BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183O24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 16,005,839 - 16,111,980
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat3
Upstream gene2200002K05Rik, Crsp6, 4931406C07Rik, Josd3, 5830418K08Rik, LOC100040375, LOC100039955, BC017612, Ccdc67, LOC665461, LOC330891, Slc36a4, Mtnr1b
Downstream geneEG434373, LOC100040074
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183O24.bB6Ng01-183O24.g
ACCGA009439GA009440
length1,1771,117
definitionB6Ng01-183O24.b B6Ng01-183O24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,005,839 - 16,007,016)(16,110,864 - 16,111,980)
sequence
gaattcagcacccgagaaagaaccatatcctgcatgttaaattaacacat
ataagctccaagaaaaattggggaaaatgaaaggaaatggaatagaagct
agaagatagtggcttcagtctttaaaaaaaaaatctaacatgacatttgt
cagctattgacatgacctatttataatactatccactttttttgtgaatt
ctaagtatcatcttgatatggtatttgtttctctaatttggttagcagct
tctactttgcagtgaagtcatgaagaaaaaaaatccttaaattgtaacta
ctgaatgttcagtaaatattaggaaagatgaagggatctgttgtcatggc
aacaaaacagggtgaacaaggacaactcacccattcagcaattagctatt
tcaattaccagttaactaggtggaaatacctgcacataaattaatttcca
ttcttccattcctgaaagacttctatttcttattccttctcttacatgtg
agtgcttataatgatgtgtcccctatgctgcttttcatttaactcatcat
tgagatggcagggttgacaggaattcaacaaaactgatctgggagaccac
agtattttacgtatcccttgacctcagtgcacaggagagaagatgcctga
ctctccacagggcattttccactgaattttctccactgagatgctgacag
catcatttccaaagctcatttcagaacgcatcagctttggggcatgaaca
ttacccatgaaactcactgacacttgaatagtatctttaaaactggggac
tccaggaagaaagcacagcttacttagacttaagtgtgtttgcgggggag
gggggacagtacttcggcataaggtttactgtgaatagaatcctaccagg
gcagaggctatgctcacataaacttccaggcacaccagggatctcacacc
actgaaatgaacggagggctagatgatcaggcagatagcaaagctgggaa
gagccaaatgttcacccaagggtgagatttctctctcaaatatggtgaca
ggcataacattgcagtttctcatgccttagaaggaatgcagatggcacaa
tctggagtgtctcagagttcgccttacagaaggaagctgggcaacttaac
gctcaagagagactgcaatggggagga

gaattcttctcttgggtttttcaggaagaggcttacagatgtcactacag
aggcagttataaatggcagcataaagttgctcagatagtctctctgtgag
tttagagccccatggtgctgggtagcaggtggtgctccatgcagagtaga
aagctgtgctccatccatccctcagtgaaaccttgcatgggagtatgctc
tgcactaggtggtttcagaggcccgctcattcactcatcaagacattgtt
gtgttatttcagcaaaattcctgacaagagcagtttaggaggtttatttt
tggctcacagttcaagcgcaactgtctgtcatggtcgggaagttatatag
gaagttatatcgtcatggacttgtggcagctgggtgcttcatgtctacag
tcagcaagcagagggagatgaatgctgatacccagcctgctttctccttt
tacacaatctaggatccctgtgcatgaaatgttgctacccacatttagag
ttggccattatagctcaattaacccaatctggggactcctctgttgccag
gccatgagagattgtgcaatgctgttagtgatcaccattattttcaggct
gaaaaagtagtggctgaaatgtctttatgagttatagatgctagattgtt
agatgtaggtaatacgagagcctgagactcattcaaaaacaaaaccttag
agtaacacaaatgtacacaccattcccagccacagcgcaagcctcccatg
taccgattcagcccttcagcgtctgtgccctggggagggcagtaagtctg
ggattcctgcaggtgactcagtgtcaagagatgtggaagtactgaggtga
gcacaacacttctctttgtactcgatgtacaatgttgtgtcaatgtacca
accttcctagatttgagatgaatgaatcaagtattggagagaggccaaga
caccctttcagggggaaaagcatccccatgaaacccatgaactcagatga
aggaaaccaagattgagaatttgaataacctgcaaagctttcttagttcc
ttagcacagaagctatttgattagcattctttcccaccctccatggtgct
tagaagccacattcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_16005839_16007016
seq2: B6Ng01-183O24.b_45_1221

seq1  GAATTCAGCACCCGAGAAAGAACCATATCCTGCATGTTAAATTAACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCACCCGAGAAAGAACCATATCCTGCATGTTAAATTAACACAT  50

seq1  ATAAGCTCCAAGAAAAATTGGGGAAAATGAAAGGAAATGGAATAGAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTCCAAGAAAAATTGGGGAAAATGAAAGGAAATGGAATAGAAGCT  100

seq1  AGAAGATAGTGGCTTCAGTCTTTAAAAAAAAAATCTAACATGACATTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAGTGGCTTCAGTCTTTAAAAAAAAAATCTAACATGACATTTGT  150

seq1  CAGCTATTGACATGACCTATTTATAATACTATCCACTTTTTTTGTGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATTGACATGACCTATTTATAATACTATCCACTTTTTTTGTGAATT  200

seq1  CTAAGTATCATCTTGATATGGTATTTGTTTCTCTAATTTGGTTAGCAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTATCATCTTGATATGGTATTTGTTTCTCTAATTTGGTTAGCAGCT  250

seq1  TCTACTTTGCAGTGAAGTCATGAAGAAAAAAAATCCTTAAATTGTAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTGCAGTGAAGTCATGAAGAAAAAAAATCCTTAAATTGTAACTA  300

seq1  CTGAATGTTCAGTAAATATTAGGAAAGATGAAGGGATCTGTTGTCATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGTTCAGTAAATATTAGGAAAGATGAAGGGATCTGTTGTCATGGC  350

seq1  AACAAAACAGGGTGAACAAGGACAACTCACCCATTCAGCAATTAGCTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAGGGTGAACAAGGACAACTCACCCATTCAGCAATTAGCTATT  400

seq1  TCAATTACCAGTTAACTAGGTGGAAATACCTGCACATAAATTAATTTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTACCAGTTAACTAGGTGGAAATACCTGCACATAAATTAATTTCCA  450

seq1  TTCTTCCATTCCTGAAAGACTTCTATTTCTTATTCCTTCTCTTACATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCATTCCTGAAAGACTTCTATTTCTTATTCCTTCTCTTACATGTG  500

seq1  AGTGCTTATAATGATGTGTCCCCTATGCTGCTTTTCATTTAACTCATCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTATAATGATGTGTCCCCTATGCTGCTTTTCATTTAACTCATCAT  550

seq1  TGAGATGGCAGGGTTGACAGGAATTCAACAAAACTGATCTGGGAGACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGCAGGGTTGACAGGAATTCAACAAAACTGATCTGGGAGACCAC  600

seq1  AGTATTTTACGTATCCCTTGACCTCAGTGCACAGGAGAGAAGATGCCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTACGTATCCCTTGACCTCAGTGCACAGGAGAGAAGATGCCTGA  650

seq1  CTCTCCACAGGGCATTTTCCACTGAATTTTCTCCACTGAGATGCTGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCACAGGGCATTTTCCACTGAATTTTCTCCACTGAGATGCTGACAG  700

seq1  CATCATTTCCAAAGCTCATTTCAGAACGCATCAGCTTTGGGGCATGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTCCAAAGCTCATTTCAGAACGCATCAGCTTTGGGGCATGAACA  750

seq1  TTACCCATGAAACTCACTGACACTTGAATAGTATCTTTAAAACTGGGGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCATGAAACTCACTGACACTTGAATAGTATCTTTAAAACTGGGGAC  800

seq1  TCCAGGAAGAAAGCACAGCTTACTTAGACTTAAGTGTGTTTGCGGGGGA-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAGGAAGAAAGCACAGCTTACTTAGACTTAAGTGTGTTTGCGGGGGAG  850

seq1  GGGGGACAGTACTTCGGCATAAGGTTTACTGTGAATAGAATCCTACCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGACAGTACTTCGGCATAAGGTTTACTGTGAATAGAATCCTACCAGG  900

seq1  GCAGAGGCTATGCTCACATAAACTTCCAGGCACACCAGGGATCTCACACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCTATGCTCACATAAACTTCCAGGCACACCAGGGATCTCACACC  950

seq1  ACTGAAATGAACGGAGGGCTAGATGATCAGGCAGATAGCAAAGCT-GGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTGAAATGAACGGAGGGCTAGATGATCAGGCAGATAGCAAAGCTGGGAA  1000

seq1  GAGCCAAATGTTCACCCAAGGGTGAGATTTCTCTCTCCAAATAT-GTGAC  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GAGCCAAATGTTCACCCAAGGGTGAGATTTCTCTCT-CAAATATGGTGAC  1049

seq1  AGGCATAACATTGCAGTTTTCTCATGCCTTAGAAGGATTGCAGGAATGCC  1097
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||| |
seq2  AGGCATAACATTGCAG-TTTCTCATGCCTTAGAAGGAATGCAG--ATGGC  1096

seq1  ACAATCCTGAGTGTTCTTTCAGAGTCCGCC-TACAGAGGAAAGCTGGG-A  1145
      ||||||  |||||   | ||||||| |||| |||||| | |||||||| |
seq2  ACAATCTGGAGTG---TCTCAGAGTTCGCCTTACAGAAGGAAGCTGGGCA  1143

seq1  ACTAAACGCAC-AGAGAGACTGAAATGGGGAGGA  1178
      ||| ||||| | |||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTAACGCTCAAGAGAGACTGCAATGGGGAGGA  1177


seq1: chr9_16110864_16111980
seq2: B6Ng01-183O24.g_62_1178 (reverse)

seq1  CATGAATGT-GCTTCTAAGCA-CAAGGA-GGTGGGAA--GATGCTATTCA  45
      ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||   |||||| |||
seq2  CATGAATGTGGCTTCTAAGCACCATGGAGGGTGGGAAAGAATGCTAATCA  50

seq1  AATTAGCTTCTGTGCTAAGGAACT-AGAAAGCCTTTTGCAGGTTATTCAA  94
      || ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||
seq2  AA-TAGCTTCTGTGCTAAGGAACTAAGAAAGC--TTTGCAGGTTATTCAA  97

seq1  ATTCCTCAATCTTTGTTTTCCTCATCTGAGGTTCATGGGGTTTTCATGGG  144
      ||| ||||||||| |||| | |||||||| |||||||||  |||||||||
seq2  ATT-CTCAATCTTGGTTTCCTTCATCTGA-GTTCATGGG--TTTCATGGG  143

seq1  GATGCTTTTCCCCCTG-AAGGGTGTCTTGGCCTCTCTCCAATACTTGATT  193
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTTTCCCCCTGAAAGGGTGTCTTGGCCTCTCTCCAATACTTGATT  193

seq1  CATTCATCTCAAATCTAGGAAGGTTGGTACATTGACACAACATTGTACAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATCTCAAATCTAGGAAGGTTGGTACATTGACACAACATTGTACAT  243

seq1  CGAGTACAAAGAGAAGTGTTGTGCTCACCTCAGTACTTCCACATCTCTTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTACAAAGAGAAGTGTTGTGCTCACCTCAGTACTTCCACATCTCTTG  293

seq1  ACACTGAGTCACCTGCAGGAATCCCAGACTTACTGCCCTCCCCAGGGCAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGTCACCTGCAGGAATCCCAGACTTACTGCCCTCCCCAGGGCAC  343

seq1  AGACGCTGAAGGGCTGAATCGGTACATGGGAGGCTTGCGCTGTGGCTGGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCTGAAGGGCTGAATCGGTACATGGGAGGCTTGCGCTGTGGCTGGG  393

seq1  AATGGTGTGTACATTTGTGTTACTCTAAGGTTTTGTTTTTGAATGAGTCT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGTGTACATTTGTGTTACTCTAAGGTTTTGTTTTTGAATGAGTCT  443

seq1  CAGGCTCTCGTATTACCTACATCTAACAATCTAGCATCTATAACTCATAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTCGTATTACCTACATCTAACAATCTAGCATCTATAACTCATAA  493

seq1  AGACATTTCAGCCACTACTTTTTCAGCCTGAAAATAATGGTGATCACTAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTCAGCCACTACTTTTTCAGCCTGAAAATAATGGTGATCACTAA  543

seq1  CAGCATTGCACAATCTCTCATGGCCTGGCAACAGAGGAGTCCCCAGATTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATTGCACAATCTCTCATGGCCTGGCAACAGAGGAGTCCCCAGATTG  593

seq1  GGTTAATTGAGCTATAATGGCCAACTCTAAATGTGGGTAGCAACATTTCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATTGAGCTATAATGGCCAACTCTAAATGTGGGTAGCAACATTTCA  643

seq1  TGCACAGGGATCCTAGATTGTGTAAAAGGAGAAAGCAGGCTGGGTATCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGGATCCTAGATTGTGTAAAAGGAGAAAGCAGGCTGGGTATCAG  693

seq1  CATTCATCTCCCTCTGCTTGCTGACTGTAGACATGAAGCACCCAGCTGCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATCTCCCTCTGCTTGCTGACTGTAGACATGAAGCACCCAGCTGCC  743

seq1  ACAAGTCCATGACGATATAACTTCCTATATAACTTCCCGACCATGACAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCCATGACGATATAACTTCCTATATAACTTCCCGACCATGACAGA  793

seq1  CAGTTGCGCTTGAACTGTGAGCCAAAAATAAACCTCCTAAACTGCTCTTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCGCTTGAACTGTGAGCCAAAAATAAACCTCCTAAACTGCTCTTG  843

seq1  TCAGGAATTTTGCTGAAATAACACAACAATGTCTTGATGAGTGAATGAGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAATTTTGCTGAAATAACACAACAATGTCTTGATGAGTGAATGAGC  893

seq1  GGGCCTCTGAAACCACCTAGTGCAGAGCATACTCCCATGCAAGGTTTCAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCTGAAACCACCTAGTGCAGAGCATACTCCCATGCAAGGTTTCAC  943

seq1  TGAGGGATGGATGGAGCACAGCTTTCTACTCTGCATGGAGCACCACCTGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGATGGATGGAGCACAGCTTTCTACTCTGCATGGAGCACCACCTGC  993

seq1  TACCCAGCACCATGGGGCTCTAAACTCACAGAGAGACTATCTGAGCAACT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGCACCATGGGGCTCTAAACTCACAGAGAGACTATCTGAGCAACT  1043

seq1  TTATGCTGCCATTTATAACTGCCTCTGTAGTGACATCTGTAAGCCTCTTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTGCCATTTATAACTGCCTCTGTAGTGACATCTGTAAGCCTCTTC  1093

seq1  CTGAAAAACCCAAGAGAAGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAACCCAAGAGAAGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |