BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184N11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 14,201,827 - 14,327,179
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665351, EG547035, Jmjd2d, 0610040D20Rik
Upstream geneLOC100039758, Maml2, Mtmr2, Cep57, 2810485I05Rik, LOC665329, Sesn3, Endod1
Downstream geneAmotl1, EG665374, Piwil4, Fut4, 1700012B09Rik, Ankrd49, Mre11a, LOC100040259, Gpr83, Folr4, Panx1, Hephl1, 2200002K05Rik, Crsp6, 4931406C07Rik, Josd3, 5830418K08Rik, LOC100040375, LOC100039955, BC017612
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184N11.bB6Ng01-184N11.g
ACCGA010115GA010116
length1,138564
definitionB6Ng01-184N11.b B6Ng01-184N11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,201,827 - 14,202,950)(14,326,612 - 14,327,179)
sequence
gaattccacaaaagtataaagctcattagttgtttgtgtaaaggaagaac
tacataaacctgtgcaaggtggtaccctgaaaccacagaagggaaaacac
agcagtgtgtccttggccttgagcttgacctagagtacacagatatacca
aagccattccttttcaaactactgactgcctccccctgtccgtcccattc
acaccatatagaatctattttatgagtaggagtgtttgtctctatgtatg
tacatgggccgtgtgcatgcctggtgcctattagataaagtgttcagata
aaggcatcggaacacttggaactacacttatggacggttgggaggtacca
ggtgggctctagaaaccaaacccaagtcatctgcaagtgcaacaagggat
cttaaccacggtccctcacgcaaagtcttgcactgtaattttgactcagg
gaaaatgaatggatttttctttactgaaagacatgtctagaaagcggcaa
agcccaggacgaaggactctgtgctgactctaaccctgtgtcctctccaa
ttgctgggaaggtggaatggcaactaaggaaaggtttgatttcccgaaca
cagtgcacttcaggtgtgtgccacgtagggttcctagcaggcacgaggaa
gccctcagtgtaggcagagggaaagcacacaccacattagcagtaccagt
atgtacctacttcactattaaaagaaaacaatgggttgtgggaggtggcc
atgaagaaccacagaaccattattgcttcagagtaactggctcctgggaa
cttcccatcccaggctgttgggtgtttgcagtgcccaagcagaggcagac
gttccttgggagtcaccctccctagatgaagaggtggaaaaccctgtagc
tctgaagccatgccagaaaagttgcttcacaacctggcaacaatgcaggg
tgcagcttacacttcccaggaattggcccagagctctcctgcagccatcc
actctgttcactccttgggaggcagaggcaacaagaagctcaggatggca
gagggagatgcaaactgtgaaaaagtttcaactcaggccagaccggcctg
gatgctttcaggacccaccagaaccattgaatggcgtg
aacccaagttatgtaccaaatgttaagagtttactgaatcctgaacagac
caaaaggagcctcatccaccaacaggctcggtcagggggctggactgtgc
tgttggtggaggtgggttgaatgcaagaagagacacacacagaacacatg
ccacagaactaggatcttgggtgctgaggtagagtttgggaaatgagctg
tgctgaaggattctgtacaggaagaaggagatggtgaccccatcaaagcc
ttggtcaaaccgagtgggtgctggagcaaaatttgcttgctgtgaggttt
ccagtcagcctgaacctcctgggtgtctccatatgcccacgtctctggat
gtagagctgaaggttgggaagtcctcacgtaatagcctacagggaagaac
tatttactttgtgccttagtttcaaaggtttcccttgtcagtccttgcct
ccatgggttttgagcctgtggtgaggtggggattggtgaccgagaccact
cagttcatggctgacaggaaacaggaaaacatcaagcaagagctgcgtcc
cagtgctgtctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_14201827_14202950
seq2: B6Ng01-184N11.b_50_1187

seq1  GAATTCCACAAAAGTATAAAGCTCATTAGTTGTTTGTGTAAAGGAAGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAAAAGTATAAAGCTCATTAGTTGTTTGTGTAAAGGAAGAAC  50

seq1  TACATAAACCTGTGCAAGGTGGTACCCTGAAACCACAGAAGGGAAAACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAACCTGTGCAAGGTGGTACCCTGAAACCACAGAAGGGAAAACAC  100

seq1  AGCAGTGTGTCCTTGGCCTTGAGCTTGACCTAGAGTACACAGATATACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTGTCCTTGGCCTTGAGCTTGACCTAGAGTACACAGATATACCA  150

seq1  AAGCCATTCCTTTTCAAACTACTGACTGCCTCCCCCTGTCCGTCCCATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATTCCTTTTCAAACTACTGACTGCCTCCCCCTGTCCGTCCCATTC  200

seq1  ACACCATATAGAATCTATTTTATGAGTAGGAGTGTTTGTCTCTATGTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATATAGAATCTATTTTATGAGTAGGAGTGTTTGTCTCTATGTATG  250

seq1  TACATGGGCCGTGTGCATGCCTGGTGCCTATTAGATAAAGTGTTCAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGGCCGTGTGCATGCCTGGTGCCTATTAGATAAAGTGTTCAGATA  300

seq1  AAGGCATCGGAACACTTGGAACTACACTTATGGACGGTTGGGAGGTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATCGGAACACTTGGAACTACACTTATGGACGGTTGGGAGGTACCA  350

seq1  GGTGGGCTCTAGAAACCAAACCCAAGTCATCTGCAAGTGCAACAAGGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCTCTAGAAACCAAACCCAAGTCATCTGCAAGTGCAACAAGGGAT  400

seq1  CTTAACCACGGTCCCTCACGCAAAGTCTTGCACTGTAATTTTGACTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCACGGTCCCTCACGCAAAGTCTTGCACTGTAATTTTGACTCAGG  450

seq1  GAAAATGAATGGATTTTTCTTTACTGAAAGACATGTCTAGAAAGCGGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAATGGATTTTTCTTTACTGAAAGACATGTCTAGAAAGCGGCAA  500

seq1  AGCCCAGGACGAAGGACTCTGTGCTGACTCTAACCCTGTGTCCTCTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGACGAAGGACTCTGTGCTGACTCTAACCCTGTGTCCTCTCCAA  550

seq1  TTGCTGGGAAGGTGGAATGGCAACTAAGGAAAGGTTTGATTTCCCGAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGAAGGTGGAATGGCAACTAAGGAAAGGTTTGATTTCCCGAACA  600

seq1  CAGTGCACTTCAGGTGTGTGCCACGTAGGGTTCCTAGCAGGCACGAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCACTTCAGGTGTGTGCCACGTAGGGTTCCTAGCAGGCACGAGGAA  650

seq1  GCCCTCAGTGTAGGCAGAGGGAAAGCACACACCACATTAGCAGTACCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGTGTAGGCAGAGGGAAAGCACACACCACATTAGCAGTACCAGT  700

seq1  ATGTACCTACTTCACTATTAAAAGAAAACAATGGGTTGTGGGAGGTGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCTACTTCACTATTAAAAGAAAACAATGGGTTGTGGGAGGTGGCC  750

seq1  ATGAAGAACCACAGAACCATTATTGCTTCAGAGTAACTGGCTCCTGGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAACCACAGAACCATTATTGCTTCAGAGTAACTGGCTCCTGGGAA  800

seq1  CTTCCCATCCCAGGCTGTTGGGTGTTTGCAGTGCCCAAGCAGAGGCAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCATCCCAGGCTGTTGGGTGTTTGCAGTGCCCAAGCAGAGGCAGAC  850

seq1  GTTCC-TGGGAGTCACCCT-CCTAGATGAAGAGGTGGAAAACCCTGTAGC  898
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGGGAGTCACCCTCCCTAGATGAAGAGGTGGAAAACCCTGTAGC  900

seq1  TCTGAAGCCATGCCAGGAAAAGTTGCTTCACAA-CTGGCAACAATGCAGG  947
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGCCATGCCA-GAAAAGTTGCTTCACAACCTGGCAACAATGCAGG  949

seq1  GTGCAGCTTACAC-TCCCAGGAATTGGCCAAGAGCTCT-CTGCAGCCAT-  994
      ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| 
seq2  GTGCAGCTTACACTTCCCAGGAATTGGCCCAGAGCTCTCCTGCAGCCATC  999

seq1  CACTCTGTTCACT-CTTGGGAGGCAGAGGCAACAAGAAAGCTCAGGAT-G  1042
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CACTCTGTTCACTCCTTGGGAGGCAGAGGCAACAAG-AAGCTCAGGATGG  1048

seq1  CAGAGGGAGAAGCAAACTGTGAAAAAG-TTCAACTCAGCACAGACAG--C  1089
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |  |
seq2  CAGAGGGAGATGCAAACTGTGAAAAAGTTTCAACTCAGGCCAGACCGGCC  1098

seq1  TGGATGC-TTCAGGA-CCACCAG-ACCA-TGAAT-GCGTG  1124
      ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| |||||
seq2  TGGATGCTTTCAGGACCCACCAGAACCATTGAATGGCGTG  1138

seq1: chr9_14326612_14327179
seq2: B6Ng01-184N11.g_67_635 (reverse)

seq1  AAAGACAGCACTGGGACGCAGCTCTTGCTTGATG-TTTCCTGTTTCCTGT  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAGACAGCACTGGGACGCAGCTCTTGCTTGATGTTTTCCTGTTTCCTGT  50

seq1  CAGCCATGAACTGAGTGGTCTCGGTCACCAATCCCCACCTCACCACAGGC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATGAACTGAGTGGTCTCGGTCACCAATCCCCACCTCACCACAGGC  100

seq1  TCAAAACCCATGGAGGCAAGGACTGACAAGGGAAACCTTTGAAACTAAGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCCATGGAGGCAAGGACTGACAAGGGAAACCTTTGAAACTAAGG  150

seq1  CACAAAGTAAATAGTTCTTCCCTGTAGGCTATTACGTGAGGACTTCCCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTAAATAGTTCTTCCCTGTAGGCTATTACGTGAGGACTTCCCAA  200

seq1  CCTTCAGCTCTACATCCAGAGACGTGGGCATATGGAGACACCCAGGAGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCTCTACATCCAGAGACGTGGGCATATGGAGACACCCAGGAGGT  250

seq1  TCAGGCTGACTGGAAACCTCACAGCAAGCAAATTTTGCTCCAGCACCCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGACTGGAAACCTCACAGCAAGCAAATTTTGCTCCAGCACCCAC  300

seq1  TCGGTTTGACCAAGGCTTTGATGGGGTCACCATCTCCTTCTTCCTGTACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTTTGACCAAGGCTTTGATGGGGTCACCATCTCCTTCTTCCTGTACA  350

seq1  GAATCCTTCAGCACAGCTCATTTCCCAAACTCTACCTCAGCACCCAAGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTTCAGCACAGCTCATTTCCCAAACTCTACCTCAGCACCCAAGAT  400

seq1  CCTAGTTCTGTGGCATGTGTTCTGTGTGTGTCTCTTCTTGCATTCAACCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTCTGTGGCATGTGTTCTGTGTGTGTCTCTTCTTGCATTCAACCC  450

seq1  ACCTCCACCAACAGCACAGTCCAGCCCCCTGACCGAGCCTGTTGGTGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCACCAACAGCACAGTCCAGCCCCCTGACCGAGCCTGTTGGTGGAT  500

seq1  GAGGCTCCTTTTGGTCTGTTCAGGATTCAGTAAACTCTTAACATTTGGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCTTTTGGTCTGTTCAGGATTCAGTAAACTCTTAACATTTGGTA  550

seq1  CATAACTTGGGTTGAATTC  568
      |||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTGGGTTGAATTC  569