BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179J18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 102,471,486 - 102,602,025
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCep63, Anapc13
Upstream geneEphb1, 9630041A04Rik, Ky, LOC664843
Downstream geneAmotl2, EG434510, Ryk, Slco2a1, Rab6b, Srprb, Trf, 1300017J02Rik, Topbp1, Cdv3, Bfsp2, Tmem108, 4932413F04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179J18.bB6Ng01-179J18.g
ACCGA006283GA006284
length1,106301
definitionB6Ng01-179J18.b B6Ng01-179J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,600,929 - 102,602,025)(102,471,486 - 102,471,786)
sequence
actctagcatacttttcatattcaaagtcccttctggtgaggacttggcc
atctgggaaacagcctgtggggtagagaaagcttgagttccagagatttg
gagaactggtaaggtcctgactaccccatttgaactcttggccaaatgtg
agaacctaagtttgatcacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacatttgttaagtgtggtgtcatgagcacaaacacatctatacac
acaacactctcacacactacacacactctcacacactactcacacacaca
catgcatgcacatacatgcatcatatacaccataccttactaacttcaga
tgtgttctgctttaagtgacagcaaatttggtagtggtttcttaaacgaa
taggtgcctaatccaattatttagcaaaaagtatgacagttgctggtggg
tttagttcatctaattaacaatgtatctataattgcaaagtgtttcctct
ttccagtcctctaggtttagtcagatggctttcacttttcagcttgcttt
ttcacagttacatgttggctgttactactccagataacacaccactttaa
ggcaggaagacagatgtaaatggagcagaagctttcttagaataccccag
catcaccaacagactgcttttagtccacatcatccacaatagaatgacat
agctaaacctagctgcaagggagtctgattaatcaaccagggctggacac
attctccttccatagaaaaccagatcctattaacgaagaagcagtggaga
atggggtgtcatgacaggcactggaaagagaaagaactctaagattgctg
tgaaggtcaaatgggatgaggtatagatgtgctcaagactgcctggccaa
gttagatgctgaaaagatacattgtttttttttcaatcagtgtctcattg
aacaaggtccaaggaaaataactctcaatgtctgaaaaaacctgtatagt
ggcaacagtaaaatttagttccccctacttaaggcattggacttcccagt
ctctctggctgctctcctctaccagctttatgctcaagaaggtgcaccgt
gcattc
agtgtggggtggggaacaggagaattgctaatcttgttatggttatttct
ctgagaacagctaatattgttttggcaacttgtaggctcagtcattttga
ctgctaaaactatgtttttacatttgtttagtcagccagcttccttctat
ggctctgcacttggctgctagtacagtttggaaagtcctttttgaagggg
gaaggtactgggtggtctttaattcattttggatgttacagctatttaag
agcagtggaggtagggagggagagagagagagagagagagagagagatag
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_102600929_102602025
seq2: B6Ng01-179J18.b_56_1161 (reverse)

seq1  GAATGCACGGTGCAC--TCTTGAGCAT-AAGCTGGTAGGAGAGGAGCAGG  47
      |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| |||  |||||| 
seq2  GAATGCACGGTGCACCTTCTTGAGCATAAAGCTGGTA-GAGGAGAGCAGC  49

seq1  CAGAGAGACTGGGGAAGT-CAATGCC-TAAGTAGGGGGAACT-AATTTTA  94
      |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGAGAGACT-GGGAAGTCCAATGCCTTAAGTAGGGGGAACTAAATTTTA  98

seq1  CTGT--GCACTATACAGG-TTTTTCAGACATTG-GAGTTA-TTTCCTTGG  139
      ||||   ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  CTGTTGCCACTATACAGGTTTTTTCAGACATTGAGAGTTATTTTCCTTGG  148

seq1  ACCTTG-TCAATGAAGACACTGATTGGAAAAAAAAACAATGTATCTTTTC  188
      |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTTCAATG-AGACACTGATT-GAAAAAAAAACAATGTATCTTTTC  196

seq1  AGCATCTAACTGGGCCAGGCAGTCTTGAGCACATCTATACCTCATCCCAT  238
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTAACTTGGCCAGGCAGTCTTGAGCACATCTATACCTCATCCCAT  246

seq1  TTGACCTTCACAGCAATCTTAGAGTTCTTTCTCTTTCCAGTGCCTGTCAT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTTCACAGCAATCTTAGAGTTCTTTCTCTTTCCAGTGCCTGTCAT  296

seq1  GACA-CCCATTCTCCACTGCTTCTTCGTTAATAGGATCTGGTTTTCTATG  337
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCCATTCTCCACTGCTTCTTCGTTAATAGGATCTGGTTTTCTATG  346

seq1  GAAGGAGAATGTGTCCAGCCCTGGTTGATTAATCAGACTCCCTTGCAGCT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAATGTGTCCAGCCCTGGTTGATTAATCAGACTCCCTTGCAGCT  396

seq1  AGGTTTAGCTATGTCATTCTATTGTGGATGATGTGGACTAAAAGCAGTCT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAGCTATGTCATTCTATTGTGGATGATGTGGACTAAAAGCAGTCT  446

seq1  GTTGGTGATGCTGGGGTATTCTAAGAAAGCTTCTGCTCCATTTACATCTG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGATGCTGGGGTATTCTAAGAAAGCTTCTGCTCCATTTACATCTG  496

seq1  TCTTCCTGCCTTAAAGTGGTGTGTTATCTGGAGTAGTAACAGCCAACATG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGCCTTAAAGTGGTGTGTTATCTGGAGTAGTAACAGCCAACATG  546

seq1  TAACTGTGAAAAAGCAAGCTGAAAAGTGAAAGCCATCTGACTAAACCTAG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTGAAAAAGCAAGCTGAAAAGTGAAAGCCATCTGACTAAACCTAG  596

seq1  AGGACTGGAAAGAGGAAACACTTTGCAATTATAGATACATTGTTAATTAG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGGAAAGAGGAAACACTTTGCAATTATAGATACATTGTTAATTAG  646

seq1  ATGAACTAAACCCACCAGCAACTGTCATACTTTTTGCTAAATAATTGGAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTAAACCCACCAGCAACTGTCATACTTTTTGCTAAATAATTGGAT  696

seq1  TAGGCACCTATTCGTTTAAGAAACCACTACCAAATTTGCTGTCACTTAAA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCACCTATTCGTTTAAGAAACCACTACCAAATTTGCTGTCACTTAAA  746

seq1  GCAGAACACATCTGAAGTTAGTAAGGTATGGTGTATATGATGCATGTATG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAACACATCTGAAGTTAGTAAGGTATGGTGTATATGATGCATGTATG  796

seq1  TGCATGCATGTGTGTGTGTGAGTAGTGTGTGAGAGTGTGTGTAGTGTGTG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGTGTGTGTGTGAGTAGTGTGTGAGAGTGTGTGTAGTGTGTG  846

seq1  AGAGTGTTGTGTGTATAGATGTGTTTGTGCTCATGACACCACACTTAACA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTGTGTGTATAGATGTGTTTGTGCTCATGACACCACACTTAACA  896

seq1  AATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCAAA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCAAA  946

seq1  CTTAGGTTCTCACATTTGGCCAAGAGTTCAAATGGGGTAGTCAGGACCTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTTCTCACATTTGGCCAAGAGTTCAAATGGGGTAGTCAGGACCTT  996

seq1  ACCAGTTCTCCAAATCTCTGGAACTCAAGCTTTCTCTACCCCACAGGCTG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTTCTCCAAATCTCTGGAACTCAAGCTTTCTCTACCCCACAGGCTG  1046

seq1  TTTCCCAGATGGCCAAGTCCTCACCAGAAGGGACTTTGAATATGAAAAGT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGATGGCCAAGTCCTCACCAGAAGGGACTTTGAATATGAAAAGT  1096

seq1  ATGCTAGAGT  1097
      ||||||||||
seq2  ATGCTAGAGT  1106

seq1: chr9_102471486_102471786
seq2: B6Ng01-179J18.g_73_373

seq1  AGTGTGGGGTGGGGAACAGGAGAATTGCTAATCTTGTTATGGTTATTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGGTGGGGAACAGGAGAATTGCTAATCTTGTTATGGTTATTTCT  50

seq1  CTGAGAACAGCTAATATTGTTTTGGCAACTTGTAGGCTCAGTCATTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACAGCTAATATTGTTTTGGCAACTTGTAGGCTCAGTCATTTTGA  100

seq1  CTGCTAAAACTATGTTTTTACATTTGTTTAGTCAGCCAGCTTCCTTCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAACTATGTTTTTACATTTGTTTAGTCAGCCAGCTTCCTTCTAT  150

seq1  GGCTCTGCACTTGGCTGCTAGTACAGTTTGGAAAGTCCTTTTTGAAGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGCACTTGGCTGCTAGTACAGTTTGGAAAGTCCTTTTTGAAGGGG  200

seq1  GAAGGTACTGGGTGGTCTTTAATTCATTTTGGATGTTACAGCTATTTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACTGGGTGGTCTTTAATTCATTTTGGATGTTACAGCTATTTAAG  250

seq1  AGCAGTGGAGGTAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGCAGTGGAGGTAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAG  300

seq1  A  301
      |
seq2  A  301