BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186J02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 81,914,987 - 82,038,031
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930486G11Rik
Upstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
Downstream geneLOC100039085, Irak1bp1, Phip, LOC100039144, Hmgn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186J02.bB6Ng01-186J02.g
ACCGA011375GA011376
length979927
definitionB6Ng01-186J02.b B6Ng01-186J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,914,987 - 81,915,957)(82,037,104 - 82,038,031)
sequence
ggaattctcccccactgcagatgtaaacttaataaaagttaagttgtaag
agatggaaatggacaggagagagagtccaacactgcagacagttcaagta
tccctgagcattggcagtgtctggctgcaaagtgcacttgaattcatggg
tgtcattcttctggcttagcacatggcagttttacctctaagccgtgtgt
ccatatttcccccatgggagctatgctgaaaggagaggaactgtgctgaa
aggagaagggcgaagtgccttccagtgtattcagttgacactcagctttc
cagcatcttcattgtttacttatactgccatctgttacacagaactaatc
taatgaacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaatacaa
agatgatgtaagtttagttgtctcacttatacattgaagaaagctagggt
tttgctgataaggagataggaaaatctattgtgactgtcttagttccttt
cctagggactatttctccctctctgcattccttacgtgtctgatgttctg
tgtgtagggctaatgcctcataagcatttcctcttccaagttagtgtgtc
tattggtgctgtctttgtccagcccatgtttagacagtcatagtggtaaa
attttatgtgtatagcttctgacatttctagaagacacaaactctctgtt
tccctggctattagaatatttccatattctagtagaatattccaatatat
atatacacgtatgtatatatgtgtgtatacatgtatgtatatatacatat
aaatgtgtttgtatatgtatatatgaatgtatatatatatatatgtgtgt
atatatgtagatatagatatatatgagttgggcacctgttttccacaagt
gtgtgatttgattatatatatattttggtcccttttccatccaatccatg
gttactctctagaggtgtgcttcgatata

gaattcaccacactattctgaaagagttatgtggaagatactgactactt
gttttgaaactttaagagaaatatgctacatagaagaaagaaatatctag
ctactagcatttggaagtgaaagagaccagggtctaggaagctgaagagc
aaagctataactaaagatatagaatattctttccctagaagacaagctgt
ctacaaggaataaggagggagacaaggaagcaaaaactgcagacattatc
taattgtggaatcaacaggaataatctaatagtgagaccccagattataa
tagggacataagaatgatttatcaagtatctatggagtgtagatgtgcac
tagagccctgaacattatgaatacaccatgaaagaagatggtggctctca
ttgttggtgagaggaggtgcaggttgtgtatgaaagggcacaaattgtct
gcagaaacagattatcatgatgaattgctggagtacccccaaatgagatc
acagtcttacccaccaaatgaccagttcttttgcatacaaatgaatgttc
tctgtgcaaatatgtttaacattctaaaattggacttgagcacatgcgtg
taaaagaaaatgctaatttccaaagaactaggaatctgtgctcgttctat
agaatatccaagagtataataggatgcaaaggctcaaaaagaagaacaca
aggaagatcagatataaagagaaacattcttccatatttttcaagcattg
tgattttgtttgtgttttgcttaacagggtttttctctttgtagccaaaa
tggactctaattcaggtattcaaagctagttctggactcgattctccttc
ctcagcctactgagggtcgaaactacagctgtgtaccaccatgtccagct
tgcaattcaattataagaattataatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_81914987_81915957
seq2: B6Ng01-186J02.b_43_1014

seq1  GGAATTCTCCCCCACTGCAGATGTAAACTTAATAAAAGTTAAGTTGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTCCCCCACTGCAGATGTAAACTTAATAAAAGTTAAGTTGTAAG  50

seq1  AGATGGAAATGGACAGGAGAGAGAGTCCAACACTGCAGACAGTTCAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAAATGGACAGGAGAGAGAGTCCAACACTGCAGACAGTTCAAGTA  100

seq1  TCCCTGAGCATTGGCAGTGTCTGGCTGCAAAGTGCACTTGAATTCATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAGCATTGGCAGTGTCTGGCTGCAAAGTGCACTTGAATTCATGGG  150

seq1  TGTCATTCTTCTGGCTTAGCACATGGCAGTTTTACCTCTAAGCCGTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTCTTCTGGCTTAGCACATGGCAGTTTTACCTCTAAGCCGTGTGT  200

seq1  CCATATTTCCCCCATGGGAGCTATGCTGAAAGGAGAGGAACTGTGCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTTCCCCCATGGGAGCTATGCTGAAAGGAGAGGAACTGTGCTGAA  250

seq1  AGGAGAAGGGCGAAGTGCCTTCCAGTGTATTCAGTTGACACTCAGCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGGGCGAAGTGCCTTCCAGTGTATTCAGTTGACACTCAGCTTTC  300

seq1  CAGCATCTTCATTGTTTACTTATACTGCCATCTGTTACACAGAACTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTTCATTGTTTACTTATACTGCCATCTGTTACACAGAACTAATC  350

seq1  TAATGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAATACAA  400

seq1  AGATGATGTAAGTTTAGTTGTCTCACTTATACATTGAAGAAAGCTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATGTAAGTTTAGTTGTCTCACTTATACATTGAAGAAAGCTAGGGT  450

seq1  TTTGCTGATAAGGAGATAGGAAAATCTATTGTGACTGTCTTAGTTCCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGATAAGGAGATAGGAAAATCTATTGTGACTGTCTTAGTTCCTTT  500

seq1  CCTAGGGACTATTTCTCCCTCTCTGCATTCCTTACGTGTCTGATGTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGACTATTTCTCCCTCTCTGCATTCCTTACGTGTCTGATGTTCTG  550

seq1  TGTGTAGGGCTAATGCCTCATAAGCATTTCCTCTTCCAAGTTAGTGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGGGCTAATGCCTCATAAGCATTTCCTCTTCCAAGTTAGTGTGTC  600

seq1  TATTGGTGCTGTCTTTGTCCAGCCCATGTTTAGACAGTCATAGTGGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTGCTGTCTTTGTCCAGCCCATGTTTAGACAGTCATAGTGGTAAA  650

seq1  ATTTTATGTGTATAGCTTCTGACATTTCTAGAAGACACAAACTCTCTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGTGTATAGCTTCTGACATTTCTAGAAGACACAAACTCTCTGTT  700

seq1  TCCCTGGCTATTAGAATATTTCCATATTCTAGTAGAATATTCCAATATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCTATTAGAATATTTCCATATTCTAGTAGAATATTCCAATATAT  750

seq1  ATATACACGTATGTATATATGTGTGTATACATGTATGTATATATACATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACGTATGTATATATGTGTGTATACATGTATGTATATATACATAT  800

seq1  AAATGTGTTTGTATATGTATATATGAATGTATATATATATATATGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTTTGTATATGTATATATGAATGTATATATATATATATGTGTGT  850

seq1  ATATATGTATATATAGATATATATGAGTTGG--CTCTGTTTTCCACAACT  898
      ||||||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |
seq2  ATATATGTAGATATAGATATATATGAGTTGGGCACCTGTTTTCCACAAGT  900

seq1  CTGTGATTTGAATTATATATATATTTTGTTCCCTTTTTCCATCCTATCCA  948
       ||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||
seq2  GTGTGATTTG-ATTATATATATATTTTGGTCCC-TTTTCCATCCAATCCA  948

seq1  T-GTTTCTCTCTAGAGGTGTGCTT  971
      | ||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACTCTCTAGAGGTGTGCTT  972


seq1: chr9_82037104_82038031
seq2: B6Ng01-186J02.g_64_990 (reverse)

seq1  AATTATAAATTCTTATAATTGAATTGCAAGCTGGACATGGTGGTACACAG  50
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAT-AATTCTTATAATTGAATTGCAAGCTGGACATGGTGGTACACAG  49

seq1  CTGTAGTTTCGACCCTCAGTAGGCTGAGGAAGGAGAATCGAGTCCAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTTCGACCCTCAGTAGGCTGAGGAAGGAGAATCGAGTCCAGAAC  99

seq1  TAGCTTTGAATACCTGAATTAGAGTCCATTTTGGCTACAAAGAGAAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGAATACCTGAATTAGAGTCCATTTTGGCTACAAAGAGAAAAAC  149

seq1  CCTGTTAAGCAAAACACAAACAAAATCACAATGCTTGAAAAATATGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAAGCAAAACACAAACAAAATCACAATGCTTGAAAAATATGGAAG  199

seq1  AATGTTTCTCTTTATATCTGATCTTCCTTGTGTTCTTCTTTTTGAGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCTCTTTATATCTGATCTTCCTTGTGTTCTTCTTTTTGAGCCTT  249

seq1  TGCATCCTATTATACTCTTGGATATTCTATAGAACGAGCACAGATTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTATTATACTCTTGGATATTCTATAGAACGAGCACAGATTCCTA  299

seq1  GTTCTTTGGAAATTAGCATTTTCTTTTACACGCATGTGCTCAAGTCCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTGGAAATTAGCATTTTCTTTTACACGCATGTGCTCAAGTCCAAT  349

seq1  TTTAGAATGTTAAACATATTTGCACAGAGAACATTCATTTGTATGCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAATGTTAAACATATTTGCACAGAGAACATTCATTTGTATGCAAAA  399

seq1  GAACTGGTCATTTGGTGGGTAAGACTGTGATCTCATTTGGGGGTACTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTCATTTGGTGGGTAAGACTGTGATCTCATTTGGGGGTACTCCA  449

seq1  GCAATTCATCATGATAATCTGTTTCTGCAGACAATTTGTGCCCTTTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCATCATGATAATCTGTTTCTGCAGACAATTTGTGCCCTTTCATA  499

seq1  CACAACCTGCACCTCCTCTCACCAACAATGAGAGCCACCATCTTCTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCTGCACCTCCTCTCACCAACAATGAGAGCCACCATCTTCTTTCA  549

seq1  TGGTGTATTCATAATGTTCAGGGCTCTAGTGCACATCTACACTCCATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTATTCATAATGTTCAGGGCTCTAGTGCACATCTACACTCCATAGA  599

seq1  TACTTGATAAATCATTCTTATGTCCCTATTATAATCTGGGGTCTCACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGATAAATCATTCTTATGTCCCTATTATAATCTGGGGTCTCACTAT  649

seq1  TAGATTATTCCTGTTGATTCCACAATTAGATAATGTCTGCAGTTTTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATTCCTGTTGATTCCACAATTAGATAATGTCTGCAGTTTTTGCT  699

seq1  TCCTTGTCTCCCTCCTTATTCCTTGTAGACAGCTTGTCTTCTAGGGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCTCCCTCCTTATTCCTTGTAGACAGCTTGTCTTCTAGGGAAAG  749

seq1  AATATTCTATATCTTTAGTTATAGCTTTGCTCTTCAGCTTCCTAGACCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTATATCTTTAGTTATAGCTTTGCTCTTCAGCTTCCTAGACCCT  799

seq1  GGTCTCTTTCACTTCCAAATGCTAGTAGCTAGATATTTCTTTCTTCTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTTTCACTTCCAAATGCTAGTAGCTAGATATTTCTTTCTTCTATG  849

seq1  TAGCATATTTCTCTTAAAGTTTCAAAACAAGTAGTCAGTATCTTCCACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATATTTCTCTTAAAGTTTCAAAACAAGTAGTCAGTATCTTCCACAT  899

seq1  AACTCTTTCAGAATAGTGTGGTGAATTC  928
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTCAGAATAGTGTGGTGAATTC  927


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |