BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187E18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 117,349,598 - 117,480,237
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRbms3
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik, Eomes, Golga4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187E18.bB6Ng01-187E18.g
ACCGA011911GA011912
length5321,051
definitionB6Ng01-187E18.b B6Ng01-187E18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,349,598 - 117,350,134)(117,479,192 - 117,480,237)
sequence
tctaccacccaaactcttggacagatgagcttatgtgctgtagcattagt
gaatttctacaggatgacttttggtttgactctgatgtttggtttgtgtt
ttggagacagtcttactatgttatgaggcccttgtcaacctagaattcac
tgtgtgaacctagcctcagaccttcaaatgatttcaggcatgcactatca
tgctcaactcttgaatggttttatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatacacacatacatatacatacatatatatat
acatacatatatacatacatacatatatatatgtgtgtgtatatatatat
atatgtatatgtatgtgtgaatatacacatagatagatagagatttacac
acatagacagagagaaagagagactgagagagtgtggttgtgcacatact
cacaagggtgcgtgtgcgtgcgtgcgtgagtgtgtgtgtgtgtgagtgag
tgggtgatacgcatgtgtgtatgtatgtgtac

acttgagagcatacagcacatatgcacactaaataagttagtttctgtgg
ggtgaatttgtagagatggccagcaaaactactttttaaaatgcttttat
gttttcatttaaaagcatgtctggctagaaatacacaatggcttgtttct
ctcaagccatccatctgtatatgaaaattatgcatgtttagttgaggata
tagtagaagacaatatcctaggacatgctagaataaaggacaccgagggg
aaaacatcacaaggaaaggaaaaagttgtcagggtttccacaggttccac
aaagctgaacaaccaagtagcacctaaaaaggagaacatacattgtgggt
ttggaaaagacaacgctgcgtgtgtttatactgtgcaaagtaagatgagg
agggagaatagagagagacctattcttggcagtgcattggctaagagcat
gggaaaaattccttgtggaaagctgaagcaaaacagatgggctattagat
tatcagtacatggccctaaaccaaggaaaagaccctatcttggaagaatt
tacattgaaggcctggtgggagggctcaggatatgagcacacaaatctaa
gattgagccgcagagtgcacataaaatccccagtgtggcggtatgtgctt
ataatctcaggatgcagaagtggagatgggcggatcccgagtcctctgag
cctgtaggcctagctaagtcaacaagctctatatactactaagagactat
ggctcagaaaacagggtggaaagttcttgaggactgatagctgtggatga
cctcagacttacacatgtgaacacccacccacaagcatagcctccatgag
tacaaaaacatgtgcacacgcacaacctacagaaaagatttttagtgaat
gcaatttgggttttcaagggagttgagaagaaacagtttctcatcacata
aattcaatacattaactagtgtcttcccttgtttgctggtgtaagcagct
atttataaaatgttcttttaaagtaataagtaaatcagtcttatgaagta
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_117349598_117350134
seq2: B6Ng01-187E18.b_46_583

seq1  GAATTCTCTACCACCCAAACTCTTGGACAGATGAGCTTATGTGCTGTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACCACCCAAACTCTTGGACAGATGAGCTTATGTGCTGTAGC  50

seq1  ATTAGTGAATTTCTACAGGATGACTTTTGGTTTGACTCTGATGTTTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGAATTTCTACAGGATGACTTTTGGTTTGACTCTGATGTTTGGTT  100

seq1  TGTGTTTTGGAGACAGTCTTACTATGTTATGAGGCCCTTGTCAACCTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGGAGACAGTCTTACTATGTTATGAGGCCCTTGTCAACCTAGA  150

seq1  ATTCACTGTGTGAACCTAGCCTCAGACCTTCAAATGATTTCAGGCATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGTGTGAACCTAGCCTCAGACCTTCAAATGATTTCAGGCATGCA  200

seq1  CTATCATGCTCAACTCTTGAATGGTTTTATATATATATATATATATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCATGCTCAACTCTTGAATGGTTTTATATATATATATATATATATAT  250

seq1  ATATATATATATATATATATATATATACACACATACATATACATACATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATACACACATACATATACATACATAT  300

seq1  ATATATACATACATATATACATACATACATATATATATGTGTGTGTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACATACATATATACATACATACATATATATATGTGTGTGTATAT  350

seq1  ATATATATATGTATATGTATATATAAAACTTCTAATAGCTCACTCTCCAT  400
      |||||||||||||||||||| | | ||  | |  |||| |   |    ||
seq2  ATATATATATGTATATGTATGTGTGAATATACACATAGATAGATAGAGAT  400

seq1  TTCCAAACATTGTTTTAGAGACAG-CTTACTCAACTACTGTGGTTGTCCA  449
      || || |||| |    ||||| ||    ||| |   | ||||||||| ||
seq2  TTACACACATAGACAGAGAGAAAGAGAGACTGAGAGAGTGTGGTTGTGCA  450

seq1  GATACTCAGAATGCTACCTCTAAATACAGTCTTGATTGTTTATGTGTATA  499
       ||||||| || | | | | |   | |   | ||| ||| | ||||| | 
seq2  CATACTCACAAGGGTGCGTGTGCGTGCGTGCGTGAGTGTGTGTGTGTGTG  500

seq1  ACTGCTTTGTCTATAAGCATGTGTGTATGTATGTGTAC  537
      | ||  | |   ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTGGGTGATACGCATGTGTGTATGTATGTGTAC  538


seq1: chr9_117479192_117480237
seq2: B6Ng01-187E18.g_82_1132 (reverse)

seq1  CTACCTCATAAGACTGAATTTTACTTATTACTTAAAAAGAACATTTTATA  50
      |||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTACTTCATAAGACTGA--TTTACTTATTACTTTAAAAGAACATTTTATA  48

seq1  AATAGCTGCTTACACCAGCAAACAAGGGAAGACACTAG-TAATGTATTGA  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATAGCTGCTTACACCAGCAAACAAGGGAAGACACTAGTTAATGTATTGA  98

seq1  A-TTATGTGATGAGAACCTGTTTC-TCTCAACTCCC-TGAAAA-CCAAAT  145
      | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||
seq2  ATTTATGTGATGAGAAACTGTTTCTTCTCAACTCCCTTGAAAACCCAAAT  148

seq1  TGCATTCACT-AAAATCTTTTCTGTAGG-TGTGCGTGTGCACATGTTTTT  193
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCACTAAAAATCTTTTCTGTAGGTTGTGCGTGTGCACATGTTTTT  198

seq1  GTACTCATGGAGGCTATGCTTGTGGGTGGGTGTTCACATGTGTAAGTCTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATGGAGGCTATGCTTGTGGGTGGGTGTTCACATGTGTAAGTCTG  248

seq1  AGGTCATCCACAGCTATCAGTCCTCAAGAACTTTCCACCCTGTTTTCTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCCACAGCTATCAGTCCTCAAGAACTTTCCACCCTGTTTTCTGA  298

seq1  GCCATAGTCTCTTAGTAGTATATAGAGCTTGTTGACTTAGCTAGGCCTAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGTCTCTTAGTAGTATATAGAGCTTGTTGACTTAGCTAGGCCTAC  348

seq1  AGGCTCAGAGGACTCGGGATCCGCCCATCTCCACTTCTGCATCCTGAGAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGAGGACTCGGGATCCGCCCATCTCCACTTCTGCATCCTGAGAT  398

seq1  TATAAGCACATACCGCCACACTGGGGATTTTATGTGCACTCTGCGGCTCA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCACATACCGCCACACTGGGGATTTTATGTGCACTCTGCGGCTCA  448

seq1  ATCTTAGATTTGTGTGCTCATATCCTGAGCCCTCCCACCAGGCCTTCAAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGATTTGTGTGCTCATATCCTGAGCCCTCCCACCAGGCCTTCAAT  498

seq1  GTAAATTCTTCCAAGATAGGGTCTTTTCCTTGGTTTAGGGCCATGTACTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTCTTCCAAGATAGGGTCTTTTCCTTGGTTTAGGGCCATGTACTG  548

seq1  ATAATCTAATAGCCCATCTGTTTTGCTTCAGCTTTCCACAAGGAATTTTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTAATAGCCCATCTGTTTTGCTTCAGCTTTCCACAAGGAATTTTT  598

seq1  CCCATGCTCTTAGCCAATGCACTGCCAAGAATAGGTCTCTCTCTATTCTC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCTCTTAGCCAATGCACTGCCAAGAATAGGTCTCTCTCTATTCTC  648

seq1  CCTCCTCATCTTACTTTGCACAGTATAAACACACGCAGCGTTGTCTTTTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCATCTTACTTTGCACAGTATAAACACACGCAGCGTTGTCTTTTC  698

seq1  CAAACCCACAATGTATGTTCTCCTTTTTAGGTGCTACTTGGTTGTTCAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCACAATGTATGTTCTCCTTTTTAGGTGCTACTTGGTTGTTCAGC  748

seq1  TTTGTGGAACCTGTGGAAACCCTGACAACTTTTTCCTTTCCTTGTGATGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGAACCTGTGGAAACCCTGACAACTTTTTCCTTTCCTTGTGATGT  798

seq1  TTTCCCCTCGGTGTCCTTTATTCTAGCATGTCCTAGGATATTGTCTTCTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTCGGTGTCCTTTATTCTAGCATGTCCTAGGATATTGTCTTCTA  848

seq1  CTATATCCTCAACTAAACATGCATAATTTTCATATACAGATGGATGGCTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCCTCAACTAAACATGCATAATTTTCATATACAGATGGATGGCTT  898

seq1  GAGAGAAACAAGCCATTGTGTATTTCTAGCCAGACATGCTTTTAAATGAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAACAAGCCATTGTGTATTTCTAGCCAGACATGCTTTTAAATGAA  948

seq1  AACATAAAAGCATTTTAAAAAGTAGTTTTGCTGGCCATCTCTACAAATTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAAAGCATTTTAAAAAGTAGTTTTGCTGGCCATCTCTACAAATTC  998

seq1  ACCCCACAGAAACTAACTTATTTAGTGTGCATATGTGCTGTATGCTCTCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACAGAAACTAACTTATTTAGTGTGCATATGTGCTGTATGCTCTCA  1048

seq1  AGT  1046
      |||
seq2  AGT  1051


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |