BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187B16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 101,460,331 - 101,574,691
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmem22, LOC667486, Stag1, LOC100040990, Pccb, LOC100041013, LOC100040707, Msl2l1, 3222402P14Rik, LOC100041065, EG382099
Downstream geneEphb1, 9630041A04Rik, Ky, LOC664843, Cep63, Anapc13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187B16.bB6Ng01-187B16.g
ACCGA011769GA011770
length1,1191,157
definitionB6Ng01-187B16.b B6Ng01-187B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,460,331 - 101,461,293)(101,573,535 - 101,574,691)
sequence
gaattcatgatttggcaaagaccagctgaccatcaggtctcaggaatctt
cctagctctgcctctccagtgccagagttataattatagactcctatgcc
tggctttgtacttgggacctgggaatctgcactcaggtcctaacacttgc
ctgccaagcactttcctaactgggtgtcttagttagggtttccactgctg
tgaaaagataccatgaccatgacagctcttataagggagagcatttcatt
ggaactggcttacagtttcagaggtttagtccattattgtcatggtggga
agcatggcagcatgcaggtagatatagggatgaagagtaactgagattgc
tatatccatataagtaggcagcaggaagaaataggaacactgggcttgac
ttgattttctggaacctcaaagcccatcccagtaacatactgctagccac
acctactccaacaaggccatacatcctaatcctttcaaaaaggtgccact
ccctatgaccctatgtgggctagtctcacttaaatcagtacactgagcta
tctctcttatccatgatgacatcttgaaagtacctgtatggtaataccta
gataggtgtatgagttaggagctggatgccatagcctggccacgttgatg
cataaaattatctacttcagttgcttcttggttcctgtggctgactgtgt
ggttccctttaggttggaatgaccttcagaagacatgaggaggaggaaga
ctgcagtaaaggcttgcttcttattcttctgcagggaatagcatcaccct
gggtggattgtctcatgaagggagtgtctgcttatactcttcataaaagg
caactgagtttccttcagttctaacatccatatctgagcaccacatgatt
cctgcacgtagaaaacaacatcttagcaatgaacacggttgtggtatgtg
agcaaacctctacatacctaagatagacactgatgacagacctaagaaac
aatttccacccaggcagttaacattgatttcctgggatgcttaacagagc
aagttgagagtgagttctaggcatgtgtgaaccagaacagctgcatcatt
gaaggcccactccatcatg

gaattctctttcttaacaaacatatgagcacacacacacagacacacaca
gacacacacacacatatatatacacacatatgcataaacctacacacata
tacacatacatgcatacatacatacataaacacatatgtatgaatgcaag
caagcacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagaaacaaataaacatgcacacaca
tcactgcatacacttgcaatagcccctcatggaaattttgctttccttca
ggtatgcccttcactttgggctgcagtcagaatagccaggatatgaaacc
tctgctctgagcacccactactccactaacacccacactcactgcagata
agcctgctgtggaataaaccacataaccccagatacagggccaggactat
gagaaaaaaggtaaagggagagagactattcagaaaagccatgaaaccaa
gctagcagacaaccctctcttcctgcagcaggcctgtgttttctgcccac
aagtcttgccagcctagttctccatcacttctttggttctttactgcgtt
attgcatgcaggtaggcgaggagaaatcctactgccaagcctgaggcttg
ctgtcaaaaagccctaactgacgaggaagaattggaaaaggacacaagcc
tattctgttcccccttgctgtcactactaggtatggaacagcgataacta
gaaaatatggaacatttagcactaactctgaagcaaaaatgtaagataag
tctaacttggcatttctctctatttgtaacagtagtgggttgaaatgaat
gagacagatgaggaaaatagttccattgttttaaatataaaggtagcttg
ataaaatgttttagggatggtaaaacggctttccagaagagccctgaact
taaggggagtctgctggggaagagacagatttgcctaacaatgatctctg
gatatcagctttccttatcaccttccttaacctgctgtgatgtatcaggc
actattttttcctccgaatgccagttctaataaatcttattttattctta
gagagagattaaagtgataactgggagtttttttgtttgtgtcatgaaag
cagaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_101460331_101461293
seq2: B6Ng01-187B16.b_208_1163

seq1  TCCTAACTGGGTGTCTTAGTTAGGGTTTCCACTGCTGTGAAAAGATACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAACTGGGTGTCTTAGTTAGGGTTTCCACTGCTGTGAAAAGATACCA  50

seq1  TGACCATGACAGCTCTTATAAGGGAGAGCATTTCATTGGAACTGGCTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGACAGCTCTTATAAGGGAGAGCATTTCATTGGAACTGGCTTAC  100

seq1  AGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATTGTCATGGTGGGAAGCATGGCAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATTGTCATGGTGGGAAGCATGGCAGCAT  150

seq1  GCAGGTAGATATAGGGATGAAGAGTAACTGAGATTGCTATATCCATATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTAGATATAGGGATGAAGAGTAACTGAGATTGCTATATCCATATAA  200

seq1  GTAGGCAGCAGGAAGAAATAGGAACACTGGGCTTGACTTGATTTTCTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAGCAGGAAGAAATAGGAACACTGGGCTTGACTTGATTTTCTGGA  250

seq1  ACCTCAAAGCCCATCCCAGTAACATACTGCTAGCCACACCTACTCCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAAGCCCATCCCAGTAACATACTGCTAGCCACACCTACTCCAACA  300

seq1  AGGCCATACATCCTAATCCTTTCAAAAAGGTGCCACTCCCTATGACCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATACATCCTAATCCTTTCAAAAAGGTGCCACTCCCTATGACCCTA  350

seq1  TGTGGGCTAGTCTCACTTAAATCAGTACACTGAGCTATCTCTCTTATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCTAGTCTCACTTAAATCAGTACACTGAGCTATCTCTCTTATCCA  400

seq1  TGATGACATCTTGAAAGTACCTGTATGGTAATACCTAGATAGGTGTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACATCTTGAAAGTACCTGTATGGTAATACCTAGATAGGTGTATGA  450

seq1  GTTAGGAGCTGGATGCCATAGCCTGGCCACGTTGATGCATAAAATTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGAGCTGGATGCCATAGCCTGGCCACGTTGATGCATAAAATTATCT  500

seq1  ACTTCAGTTGCTTCTTGGTTCCTGTGGCTGACTGTGTGGTTCCCTTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGTTGCTTCTTGGTTCCTGTGGCTGACTGTGTGGTTCCCTTTAGG  550

seq1  TTGGAATGACCTTCAGAAGACATGAGGAGGAGGAAGACTGCAGTAAAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGACCTTCAGAAGACATGAGGAGGAGGAAGACTGCAGTAAAGGC  600

seq1  TTGCTTCTTATTCTTCTGCAGGGAATAGCATCACCCTGGGTGGATTGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTATTCTTCTGCAGGGAATAGCATCACCCTGGGTGGATTGTCT  650

seq1  CATGAAGGGAGTGTCTGCTTATACTCTTCATAAAAGGCAACTGAGTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGGAGTGTCTGCTTATACTCTTCATAAAAGGCAACTGAGTTTCC  700

seq1  TTCAGTTCTAACATCCATATCTGAGCACCACATGATTCCTGCACGTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTAACATCCATATCTGAGCACCACATGATTCCTGCACGTAGAA  750

seq1  AACAACATCTTAGCAATGAACACGGTTGTGGTATGTGAGCAAACCTCTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATCTTAGCAATGAACACGGTTGTGGTATGTGAGCAAACCTCTAC  800

seq1  ATACCTAAGATAAGACACTGATGACAGACCTAAGAAACAA-TTCCACCCA  849
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  ATACCTAAGAT-AGACACTGATGACAGACCTAAGAAACAATTTCCACCC-  848

seq1  AGGCAGTTAACCAATGATTTTCCTGGGATTGCTTACAGGAGCAAAGGTGA  899
      |||||||||| || ||| |||||||||| ||||||   |||| ||| |||
seq2  AGGCAGTTAA-CATTGA-TTTCCTGGGA-TGCTTAACAGAGC-AAGTTGA  894

seq1  GAGGTGAGTTCCAGGCCATGTGTGACCCAG-ACAGCTGCATCATTGAAAA  948
      || |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| || 
seq2  GA-GTGAGTTCTAGG-CATGTGTGAACCAGAACAGCTGCATCATTG-AAG  941

seq1  GCCCACTCCACCATG  963
      |||||||||| ||||
seq2  GCCCACTCCATCATG  956


seq1: chr9_101573535_101574691
seq2: B6Ng01-187B16.g_63_1219 (reverse)

seq1  TTTTCTTGCTCTCATGGCACAAACAAAAAAACTCCCAGTTATTCACTTTA  50
      ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTTC-TGCTTTCATGACACAAACAAAAAAACTCCCAGTTA-TCACTTTA  48

seq1  TTTCTTCTTCTCT-AGAATAAA--TAGATTTATTAGAACTGGCATCCGGA  97
        |||   ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| ||||
seq2  -ATCT--CTCTCTAAGAATAAAATAAGATTTATTAGAACTGGCATTCGGA  95

seq1  -GAAAAAATAGTGCTTGATACATCACAGCAGGTTAAGGAAGGTGATAAGG  146
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAATAGTGCCTGATACATCACAGCAGGTTAAGGAAGGTGATAAGG  145

seq1  -AAGCTGATATTCAGAGATCATTGTTAGGCAAATCTGTCTCTTCCCCAGC  195
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGATATCCAGAGATCATTGTTAGGCAAATCTGTCTCTTCCCCAGC  195

seq1  AGACTCCCCTTAAGTTCAGGGCTCTTCTGGGAAAGCCGTTTTACCATCCC  245
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCCTTAAGTTCAGGGCTCTTCT-GGAAAGCCGTTTTACCATCCC  244

seq1  TAAAACATTTTATCAAGCTACCTTTATATTTAAAACAATGGAACTATTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATTTTATCAAGCTACCTTTATATTTAAAACAATGGAACTATTTT  294

seq1  CCTCATCTGTCTCATTCATTTCAA-CCACTACTGTTACAAATAGAGAGAA  344
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCTGTCTCATTCATTTCAACCCACTACTGTTACAAATAGAGAGAA  344

seq1  ATGCCAAGTTAGACTTATCTTACATTTTTGCTTCAGAGTTAGTGCTAAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGTTAGACTTATCTTACATTTTTGCTTCAGAGTTAGTGCTAAAT  394

seq1  GTTCCATATTTTCTAGTTATCGCTGTTCCATACCTAGTAGTGACAGCAAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATATTTTCTAGTTATCGCTGTTCCATACCTAGTAGTGACAGCAAG  444

seq1  GGGGAACAGAATAGGCTTGTGTCCTTTTCCAATTCTTCCTCGTCAGTTAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACAGAATAGGCTTGTGTCCTTTTCCAATTCTTCCTCGTCAGTTAG  494

seq1  GGCTTTTTGACAGCAAGCCTCAGGCTTGGCAGTAGGATTTCTCCTCGCCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTGACAGCAAGCCTCAGGCTTGGCAGTAGGATTTCTCCTCGCCT  544

seq1  ACCTGCATGCAATAACGCAGTAAAGAACCAAAGAAGTGATGGAGAACTAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATGCAATAACGCAGTAAAGAACCAAAGAAGTGATGGAGAACTAG  594

seq1  GCTGGCAAGACTTGTGGGCAGAAAACACAGGCCTGCTGCAGGAAGAGAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAAGACTTGTGGGCAGAAAACACAGGCCTGCTGCAGGAAGAGAGG  644

seq1  GTTGTCTGCTAGCTTGGTTTCATGGCTTTTCTGAATAGTCTCTCTCCCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTGCTAGCTTGGTTTCATGGCTTTTCTGAATAGTCTCTCTCCCTT  694

seq1  TACCTTTTTTCTCATAGTCCTGGCCCTGTATCTGGGGTTATGTGGTTTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTTTCTCATAGTCCTGGCCCTGTATCTGGGGTTATGTGGTTTAT  744

seq1  TCCACAGCAGGCTTATCTGCAGTGAGTGTGGGTGTTAGTGGAGTAGTGGG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCAGGCTTATCTGCAGTGAGTGTGGGTGTTAGTGGAGTAGTGGG  794

seq1  TGCTCAGAGCAGAGGTTTCATATCCTGGCTATTCTGACTGCAGCCCAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAGCAGAGGTTTCATATCCTGGCTATTCTGACTGCAGCCCAAAG  844

seq1  TGAAGGGCATACCTGAAGGAAAGCAAAATTTCCATGAGGGGCTATTGCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGCATACCTGAAGGAAAGCAAAATTTCCATGAGGGGCTATTGCAA  894

seq1  GTGTATGCAGTGATGTGTGTGCATGTTTATTTGTTTCTCTCTCTCTCTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCAGTGATGTGTGTGCATGTTTATTTGTTTCTCTCTCTCTCTCT  944

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  994
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  994

seq1  GTGTGTGTGCTTGCTTGCATTCATACATATGTGTTTATGTATGTATGTAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGCTTGCTTGCATTCATACATATGTGTTTATGTATGTATGTAT  1044

seq1  GCATGTATGTGTATATGTGTGTAGGTTTATGCATATGTGTGTATATATAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATGTGTATATGTGTGTAGGTTTATGCATATGTGTGTATATATAT  1094

seq1  GTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGCTCATATGTTTGTTA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGCTCATATGTTTGTTA  1144

seq1  AGAAAGAGAATTC  1157
      |||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |