BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-191G17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 98,936,258 - 99,165,643
singlet/doubletdoublet
Overlap genePik3cb, LOC100040442, LOC100040757, EG623459, Cep70
Upstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123
Downstream geneD9Ertd280e, Mras, LOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-191G17.bB6Ng01-191G17.g
ACCGA014915GA014916
length1,103983
definitionB6Ng01-191G17.b B6Ng01-191G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,164,559 - 99,165,643)(98,936,258 - 98,937,222)
sequence
gaattccaggagctttccacatggcctatgacctctaaatatggtagtat
ggatactaaaaaaggtgtactctgaacttcatgcagttgaaatgagctca
accggtggcacacaatatactcaccagaggggcactacgggttctacata
acgccatgcactttattatataggtgtatttatatattaagctccattgg
ataaattgtgaaatctattcatgtttccaatagctaagacaactctgttg
tcttagggttactattgtgatacaacatgatgaccaagaacaccttgggg
gaggaaagggtttatttgacttatatttccacatcatagtcaatcacaga
ggggagtcaggacaggaaatccaacaggcaggaatctggagttaggagct
atgcagaggccatgaaggacagttgcttactagtttgcttctatggctgg
ttcagcctggtttcttacccaggacctccagcctataggtggcctcaccc
atcatgggctggggcctccaacatcaatcaccaattaagaaactgccccc
acatagaggtgcactataagatctacaaaggacaccataaactccaaaca
aagcattatgggctatatgaaggcactgtgtgctgtgtaccgggcaatat
atgctcaatacagagcaagagttgtattctgggtgttatgacattattat
gtatacactgtagtaggatttcttttgcagataactgacttctataatat
tcattatgggatatacatagagtattataaggccatttacagagaaatat
gagctcattgcaggccaattttgagatctattttcaggcactattaccta
tatacagggacacagcagctctaaacatggtactatgtttgctaataaag
tagacttagatttacaagtgcagggaagaattcctggtgcagaatataat
gagctatgcaatagttgcaagtgtgagatggtgaaaaggctcaatggttt
taggagcaccttcctaatcttctacagaagttgaattcagttttcaagca
cccaataagctcctgtaacctccagtccaggagaacttaacacctctctt
ctg
gaattcacctgttcagttgttgggagtttgtgctccttgccctctattgg
cccctgccttccctccggaaactcgtggcaaggcacagacaacttgcacc
actgtatcaactgtgtaggcatcgccgccaatcatcttcagtcccacctt
ctacagttttctgcagagcctggtctggagttctaggggacaggagaatt
cggcggctgcattagcaatcttcttacataggcgggtgaggtatattgca
tgagatgacttttctctagtaatggtcccaaacctgcagctggggcctgg
gaatttctgttgtgttaaagacgactgtgccagtggaagtttgtcaactg
aactagtgagatttaaaagtgtgagctatgcagggctggctggaggcata
aggtgggctgtaggatgggaggtgtgagtagactggaagatcttccaggt
tagggtggaccctcggggtcaattaagtcatcctgctgttcattctgggt
tgctccccctggacaatgtccatgtagctgcagagagactcagggttgca
cctccgaagcagcagctgtggtgtggcgatagacctggccaccatctggg
tgagttatttagaaatggctctacagtgtggggagacacacacacacaca
cacacacacacaaacacgttccaggacagccagggctacacagaaaaaac
cctgtctcaagaaaaataaacaaccaaaaaccctttttttgttgggccag
aaaggacaagggacattaatcaattagattaactcagctgtaatactggc
tacacaacaaatttacatggagaacatgttttattcaaagaccaagggca
gagcccacactcaaaatttaacttgggtagaatttctggttgacttaaga
taagccccacaaacagatggggagattatgattggactgggggaattgaa
cttgctattggtgccaggcgacacagtccagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99164559_99165643
seq2: B6Ng01-191G17.b_49_1151 (reverse)

seq1  CAGAAGAG-GGTGTT-AGGTCTCCTGGAACTGGA-GTTACAGGAGCTTA-  46
      |||||||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||| 
seq2  CAGAAGAGAGGTGTTAAGTTCTCCTGG-ACTGGAGGTTACAGGAGCTTAT  49

seq1  TGGGTGC-TGGAAACTGAATTCAACTCCTGTAGAAGATTAGGAA-GTGCT  94
      ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGTGCTTGAAAACTGAATTCAACTTCTGTAGAAGATTAGGAAGGTGCT  99

seq1  CCT-AAACCATTGAGCC-TTTCACCATCTCACAC-TGC-ACTATTGCATA  140
      ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  CCTAAAACCATTGAGCCTTTTCACCATCTCACACTTGCAACTATTGCATA  149

seq1  GCTCATTATA-TCTGCA-CAGGAATTCTT-CCTGCACTTGTAAATCTAAG  187
      |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTATATTCTGCACCAGGAATTCTTCCCTGCACTTGTAAATCTAAG  199

seq1  TCTACTTTA-TAGCAAACATAGTACCATGTTTAGAGCTGCTGTGT-CCTG  235
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTACTTTATTAGCAAACATAGTACCATGTTTAGAGCTGCTGTGTCCCTG  249

seq1  TATATAGGTAATAGTGCCTG-AAATAGATCTC-AAATTGGCCTGCAATGA  283
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATATAGGTAATAGTGCCTGAAAATAGATCTCAAAATTGGCCTGCAATGA  299

seq1  GCTCATATTTCTCTGTAAAT-GCCTTATAATACTCTATGTATATCCCATA  332
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATATTTCTCTGTAAATGGCCTTATAATACTCTATGTATATCCCATA  349

seq1  ATGAATATTATAGAAGTCAGTTATCTGC-AAAGAAATCCTACTACAGTGT  381
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATTATAGAAGTCAGTTATCTGCAAAAGAAATCCTACTACAGTGT  399

seq1  ATACATAATAATGTCATAACACCCAGAATACAACTCTTGCTCTGTATTGA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAATAATGTCATAACACCCAGAATACAACTCTTGCTCTGTATTGA  449

seq1  GCATATATTGCCCGGTACACAGCACACAGTGCCTTCATATAGCCCATAAT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATTGCCCGGTACACAGCACACAGTGCCTTCATATAGCCCATAAT  499

seq1  GCTTTGTTTGGAGTTTATGGTGTCCTTTGTAGATCTTATAGTGCACCTCT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTTGGAGTTTATGGTGTCCTTTGTAGATCTTATAGTGCACCTCT  549

seq1  ATGTGGGGGCAGTTTCTTAATTGGTGATTGATGTTGGAGGCCCCAGCCCA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGGCAGTTTCTTAATTGGTGATTGATGTTGGAGGCCCCAGCCCA  599

seq1  TGATGGGTGAGGCCACCTATAGGCTGGAGGTCCTGGGTAAGAAACCAGGC  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGTGAGGCCACCTATAGGCTGGAGGTCCTGGGTAAGAAACCAGGC  649

seq1  TGAACCAGCCATAGAAGCAAACTAGTAAGCAACTGTCCTTCATGGCCTCT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGCCATAGAAGCAAACTAGTAAGCAACTGTCCTTCATGGCCTCT  699

seq1  GCATAGCTCCTAACTCCAGATTCCTGCCTGTTGGATTTCCTGTCCTGACT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCTCCTAACTCCAGATTCCTGCCTGTTGGATTTCCTGTCCTGACT  749

seq1  CCCCTCTGTGATTGACTATGATGTGGAAATATAAGTCAAATAAACCCTTT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTGTGATTGACTATGATGTGGAAATATAAGTCAAATAAACCCTTT  799

seq1  CCTCCCCCAAGGTGTTCTTGGTCATCATGTTGTATCACAATAGTAACCCT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCAAGGTGTTCTTGGTCATCATGTTGTATCACAATAGTAACCCT  849

seq1  AAGACAACAGAGTTGTCTTAGCTATTGGAAACATGAATAGATTTCACAAT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACAGAGTTGTCTTAGCTATTGGAAACATGAATAGATTTCACAAT  899

seq1  TTATCCAATGGAGCTTAATATATAAATACACCTATATAATAAAGTGCATG  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAATGGAGCTTAATATATAAATACACCTATATAATAAAGTGCATG  949

seq1  GCGTTATGTAGAACCCGTAGTGCCCCTCTGGTGAGTATATTGTGTGCCAC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTATGTAGAACCCGTAGTGCCCCTCTGGTGAGTATATTGTGTGCCAC  999

seq1  CGGTTGAGCTCATTTCAACTGCATGAAGTTCAGAGTACACCTTTTTTAGT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTGAGCTCATTTCAACTGCATGAAGTTCAGAGTACACCTTTTTTAGT  1049

seq1  ATCCATACTACCATATTTAGAGGTCATAGGCCATGTGGAAAGCTCCTGGA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATACTACCATATTTAGAGGTCATAGGCCATGTGGAAAGCTCCTGGA  1099

seq1  ATTC  1085
      ||||
seq2  ATTC  1103

seq1: chr9_98936258_98937222
seq2: B6Ng01-191G17.g_70_1052

seq1  GAATTCACCTGTTCAGTTGTTGGGAGTTTGTGCTCCTTGCCCTCTATTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGTTCAGTTGTTGGGAGTTTGTGCTCCTTGCCCTCTATTGG  50

seq1  CCCCTGCCTTCCCTCCGGAAACTCGTGGCAAGGCACAGACAACTTGCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCTTCCCTCCGGAAACTCGTGGCAAGGCACAGACAACTTGCACC  100

seq1  ACTGTATCAACTGTGTAGGCATCGCCGCCAATCATCTTCAGTCCCACCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCAACTGTGTAGGCATCGCCGCCAATCATCTTCAGTCCCACCTT  150

seq1  CTACAGTTTTCTGCAGAGCCTGGTCTGGAGTTCTAGGGGACAGGAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTTTTCTGCAGAGCCTGGTCTGGAGTTCTAGGGGACAGGAGAATT  200

seq1  CGGCGGCTGCATTAGCAATCTTCTTACATAGGCGGGTGAGGTATATTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCGGCTGCATTAGCAATCTTCTTACATAGGCGGGTGAGGTATATTGCA  250

seq1  TGAGATGACTTTTCTCTAGTAATGGTCCCAAACCTGCAGCTGGGGCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGACTTTTCTCTAGTAATGGTCCCAAACCTGCAGCTGGGGCCTGG  300

seq1  GAATTTCTGTTGTGTTAAAGACGACTGTGCCAGTGGAAGTTTGTCAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTGTTGTGTTAAAGACGACTGTGCCAGTGGAAGTTTGTCAACTG  350

seq1  AACTAGTGAGATTTAAAAGTGTGAGCTATGCAGGGCTGGCTGGAGGCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGAGATTTAAAAGTGTGAGCTATGCAGGGCTGGCTGGAGGCATA  400

seq1  AGGTGGGCTGTAGGATGGGAGGTGTGAGTAGACTGGAAGATCTTCCAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGCTGTAGGATGGGAGGTGTGAGTAGACTGGAAGATCTTCCAGGT  450

seq1  TAGGGTGGACCCTCGGGGTCAATTAAGTCATCCTGCTGTTCATTCTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGGACCCTCGGGGTCAATTAAGTCATCCTGCTGTTCATTCTGGGT  500

seq1  TGCTCCCCCTGGACAATGTCCATGTAGCTGCAGAGAGACTCAGGGTTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCCCTGGACAATGTCCATGTAGCTGCAGAGAGACTCAGGGTTGCA  550

seq1  CCTCCGAAGCAGCAGCTGTGGTGTGGCGATAGACCTGGCCACCATCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCGAAGCAGCAGCTGTGGTGTGGCGATAGACCTGGCCACCATCTGGG  600

seq1  TGAGTTATTTAGAAATGGCTCTACAGTGTGGGGAGACACACACACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATTTAGAAATGGCTCTACAGTGTGGGGAGACACACACACACACA  650

seq1  CACACACACACAAACACGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG-AAAAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACACACACACAAACACGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAAAAAAC  700

seq1  CCTGTCTCAAGAAAAATAAACAACCAAAAACCC-TTTTTTGTTGGGCCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCAAGAAAAATAAACAACCAAAAACCCTTTTTTTGTTGGGCCAG  750

seq1  AAAGGACAAGGGACATTAATCAATTAGATTAACTCAGCTGTAATACTGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACAAGGGACATTAATCAATTAGATTAACTCAGCTGTAATACTGGC  800

seq1  TACACAACAAATTTACATGGAGAACATG-TTTATTCAAAGACCAAGGGCA  847
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACACAACAAATTTACATGGAGAACATGTTTTATTCAAAGACCAAGGGCA  850

seq1  GAG-CCACACTC-AAATTTAACTT-GGTAGAA-TTCT-GTTGACTTAAGA  892
      ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GAGCCCACACTCAAAATTTAACTTGGGTAGAATTTCTGGTTGACTTAAGA  900

seq1  TAAG-CCCACAAACAGAT-GGGAGA-TATGA-TGGACT-GGGGAAT--GA  935
      |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||   |
seq2  TAAGCCCCACAAACAGATGGGGAGATTATGATTGGACTGGGGGAATTGAA  950

seq1  CCTGCTATTGGTG-CAGGCG-CACAGT-CAGTC  965
      | ||||||||||| |||||| |||||| |||||
seq2  CTTGCTATTGGTGCCAGGCGACACAGTCCAGTC  983