BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188I22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 16,963,742 - 17,155,653
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFat3, EG434373, LOC100040074
Downstream geneLOC100040090, LOC244710, LOC100040508, EG665548, LOC665554, LOC665567, Chordc1, Naalad2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188I22.bB6Ng01-188I22.g
ACCGA012828GA012829
length1,1901,178
definitionB6Ng01-188I22.b B6Ng01-188I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,154,461 - 17,155,653)(16,963,742 - 16,964,931)
sequence
gaattccaatagggagagagagtctcactcatgaaatcagtgacaggagg
taatttaccccaattctgagggtgaatgttacatgaaactgagcagagtc
aatcagccatgtagcactcatagaatagagtatatgggttaattcagtta
ggtctcagaacagaaaagcccatcattccactcatgtctataggacatgc
ctgttttgggaaatattaaataaagaacagcaagtttccatgcttcaccc
agcaacctctgccccaggagcctggctggccatgcactggtgggcaatgg
ctgacctgtttttagctcatggagactgactcagaaccccaaaatctctc
ctccctggtcattagtttccctctggtaggtcattaccatgccagcccca
tgcttcaaatcccccaaggcctttgaggtgcacatcaggcaagcccacac
tttactgctgtggcatacctttctttcttgaacccaaaaaagcagccata
tgaatgaaaacacaacactaacatagttcagaaatgatggtaaccccatc
attgggcatagcaactaaaatccttatcttgtaagccttattaaatctaa
attctctggtaatgaatcctgatggatcgccattgaaaccaggagacact
cttagctacatcttgtcctcacattctccccatccaaaagggcctaactc
tctcctgctttttctcttcttctatccaacccgtaagtccatcctacttg
cccagtgattggctcctttattcattaggggattggttcacaagaattca
cctgagtacatgtgactcacttcatgtccacagtccctctcaggaaagag
gaattagcattaaaatacaagcagtatcagcccatctacaacacatgcct
ggttagacatttactttttgcttgccgacattttgctttgtactataaaa
tatgggttgggaggtgattggtctatcagtggggacaggaagaaacaaac
tatggggggcttgagggctttataatgctgatgtatgatttatttaaatt
atctgtgatatcactgctcaaggaagctgattgtgccttgtataaataaa
gatgtctagtgtctcggggccactgcctggataatatggcctgatcagtg
cattcacctgggccaatgtcccttttccccacatctcagg

gaattcatttctttggaatctgaactttgagttagaacttcaagatattt
gctagttcttagaaaactctttgtatacatatatttcctataaaaataat
tgtcatgtgctgttgctgaattaaaaacaccaacagagcattccaataat
aaaaccaattaaggtaaacaaaaaagatgcaaatgcatataataaaaaaa
tctatcatttaatttcaaatactggcaaattttacttacatacaagatgt
cattctaaatataaaaaatgtaaacctatttttgggaaaaatgaaaagaa
atattttttctattcatcttgctaactaacaagcaaacaaaaaccaaaaa
catgtggatggggacgttatacatgcagcaaatgtgagcatgctaaagga
taataaagaaaaagatgcctcaaagggatcttcagaccaggcaataactt
gtgactgtgttcttgggtttcatttggcttctggttgtgaagctggaaac
acaaatacgtataaagaacatccataaacacatgtaaatggccatttctt
ttttataaaatgattgagaaaagtaacctatcaaagcaagaaaacaaaag
caactttgataatattcccaaacattataagcagaaaagactggcttaac
tcctgctctgttagcaaaggcaatagagttacacagacttacatactcct
agagatgcctctagtgattcacctaggggaacaaatgttgctatgaaaaa
tcaagtacaaagacaaaacattaaaccaagaaaaatgcagtatgctttta
agtctacaacttagagtactcaaaagtaatattgaaaggtttaggtaact
ggcctagaatctttaatattacttttaatatattacgtactcatataata
tattaatggtgagaacatgtcaaaaagaagcaaagaatagaatcatggtc
atctgtgcaaaaaaatattgataccagaacctaataacatacatgccatg
tacgtgcacactcctatatactaaataaaaaatatctgaaacaataaaaa
caacaatatcacatctcagtatgatgcaataacactataaacattaatta
accaatgttctagaaatacagctatggctagctctggaccattaaccata
attcttagcacttcaaggaggcaaaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_17154461_17155653
seq2: B6Ng01-188I22.b_46_1235 (reverse)

seq1  CCTGAGAT---GGGAAA--GGGCATTGGCCCAGGTGAAGGCACTGATCA-  44
      ||||||||   ||||||  || |||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CCTGAGATGTGGGGAAAAGGGACATTGGCCCAGGTGAATGCACTGATCAG  50

seq1  GCCATATATATTCAAGCAAGTGGCCCCGAGGAACACTAGACATCTTTATT  94
      ||||||| ||| || || ||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GCCATAT-TATCCAGGC-AGTGGCCCCGAG--ACACTAGACATCTTTATT  96

seq1  TATAC-AGCCACAATCCAGCTTCCCTGAGCAGTGATATCACAGATTATTT  143
      ||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATACAAGGCACAAT-CAGCTTCCTTGAGCAGTGATATCACAGATAATTT  145

seq1  AAATAAATCATAACATCAGCATTATAAAAGCCCTCAAAGCCCCCAATAGT  193
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| 
seq2  AAATAAATCAT-ACATCAGCATTAT-AAAGCCCTC-AAGCCCCCCATAG-  191

seq1  TTTGTTTCTTCCTGTCCCCACCTGATAGACCAATCACCTCCCAA-CCATA  242
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTGTTTCTTCCTGTCCCCA-CTGATAGACCAATCACCTCCCAACCCATA  240

seq1  TTTTATAGTACAAAGCAAAATGTCGGCAAGCAAAAAGTAAATGTCTAACC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGTACAAAGCAAAATGTCGGCAAGCAAAAAGTAAATGTCTAACC  290

seq1  AGGCATGTGTTGTAGATGGGCCTGATACTGCTTGTATTTTAATGCTAATT  342
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGTGTTGTAGATGGG-CTGATACTGCTTGTATTTTAATGCTAATT  339

seq1  CCTCTTTCCTGAGAGGGACTGTGGACATGAAGTGAGTCACATGTACTCAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTCCTGAGAGGGACTGTGGACATGAAGTGAGTCACATGTACTCAG  389

seq1  GTGAATTCTTGTGAACCAATCCCCTAATGAATAAAGGAGCCAATCACTGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTCTTGTGAACCAATCCCCTAATGAATAAAGGAGCCAATCACTGG  439

seq1  GCAAGTAGGATGGACTTACGGGTTGGATAGAAGAAGAGAAAAAGCAGGAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTAGGATGGACTTACGGGTTGGATAGAAGAAGAGAAAAAGCAGGAG  489

seq1  AGAGTTAGGCCCTTTTGGATGGGGAGAATGTGAGGACAAGATGTAGCTAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTAGGCCCTTTTGGATGGGGAGAATGTGAGGACAAGATGTAGCTAA  539

seq1  GAGTGTCTCCTGGTTTCAATGGCGATCCATCAGGATTCATTACCAGAGAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTCCTGGTTTCAATGGCGATCCATCAGGATTCATTACCAGAGAA  589

seq1  TTTAGATTTAATAAGGCTTACAAGATAAGGATTTTAGTTGCTATGCCCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATTTAATAAGGCTTACAAGATAAGGATTTTAGTTGCTATGCCCAA  639

seq1  TGATGGGGTTACCATCATTTCTGAACTATGTTAGTGTTGTGTTTTCATTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGGTTACCATCATTTCTGAACTATGTTAGTGTTGTGTTTTCATTC  689

seq1  ATATGGCTGCTTTTTTGGGTTCAAGAAAGAAAGGTATGCCACAGCAGTAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCTGCTTTTTTGGGTTCAAGAAAGAAAGGTATGCCACAGCAGTAA  739

seq1  AGTGTGGGCTTGCCTGATGTGCACCTCAAAGGCCTTGGGGGATTTGAAGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGCTTGCCTGATGTGCACCTCAAAGGCCTTGGGGGATTTGAAGC  789

seq1  ATGGGGCTGGCATGGTAATGACCTACCAGAGGGAAACTAATGACCAGGGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTGGCATGGTAATGACCTACCAGAGGGAAACTAATGACCAGGGA  839

seq1  GGAGAGATTTTGGGGTTCTGAGTCAGTCTCCATGAGCTAAAAACAGGTCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATTTTGGGGTTCTGAGTCAGTCTCCATGAGCTAAAAACAGGTCA  889

seq1  GCCATTGCCCACCAGTGCATGGCCAGCCAGGCTCCTGGGGCAGAGGTTGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGCCCACCAGTGCATGGCCAGCCAGGCTCCTGGGGCAGAGGTTGC  939

seq1  TGGGTGAAGCATGGAAACTTGCTGTTCTTTATTTAATATTTCCCAAAACA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAAGCATGGAAACTTGCTGTTCTTTATTTAATATTTCCCAAAACA  989

seq1  GGCATGTCCTATAGACATGAGTGGAATGATGGGCTTTTCTGTTCTGAGAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTCCTATAGACATGAGTGGAATGATGGGCTTTTCTGTTCTGAGAC  1039

seq1  CTAACTGAATTAACCCATATACTCTATTCTATGAGTGCTACATGGCTGAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGAATTAACCCATATACTCTATTCTATGAGTGCTACATGGCTGAT  1089

seq1  TGACTCTGCTCAGTTTCATGTAACATTCACCCTCAGAATTGGGGTAAATT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGCTCAGTTTCATGTAACATTCACCCTCAGAATTGGGGTAAATT  1139

seq1  ACCTCCTGTCACTGATTTCATGAGTGAGACTCTCTCTCCCTATTGGAATT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTGTCACTGATTTCATGAGTGAGACTCTCTCTCCCTATTGGAATT  1189

seq1  C  1193
      |
seq2  C  1190


seq1: chr9_16963742_16964931
seq2: B6Ng01-188I22.g_67_1244

seq1  GAATTCATTTCTTTGGAATCTGAACTTTGAGTTAGAACTTCAAGATATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCTTTGGAATCTGAACTTTGAGTTAGAACTTCAAGATATTT  50

seq1  GCTAGTTCTTAGAAAACTCTTTGTATACATATATTTCCTATAAAAATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTTCTTAGAAAACTCTTTGTATACATATATTTCCTATAAAAATAAT  100

seq1  TGTCATGTGCTGTTGCTGAATTAAAAACACCAACAGAGCATTCCAATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTGCTGTTGCTGAATTAAAAACACCAACAGAGCATTCCAATAAT  150

seq1  AAAACCAATTAAGGTAAACAAAAAAGATGCAAATGCATATAATAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAATTAAGGTAAACAAAAAAGATGCAAATGCATATAATAAAAAAA  200

seq1  TCTATCATTTAATTTCAAATACTGGCAAATTTTACTTACATACAAGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATTTAATTTCAAATACTGGCAAATTTTACTTACATACAAGATGT  250

seq1  CATTCTAAATATAAAAAATGTAAACCTATTTTTGGGAAAAATGAAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAAATATAAAAAATGTAAACCTATTTTTGGGAAAAATGAAAAGAA  300

seq1  ATATTTTTTCTATTCATCTTGCTAACTAACAAGCAAACAAAAACCAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTCTATTCATCTTGCTAACTAACAAGCAAACAAAAACCAAAAA  350

seq1  CATGTGGATGGGGACGTTATACATGCAGCAAATGTGAGCATGCTAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGATGGGGACGTTATACATGCAGCAAATGTGAGCATGCTAAAGGA  400

seq1  TAATAAAGAAAAAGATGCCTCAAAGGGATCTTCAGACCAGGCAATAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGAAAAAGATGCCTCAAAGGGATCTTCAGACCAGGCAATAACTT  450

seq1  GTGACTGTGTTCTTGGGTTTCATTTGGCTTCTGGTTGTGAAGCTGGAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGTGTTCTTGGGTTTCATTTGGCTTCTGGTTGTGAAGCTGGAAAC  500

seq1  ACAAATACGTATAAAGAACATCCATAAACACATGTAAATGGCCATTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACGTATAAAGAACATCCATAAACACATGTAAATGGCCATTTCTT  550

seq1  TTTTATAAAATGATTGAGAAAAGTAACCTATCAAAGCAAGAAAACAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAAATGATTGAGAAAAGTAACCTATCAAAGCAAGAAAACAAAAG  600

seq1  CAACTTTGATAATATTCCCAAACATTATAAGCAGAAAAGACTGGCTTAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTGATAATATTCCCAAACATTATAAGCAGAAAAGACTGGCTTAAC  650

seq1  TCCTGCTCTGTTAGCAAAGGCAATAGAGTTACACAGACTTACATACTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCTGTTAGCAAAGGCAATAGAGTTACACAGACTTACATACTCCT  700

seq1  AGAGATGCCTCTAGTGATTCACCTAGGGGAACAAATGTTGCTATGAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGCCTCTAGTGATTCACCTAGGGGAACAAATGTTGCTATGAAAAA  750

seq1  TCAAGTACAAAGACAAAACATTAAACCAAGAAAAATGCAGTATGCTTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTACAAAGACAAAACATTAAACCAAGAAAAATGCAGTATGCTTTTA  800

seq1  AGTCTACAACTTAGAGTACTCAAAAGTAATATTG-AAGGTTTAGGTAACT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTCTACAACTTAGAGTACTCAAAAGTAATATTGAAAGGTTTAGGTAACT  850

seq1  GGCCTAGAATCTTTAATATTACTTTTAATATATTACGTACTCATATAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGAATCTTTAATATTACTTTTAATATATTACGTACTCATATAATA  900

seq1  TATTAATGGTGAGAACATGTCAAAAAGAAGCAAAGAATAGAATCATGGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGGTGAGAACATGTCAAAAAGAAGCAAAGAATAGAATCATGGTC  950

seq1  ATCTGTGCAAAAAAATATTGATACCAGGAACCTAATAACATACATGCCAT  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGCAAAAAAATATTGATACCA-GAACCTAATAACATACATGCCAT  999

seq1  GGTACGTGCACACTCCTATATACTAAAT-AAAAATATCTGAAACAAATTA  1048
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||
seq2  -GTACGTGCACACTCCTATATACTAAATAAAAAATATCTGAAACAA--TA  1046

seq1  AAAACAACAATATCAACATCTCCAAGTAAATGATGCAAATTAAACACTAA  1098
      |||||||||||||| |||||||  |||  |||||||||    |||||| |
seq2  AAAACAACAATATC-ACATCTC--AGT--ATGATGCAA---TAACACT-A  1087

seq1  TAAACATTTAAATAAACAAAATGTCTAG-GATACAGCTTTATTGGTAGGG  1147
      ||||||||  ||| ||| ||   |||||  |||||||  ||| | || | 
seq2  TAAACATT--AATTAACCAATGTTCTAGAAATACAGC--TATGGCTA-GC  1132

seq1  TCTTGACACATAACCATAA-TCCTAGCACT--CAGGAGGCAAACCC  1190
      ||| |||   ||||||||| || |||||||   |||||||||||||
seq2  TCTGGACCATTAACCATAATTCTTAGCACTTCAAGGAGGCAAACCC  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |