BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193E13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 74,870,954 - 75,008,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501
Upstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1
Downstream geneMyo5c, Gnb5, Bcl2l10, LOC384954, Mapk6, Leo1, EG666190, LOC100042070, Tmod3, Tmod2, Lysmd2, Scg3, LOC100042107, Bmp5, EG620071, Hmgcll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193E13.bB6Ng01-193E13.g
ACCGA016301GA016302
length1,2191,144
definitionB6Ng01-193E13.b B6Ng01-193E13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,870,954 - 74,872,158)(75,006,972 - 75,008,124)
sequence
gaattccttcatttggggccccaaattagacatactggttactttcccat
actccatgatcaatcatttctttgcttcttcatgccccctccctcattag
ataacagaactagtctatagccctgctttatttatttgcttatggctagg
aaacatgacccttgctctgtgtctcagtgggcaattccaagcagagtggc
cgtaatgctgtaatgctgtatgctgcttgttgcaacatgtccaggaagag
cagcagcaaatggtttctttagaagggggagtcccacagcttcatactcg
cagaatgtagctcttaatgcaatctgaatgtttttccttagaaataggtt
actgaattgtactataaacatgtacaattttatatttttttcgtctgtta
tctatgtatgcactcaatttgtcttcttttgtttcaagggtgtgattact
ttagagtcccttggtaaaaggggttatcgagtacctccttcaggaacgat
acaagtggtatgtgttttatagcctacaattgcaataatcattctctcac
acatatagaacttagccctttctcctgctactgctgctgcaacaaccttg
gtaagtaacagtgggctgcagcttggtttggagttgccatgctctgcccc
aggaatgagcattttgggggcctccattaaaggaaaagattaataagcta
atagaggtgaatgctttagacaaataatatgaaccatttaaatgatttaa
actgagctgttttcaatatatttaggtcctgaccaataccttctattaaa
cattaagcgatattgagattgatctgtttcaaaggagaccctaaaatact
gtattgcttttggtcagaaacctgggaaacaaggtgtttatactaatgga
atgatttctaaagctgactcagtgcaggctgagaggtgtcggggcagaag
aaggcgatatgccttcaactgtagtcatctagcttggcttaaggaaacct
ctttcttacccaggggcagactggtcttgacccaggataacactgcaggt
cctcagttcggctttcagattttgcagactgaaaggatctggctgtttgc
ttgcttgtttgcactcagtccccgagccttttctgaatcctttgtacctc
taagggggtcacgctccatctgtcaagtcgtttactatccagctggaact
tcacgctgtgccccatctg
gaattccaagccagacttagcaatagagtgacttcaagacttccaatgga
gacgctcaccccaaaaccaaaccaaaacaacaaaaaacgttatactctaa
acaccaactggaaggtaagcctttgtagaagacacattatagatgcttct
agtaagcaattattcctgtatggtgaaaaaatatttggggtggaacaaac
ttaaaacgagtatatatactgacttgaaaatctatctaatccaaaagaat
gtgaataaagcatataactgattttgaaccataattattttatgagaaaa
tattaattgaaagactgagtttatcacctcagttctacaattggttttat
gcagcagaagcaaaggaccagtccaggtctccaggtatctgcagtagtaa
gcaactcagaaacacccgagagtctcagcaggaaggcgttatgaataagc
tttcaatgttagaaggtaaaagttaatgatgaattaataattctaagaaa
ataatttagattgtatagaataggagaaaactctgtgattatattatatg
tatttatatttgattttgaaatttagaacattagtgcaattaccataatc
atgttttttaagatgtggtcttcttatgttaccataggaacatagatctg
tagatcaggatgatctcaaactcagagatctgcctgcctctctctcacaa
gcagtgagattaaaggcattaatcttcactaagtgaatggatactagtca
atatagtgggatgaacattcctgaaacaaaagagacctaaactagtctac
agcaacgttttgctatatggattcatctttctaacactgttatattccat
ataaaaattagtcatttgtgcacacttgtaattatttactaatctcagat
tagtaaataatttcctatgagaccacttttactgaaaaacaaagtcatat
ggcttcatattctattaaatgtatgggctgggaatacagtttagttatca
gagagcttctttgttcaacataaggtcacggaatttaattcctcagcaca
caaagagacaacttaaacaaacaccccacaaatccatcagtagtaagaaa
gttatctatgatagcataactaatagggctcttaccagcaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_74870954_74872158
seq2: B6Ng01-193E13.b_45_1263

seq1  GAATTCCTTCATTTGGGGCCCCAAATTAGACATACTGGTTACTTTCCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATTTGGGGCCCCAAATTAGACATACTGGTTACTTTCCCAT  50

seq1  ACTCCATGATCAATCATTTCTTTGCTTCTTCATGCCCCCTCCCTCATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATGATCAATCATTTCTTTGCTTCTTCATGCCCCCTCCCTCATTAG  100

seq1  ATAACAGAACTAGTCTATAGCCCTGCTTTATTTATTTGCTTATGGCTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGAACTAGTCTATAGCCCTGCTTTATTTATTTGCTTATGGCTAGG  150

seq1  AAACATGACCCTTGCTCTGTGTCTCAGTGGGCAATTCCAAGCAGAGTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGACCCTTGCTCTGTGTCTCAGTGGGCAATTCCAAGCAGAGTGGC  200

seq1  CGTAATGCTGTAATGCTGTATGCTGCTTGTTGCAACATGTCCAGGAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAATGCTGTAATGCTGTATGCTGCTTGTTGCAACATGTCCAGGAAGAG  250

seq1  CAGCAGCAAATGGTTTCTTTAGAAGGGGGAGTCCCACAGCTTCATACTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCAAATGGTTTCTTTAGAAGGGGGAGTCCCACAGCTTCATACTCG  300

seq1  CAGAATGTAGCTCTTAATGCAATCTGAATGTTTTTCCTTAGAAATAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTAGCTCTTAATGCAATCTGAATGTTTTTCCTTAGAAATAGGTT  350

seq1  ACTGAATTGTACTATAAACATGTACAATTTTATATTTTTTTCGTCTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTGTACTATAAACATGTACAATTTTATATTTTTTTCGTCTGTTA  400

seq1  TCTATGTATGCACTCAATTTGTCTTCTTTTGTTTCAAGGGTGTGATTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTATGCACTCAATTTGTCTTCTTTTGTTTCAAGGGTGTGATTACT  450

seq1  TTAGAGTCCCTTGGTAAAAGGGGTTATCGAGTACCTCCTTCAGGAACGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTCCCTTGGTAAAAGGGGTTATCGAGTACCTCCTTCAGGAACGAT  500

seq1  ACAAGTGGTATGTGTTTTATAGCCTACAATTGCAATAATCATTCTCTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGGTATGTGTTTTATAGCCTACAATTGCAATAATCATTCTCTCAC  550

seq1  ACATATAGAACTTAGCCCTTTCTCCTGCTACTGCTGCTGCAACAACCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAGAACTTAGCCCTTTCTCCTGCTACTGCTGCTGCAACAACCTTG  600

seq1  GTAAGTAACAGTGGGCTGCAGCTTGGTTTGGAGTTGCCATGCTCTGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAACAGTGGGCTGCAGCTTGGTTTGGAGTTGCCATGCTCTGCCCC  650

seq1  AGGAATGAGCATTTTGGGGGCCTCCATTAAAGGAAAAGATTAATAAGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGAGCATTTTGGGGGCCTCCATTAAAGGAAAAGATTAATAAGCTA  700

seq1  ATAGAGGTGAATGCTTTAGACAAATAATATGAACCATTTAAATGATTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGTGAATGCTTTAGACAAATAATATGAACCATTTAAATGATTTAA  750

seq1  ACTGAGCTGTTTTCAATATATTTAGGTCCTGACCAATACCTTCTATTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTGTTTTCAATATATTTAGGTCCTGACCAATACCTTCTATTAAA  800

seq1  CATTAAGCGATATTGAGATTGATCTGTTTCAAAGGAGACCCTAAAATACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCGATATTGAGATTGATCTGTTTCAAAGGAGACCCTAAAATACT  850

seq1  GTATTGC-TTTGGTCAGAAAACCTGGGAAACAAGGTGTTAATACTAATGG  899
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTATTGCTTTTGGTCAG-AAACCTGGGAAACAAGGTGTTTATACTAATGG  899

seq1  AATGATTTCTAAAGCTGACTCAGTGCAGGCTGAGAGGTGTCGGGGCAG-A  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATGATTTCTAAAGCTGACTCAGTGCAGGCTGAGAGGTGTCGGGGCAGAA  949

seq1  GAAGGCGATATGCCTTCAACTGTAGTCATCTAGCTTGGCCTAAGGAAACC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAAGGCGATATGCCTTCAACTGTAGTCATCTAGCTTGGCTTAAGGAAACC  999

seq1  TC-TTCTTACC--AGGGCAGACCTGTC-TGACCCAGGATAACACTGCAGG  1044
      || ||||||||   ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTACCCAGGGGCAGACTGGTCTTGACCCAGGATAACACTGCAGG  1049

seq1  TCCTCAG-TCGGC-TTCAGATTTTGCAGACTGGAAGGATCTGGCTG-TTG  1091
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TCCTCAGTTCGGCTTTCAGATTTTGCAGACTGAAAGGATCTGGCTGTTTG  1099

seq1  CTGGC-TGTTTGCACTCAG-CCCCGAAGGCTTTCTGATCCCTGTG-ACCT  1138
      || || ||||||||||||| ||||||    |||||||  ||| || ||||
seq2  CTTGCTTGTTTGCACTCAGTCCCCGAGCCTTTTCTGAATCCTTTGTACCT  1149

seq1  C--AAGGGGTCA-GC-CCATCTGTC-AGTCGGGTTATACCTTATCAAGTC  1183
      |  | ||||||| || ||||||||| |||||   | |||  |||| || |
seq2  CTAAGGGGGTCACGCTCCATCTGTCAAGTCG---TTTAC--TATCCAG-C  1193

seq1  TG--AC-TCA-GCTGTGCCCCATCTG  1205
      ||  || ||| |||||||||||||||
seq2  TGGAACTTCACGCTGTGCCCCATCTG  1219

seq1: chr9_75006972_75008124
seq2: B6Ng01-193E13.g_68_1211 (reverse)

seq1  TATTTGCTTGTTTAACAGGAAGCCCTTATTATGTTATGCTTATCATAGAT  50
      |||||||| |  ||| ||     || ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TATTTGCTGG--TAAGAG-----CCCTATTA-GTTATGC-TATCATAGAT  41

seq1  AACTTTCTTAACTACCCTGATGGGTTTTGTGGGTGTTTGTTT-AGTTGTT  99
      ||||||||| ||||  ||||||| |||   |||||||||||| ||||| |
seq2  AACTTTCTT-ACTA--CTGATGGATTTGTGGGGTGTTTGTTTAAGTTG-T  87

seq1  CTCTTTTGTGGTGCTGAGGATTTAA--TCCGTGACCTTATGTTTGACAAA  147
      ||| ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||  |||||
seq2  CTC-TTTGT-GTGCTGAGGAATTAAATTCCGTGACCTTATGTTGAACAAA  135

seq1  AGAGCTCTCTGAT-ACTAAACTGTATT-CCAGCCCATACATTT-ATAGAA  194
        ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGCTCTCTGATAACTAAACTGTATTCCCAGCCCATACATTTAATAGAA  185

seq1  TATGAAGCCATATGACTTTGTTTTTCAGTAAAAGTGGTCTCATAGGAAAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCCATATGACTTTGTTTTTCAGTAAAAGTGGTCTCATAGGAAAT  235

seq1  TATTTACTAATCTGAGATTAGTAAATAATTACAAGTGTGCACAAATGACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTAATCTGAGATTAGTAAATAATTACAAGTGTGCACAAATGACT  285

seq1  AATTTTTATATGGAATATAACAGTGTTAGAAAGATGAATCCATATAGCAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTATATGGAATATAACAGTGTTAGAAAGATGAATCCATATAGCAA  335

seq1  AACGTTGCTGTAGACTAGTTTAGGTCTCTTTTGTTTCAGGAATGTTCATC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTGCTGTAGACTAGTTTAGGTCTCTTTTGTTTCAGGAATGTTCATC  385

seq1  CCACTATATTGACTAGTATCCATTCACTTAGTGAAGATTAATGCCTTTAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATATTGACTAGTATCCATTCACTTAGTGAAGATTAATGCCTTTAA  435

seq1  TCTCACTGCTTGTGAGAGAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGATCAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGCTTGTGAGAGAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTTTGAGATCAT  485

seq1  CCTGATCTACAGATCTATGTTCCTATGGTAACATAAGAAGACCACATCTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCTACAGATCTATGTTCCTATGGTAACATAAGAAGACCACATCTT  535

seq1  AAAAAACATGATTATGGTAATTGCACTAATGTTCTAAATTTCAAAATCAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACATGATTATGGTAATTGCACTAATGTTCTAAATTTCAAAATCAA  585

seq1  ATATAAATACATATAATATAATCACAGAGTTTTCTCCTATTCTATACAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATACATATAATATAATCACAGAGTTTTCTCCTATTCTATACAAT  635

seq1  CTAAATTATTTTCTTAGAATTATTAATTCATCATTAACTTTTACCTTCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTATTTTCTTAGAATTATTAATTCATCATTAACTTTTACCTTCTA  685

seq1  ACATTGAAAGCTTATTCATAACGCCTTCCTGCTGAGACTCTCGGGTGTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAAAGCTTATTCATAACGCCTTCCTGCTGAGACTCTCGGGTGTTT  735

seq1  CTGAGTTGCTTACTACTGCAGATACCTGGAGACCTGGACTGGTCCTTTGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTGCTTACTACTGCAGATACCTGGAGACCTGGACTGGTCCTTTGC  785

seq1  TTCTGCTGCATAAAACCAATTGTAGAACTGAGGTGATAAACTCAGTCTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGCATAAAACCAATTGTAGAACTGAGGTGATAAACTCAGTCTTT  835

seq1  CAATTAATATTTTCTCATAAAATAATTATGGTTCAAAATCAGTTATATGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATATTTTCTCATAAAATAATTATGGTTCAAAATCAGTTATATGC  885

seq1  TTTATTCACATTCTTTTGGATTAGATAGATTTTCAAGTCAGTATATATAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCACATTCTTTTGGATTAGATAGATTTTCAAGTCAGTATATATAC  935

seq1  TCGTTTTAAGTTTGTTCCACCCCAAATATTTTTTCACCATACAGGAATAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTAAGTTTGTTCCACCCCAAATATTTTTTCACCATACAGGAATAA  985

seq1  TTGCTTACTAGAAGCATCTATAATGTGTCTTCTACAAAGGCTTACCTTCC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTACTAGAAGCATCTATAATGTGTCTTCTACAAAGGCTTACCTTCC  1035

seq1  AGTTGGTGTTTAGAGTATAACGTTTTTTGTTGTTTTGGTTTGGTTTTGGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTGTTTAGAGTATAACGTTTTTTGTTGTTTTGGTTTGGTTTTGGG  1085

seq1  GTGAGCGTCTCCATTGGAAGTCTTGAAGTCACTCTATTGCTAAGTCTGGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCGTCTCCATTGGAAGTCTTGAAGTCACTCTATTGCTAAGTCTGGC  1135

seq1  TTGGAATTC  1153
      |||||||||
seq2  TTGGAATTC  1144