1,0821,042
definitionB6Ng01-172N23.b B6Ng01-172N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,118,784 - 79,119,874)(79,199,550 - 79,200,595)
sequence
gaattctttctgaaagattttttaacttttatttatgtatcattgtcttt
atcatgtatatacatatcatcttatgtatatgagtgtttatctcatatat
gtgcaccacatgcaagcttgctgcttgtaggggccagaatatggcattgg
atcttctggaactggagttacacatgtttatgagccacaacgtgattgac
atgaactgaactggagttctttgtgagagcagccagtattcttaaccact
gagttgtcatagacacatcttaatttttttctaacgaagaatctaagcat
cattaattacattcacttttttctctggatatgaattctatgttatacaa
tccagctcatattttatgttctgtagaagactttgataccccataacttg
ttcatatggagtacatattagtatagcaacacatcgattaacaaaatcca
tttccattgctactaaaggcattatctcaaagtcatgtgtttgtaaatac
ttctttggaagttaacttggaaggaaattcccataacatttatgtttatt
ccatggaagctttctttttaaattcatgtttactggtttgaagaaaccat
gacaaaacgtctgacctttctagagaggaagaatcaaaattccatatcca
agtttcccatcttcctgaactgtgttaaaatctttagggttttattgact
ctgtctggtctgatgggtcagggcacacttatgatacacagaaacaatcc
aggaatccatttgcttacaccagtgtcaactggctcttctctgagaagca
gaagcaacagtttcaacacacttaaagccataggacatacatgcaatgaa
cctgtggaccatctcattgcacaggtctagagaaaaacaacatagcttct
ataaaggaagaaatttattatcagcagctttgtaattgtgactataggat
tccagtgcaaagaatactccatcagcttttctgtgactactgatcactta
ctacagctctttctggccctggctggcctctgatccctgtcatttctttc
cagaatccttctttctgtgagactgtctgagc
gaattctcagggctggagagatgtctcaaaggttagaagcactgactact
cttccagaggtcctgagttcaattcccagcaaccatatggtggctcacaa
ccatctgtaatgggatttgatgccctcttttagtgtgtctgaagatagtg
acagagtactcacataacattaaataaataaatctttaaaaaagaattct
ctattattttaatattcttacattaaaaaaaaactgaaactcagttgact
ccagagtggaagtcaactattttaattttaaattcaatggtttttagttt
actatttttttcttgcttacatggaaaacttaagaatttaagatagaaat
tttctgtaagagtttagaagtttgtcaacattgtagtcatgagggtcact
tcgaaaaggtctcccaagtacagttatggagtaaatagatgctttaatac
ttcttataacaaaggaatggagatgcttctttgcctcctctatctttatg
gccacacccacgtcttcaaacctctggtctagtacatcccaactaaagtc
atatttgttactcaagcttgcccctcaagtgccactcaatcacattttac
agcttcacccatgtaggtagcattcaagtatcctcatatttgaatgctac
ctctggggacatgaatgtgctgctggatataggaatggttgtttgatatc
ttcctgagttaagctgcagcactccagtttcgggaccaacacacatttca
gatattttgggggtttggctaaagaaatataattacctgtaagcctatct
caaacttaatgaagcaatccctcaactcacaactacctttccttagtgtt
cttttacctaacgaatgacattcctgaagcacatagacacattcttacca
catgtgtggtcacagaggaatggcattactaagtatatgaagacacttct
tagcatgtgtgatcacagagttcatgttcctcctgccatttttaaatttt
cttagaaaattacaggcagaaataaagaaaagagtgggtctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_79118784_79119874
seq2: B6Ng01-172N23.b_42_1123

seq1  GAATTCTTTCTGAAAGATTTTTTAACTTTTATTTATGTATCATTGTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGAAAGATTTTTTAACTTTTATTTATGTATCATTGTCTTT  50

seq1  ATCATGTATATACATATCATCTTATGTATATGAGTGTTTATCTCATATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTATATACATATCATCTTATGTATATGAGTGTTTATCTCATATAT  100

seq1  GTGCACCACATGCAAGCTTGCTGCTTGTAGGGGCCAGAATATGGCATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCACATGCAAGCTTGCTGCTTGTAGGGGCCAGAATATGGCATTGG  150

seq1  ATCTTCTGGAACTGGAGTTACACATGTTTATGAGCCACAACGTGATTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGGAACTGGAGTTACACATGTTTATGAGCCACAACGTGATTGAC  200

seq1  ATGAACTGAACTGGAGTTCTTTGTGAGAGCAGCCAGTATTCTTAACCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTGAACTGGAGTTCTTTGTGAGAGCAGCCAGTATTCTTAACCACT  250

seq1  GAGTTGTCATAGACACATCTTAATTTTTTTCTAACGAAGAATCTAAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTCATAGACACATCTTAATTTTTTTCTAACGAAGAATCTAAGCAT  300

seq1  CATTAATTACATTCACTTTTTTCTCTGGATATGAATTCTATGTTATACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTACATTCACTTTTTTCTCTGGATATGAATTCTATGTTATACAA  350

seq1  TCCAGCTCATATTTTATGTTCTGTAGAAGACTTTGATACCCCATAACTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTCATATTTTATGTTCTGTAGAAGACTTTGATACCCCATAACTTG  400

seq1  TTCATATGGAGTACATATTAGTATAGCAACACATCGATTAACAAAATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATGGAGTACATATTAGTATAGCAACACATCGATTAACAAAATCCA  450

seq1  TTTCCATTGCTACTAAAGGCATTATCTCAAAGTCATGTGTTTGTAAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATTGCTACTAAAGGCATTATCTCAAAGTCATGTGTTTGTAAATAC  500

seq1  TTCTTTGGAAGTTAACTTGGAAGGAAATTCCCATAACATTTATGTTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGAAGTTAACTTGGAAGGAAATTCCCATAACATTTATGTTTATT  550

seq1  CCATGGAAGCTTTCTTTTTAAATTCATGTTTACTGGTTTGAAGAAACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAAGCTTTCTTTTTAAATTCATGTTTACTGGTTTGAAGAAACCAT  600

seq1  GACAAAACGTCTGACCTTTCTAGAGAGGAAGAATCAAAATTCCATATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAACGTCTGACCTTTCTAGAGAGGAAGAATCAAAATTCCATATCCA  650

seq1  AGTTTCCCATCTTCCTGAACTGTGTTAAAATCTTTAGGGTTTTATTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCCATCTTCCTGAACTGTGTTAAAATCTTTAGGGTTTTATTGACT  700

seq1  CTGTCTGGTCTGATGGGTCAGGGCACACTTATGATACACAGAAACAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGGTCTGATGGGTCAGGGCACACTTATGATACACAGAAACAATCC  750

seq1  AGGAATCCATTTGCTTACACCAGTGTCAACTGGCTCTTCTCTGAGAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCATTTGCTTACACCAGTGTCAACTGGCTCTTCTCTGAGAAGCA  800

seq1  GAAGCAACAGTTTCAACACACTTAAAGCCATAGGACATACATGCAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAACAGTTTCAACACACTTAAAGCCATAGGACATACATGCAATGAA  850

seq1  CCTGTGGACCATCTCATTGCACAGGTCTAGAGAAAAACAACATAGCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGACCATCTCATTGCACAGGTCTAGAGAAAAACAACATAGCTTCT  900

seq1  ATAAAGGAAGAAATTTATTATCAGCAGCTTTGTAAATTGTGACTATAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGAAGAAATTTATTATCAGCAGCTTTGT-AATTGTGACTATAGGA  949

seq1  TTCCAGTGCAAAGAATACTCCATCAGCTTTTCTGTGACTACTGGTCACTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCCAGTGCAAAGAATACTCCATCAGCTTTTCTGTGACTACTGATCACTT  999

seq1  ACTACAGGTTCCTTTCTGGCCCTGGCTGGCCTCTGATTCCCTGGCCATTT  1050
      ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||
seq2  ACTACAGCT--CTTTCTGGCCCTGGCTGGCCTCTGA-TCCCT-GTCATTT  1045

seq1  CTTTCCAGGAATCCCTTCTTTCTGTGAGACCTGGTCTGAGC  1091
      ||||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CTTTCCA-GAAT-CCTTCTTTCTGTGAGAC--TGTCTGAGC  1082

seq1: chr9_79199550_79200595
seq2: B6Ng01-172N23.g_66_1107 (reverse)

seq1  AAGACCCACCTCTTTTTCTTTATTTTCTGCCTGT-ATTTTCTAAGAAAAT  49
      |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGACCCA-CTC-TTTTCTTTA-TTTCTGCCTGTAATTTTCTAAGAAAAT  47

seq1  TTAAAAATGGCAGGAGGAAACATGAACTCTGTGATCACACATGCTAAGAA  99
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGGCAGGAGG-AACATGAACTCTGTGATCACACATGCTAAGAA  96

seq1  GTTGTCTTCATATACTTTAGTAATGCCATTCCTCTGTGACCACACATGTG  149
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGTCTTCATATAC-TTAGTAATGCCATTCCTCTGTGACCACACATGTG  144

seq1  GTAAGAATGTGTCTATGTGCTTCAGGAATGTCATTCGTTAGGT-AAAGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTAAGAATGTGTCTATGTGCTTCAGGAATGTCATTCGTTAGGTAAAAGAA  194

seq1  CACTAAGGAAAGGTAGTTGTGAGTTGAGGGATTGCTTCATTAAGTTTGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGGAAAGGTAGTTGTGAGTTGAGGGATTGCTTCATTAAGTTTGAG  244

seq1  ATAGGCTTACAGGTAATTATATTTCTTTAGCCAAACCCCCAAAATATCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTTACAGGTAATTATATTTCTTTAGCCAAACCCCCAAAATATCTG  294

seq1  AAATGTGTGTTGGTCCCGAAACTGGAGTGCTGCAGCTTAACTCAGGAAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTGTTGGTCCCGAAACTGGAGTGCTGCAGCTTAACTCAGGAAGA  344

seq1  TATCAAACAACCATTCCTATATCCAGCAGCACATTCATGTCCCCAGAGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACAACCATTCCTATATCCAGCAGCACATTCATGTCCCCAGAGGT  394

seq1  AGCATTCAAATATGAGGATACTTGAATGCTACCTACATGGGTGAAGCTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCAAATATGAGGATACTTGAATGCTACCTACATGGGTGAAGCTGT  444

seq1  AAAATGTGATTGAGTGGCACTTGAGGGGCAAGCTTGAGTAACAAATATGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGATTGAGTGGCACTTGAGGGGCAAGCTTGAGTAACAAATATGA  494

seq1  CTTTAGTTGGGATGTACTAGACCAGAGGTTTGAAGACGTGGGTGTGGCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTTGGGATGTACTAGACCAGAGGTTTGAAGACGTGGGTGTGGCCA  544

seq1  TAAAGATAGAGGAGGCAAAGAAGCATCTCCATTCCTTTGTTATAAGAAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAGAGGAGGCAAAGAAGCATCTCCATTCCTTTGTTATAAGAAGT  594

seq1  ATTAAAGCATCTATTTACTCCATAACTGTACTTGGGAGACCTTTTCGAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGCATCTATTTACTCCATAACTGTACTTGGGAGACCTTTTCGAAG  644

seq1  TGACCCTCATGACTACAATGTTGACAAACTTCTAAACTCTTACAGAAAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTCATGACTACAATGTTGACAAACTTCTAAACTCTTACAGAAAAT  694

seq1  TTCTATCTTAAATTCTTAAGTTTTCCATGTAAGCAAGAAAAAAATAGTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTTAAATTCTTAAGTTTTCCATGTAAGCAAGAAAAAAATAGTAA  744

seq1  ACTAAAAACCATTGAATTTAAAATTAAAATAGTTGACTTCCACTCTGGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAACCATTGAATTTAAAATTAAAATAGTTGACTTCCACTCTGGAG  794

seq1  TCAACTGAGTTTCAGTTTTTTTTTAATGTAAGAATATTAAAATAATAGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGAGTTTCAGTTTTTTTTTAATGTAAGAATATTAAAATAATAGAG  844

seq1  AATTCTTTTTTAAAGATTTATTTATTTAATGTTATGTGAGTACTCTGTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTTTTTAAAGATTTATTTATTTAATGTTATGTGAGTACTCTGTCA  894

seq1  CTATCTTCAGACACACTAAAAGAGGGCATCAAATCCCATTACAGATGGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCAGACACACTAAAAGAGGGCATCAAATCCCATTACAGATGGTT  944

seq1  GTGAGCCACCATATGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCACCATATGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAG  994

seq1  TAGTCAGTGCTTCTAACCTTTGAGACATCTCTCCAGCCCTGAGAATTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGTGCTTCTAACCTTTGAGACATCTCTCCAGCCCTGAGAATTC  1042