BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184N15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 45,955,908 - 46,121,648
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik
Upstream geneScn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2, Dscaml1, Cep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik
Downstream geneLOC100042722, EG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184N15.bB6Ng01-184N15.g
ACCGA010123GA010124
length1,1111,104
definitionB6Ng01-184N15.b B6Ng01-184N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,120,547 - 46,121,648)(45,955,908 - 45,956,993)
sequence
gaattcaacaaatattaaatgtcttgtatgggcccgactttgggctggtt
gctggagattgtggcctctatctttaataaactctaagtccacaggcgaa
ggaaaacatgaagttcgctgtactacagagacctctagtagagttgggaa
tataacgcatcatggagtgagcccctgatgccactgtgtcagcagcaagg
gacagggagaatgtccaggaaggaaatgacatttgagcagggtgctgaag
gctaagagccggaggattggaagtaaagaccatgctcactcagggtgtgt
gtagtccagggaggggcaggtaaagaagtcccacaggctgtgaaggctct
caagcaaaggctgaggatgctggaccttacataagggcttctcccagaat
ctgcttccagcaggtcattcctgacctcggccttctctctggtgtctgca
ctcctgcctctcccctccccgttctcacaaaagccacagactccctgcct
ctgggcctggcaaagctactccataaatatctgattggacagttccctgt
gctaatgtggcagttatgtgacccagcacacacaggaccatcagttagcc
tagctaatgagatctcttctaaggagctggagagcaaagatctgtatgca
ccctggtcacctcccacctgcagttcccacccagctggttatgaacccaa
ggaccccacaatccccaaacaggataaacgtcgtcttcggagtcccgtga
agctcaggaaagactcaaccaggaagcagattctgtgcagggaacactgc
aaacgtctaaagtagaactgggtgacagggccactctctagctgtgacaa
gctgggcattcacctagtaacccaggtgggctgcttgagtggtgactttg
ccacactttcacaaggaggctttaaactgggacttcagaagcttaagttc
tggttaggcatggcggctgctgcctgtaatctttagcacactggttggtg
gaggcgagagggtcaggggtttcaagaccggtcttggctacattagcaag
ttccagagccacataaagaatggcacctgtgggcccagctgaacatccga
agttccatgcc
gaattccctggtggagaggcaggattctgcacacctcttccattggttca
cttcaagttttggatagtgactggtttccactttagtgatgttcagataa
cctgcaggtttagctgtgtccctgtaatccctttctgaccttagccagtt
tttgaagctgctcctctcacatggtcacctagagacatggttccatgcta
aaatacaaagtgacgcctggtccaaatagcacgtccttctagtcctgaca
ctgccgaggctgggatgggatcatcagagtctgtgtctagacaaggttcc
atggcaagcttgattcaggtcagcttgggttacacaggaagaccatgtct
cagagcaaagttcaccccaaatgttgcaaactggtagttttctaattctt
tcatgctttctacatttatcagttttaaagaactttgctttaaaaaaact
agagattgtagcaaggtcagatttcaagcaagttggtaccctaatagtgt
ccagtgggacccacttgagttgtttgtttcttttctgtgagtccatggac
tggaatgtggctggtgtgctttagtccactgaggttttcttcttcttctc
catcaccatcttctccctttctctctcctctctatcactgagctgcctcc
ctgtcctgtgtcattattctctcactactcaaattattccacttcggaac
cacatccagttgacttctcaataactcctttgcctttgaacaagattcta
gaccttccttgaacattctctgtcttagatttagagttaaacagtcccta
tctaaaggagagaacactaggagagggataagtcctacctcggtaagcag
tcatatttattaatgttaaattaacattattcatttaacattgcttttct
gttcctcctacacaaacggaagcaacaccgccatgaatatttttttttct
acgtgtagggaaacttcaagaatagaaagcatcatttcagactaggccaa
ccttggtgcttgatacactgggacagtatggaagaaggcatctggtttct
actggcaggaaaccacaatttaacatttttattaaaagacttttggatag
agga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_46120547_46121648
seq2: B6Ng01-184N15.b_51_1161 (reverse)

seq1  GGCATGGAAC-TCGGATTGTCAAGCTTGG-CCACAGGTGCCTTTCTTTAT  48
      |||||||||| ||||| |||  |||| || ||||||||||| ||||||||
seq2  GGCATGGAACTTCGGA-TGTTCAGCTGGGCCCACAGGTGCCATTCTTTAT  49

seq1  GTGGCTCT-GAACTTGCT-ATGTAGCCAAGAACGGTCTTG-AACCCCTGA  95
      |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GTGGCTCTGGAACTTGCTAATGTAGCCAAGACCGGTCTTGAAACCCCTGA  99

seq1  CCCTCTCGCCTCCACC-ACCAGTGTGCT-AAGATTACAGGCAGCAGCCGC  143
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCGCCTCCACCAACCAGTGTGCTAAAGATTACAGGCAGCAGCCGC  149

seq1  CATGCCTAACCAGAACTT-AGCTTCTG-AGTCCCAGTTTAAAGCCTCCTT  191
      |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTAACCAGAACTTAAGCTTCTGAAGTCCCAGTTTAAAGCCTCCTT  199

seq1  GTGAAAGTGTGGCAAAGTCACCACTCAAGCAG-CCACCTGGGTTACTAGG  240
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTGTGGCAAAGTCACCACTCAAGCAGCCCACCTGGGTTACTAGG  249

seq1  TGAATGCCCAGCTTGTCACAGCTAGAGAGTGGCCCTGTCACCCAGTTCTA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCCAGCTTGTCACAGCTAGAGAGTGGCCCTGTCACCCAGTTCTA  299

seq1  CTTTAGACGTTTGCAGTGTTCCCTGCACAGAATCTGCTTCCTGGTTGAGT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGACGTTTGCAGTGTTCCCTGCACAGAATCTGCTTCCTGGTTGAGT  349

seq1  CTTTCCTGAGCTTCACGGGACTCCGAAGACGACGTTTATCCTGTTTGGGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGAGCTTCACGGGACTCCGAAGACGACGTTTATCCTGTTTGGGG  399

seq1  ATTGTGGGGTCCTTGGGTTCATAACCAGCTGGGTGGGAACTGCAGGTGGG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGGGTCCTTGGGTTCATAACCAGCTGGGTGGGAACTGCAGGTGGG  449

seq1  AGGTGACCAGGGTGCATACAGATCTTTGCTCTCCAGCTCCTTAGAAGAGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACCAGGGTGCATACAGATCTTTGCTCTCCAGCTCCTTAGAAGAGA  499

seq1  TCTCATTAGCTAGGCTAACTGATGGTCCTGTGTGTGCTGGGTCACATAAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTAGCTAGGCTAACTGATGGTCCTGTGTGTGCTGGGTCACATAAC  549

seq1  TGCCACATTAGCACAGGGAACTGTCCAATCAGATATTTATGGAGTAGCTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACATTAGCACAGGGAACTGTCCAATCAGATATTTATGGAGTAGCTT  599

seq1  TGCCAGGCCCAGAGGCAGGGAGTCTGTGGCTTTTGTGAGAACGGGGAGGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGCCCAGAGGCAGGGAGTCTGTGGCTTTTGTGAGAACGGGGAGGG  649

seq1  GAGAGGCAGGAGTGCAGACACCAGAGAGAAGGCCGAGGTCAGGAATGACC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCAGGAGTGCAGACACCAGAGAGAAGGCCGAGGTCAGGAATGACC  699

seq1  TGCTGGAAGCAGATTCTGGGAGAAGCCCTTATGTAAGGTCCAGCATCCTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAAGCAGATTCTGGGAGAAGCCCTTATGTAAGGTCCAGCATCCTC  749

seq1  AGCCTTTGCTTGAGAGCCTTCACAGCCTGTGGGACTTCTTTACCTGCCCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGCTTGAGAGCCTTCACAGCCTGTGGGACTTCTTTACCTGCCCC  799

seq1  TCCCTGGACTACACACACCCTGAGTGAGCATGGTCTTTACTTCCAATCCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGACTACACACACCCTGAGTGAGCATGGTCTTTACTTCCAATCCT  849

seq1  CCGGCTCTTAGCCTTCAGCACCCTGCTCAAATGTCATTTCCTTCCTGGAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTCTTAGCCTTCAGCACCCTGCTCAAATGTCATTTCCTTCCTGGAC  899

seq1  ATTCTCCCTGTCCCTTGCTGCTGACACAGTGGCATCAGGGGCTCACTCCA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCCCTGTCCCTTGCTGCTGACACAGTGGCATCAGGGGCTCACTCCA  949

seq1  TGATGCGTTATATTCCCAACTCTACTAGAGGTCTCTGTAGTACAGCGAAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCGTTATATTCCCAACTCTACTAGAGGTCTCTGTAGTACAGCGAAC  999

seq1  TTCATGTTTTCCTTCGCCTGTGGACTTAGAGTTTATTAAAGATAGAGGCC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTTTCCTTCGCCTGTGGACTTAGAGTTTATTAAAGATAGAGGCC  1049

seq1  ACAATCTCCAGCAACCAGCCCAAAGTCGGGCCCATACAAGACATTTAATA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTCCAGCAACCAGCCCAAAGTCGGGCCCATACAAGACATTTAATA  1099

seq1  TTTGTTGAATTC  1102
      ||||||||||||
seq2  TTTGTTGAATTC  1111

seq1: chr9_45955908_45956993
seq2: B6Ng01-184N15.g_66_1169

seq1  GAATTCCCTGGTGGAGAGGCAGGATTCTGCACACCTCTTCCATTGGTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGTGGAGAGGCAGGATTCTGCACACCTCTTCCATTGGTTCA  50

seq1  CTTCAAGTTTTGGATAGTGACTGGTTTCCACTTTAGTGATGTTCAGATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTTTTGGATAGTGACTGGTTTCCACTTTAGTGATGTTCAGATAA  100

seq1  CCTGCAGGTTTAGCTGTGTCCCTGTAATCCCTTTCTGACCTTAGCCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGGTTTAGCTGTGTCCCTGTAATCCCTTTCTGACCTTAGCCAGTT  150

seq1  TTTGAAGCTGCTCCTCTCACATGGTCACCTAGAGACATGGTTCCATGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGCTGCTCCTCTCACATGGTCACCTAGAGACATGGTTCCATGCTA  200

seq1  AAATACAAAGTGACGCCTGGTCCAAATAGCACGTCCTTCTAGTCCTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAAAGTGACGCCTGGTCCAAATAGCACGTCCTTCTAGTCCTGACA  250

seq1  CTGCCGAGGCTGGGATGGGATCATCAGAGTCTGTGTCTAGACAAGGTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGAGGCTGGGATGGGATCATCAGAGTCTGTGTCTAGACAAGGTTCC  300

seq1  ATGGCAAGCTTGATTCAGGTCAGCTTGGGTTACACAGGAAGACCATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAGCTTGATTCAGGTCAGCTTGGGTTACACAGGAAGACCATGTCT  350

seq1  CAGAGCAAAGTTCACCCCAAATGTTGCAAACTGGTAGTTTTCTAATTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAAGTTCACCCCAAATGTTGCAAACTGGTAGTTTTCTAATTCTT  400

seq1  TCATGCTTTCTACATTTATCAGTTTTAAAGAACTTTGCTTTAAAAAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTTCTACATTTATCAGTTTTAAAGAACTTTGCTTTAAAAAAACT  450

seq1  AGAGATTGTAGCAAGGTCAGATTTCAAGCAAGTTGGTACCCTAATAGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGTAGCAAGGTCAGATTTCAAGCAAGTTGGTACCCTAATAGTGT  500

seq1  CCAGTGGGACCCACTTGAGTTGTTTGTTTCTTTTCTGTGAGTCCATGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGGACCCACTTGAGTTGTTTGTTTCTTTTCTGTGAGTCCATGGAC  550

seq1  TGGAATGTGGCTGGTGTGCTTTAGTCCACTGAGGTTTTCTTCTTCTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTGGCTGGTGTGCTTTAGTCCACTGAGGTTTTCTTCTTCTTCTC  600

seq1  CATCACCATCTTCTCCCTTTCTCTCTCCTCTCTATCACTGAGCTGCCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCATCTTCTCCCTTTCTCTCTCCTCTCTATCACTGAGCTGCCTCC  650

seq1  CTGTCCTGTGTCATTATTCTCTCACTACTCAAATTATTCCACTTCGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGTGTCATTATTCTCTCACTACTCAAATTATTCCACTTCGGAAC  700

seq1  CACATCCAGTTGACTTCTCAATAACTCCTTTGCCTTTGAACAAGATTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCAGTTGACTTCTCAATAACTCCTTTGCCTTTGAACAAGATTCTA  750

seq1  GACCTTCCTTGAACATTCTCTGTCTTAGATTTAGAGTTAAACAGTCCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTCCTTGAACATTCTCTGTCTTAGATTTAGAGTTAAACAGTCCCTA  800

seq1  TCTAAAGGAGAGAACACTAGGAGAGGGATAAGTCCTACCTCGGTAAGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGAGAGAACACTAGGAGAGGGATAAGTCCTACCTCGGTAAGCAG  850

seq1  TCATATTTATTTAATGTTAAATTAACATTATTCATTTAACATTGCTTTTC  900
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTA-TTAATGTTAAATTAACATTATTCATTTAACATTGCTTTTC  899

seq1  TGTTCCTCCTACACAAACGGAAGC-ACACCG-CATG---ATATTTTTTTC  945
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||   || ||||||||
seq2  TGTTCCTCCTACACAAACGGAAGCAACACCGCCATGAATATTTTTTTTTC  949

seq1  TACGTGTAGG--AAC-TCAAGAATAG-AAGCATCA-TTCAGACTA-GCCA  989
      ||||||||||  ||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  TACGTGTAGGGAAACTTCAAGAATAGAAAGCATCATTTCAGACTAGGCCA  999

seq1  ACCT--GTGC-TGATACACTGGGACAGTATG--AG-AGGCATCT-GTTTC  1032
      ||||  |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||
seq2  ACCTTGGTGCTTGATACACTGGGACAGTATGGAAGAAGGCATCTGGTTTC  1049

seq1  TACT-GCAGGAAACCACAA-TTAACA-TTTTATTAAAAGACTTTTGGGAT  1079
      |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TACTGGCAGGAAACCACAATTTAACATTTTTATTAAAAGACTTTT-GGAT  1098

seq1  AGGAGGA  1086
      | |||||
seq2  A-GAGGA  1104