BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-180K12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 16,182,106 - 16,219,037
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat3
Upstream geneLOC100039955, BC017612, Ccdc67, LOC665461, LOC330891, Slc36a4, Mtnr1b
Downstream geneEG434373, LOC100040074
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-180K12.bB6Ng01-180K12.g
ACCGA007030GA007031
length1,1931,119
definitionB6Ng01-180K12.b B6Ng01-180K12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,182,106 - 16,183,273)(16,217,910 - 16,219,037)
sequence
gaattctccattggaaccgatgtctgcatctgtagctgtcacctgggcaa
cgctagtcctgagtggtgtgctttctgcgatggtgacggagtaggtggtg
ggtgaaaacagaggcctcaagtcattcatgtctaaaacctggatgttcac
tttggtccatgcttccaagtcttctcctctgactgaaccttttataatta
ataaataattgtcttggatttccctgttcaatatggcagaattgccacct
ttagttcttatcctgagaaagcagaaatctgcaatgatgacctcctcagc
tttgaaaaatccttcctcatcaccagacactattctgtacttgatatccc
aggacaggtctattaaggtgatgcccattctgctctggctgttgacatag
gtccgcgctgctgagttctcatacactgtagcattataggtggagtgtgt
aaagtggaagcccaggggccctgtccctggcaacccctgggagacagtgg
caaacagcttcaggagcaggagaatgatgcaagaaggaggctttgtgccc
atacagtgtcccatagtcacactcatcatatcacatgtccgtcctggaag
taaacacagagaaaagatatagattaattcagaagaaagtggagggaaag
aaacataaagaagaactgttatgaaaaaagtgtgttcagaaggctgtatt
atagaaaatctttcctcccagcatcaatacaaaaaattgtaacattcact
gctactagatagtaaagaattcaaagtcattcgaatttaaccttatcttg
attgaacttccttaagtgacgctttcccactactgttgagattggtttgg
ggcaccaaatttattatatgttagaggtcaacttagaaatgtataattgg
aggacctttaattgcatttaattttaacctaacagtagcctttttccaca
attataacgagaaagttttcttagaatatattcattacagcacagtctca
atttcaaaaagaaaagacgtctaaggaacactaaagaaactattcattag
aaaattaaataacttgagtacatttggttaaaactacgtgtattagcaat
taaaatgatagggcagaagaatgtatgttttttgaatgcaataaagaaat
gaaaggctaagttaaagacaaagtggtccagaaatgcatctga

gaattccttacagacacatctagaattgtgttcaaaagtcttacctttaa
agtgtaaatgatgtggccttgataactatccgtcaaagtcaggttcatgg
tgcgtcctcacactgccaaagctctgatgatgcagatctattaagaagtg
acatagaaatcacagctgtacccttacagaaatgccaccagagcacccat
gaccatgttatgagcctcagccatgcttatttggttcaacaactttctat
ctaaatgcagaacacacttcataccacttggcagtaagttcacaggaact
cacatccctttctttgccaccttcccaacaaattctaggactctgaacaa
gataaaatgccatctttgctgtagtattcatgtagtttccaaccattcaa
aacatgttacgttttgctatcatgttaatagcttcttgcttttcaacata
tatattatgaacaatgtttggattatggtatctccaagcctagtgtatct
ggtgagctatttagttttattgcatgacattttagggcatctgtaatttt
ttaaatgcctgtgcttggagttggagatatggctcagtgtttaacagcaa
tggttgttcttccagaagatccaggttcaattcctagctcccatatggca
gctaacaactgtctgtaacttcaattccagagcatccaacaccctcatac
agtcatacatgtagatgaacacaaatgcacttgcagaaaagaatgcatat
gctttactactgtaatgccaactgactcttcataatgcacacttagagag
tagatcctaagcacatttattatgtcctagtgtctttttctatacatgta
aaaaacacatgtagttttctctaatataattatttttttcgaacgagggg
ctaagaacttttgtaagtccctatgtagcagaggatgacctagtcagcca
tcagtggggtggagaggcccttggtcttgggaagactatatgcctcagta
caggggatgccagggcaggaagcggattggggagggttggggagcagagc
gggttgaggtataggactttcgagagaactaggaacgggatagcatttga
atgtgtatgaagaaatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_16182106_16183273
seq2: B6Ng01-180K12.b_45_1237

seq1  GAATTCTCCATTGGAACCGATGTCTGCATCTGTAGCTGTCACCTGGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATTGGAACCGATGTCTGCATCTGTAGCTGTCACCTGGGCAA  50

seq1  CGCTAGTCCTGAGTGGTGTGCTTTCTGCGATGGTGACGGAGTAGGTGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAGTCCTGAGTGGTGTGCTTTCTGCGATGGTGACGGAGTAGGTGGTG  100

seq1  GGTGAAAACAGAGGCCTCAAGTCATTCATGTCTAAAACCTGGATGTTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAACAGAGGCCTCAAGTCATTCATGTCTAAAACCTGGATGTTCAC  150

seq1  TTTGGTCCATGCTTCCAAGTCTTCTCCTCTGACTGAACCTTTTATAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCCATGCTTCCAAGTCTTCTCCTCTGACTGAACCTTTTATAATTA  200

seq1  ATAAATAATTGTCTTGGATTTCCCTGTTCAATATGGCAGAATTGCCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATTGTCTTGGATTTCCCTGTTCAATATGGCAGAATTGCCACCT  250

seq1  TTAGTTCTTATCCTGAGAAAGCAGAAATCTGCAATGATGACCTCCTCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTCTTATCCTGAGAAAGCAGAAATCTGCAATGATGACCTCCTCAGC  300

seq1  TTTGAAAAATCCTTCCTCATCACCAGACACTATTCTGTACTTGATATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAATCCTTCCTCATCACCAGACACTATTCTGTACTTGATATCCC  350

seq1  AGGACAGGTCTATTAAGGTGATGCCCATTCTGCTCTGGCTGTTGACATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGGTCTATTAAGGTGATGCCCATTCTGCTCTGGCTGTTGACATAG  400

seq1  GTCCGCGCTGCTGAGTTCTCATACACTGTAGCATTATAGGTGGAGTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCGCTGCTGAGTTCTCATACACTGTAGCATTATAGGTGGAGTGTGT  450

seq1  AAAGTGGAAGCCCAGGGGCCCTGTCCCTGGCAACCCCTGGGAGACAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGAAGCCCAGGGGCCCTGTCCCTGGCAACCCCTGGGAGACAGTGG  500

seq1  CAAACAGCTTCAGGAGCAGGAGAATGATGCAAGAAGGAGGCTTTGTGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCTTCAGGAGCAGGAGAATGATGCAAGAAGGAGGCTTTGTGCCC  550

seq1  ATACAGTGTCCCATAGTCACACTCATCATATCACATGTCCGTCCTGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTGTCCCATAGTCACACTCATCATATCACATGTCCGTCCTGGAAG  600

seq1  TAAACACAGAGAAAAGATATAGATTAATTCAGAAGAAAGT-GAGGGAAAG  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAAACACAGAGAAAAGATATAGATTAATTCAGAAGAAAGTGGAGGGAAAG  650

seq1  AAACATAAAGAAGAACTGTTATGAAAAAAGTGTGTTCAGAAGGCTGTATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAAAGAAGAACTGTTATGAAAAAAGTGTGTTCAGAAGGCTGTATT  700

seq1  ATAGAAAATCTTTCCATTAAAGCATCAATACAAAAAATTGTAACATTCAC  749
      ||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAATCTTTCC-TCCCAGCATCAATACAAAAAATTGTAACATTCAC  749

seq1  TGCTACTAGATAGTAAAGAATTCAAAGTCATTCGAATTTAACCTTATCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTAGATAGTAAAGAATTCAAAGTCATTCGAATTTAACCTTATCTT  799

seq1  GATTGAACTTCCTTAAGTGACGCTTTCCCACTACTGTTGAGATTGGTTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAACTTCCTTAAGTGACGCTTTCCCACTACTGTTGAGATTGGTTTG  849

seq1  GGGCACCAAATTTATTATATGTTAGAGGTCAACTTAGAAATGTATAATTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCAAATTTATTATATGTTAGAGGTCAACTTAGAAATGTATAATTG  899

seq1  GA-GACC-TTAAATGCATTTAATTTTAACCT-ACAGTAGCC-TTTTCCAC  945
      || |||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GAGGACCTTTAATTGCATTTAATTTTAACCTAACAGTAGCCTTTTTCCAC  949

seq1  AATTAT-ACGAGAAAG-TTTCTTAG-ATATATTCATTACAGCACAGTTCC  992
      |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |
seq2  AATTATAACGAGAAAGTTTTCTTAGAATATATTCATTACAGCACAGTCTC  999

seq1  AAATTTCAAAAG-AAAGACG-CTAAAG-ACACT-AAGAAACTA-TCAATA  1037
      || ||  ||||| ||||||| |||| | ||||| ||||||||| ||| ||
seq2  AATTTCAAAAAGAAAAGACGTCTAAGGAACACTAAAGAAACTATTCATTA  1049

seq1  GAAAATTAAATAACTTTGAGTACATT--GTTAAAACTACG-GTA-TAGCA  1083
      |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| |||||
seq2  GAAAATTAAATAAC-TTGAGTACATTTGGTTAAAACTACGTGTATTAGCA  1098

seq1  ATTAAAATGAT--GGCAAGAG-ATGTATGTTTTTTG-ATGC-ATAAAG--  1126
      |||||||||||  ||||  || |||||||||||||| |||| ||||||  
seq2  ATTAAAATGATAGGGCAGAAGAATGTATGTTTTTTGAATGCAATAAAGAA  1148

seq1  ATGAAGGGCTAAGGT-AAGACAAGGT-GTCCAG-GATGCATCTGA  1168
      ||||| ||||||| | ||||||| || ||||||  ||||||||||
seq2  ATGAAAGGCTAAGTTAAAGACAAAGTGGTCCAGAAATGCATCTGA  1193


seq1: chr9_16217910_16219037
seq2: B6Ng01-180K12.g_64_1182 (reverse)

seq1  GATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCCTTTCCTAGTTTCCT  50
      |||| |||||||||  ||| |||||||||||| ||| |||||||||  ||
seq2  GATA-TTTCTTCATACACA-TTCAAATGCTAT-CCCGTTCCTAGTT--CT  45

seq1  CTCCAAAAGTCCCCTATACCCTCAACCCGCTCTGCTCCCCAACCCTCCCA  100
      || | |||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CT-CGAAAGT--CCTATA-CCTCAACCCGCTCTGCTCCCCAACCCTCCCC  91

seq1  ATCCCGCTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGCATATAGTCTTC  150
      |  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATCCGCTTCCT-GCCCTGGCA-TCCCCTGTACTGAGGCATATAGTCTTC  139

seq1  CCAAGACCAAGGGCCTCTCCA-CCCACTGATGGCTGACTAGGTCATCCTC  199
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGACCAAGGGCCTCTCCACCCCACTGATGGCTGACTAGGTCATCCTC  189

seq1  TGCTACATAGGGACTTACAAAAGTTCTTAGCCCCTCGTTCG-AAAAAATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTACATAGGGACTTACAAAAGTTCTTAGCCCCTCGTTCGAAAAAAATA  239

seq1  ATTATATTAGAGAAAACTACATGTGTTTTTTACATGTATAGAAAAAGACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTAGAGAAAACTACATGTGTTTTTTACATGTATAGAAAAAGACA  289

seq1  CTAGGACATAATAAATGTGCTTAGGATCTACTCTCTAAGTGTGCATTATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACATAATAAATGTGCTTAGGATCTACTCTCTAAGTGTGCATTATG  339

seq1  AAGAGTCAGTTGGCATTACAGTAGTAAAGCATATGCATTCTTTTCTGCAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCAGTTGGCATTACAGTAGTAAAGCATATGCATTCTTTTCTGCAA  389

seq1  GTGCATTTGTGTTCATCTACATGTATGACTGTATGAGGGTGTTGGATGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTTGTGTTCATCTACATGTATGACTGTATGAGGGTGTTGGATGCT  439

seq1  CTGGAATTGAAGTTACAGACAGTTGTTAGCTGCCATATGGGAGCTAGGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATTGAAGTTACAGACAGTTGTTAGCTGCCATATGGGAGCTAGGAA  489

seq1  TTGAACCTGGATCTTCTGGAAGAACAACCATTGCTGTTAAACACTGAGCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCTGGATCTTCTGGAAGAACAACCATTGCTGTTAAACACTGAGCC  539

seq1  ATATCTCCAACTCCAAGCACAGGCATTTAAAAAATTACAGATGCCCTAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCCAACTCCAAGCACAGGCATTTAAAAAATTACAGATGCCCTAAA  589

seq1  ATGTCATGCAATAAAACTAAATAGCTCACCAGATACACTAGGCTTGGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGCAATAAAACTAAATAGCTCACCAGATACACTAGGCTTGGAGA  639

seq1  TACCATAATCCAAACATTGTTCATAATATATATGTTGAAAAGCAAGAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATAATCCAAACATTGTTCATAATATATATGTTGAAAAGCAAGAAGC  689

seq1  TATTAACATGATAGCAAAACGTAACATGTTTTGAATGGTTGGAAACTACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACATGATAGCAAAACGTAACATGTTTTGAATGGTTGGAAACTACA  739

seq1  TGAATACTACAGCAAAGATGGCATTTTATCTTGTTCAGAGTCCTAGAATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTACAGCAAAGATGGCATTTTATCTTGTTCAGAGTCCTAGAATT  789

seq1  TGTTGGGAAGGTGGCAAAGAAAGGGATGTGAGTTCCTGTGAACTTACTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGAAGGTGGCAAAGAAAGGGATGTGAGTTCCTGTGAACTTACTGC  839

seq1  CAAGTGGTATGAAGTGTGTTCTGCATTTAGATAGAAAGTTGTTGAACCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGTATGAAGTGTGTTCTGCATTTAGATAGAAAGTTGTTGAACCAA  889

seq1  ATAAGCATGGCTGAGGCTCATAACATGGTCATGGGTGCTCTGGTGGCATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCATGGCTGAGGCTCATAACATGGTCATGGGTGCTCTGGTGGCATT  939

seq1  TCTGTAAGGGTACAGCTGTGATTTCTATGTCACTTCTTAATAGATCTGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAGGGTACAGCTGTGATTTCTATGTCACTTCTTAATAGATCTGCA  989

seq1  TCATCAGAGCTTTGGCAGTGTGAGGACGCACCATGAACCTGACTTTGACG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGAGCTTTGGCAGTGTGAGGACGCACCATGAACCTGACTTTGACG  1039

seq1  GATAGTTATCAAGGCCACATCATTTACACTTTAAAGGTAAGACTTTTGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTATCAAGGCCACATCATTTACACTTTAAAGGTAAGACTTTTGAA  1089

seq1  CACAATTCTAGATGTGTCTGTAAGGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTCTAGATGTGTCTGTAAGGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |