BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187J17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 102,349,388 - 102,497,771
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKy, LOC664843, Cep63
Upstream geneEG382099, Ephb1, 9630041A04Rik
Downstream geneAnapc13, Amotl2, EG434510, Ryk, Slco2a1, Rab6b, Srprb, Trf, 1300017J02Rik, Topbp1, Cdv3, Bfsp2, Tmem108, 4932413F04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187J17.bB6Ng01-187J17.g
ACCGA012141GA012142
length755936
definitionB6Ng01-187J17.b B6Ng01-187J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,497,018 - 102,497,771)(102,349,388 - 102,350,315)
sequence
gaattcctggatgaaggtggcatttgaaatccctctccccagatactgca
gttatagtgaaaaggcaatagagtatgcctaagagtgacttggatcaaat
ttcgcagatttctcagttggagtgaaggagtgggatggaactttaaaaga
agtggcagtgaaggagtttcccagactgtgcctgctgaggaagaaggcca
tgaaaggaggcaggaattttttcatagagatagtctagcagaaaagctca
gcagagtgagggctgaaaataaatgaatgctttatgcaagcgcagtccca
cgtggtggtggtggcagaaagttgatgcgagctggaagcagggtgtgtct
aagatcttctgtgactgaatctttgtgccttagtcccattcattactgag
tgacatttaatcacatgcacagtgctttgcctgctaacacctttgacact
cttaagaagcatatgtggggcctgggagacggctgagggagtgagagccc
ctctctgcaagcataaggacctgagctgggattcccagagcctacataga
agccaggcgtggcttcatggtctgttgattagcctagcattgcaggggag
gggcacagcagagagagctgaattctgagaacttgttggctctggtctct
gcaaatacacatgacaggcacacttgtgctctcatgtgtatgcaacacac
acaacaccctgtatctacacacatttttaaaagtttatctatatggatag
aggat
gaattcaaagacaggtgcttcaccagaaggcccaccaagcatagaggaga
ccactcacagtatcagcattcctggacaacttacaggaagctagactgcc
cctcccctgtccccgctgttgttacctcttctctaaccttgaagaagagc
cttgtgagtcataaaacacaccctcgtgagttttacttcccaagtcttaa
acctccctccaggaaggatgttttcagttctgagcccctcccgtgccaca
ccagcaagcaactgacccagaactggcagcttaatccgactttagcatga
ctgtattgaagagatgttcgagggagacatctgggtggtgtggcatggtg
acaagagaatacatctcgccccgtggcttcaattcaggagaaaataacta
agaacctaaaaatcaaatgttagcagggtaagtaaggatggtgggaattg
ccgaagtgctgaaagtgttctcctccgggaagtgtgaattgcgactgagg
agagatgggacgggagcctgctgttttcattataagctgtagagaaccat
ttgtctttttaaactatgtccatgtgtcccttttataaaaaaataaaaat
tgaatctctggctgctgtgtggataataggttggagacgggcaagaatgg
taccagggcagcccattgagtggtccaggggacagaggaacagtagtaga
gaggaacggatgtgtttgcaaagttttggagacagattcaacatgacttc
ctgaagggttgtacacaggcagggggacaaaaaggagaaaaaaaattttt
ttgaggcagattgctggagcagcctggttaaatgtagaagaaggtaagga
cgaggaaaactacccacaagtgtctgtgaatctagggtagattcttgttt
cttgatgtcacatgaagtgtcagggaggggcacctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_102497018_102497771
seq2: B6Ng01-187J17.b_47_801 (reverse)

seq1  ATCCTCTATCCATATAGATAAACTTTT-AAAATGTGTGTAGATACAGGGT  49
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTATCCATATAGATAAACTTTTAAAAATGTGTGTAGATACAGGGT  50

seq1  GTTGTGTGTGTTGCATACACATGAGAGCACAAGTGTGCCTGTCATGTGTA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTGTGTTGCATACACATGAGAGCACAAGTGTGCCTGTCATGTGTA  100

seq1  TTTGCAGAGACCAGAGCCAACAAGTTCTCAGAATTCAGCTCTCTCTGCTG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAGACCAGAGCCAACAAGTTCTCAGAATTCAGCTCTCTCTGCTG  150

seq1  TGCCCCTCCCCTGCAATGCTAGGCTAATCAACAGACCATGAAGCCACGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTCCCCTGCAATGCTAGGCTAATCAACAGACCATGAAGCCACGCC  200

seq1  TGGCTTCTATGTAGGCTCTGGGAATCCCAGCTCAGGTCCTTATGCTTGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTATGTAGGCTCTGGGAATCCCAGCTCAGGTCCTTATGCTTGCA  250

seq1  GAGAGGGGCTCTCACTCCCTCAGCCGTCTCCCAGGCCCCACATATGCTTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGCTCTCACTCCCTCAGCCGTCTCCCAGGCCCCACATATGCTTC  300

seq1  TTAAGAGTGTCAAAGGTGTTAGCAGGCAAAGCACTGTGCATGTGATTAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGTGTCAAAGGTGTTAGCAGGCAAAGCACTGTGCATGTGATTAAA  350

seq1  TGTCACTCAGTAATGAATGGGACTAAGGCACAAAGATTCAGTCACAGAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTCAGTAATGAATGGGACTAAGGCACAAAGATTCAGTCACAGAAG  400

seq1  ATCTTAGACACACCCTGCTTCCAGCTCGCATCAACTTTCTGCCACCACCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGACACACCCTGCTTCCAGCTCGCATCAACTTTCTGCCACCACCA  450

seq1  CCACGTGGGACTGCGCTTGCATAAAGCATTCATTTATTTTCAGCCCTCAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTGGGACTGCGCTTGCATAAAGCATTCATTTATTTTCAGCCCTCAC  500

seq1  TCTGCTGAGCTTTTCTGCTAGACTATCTCTATGAAAAAATTCCTGCCTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGAGCTTTTCTGCTAGACTATCTCTATGAAAAAATTCCTGCCTCC  550

seq1  TTTCATGGCCTTCTTCCTCAGCAGGCACAGTCTGGGAAACTCCTTCACTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGCCTTCTTCCTCAGCAGGCACAGTCTGGGAAACTCCTTCACTG  600

seq1  CCACTTCTTTTAAAGTTCCATCCCACTCCTTCACTCCAACTGAGAAATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTTTTAAAGTTCCATCCCACTCCTTCACTCCAACTGAGAAATCT  650

seq1  GCGAAATTTGATCCAAGTCACTCTTAGGCATACTCTATTGCCTTTTCACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAAATTTGATCCAAGTCACTCTTAGGCATACTCTATTGCCTTTTCACT  700

seq1  ATAACTGCAGTATCTGGGGAGAGGGATTTCAAATGCCACCTTCATCCAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGCAGTATCTGGGGAGAGGGATTTCAAATGCCACCTTCATCCAGG  750

seq1  AATTC  754
      |||||
seq2  AATTC  755

seq1: chr9_102349388_102350315
seq2: B6Ng01-187J17.g_64_999

seq1  GAATTCAAAGACAGGTGCTTCACCAGAAGGCCCACCAAGCATAGAGGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGACAGGTGCTTCACCAGAAGGCCCACCAAGCATAGAGGAGA  50

seq1  CCACTCACAGTATCAGCATTCCTGGACAACTTACAGGAAGCTAGACTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACAGTATCAGCATTCCTGGACAACTTACAGGAAGCTAGACTGCC  100

seq1  CCTCCCCTGTCCCCGCTGTTGTTACCTCTTCTCTAACCTTGAAGAAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTGTCCCCGCTGTTGTTACCTCTTCTCTAACCTTGAAGAAGAGC  150

seq1  CTTGTGAGTCATAAAACACACCCTCGTGAGTTTTACTTCCCAAGTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAGTCATAAAACACACCCTCGTGAGTTTTACTTCCCAAGTCTTAA  200

seq1  ACCTCCCTCCAGGAAGGATGTTTTCAGTTCTGAGCCCCTCCCGTGCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTCCAGGAAGGATGTTTTCAGTTCTGAGCCCCTCCCGTGCCACA  250

seq1  CCAGCAAGCAACTGACCCAGAACTGGCAGCTTAATCCGACTTTAGCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAGCAACTGACCCAGAACTGGCAGCTTAATCCGACTTTAGCATGA  300

seq1  CTGTATTGAAGAGATGTTCGAGGGAGACATCTGGGTGGTGTGGCATGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTGAAGAGATGTTCGAGGGAGACATCTGGGTGGTGTGGCATGGTG  350

seq1  ACAAGAGAATACATCTCGCCCCGTGGCTTCAATTCAGGAGAAAATAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAATACATCTCGCCCCGTGGCTTCAATTCAGGAGAAAATAACTA  400

seq1  AGAACCTAAAAATCAAATGTTAGCAGGGTAAGTAAGGATGGTGGGAATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTAAAAATCAAATGTTAGCAGGGTAAGTAAGGATGGTGGGAATTG  450

seq1  CCGAAGTGCTGAAAGTGTTCTCCTCCGGGAAGTGTGAATTGCGACTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAAGTGCTGAAAGTGTTCTCCTCCGGGAAGTGTGAATTGCGACTGAGG  500

seq1  AGAGATGGGACGGGAGCCTGCTGTTTTCATTATAAGCTGTAGAGAACCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGGACGGGAGCCTGCTGTTTTCATTATAAGCTGTAGAGAACCAT  550

seq1  TTGTCTTTTTAAACTATGTCCATGTGTCCCTTTTATAAAAAAATAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTTTAAACTATGTCCATGTGTCCCTTTTATAAAAAAATAAAAAT  600

seq1  TGAATCTCTGGCTGCTGTGTGGATAATAGGTTGGAGACGGGCAAGAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTCTGGCTGCTGTGTGGATAATAGGTTGGAGACGGGCAAGAATGG  650

seq1  TACCAGGGCAGCCCATTGAGTGGTCCAGGGGACAGAGGAACAGTAGTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGGCAGCCCATTGAGTGGTCCAGGGGACAGAGGAACAGTAGTAGA  700

seq1  GAGGAACGGATGTGTTTGCAAAGTTTTGGAGACAGATTCAACATGACTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACGGATGTGTTTGCAAAGTTTTGGAGACAGATTCAACATGACTTC  750

seq1  CTGAAGGGTTGTACACAGGCAGGGGGACAAAAAGGAGAAAAAAAATTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGGTTGTACACAGGCAGGGGGACAAAAAGGAGAAAAAAAATTTTT  800

seq1  TTGAGGCAGATTGCTGGAGCAGCCTGG-TAAATGTAGAAGAAGGT-AGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGAGGCAGATTGCTGGAGCAGCCTGGTTAAATGTAGAAGAAGGTAAGGA  850

seq1  CGAGGAAAACTACCCACCAGTGCCTG-GAATCTAGGG-AGATTCTTG-TT  895
      ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||| ||
seq2  CGAGGAAAACTACCCACAAGTGTCTGTGAATCTAGGGTAGATTCTTGTTT  900

seq1  CTTGATGTCACATG-AGTG-CAGGGA-GGGCACCTG  928
      |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||
seq2  CTTGATGTCACATGAAGTGTCAGGGAGGGGCACCTG  936