BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183O10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 104,596,961 - 104,782,354
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpne4
Upstream geneTmem108, EG384978, Nphp3, Ube1dc1, Acad11, Ccrl1, Hmgb1-rs16, Acpp, LOC100040921
Downstream geneMrpl3, Nudt16, 1700080E11Rik, Nek11, Aste1, Atp2c1, EG434434, LOC664981, Pik3r4, E330026B02Rik, EG665033
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183O10.bB6Ng01-183O10.g
ACCGA009411GA009412
length752914
definitionB6Ng01-183O10.b B6Ng01-183O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,781,605 - 104,782,354)(104,596,961 - 104,597,834)
sequence
gaattcacttcatttgtttcctgtgggctttagttctagtaagataaggg
ttaagggttggaataactacccagattattgcaacattctgtttttattt
gtttgttttgtttgtttgtttgtttatttggtttggtttggtttggttta
ggttttggttttttccagtcaggatttttctgtgtattcctggctgttgc
agaactcactcttttaaaccaggctggtctcgaactcagagagagtcgtc
tgtctctagttattgctggaattaaaggagtgtgccaacttttcaggctt
caacattctgttttaaaaccatcctccccccaccacacacaaattatcct
aaaagaactgatgctagggcaagcattcacatgagccaatgtgtaccttg
aatccctggatgaaatgagatcactaacaaactgaaattatactttcagt
attggtggctgcccaggtcatgggaacttgttctttataactcttccttt
cccttgacgaggctgacccttcccatctttccctagatcctcaccacatg
aataacggcactcagacatcttcaacaacaatccaagtgctttctttata
tcagggtctcagctcagcattttttatgtattgactcactgaattgtgtg
ggtaatcatatgtgagcatgtatgttcataggtgaatatttgtgtgtgca
ggtgtatatatagacatgtgtaccctgagagttccacatgtgcacatgcc
ta
gaattctttgttctcagatggtgagaggcctcaaccagactcctagggga
aaggctcatttcccttccccactcacataatgccttccacctttctaacc
tgccttggctttcccattttcttttctccttccttactgcactctatcca
gatgtaggcttcgatcctcctatgcttaagcatccctgctagcaacacag
aagggggtacatgtgtccatgtgtgtcccagagaagtgggttgtgaacac
ttttatcaacctcttgttgaacggtccatgcagtaatgagctctctggaa
catggctctttcattctccgaagaattatccatttgtgaacagagctatg
atgacagattccaaaagaatagttttgagacctcatttttaaaaatcaaa
tttagtgagacaatttacatataaaatataaccctcttcaatgctctgct
gggtacatttggacaaatggatgcactcatgaaatcattatctcaactaa
gacagaatattttctaaaatatattttgacataaaatatataaatcatac
ttaatttatattttcaagcccaactttattaaggtttaattactatatga
aattattatatagctaatgtctatacttttgataagtttagacttatata
tgcatgcatgctaatatctgcatgacttcaggtaagaaatgtattcatca
cctcctttatgcttctatatggcctttttggtttagtttgttgttcataa
tggtaaagacatttaatgtgagattcatttttcttaacaaaatttttata
aacaccctaacttattgctaaccacaggcactgttgatggtgctcacctc
tgaaacttactttgcttttatacaactgttattttatgcaacataagcaa
aaggtcactgtatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_104781605_104782354
seq2: B6Ng01-183O10.b_42_793 (reverse)

seq1  TATGCATGTGCACATGTGGAACTCTCA-GGTACACATGTCTATATATACA  49
      || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATGTGCACATGTGGAACTCTCAGGGTACACATGTCTATATATACA  50

seq1  CCTGCACACACAAATATTCACCTATGAACATACATGCTCACATATGATTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACACACAAATATTCACCTATGAACATACATGCTCACATATGATTA  100

seq1  CCCACACAA-TCAGTGAGTCAATACATAAAAAATGCTGAGCTGAGACCCT  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACAATTCAGTGAGTCAATACATAAAAAATGCTGAGCTGAGACCCT  150

seq1  GATATAAAGAAAGCACTTGGATTGTTGTTGAAGATGTCTGAGTGCCGTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAAGAAAGCACTTGGATTGTTGTTGAAGATGTCTGAGTGCCGTTA  200

seq1  TTCATGTGGTGAGGATCTAGGGAAAGATGGGAAGGGTCAGCCTCGTCAAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGGTGAGGATCTAGGGAAAGATGGGAAGGGTCAGCCTCGTCAAG  250

seq1  GGAAAGGAAGAGTTATAAAGAACAAGTTCCCATGACCTGGGCAGCCACCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAAGAGTTATAAAGAACAAGTTCCCATGACCTGGGCAGCCACCA  300

seq1  ATACTGAAAGTATAATTTCAGTTTGTTAGTGATCTCATTTCATCCAGGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAAAGTATAATTTCAGTTTGTTAGTGATCTCATTTCATCCAGGGA  350

seq1  TTCAAGGTACACATTGGCTCATGTGAATGCTTGCCCTAGCATCAGTTCTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGTACACATTGGCTCATGTGAATGCTTGCCCTAGCATCAGTTCTT  400

seq1  TTAGGATAATTTGTGTGTGGTGGGGGGAGGATGGTTTTAAAACAGAATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATAATTTGTGTGTGGTGGGGGGAGGATGGTTTTAAAACAGAATGT  450

seq1  TGAAGCCTGAAAAGTTGGCACACTCCTTTAATTCCAGCAATAACTAGAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTGAAAAGTTGGCACACTCCTTTAATTCCAGCAATAACTAGAGA  500

seq1  CAGACGACTCTCTCTGAGTTCGAGACCAGCCTGGTTTAAAAGAGTGAGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGACTCTCTCTGAGTTCGAGACCAGCCTGGTTTAAAAGAGTGAGTT  550

seq1  CTGCAACAGCCAGGAATACACAGAAAAATCCTGACTGGAAAAAACCAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACAGCCAGGAATACACAGAAAAATCCTGACTGGAAAAAACCAAAA  600

seq1  CCTAAACCAAACCAAACCAAACCAAATAAACAAACAAACAAACAAAACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACCAAACCAAACCAAACCAAATAAACAAACAAACAAACAAAACAA  650

seq1  ACAAATAAAAACAGAATGTTGCAATAATCTGGGTAGTTATTCCAACCCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAAAAACAGAATGTTGCAATAATCTGGGTAGTTATTCCAACCCTT  700

seq1  AACCCTTATCTTACTAGAACTAAAGCCCACAGGAAACAAATGAAGTGAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTATCTTACTAGAACTAAAGCCCACAGGAAACAAATGAAGTGAAT  750

seq1  TC  750
      ||
seq2  TC  752

seq1: chr9_104596961_104597834
seq2: B6Ng01-183O10.g_68_948

seq1  GAATTCTTTGTTCTCAGATGGTGAGAGGCCTCAACCAGACTCCTAGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCTCAGATGGTGAGAGGCCTCAACCAGACTCCTAGGGGA  50

seq1  AAGGCTCATTTCCCTTCCCCACTCACATAATGCCTTCCACCTTTCTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCATTTCCCTTCCCCACTCACATAATGCCTTCCACCTTTCTAACC  100

seq1  TGCCTTGGCTTTCCCATTTTCTTTTCTCCTTCCTTACTGCACTCTATCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGCTTTCCCATTTTCTTTTCTCCTTCCTTACTGCACTCTATCCA  150

seq1  GATGTAGGCTTCGATCCTCCTATGCTTAAGCATCCCTGCTAGCAACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGGCTTCGATCCTCCTATGCTTAAGCATCCCTGCTAGCAACACAG  200

seq1  AAGGGGGTACATGTGTCCATGTGTGTCCCAGAGAAGTGGGTTGTGAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGTACATGTGTCCATGTGTGTCCCAGAGAAGTGGGTTGTGAACAC  250

seq1  TTTTATCAACCTCTTGTTGAACGGTCCATGCAGTAATGAGCTCTCTGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCAACCTCTTGTTGAACGGTCCATGCAGTAATGAGCTCTCTGGAA  300

seq1  CATGGCTCTTTCATTCTCCGAAGAATTATCCATTTGTGAACAGAGCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTCTTTCATTCTCCGAAGAATTATCCATTTGTGAACAGAGCTATG  350

seq1  ATGACAGATTCCAAAAGAATAGTTTTGAGACCTCATTTTTAAAAATCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGATTCCAAAAGAATAGTTTTGAGACCTCATTTTTAAAAATCAAA  400

seq1  TTTAGTGAGACAATTTACATATAAAATATAACCCTCTTCAATGCTCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGAGACAATTTACATATAAAATATAACCCTCTTCAATGCTCTGCT  450

seq1  GGGTACATTTGGACAAATGGATGCACTCATGAAATCATTATCTCAACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACATTTGGACAAATGGATGCACTCATGAAATCATTATCTCAACTAA  500

seq1  GACAGAATATTTTCTAAAATATATTTTGACATAAAATATATAAATCATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATATTTTCTAAAATATATTTTGACATAAAATATATAAATCATAC  550

seq1  TTAATTTATATTTTCAAGCCCAACTTTATTAAGGTTTAATTACTATATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTATATTTTCAAGCCCAACTTTATTAAGGTTTAATTACTATATGA  600

seq1  AATTATTATATAGCTAATGTCTATAC-TTTGATAAGTTTAGACTTATATA  649
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTATATAGCTAATGTCTATACTTTTGATAAGTTTAGACTTATATA  650

seq1  TGCATGCATGCTAATATCTGCATGAC-TCAGGTAAGAAATGTATTCATCA  698
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGCTAATATCTGCATGACTTCAGGTAAGAAATGTATTCATCA  700

seq1  CCTCC-TTATGCTTCTATATGGCC-TTTTGGTTTAGTTTGTTGTTCATAA  746
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTTATGCTTCTATATGGCCTTTTTGGTTTAGTTTGTTGTTCATAA  750

seq1  TGGTAAAGACATTTAATGTGAGATTCA-TTTTCTTAACAAAATTTTTATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAGACATTTAATGTGAGATTCATTTTTCTTAACAAAATTTTTATA  800

seq1  AACACCCTAACTTATTGCTAACCACAGGCACTG-TGATGGTGCTCACCTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACACCCTAACTTATTGCTAACCACAGGCACTGTTGATGGTGCTCACCTC  850

seq1  TGAAACTTACTTTGC-TTTATACAACTGTTA  874
      ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAAACTTACTTTGCTTTTATACAACTGTTA  881