BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188G21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 34,155,430 - 34,260,709
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042343
Downstream geneKirrel3, St3gal4, Dcps, Tirap, Foxred1, Srpr, C030004A17Rik, Rpusd4, EG434394, Cdon
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188G21.bB6Ng01-188G21.g
ACCGA012730GA012731
length1,1381,089
definitionB6Ng01-188G21.b B6Ng01-188G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,259,576 - 34,260,709)(34,155,430 - 34,156,709)
sequence
gaattcatctttcaattctaaccacccaatcaaaatcactatctaaatat
gtagtcacattctgagatcctgggagttaggctgtcaacctacagatttg
aatggttccagtacagcttatagcaatgtgtacattaccaagttagattt
accagaaaaaaagggagaaatgagaaacaattacttgagtagaatctggc
agcacaaggctataaacacaacagaggctagcccagggtgtacagcaaga
ctgtttgatttcaaagacaagcttatacaatgtggtggtgccatcctata
attctggcactcaacactaagacaagacgatgttgtaagttggaggccaa
cctgggctacctagtaagttccaagcatgattaggctacctagtgagcct
ttctctaaaacacaagcaggccaacaaacaaccaggcaagccaacaaaac
aaacttagccctgtcttttaacttttctaatagcaaaaataataatttta
taatttcacatgtctgccatgtgtcctgactcatctcacctcccaccttt
ctcccacccctgtccaccttcttcataaatctctctctcagcttcatatc
tattcattttgttctgtgacctatcaagattaatcaggaccatgtgtttg
gcccattggagcccagcaggctcatcaaagagtacacaactaaacggcag
caatttccctttttccggcatttacttttttttttttaatcgaaggtgaa
gtcacataaagcagagcgatttgttattatctcaaaggtcatcagtgaat
atgtttgagactagacctgagggcgttgctgaagctcaccactccagagc
tccacccccccacccccccccccccccaagcagccacttgcaggaccagc
aggctgcacttctcagacttaaaaagtgcacaccagtcaccagggatctt
gttagacacagattagatccattaagcctgaggtaggctagtgttctaca
tttccagcaagcccccagatgttgatgctgcttgttgctatgaacaagat
ctttaacatgtgaagctcttattcacccttgagcatgattgtaaagccaa
catttccaccttaggccaaggtttaaccttcctgaaac

gaattctgagataacaaggattctgtacaatcacagcttggtgataactt
atattttttttatggaaagccataatgtaaatatatacaggaaaggattt
gtcccagggtaaggaagaaattccaaaacatctgcaatctgatatttccc
ctcacttctgccatttcagcgtacaagaaagaaataacaagagactggca
ggtgagacctaagcaaacttcctcccggagtctgcaattcatgggatgac
cttggttctcctaagactgagaagccaaagcaagcagtatgcaaatctgt
ctggctctgggtgtggcacagattctaagaattatttaataattatcata
ttatacatatttataaaataacattaatatattaataatagcaatgtagt
agtggtagaagtagtagtaatagtagtagtagcagcagctgctgctgcta
cagtaatagtaataacagttttgaggcaaggtctagcaatgtaaccttgg
ctagtctgaaacaatgtagaccagactggcctcaaactcagacaaaccca
cctgtctctgccttccaattgctgggattaaaagcatgtgccaccatgcc
ctgctgaattaaattattttaagtgctaaataggagttcaaaaaaagtta
gcatgcagcctaatacatgacaatgtgctaaataagtagtataatcactt
taggaacttaaaggaaggagacacatttacagccaaacatgaacacggag
ttcaaactgcaccctaaaaggtatcagaaattcccaggctcatgcagctg
ttgtccctcctcttgtgtgttcttgggcagggcttgattttgaaattaag
catctcccttgcattgtttaatcttgacaaatggaattcaccacccacca
gttagaaaccagctgcagattcttgaccatacaggagtatgtcagcaaaa
gttcagactgtggaagctggagtgacagagccagagacagcgtcctggca
gaagaacagcaaacaagcctgctgtaaattcttattctttgtatgatagt
gacctaatatagtttggccactcattggagaactggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_34259576_34260709
seq2: B6Ng01-188G21.b_49_1186 (reverse)

seq1  GTTTCAGGAA-GTTAAA-CTTGGGCTAAAGTTGGGAATTGTTGCCTTT-C  47
      |||||||||| |||||| ||||| |||| ||  |||| ||||| |||| |
seq2  GTTTCAGGAAGGTTAAACCTTGGCCTAAGGT--GGAAATGTTGGCTTTAC  48

seq1  CATCATGCTCCA-GGTGA--TAGAGCTCCACATGTTAAAGATCTTTGTCA  94
       ||||||||| | |||||   |||||| |||||||||||||||||  |||
seq2  AATCATGCTCAAGGGTGAATAAGAGCTTCACATGTTAAAGATCTTGTTCA  98

seq1  TAGCAAC-AGCAGCATCAACATCTGGGGGCTTGCTGGAAATGTAGAACCA  143
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGCAACAAGCAGCATCAACATCTGGGGGCTTGCTGGAAATGTAGAA-CA  147

seq1  CTAGCCTACCTCAGGCTTAATGGATCCTAATCTGTGTCTAACAAGATCCC  193
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTACCTCAGGCTTAATGGAT-CTAATCTGTGTCTAACAAGATCCC  196

seq1  TGGTGACTGGTGTGCACTTTTTAAGTCTGAGAAGTGCAGCCTGCTGGTCC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACTGGTGTGCACTTTTTAAGTCTGAGAAGTGCAGCCTGCTGGTCC  246

seq1  TGCAAGTGGCTGCTT-GGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGTGGAGCTCTGGA  292
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGGCTGCTTGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGTGGAGCTCTGGA  296

seq1  GTGGTGAGCTTCAGCAACGCCCTCAGGTCTAGTCTCAAACATATTCACTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAGCTTCAGCAACGCCCTCAGGTCTAGTCTCAAACATATTCACTG  346

seq1  ATGACCTTTGAGATAATAACAAATCGCTCTGCTTTATGTGACTTCACCTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTTGAGATAATAACAAATCGCTCTGCTTTATGTGACTTCACCTT  396

seq1  CGATTAAAAAAAAAAAAGTAAATGCCGGAAAAAGGGAAATTGCTGCCGTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTAAAAAAAAAAAAGTAAATGCCGGAAAAAGGGAAATTGCTGCCGTT  446

seq1  TAGTTGTGTACTCTTTGATGAGCCTGCTGGGCTCCAATGGGCCAAACACA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTGTACTCTTTGATGAGCCTGCTGGGCTCCAATGGGCCAAACACA  496

seq1  TGGTCCTGATTAATCTTGATAGGTCACAGAACAAAATGAATAGATATGAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCTGATTAATCTTGATAGGTCACAGAACAAAATGAATAGATATGAA  546

seq1  GCTGAGAGAGAGATTTATGAAGAAGGTGGACAGGGGTGGGAGAAAGGTGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAGAGAGATTTATGAAGAAGGTGGACAGGGGTGGGAGAAAGGTGG  596

seq1  GAGGTGAGATGAGTCAGGACACATGGCAGACATGTGAAATTATAAAATTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGATGAGTCAGGACACATGGCAGACATGTGAAATTATAAAATTA  646

seq1  TTATTTTTGCTATTAGAAAAGTTAAAAGACAGGGCTAAGTTTGTTTTGTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGCTATTAGAAAAGTTAAAAGACAGGGCTAAGTTTGTTTTGTT  696

seq1  GGCTTGCCTGGTTGTTTGTTGGCCTGCTTGTGTTTTAGAGAAAGGCTCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCTGGTTGTTTGTTGGCCTGCTTGTGTTTTAGAGAAAGGCTCAC  746

seq1  TAGGTAGCCTAATCATGCTTGGAACTTACTAGGTAGCCCAGGTTGGCCTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGCCTAATCATGCTTGGAACTTACTAGGTAGCCCAGGTTGGCCTC  796

seq1  CAACTTACAACATCGTCTTGTCTTAGTGTTGAGTGCCAGAATTATAGGAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTACAACATCGTCTTGTCTTAGTGTTGAGTGCCAGAATTATAGGAT  846

seq1  GGCACCACCACATTGTATAAGCTTGTCTTTGAAATCAAACAGTCTTGCTG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCACCACATTGTATAAGCTTGTCTTTGAAATCAAACAGTCTTGCTG  896

seq1  TACACCCTGGGCTAGCCTCTGTTGTGTTTATAGCCTTGTGCTGCCAGATT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCTGGGCTAGCCTCTGTTGTGTTTATAGCCTTGTGCTGCCAGATT  946

seq1  CTACTCAAGTAATTGTTTCTCATTTCTCCCTTTTTTTCTGGTAAATCTAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAAGTAATTGTTTCTCATTTCTCCCTTTTTTTCTGGTAAATCTAA  996

seq1  CTTGGTAATGTACACATTGCTATAAGCTGTACTGGAACCATTCAAATCTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAATGTACACATTGCTATAAGCTGTACTGGAACCATTCAAATCTG  1046

seq1  TAGGTTGACAGCCTAACTCCCAGGATCTCAGAATGTGACTACATATTTAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGACAGCCTAACTCCCAGGATCTCAGAATGTGACTACATATTTAG  1096

seq1  ATAGTGATTTTGATTGGGTGGTTAGAATTGAAAGATGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGATTTTGATTGGGTGGTTAGAATTGAAAGATGAATTC  1138


seq1: chr9_34155430_34156709
seq2: B6Ng01-188G21.g_69_1143

seq1  GAATTCTGAGATAACAAGGATTCTGTACAATCACAGCTTGGTGATAACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGATAACAAGGATTCTGTACAATCACAGCTTGGTGATAACTT  50

seq1  ATATTTTTTTTATGGAAAGCCATAATGTAAATATATACAGGAAAGGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTTTATGGAAAGCCATAATGTAAATATATACAGGAAAGGATTT  100

seq1  GTCCCAGGGTAAGGAAGAAATTCCAAAACATCTGCAATCTGATATTTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGGGTAAGGAAGAAATTCCAAAACATCTGCAATCTGATATTTCCC  150

seq1  CTCACTTCTGCCATTTCAGCGTACAAGAAAGAAATAACAAGAGACTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCTGCCATTTCAGCGTACAAGAAAGAAATAACAAGAGACTGGCA  200

seq1  GGTGAGACCTAAGCAAACTTCCTCCCGGAGTCTGCAATTCATGGGATGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGACCTAAGCAAACTTCCTCCCGGAGTCTGCAATTCATGGGATGAC  250

seq1  CTTGGTTCTCCTAAGACTGAGAAGCCAAAGCAAGCAGTATGCAAATCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCTCCTAAGACTGAGAAGCCAAAGCAAGCAGTATGCAAATCTGT  300

seq1  CTGGCTCTGGGTGTGGCACAGATTCTAAGAATTATTTAATAATTATCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTGGGTGTGGCACAGATTCTAAGAATTATTTAATAATTATCATA  350

seq1  TTATACATATTTATAAAATAACATTAATATATTAATAATAGCAATGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACATATTTATAAAATAACATTAATATATTAATAATAGCAATGTAGT  400

seq1  AGTGGTAGAAGTAGTAGTAATAGTAGTAGTAGCAGCAGCTGCTGCTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGAAGTAGTAGTAATAGTAGTAGTAGCAGCAGCTGCTGCTGCTA  450

seq1  CAGTAATAGTAATAACAGTTTTGAGGCAAGGTCTAGCAATGTAACCTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATAGTAATAACAGTTTTGAGGCAAGGTCTAGCAATGTAACCTTGG  500

seq1  CTAGTCTGAAACAATGTAGACCAGACTGGCCTCAAACTCAGACAAACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTGAAACAATGTAGACCAGACTGGCCTCAAACTCAGACAAACCCA  550

seq1  CCTGTCTCTGCCTTCCAATTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCCACCATGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCTGCCTTCCAATTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCCACCATGCC  600

seq1  CTGCTGAATTAAATTATTTTAAGTGCTAAATAGGAGTTCAAAAAAAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAATTAAATTATTTTAAGTGCTAAATAGGAGTTCAAAAAAAGTTA  650

seq1  GCATGCAGCCTAATACATGACAATGTGCTAAATAAGTAGTATAATCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAGCCTAATACATGACAATGTGCTAAATAAGTAGTATAATCACTT  700

seq1  TAGGAACTTAAAGGAAGGAGACACATTTACAGCCAAACATGAACACGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACTTAAAGGAAGGAGACACATTTACAGCCAAACATGAACACGGAG  750

seq1  TTCAAACTGCACCCTAAAAGGTATCAGAAATTCCCAGGCTCATGCAGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTGCACCCTAAAAGGTATCAGAAATTCCCAGGCTCATGCAGCTG  800

seq1  TTGTCCCTCCTCTTGTGTGTTCTTGGGCAGGGCTTGATTTTGAAATTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCTCCTCTTGTGTGTTCTTGGGCAGGGCTTGATTTTGAAATTAAG  850

seq1  CATCTCCCTTGCATTGTTTAATCTTGACAAATGGAATTCACCACCCACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCTTGCATTGTTTAATCTTGACAAATGGAATTCACCACCCACCA  900

seq1  GTTAG-AACCAGCTGCAGATTCTTGACCATACAGGAGTATGTCAGCAAAA  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAAACCAGCTGCAGATTCTTGACCATACAGGAGTATGTCAGCAAAA  950

seq1  GTTCAAGACTGTGGAAGCT-GAGTGACAAGGAGCCAAGAGACAAGCGTCC  998
      |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||| |||||||
seq2  GTTC-AGACTGTGGAAGCTGGAGTGACA--GAGCC-AGAGAC-AGCGTCC  995

seq1  TGGCAGAAG-ACAGCAAACAGCCCTGCTGTAAATTCCTATTCTTTTGTAT  1047
      ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  TGGCAGAAGAACAGCAAACAAGCCTGCTGTAAATTCTTATTC-TTTGTAT  1044

seq1  GATAGTGACCTATATTAGTTTTGGCCACTTCCATTTGGAGACTGGATTTT  1097
      ||||||||||||   ||| ||||||||||  |||                
seq2  GATAGTGACCTAATATAG-TTTGGCCACT--CAT----------------  1075

seq1  TTTTTAAGTGTCCTGTAGAGCAAATCCAAGAGTAGCAAAAATGCCCTAAA  1147
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1075

seq1  GACATTTTTCCTCAACTAAATTACATGCATTTATTTTTCACCGTGGGGGG  1197
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1075

seq1  CAGAATCGAAAAGCTAACAGGCTCCAGAGGGACAGTGCATGTTAATTCCA  1247
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1075

seq1  CTCATGGTAAAGGTCCTTTAAAATGCCACTCAT  1280
                                       
seq2  ---------------------------------  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |