BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182J11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 80,576,656 - 80,691,090
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCox7a2, Tmem30a, Filip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
Downstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182J11.bB6Ng01-182J11.g
ACCGA008440GA008441
length1,180734
definitionB6Ng01-182J11.b B6Ng01-182J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,576,656 - 80,577,849)(80,690,471 - 80,691,090)
sequence
gaattcatacataaagttttattctgagaattccaagtgttgacaggaaa
tgctaaaaatgagataggggagtgctaggaaaatgcagaaaacaaactgc
accccatgcatggctgttggtgagccacagggcagcttctgaatggccct
gactggagttactcctcagcaaactacacagacctgtggcttgaattagc
atgggcaagtgccaggctagagatttcccttcaagaggtcttcaggttcc
agctgttaaactatcaggaagcctcagactacttgaaagacacaacacag
gaggcagagtccctttttctgaagattacaaaaactcgcctgttccttaa
atagaaatagcagatttatgtgaagccactgatcaaaacctccttgagca
tgagctccaggaacaccctgtgtcaacacggtgaaaacaccctgcggatg
cctcaggatcaaagtcccctttcacagccacgcttcccagaatgacccag
atcccctattccatgccgtcctacctgttaggttatacaggtggaaattg
agagtaatgtaatccacctcagcacacagaacagagccaactttcattcc
tccaaagaatacagcttgtgttttgtttaaaggtgagattctaaaccact
ggtagatggctgaaatatagcttttttttttttttttctcttttgagtaa
gggtggtagtgagaggttttggtaccagtttcaagaatagagtcctttat
atttaaacgttctcagaggatcagacaagcagtaacaatttgttcaaggt
caacttttttttcttactttgtcttaagtctttcttacaaagcaactata
aatatgaaattttctctgagttagctttcttcctatcaaatccatctatg
gtagatacaatgaattcttgggtttacaagctccatgattctgggtaaat
tctgttgatgtcagatagtgactgtacaaagctgatgtaaagggctcatt
tcagagcagtacctgagcagtgaggaagagaacatagtcttggggcatgg
cctatgcgactttcaaatgagataccaagtttgagctacatagccaatct
aagaacaccctgaagcatctcataggtccaatataagcatgtaagtatca
cttgcaagctgtggaagcaactcagtggtg

gaattcaaactgttgctgcaggcattccgttcctatagcatgtggctcac
aacagcctgtatctctagctccagggtataagatgatgacagcgtccaca
gcacatccactaattcccatatacatacacacatacacacacacacatac
atacatacatacatacatacatacatacgcaaaactaaaattaatacaaa
taaatcttttttaaaaatacaaatcctattttacagaaatattttgatta
tgttatacatataattattatcacaacacaatagtttataagaagccctc
aaagtagaattcattagactctcatgtattcgtaaactatgctatttatg
gttactattgctatgatgtaataccatgacaaaaaccaagttgtgaaaga
aatgattcatttggcttaggtttccacatctgtagtccattatggaagga
agtaactcaaacaggaaaagaacctggagtcaggagctgatggagatacc
atggaggattattgtttactggctttcccctattggcttgctcatcctgc
tttcttgtagaactcagcaccaccagcccaggaatgataccacccacaat
tggctgggccctcaatgcatcaattatcaattaagtaaatgttccacata
attgcctacaacccgatattatgaggtattttcttttacttttgaaattg
tatttgcgtattttatgtatatgggtattttgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_80576656_80577849
seq2: B6Ng01-182J11.b_39_1218

seq1  GAATTCATACATAAAGTTTTATTCTGAGAATTCCAAGTGTTGACAGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACATAAAGTTTTATTCTGAGAATTCCAAGTGTTGACAGGAAA  50

seq1  TGCTAAAAATGAGATAGGGGAGTGCTAGGAAAATGCAGAAAACAAACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAAATGAGATAGGGGAGTGCTAGGAAAATGCAGAAAACAAACTGC  100

seq1  ACCCCATGCATGGCTGTTGGTGAGCCACAGGGCAGCTTCTGAATGGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCATGCATGGCTGTTGGTGAGCCACAGGGCAGCTTCTGAATGGCCCT  150

seq1  GACTGGAGTTACTCCTCAGCAAACTACACAGACCTGTGGCTTGAATTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGTTACTCCTCAGCAAACTACACAGACCTGTGGCTTGAATTAGC  200

seq1  ATGGGCAAGTGCCAGGCTAGAGATTTCCCTTCAAGAGGTCTTCAGGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAAGTGCCAGGCTAGAGATTTCCCTTCAAGAGGTCTTCAGGTTCC  250

seq1  AGCTGTTAAACTATCAGGAAGCCTCAGACTACTTGAAAGACACAACACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTAAACTATCAGGAAGCCTCAGACTACTTGAAAGACACAACACAG  300

seq1  GAGGCAGAGTCCCTTTTTCTGAAGATTACAAAAACTCGCCTGTTCCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGTCCCTTTTTCTGAAGATTACAAAAACTCGCCTGTTCCTTAA  350

seq1  ATAGAAATAGCAGATTTATGTGAAGCCACTGATCAAAACCTCCTTGAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATAGCAGATTTATGTGAAGCCACTGATCAAAACCTCCTTGAGCA  400

seq1  TGAGCTCCAGGAACACCCTGTGTCAACACGGTGAAAACACCCTGCGGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCAGGAACACCCTGTGTCAACACGGTGAAAACACCCTGCGGATG  450

seq1  CCTCAGGATCAAAGTCCCCTTTCACAGCCACGCTTCCCAGAATGACCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGATCAAAGTCCCCTTTCACAGCCACGCTTCCCAGAATGACCCAG  500

seq1  ATCCCCTATTCCATGCCGTCCTACCTGTTAGGTTATACAGGTGGAAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTATTCCATGCCGTCCTACCTGTTAGGTTATACAGGTGGAAATTG  550

seq1  AGAGTAATGTAATCCACCTCAGCACACAGAACAGAGCCAACTTTCATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAATGTAATCCACCTCAGCACACAGAACAGAGCCAACTTTCATTCC  600

seq1  TCCAAAGAATACAGCTTGTGTTTTGTTTAAAGGTGAGATTCTAAACCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGAATACAGCTTGTGTTTTGTTTAAAGGTGAGATTCTAAACCACT  650

seq1  GGTAGATGGCTGAAATATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTTGAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATGGCTGAAATATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTTTGAGTAA  700

seq1  GGGTGGTAGTGAGAGGTTTTGGTACCAGTTTCAAGAATAGAGTCCTTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTAGTGAGAGGTTTTGGTACCAGTTTCAAGAATAGAGTCCTTTAT  750

seq1  ATTTAAACGTTCTCAGAGGATCAGACAAGCAGTAACAATTTGTTCAAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAACGTTCTCAGAGGATCAGACAAGCAGTAACAATTTGTTCAAGGT  800

seq1  CAAC-TTTTTTTCTTACTTTGTCTTAAGTCTTTCTTACAAAGCAACTATA  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTTTTTCTTACTTTGTCTTAAGTCTTTCTTACAAAGCAACTATA  850

seq1  AATATGAAATTTTCTCTGAGTTAGCTTTCTTCCTATCAAATCCATCTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAAATTTTCTCTGAGTTAGCTTTCTTCCTATCAAATCCATCTATG  900

seq1  GTAGATACAATGAATTCTT-GGTTTACAAAGCTCCATGATTCTGGGTAAA  948
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATACAATGAATTCTTGGGTTTAC-AAGCTCCATGATTCTGGGTAAA  949

seq1  -TCTGTTGATGTCCAGATAGTGGACTGTACAAAGCTGATGTAAGGGGCTT  997
       ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TTCTGTTGATGT-CAGATAGT-GACTGTACAAAGCTGATGTAAAGGGC-T  996

seq1  CATTTCAGAGCAGTACCTGAGCAGTGAGGAAGAGAACATAGTCTTGGGCC  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATTTCAGAGCAGTACCTGAGCAGTGAGGAAGAGAACATAGTCTTGGGGC  1046

seq1  ATGG-CTATGGGGACTTTCAATGTAGATTACCCAGTTTTGAGCTACATAG  1096
      |||| |||| | |||||||||   ||| |||| || ||||||||||||||
seq2  ATGGCCTAT-GCGACTTTCAAATGAGA-TACCAAG-TTTGAGCTACATAG  1093

seq1  CCCATTCATAGACACCCTG-AGCATCTTCATAAGGCTCACATTATAAGAA  1145
      || ||  |   |||||||| |||||| ||||| | |   || |||||| |
seq2  CCAATCTAAGAACACCCTGAAGCATC-TCATAGGTC---CAATATAAGCA  1139

seq1  TGGAAAGTTAAGGAGCAGTGGCAGAGGCTGGGGAAGCAACTCAGTGGTG  1194
      ||      |||| | || | ||  | |||| ||||||||||||||||||
seq2  TG------TAAGTATCACTTGC--AAGCTGTGGAAGCAACTCAGTGGTG  1180


seq1: chr9_80690471_80691090
seq2: B6Ng01-182J11.g_66_685 (reverse)

seq1  ATGCATTGAGGGCCCAGCCAATTGTGGGTGGTATCATTCCTGGGCTGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTGAGGGCCCAGCCAATTGTGGGTGGTATCATTCCTGGGCTGGTG  50

seq1  GTGCTGAGTTCTACAAGAAAGCAGGATGAGCAAGCCAATAGGGGAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGTTCTACAAGAAAGCAGGATGAGCAAGCCAATAGGGGAAAGCC  100

seq1  AGTAAACAATAATCCTCCATGGTATCTCCATCAGCTCCTGACTCCAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAATAATCCTCCATGGTATCTCCATCAGCTCCTGACTCCAGGTT  150

seq1  CTTTTCCTGTTTGAGTTACTTCCTTCCATAATGGACTACAGATGTGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTGTTTGAGTTACTTCCTTCCATAATGGACTACAGATGTGGAAA  200

seq1  CCTAAGCCAAATGAATCATTTCTTTCACAACTTGGTTTTTGTCATGGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCCAAATGAATCATTTCTTTCACAACTTGGTTTTTGTCATGGTAT  250

seq1  TACATCATAGCAATAGTAACCATAAATAGCATAGTTTACGAATACATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATAGCAATAGTAACCATAAATAGCATAGTTTACGAATACATGAG  300

seq1  AGTCTAATGAATTCTACTTTGAGGGCTTCTTATAAACTATTGTGTTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATGAATTCTACTTTGAGGGCTTCTTATAAACTATTGTGTTGTGA  350

seq1  TAATAATTATATGTATAACATAATCAAAATATTTCTGTAAAATAGGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTATATGTATAACATAATCAAAATATTTCTGTAAAATAGGATTT  400

seq1  GTATTTTTAAAAAAGATTTATTTGTATTAATTTTAGTTTTGCGTATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTAAAAAAGATTTATTTGTATTAATTTTAGTTTTGCGTATGTAT  450

seq1  GTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTAT  500

seq1  ATGGGAATTAGTGGATGTGCTGTGGACGCTGTCATCATCTTATACCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATTAGTGGATGTGCTGTGGACGCTGTCATCATCTTATACCCTGG  550

seq1  AGCTAGAGATACAGGCTGTTGTGAGCCACATGCTATAGGAACGGAATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAGATACAGGCTGTTGTGAGCCACATGCTATAGGAACGGAATGCC  600

seq1  TGCAGCAACAGTTTGAATTC  620
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAACAGTTTGAATTC  620


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |