BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194G21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 122,628,043 - 122,701,107
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666218, LOC671232
Upstream geneNktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204, 9530059O14Rik
Downstream geneD9Ertd402e, Zfp445, LOC623874, Zfp167, EG666257, Zfp660, Zfp105, 1110059G10Rik, Kif15, Tmem42, Tgm4, Zdhhc3, Exosc7, Clec3b, Cdcp1, Tmem158, Scp2-ps2, Lars2, Limd1, Sacm1l, Slc6a20, Xtrp3s1, Ccr9, LOC100043855, Lztfl1, Fyco1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194G21.bB6Ng01-194G21.g
ACCGA017128GA017129
length7511,092
definitionB6Ng01-194G21.b B6Ng01-194G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,700,357 - 122,701,107)(122,628,043 - 122,629,138)
sequence
gaattccaggacagccaggactatagagaaagaccctgtctaaataaata
aataaataaataaatagacagacagacaaacaaacaaataaatagaaaag
aaaaatactttgtgctctctcaagattataatgacaactcaggagttgtc
aaataaatgataaattcaagactttcaaataaaagtactttagtatggcc
tccagaattcgatagagcagttggtgtctcgtcacctcctgtgcacacct
gtgcctcaccactccctttccacatctatttggtgtggagacaaatgtga
aaactaaagaactccctaggtagccagggttcgtgtctgtgctggctgaa
gtgatcattagacagtctctgatttgaaggatgactccatgtcctgttcc
gaattttaaaataagattttctgtagcaaatcaaactaacatataacaaa
ataccttggcccacagcaacagtctgtgatagaagtacaccgcacttatt
ccgatccttcccaacaaagtcttatccacctcactgtactgtggatcttt
gctaactgaaacataaagcagacatggaaagaaatggaaacagtcaccta
agatgactcagaattctggacatcacttcacagacccagtgttgacaacc
tgtcccaccaataaatccatcccaaaagttaatagtgccttgttgttgtt
gttttgtgtttttaggtagggtctttctacatagccctggctatcctgga
a
gaattcactctttggaccaagctagcctcaaacttagagatctgtctgcc
tcccaagtgattaaagagattaaagattaaagaaatgtgccaccaccgtg
cagctaacaatttataatatattaaaaggccatggagccaatgagatggc
tcagcaggtaaagcaaggtacttgcccttgccaccaagcccgacaacctg
aattcagtctgcagccctcacattgtgtaaggagagaacctgcaagttgt
cagcagacctagacctgagcccatataagatgtgaagagggagtgtggta
agacctgctcattctatgaacgacagggacaagttcatactcatgaaata
caatagactatgcccagcagcaagcttatttaatagaaggtatcctttta
ttttgccctacttccaagctaaccaattagcctgctgctgttttatgata
caattgttgtgtaacgtagtcctctgaacaaaacagccactatcttcatc
agatcagctgagcctatttgcaggagtccttcagaaacaaacctagggac
tgctgatctttcatcagagaaggaggataagggcagaggagatcactgga
ccctcacctgaatttctagccatatctcccagccatttgtatacagtttt
tttcctgactgcattatagtctctgggtctccagaggtgctgctgtatac
ctgctgaggagggttgacggaagggggaaactccatctatgcagccacgg
ggaagctaccacccacattcccatcggtaagggaaccactgctctgtgac
ttaagtctgagggagagccttctgactgaaatgtggaggaaaaacaaaac
aaaacaaaaagcccatgtgtcagagtgaaaattctgtcaaatgaaaggtg
aaggagatttgattaggtgatgggaagatgggaaagaatggaatagattg
gagcaatgtggagcttaaccactaatcttgcatatgaattgggaatatat
ttactcttggaataaggaaagtaaggatttctaacttgaagaaaagtaag
tcgaatgagagaagtaggtagaattagggctttagccgttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_122700357_122701107
seq2: B6Ng01-194G21.b_45_795 (reverse)

seq1  TTCCAGGATAGCCAGGGCTATGTAGAAAGACCCTACCTAAAAACACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGATAGCCAGGGCTATGTAGAAAGACCCTACCTAAAAACACAAAA  50

seq1  CAACAACAACAAGGCACTATTAACTTTTGGGATGGATTTATTGGTGGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAAGGCACTATTAACTTTTGGGATGGATTTATTGGTGGGAC  100

seq1  AGGTTGTCAACACTGGGTCTGTGAAGTGATGTCCAGAATTCTGAGTCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTCAACACTGGGTCTGTGAAGTGATGTCCAGAATTCTGAGTCATC  150

seq1  TTAGGTGACTGTTTCCATTTCTTTCCATGTCTGCTTTATGTTTCAGTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGACTGTTTCCATTTCTTTCCATGTCTGCTTTATGTTTCAGTTAG  200

seq1  CAAAGATCCACAGTACAGTGAGGTGGATAAGACTTTGTTGGGAAGGATCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATCCACAGTACAGTGAGGTGGATAAGACTTTGTTGGGAAGGATCG  250

seq1  GAATAAGTGCGGTGTACTTCTATCACAGACTGTTGCTGTGGGCCAAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGTGCGGTGTACTTCTATCACAGACTGTTGCTGTGGGCCAAGGTA  300

seq1  TTTTGTTATATGTTAGTTTGATTTGCTACAGAAAATCTTATTTTAAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTATATGTTAGTTTGATTTGCTACAGAAAATCTTATTTTAAAATT  350

seq1  CGGAACAGGACATGGAGTCATCCTTCAAATCAGAGACTGTCTAATGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACAGGACATGGAGTCATCCTTCAAATCAGAGACTGTCTAATGATCA  400

seq1  CTTCAGCCAGCACAGACACGAACCCTGGCTACCTAGGGAGTTCTTTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCAGCACAGACACGAACCCTGGCTACCTAGGGAGTTCTTTAGTT  450

seq1  TTCACATTTGTCTCCACACCAAATAGATGTGGAAAGGGAGTGGTGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTTGTCTCCACACCAAATAGATGTGGAAAGGGAGTGGTGAGGCA  500

seq1  CAGGTGTGCACAGGAGGTGACGAGACACCAACTGCTCTATCGAATTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGCACAGGAGGTGACGAGACACCAACTGCTCTATCGAATTCTGG  550

seq1  AGGCCATACTAAAGTACTTTTATTTGAAAGTCTTGAATTTATCATTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATACTAAAGTACTTTTATTTGAAAGTCTTGAATTTATCATTTATT  600

seq1  TGACAACTCCTGAGTTGTCATTATAATCTTGAGAGAGCACAAAGTATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACTCCTGAGTTGTCATTATAATCTTGAGAGAGCACAAAGTATTTT  650

seq1  TCTTTTCTATTTATTTGTTTGTTTGTCTGTCTGTCTATTTATTTATTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTATTTATTTGTTTGTTTGTCTGTCTGTCTATTTATTTATTTAT  700

seq1  TTATTTATTTAGACAGGGTCTTTCTCTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTAGACAGGGTCTTTCTCTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAATT  750

seq1  C  751
      |
seq2  C  751

seq1: chr9_122628043_122629138
seq2: B6Ng01-194G21.g_64_1155

seq1  GAATTCACTCTTTGGACCAAGCTAGCCTCAAACTTAGAGATCTGTCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTTGGACCAAGCTAGCCTCAAACTTAGAGATCTGTCTGCC  50

seq1  TCCCAAGTGATTAAAGAGATTAAAGATTAAAGAAATGTGCCACCACCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTGATTAAAGAGATTAAAGATTAAAGAAATGTGCCACCACCGTG  100

seq1  CAGCTAACAATTTATAATATATTAAAAGGCCATGGAGCCAATGAGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAACAATTTATAATATATTAAAAGGCCATGGAGCCAATGAGATGGC  150

seq1  TCAGCAGGTAAAGCAAGGTACTTGCCCTTGCCACCAAGCCCGACAACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGGTAAAGCAAGGTACTTGCCCTTGCCACCAAGCCCGACAACCTG  200

seq1  AATTCAGTCTGCAGCCCTCACATTGTGTAAGGAGAGAACCTGCAAGTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTCTGCAGCCCTCACATTGTGTAAGGAGAGAACCTGCAAGTTGT  250

seq1  CAGCAGACCTAGACCTGAGCCCATATAAGATGTGAAGAGGGAGTGTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGACCTAGACCTGAGCCCATATAAGATGTGAAGAGGGAGTGTGGTA  300

seq1  AGACCTGCTCATTCTATGAACGACAGGGACAAGTTCATACTCATGAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGCTCATTCTATGAACGACAGGGACAAGTTCATACTCATGAAATA  350

seq1  CAATAGACTATGCCCAGCAGCAAGCTTATTTAATAGAAGGTATCCTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGACTATGCCCAGCAGCAAGCTTATTTAATAGAAGGTATCCTTTTA  400

seq1  TTTTGCCCTACTTCCAAGCTAACCAATTAGCCTGCTGCTGTTTTATGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCCTACTTCCAAGCTAACCAATTAGCCTGCTGCTGTTTTATGATA  450

seq1  CAATTGTTGTGTAACGTAGTCCTCTGAACAAAACAGCCACTATCTTCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTGTGTAACGTAGTCCTCTGAACAAAACAGCCACTATCTTCATC  500

seq1  AGATCAGCTGAGCCTATTTGCAGGAGTCCTTCAGAAACAAACCTAGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGCTGAGCCTATTTGCAGGAGTCCTTCAGAAACAAACCTAGGGAC  550

seq1  TGCTGATCTTTCATCAGAGAAGGAGGATAAGGGCAGAGGAGATCACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATCTTTCATCAGAGAAGGAGGATAAGGGCAGAGGAGATCACTGGA  600

seq1  CCCTCACCTGAATTTCTAGCCATATCTCCCAGCCATTTGTATACAGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACCTGAATTTCTAGCCATATCTCCCAGCCATTTGTATACAGTTTT  650

seq1  TTTCCTGACTGCATTATAGTCTCTGGGTCTCCAGAGGTGCTGCTGTATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGACTGCATTATAGTCTCTGGGTCTCCAGAGGTGCTGCTGTATAC  700

seq1  CTGCTGAGGAGGGTTGACGGAAGGGGGAAACTCCATCTATGCAGCCACGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGGAGGGTTGACGGAAGGGGGAAACTCCATCTATGCAGCCACGG  750

seq1  GGAAGCTACCACCCACATTCCCATCGGTAAGGGAACCACTGCTCTGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTACCACCCACATTCCCATCGGTAAGGGAACCACTGCTCTGTGAC  800

seq1  TTAAGTCTGAGGGAGAGCCTTCTGACTGAAATGTGGAGGAAAAACAAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCTGAGGGAGAGCCTTCTGACTGAAATGTGGAGGAAAAACAAAAC  850

seq1  AAAACAAAAAGCCCATGTGTCAGAGTGAAAATTCTGTCAAATGAAAGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAAGCCCATGTGTCAGAGTGAAAATTCTGTCAAATGAAAGGTG  900

seq1  AAGGAGATTTGATTAGGTGATGGGAAGAT-GGAAAGAATGG-ATAGATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
seq2  AAGGAGATTTGATTAGGTGATGGGAAGATGGGAAAGAATGGAATAGA-TT  949

seq1  GGAGCAATGTGGAGCTTAAACCAACTAATCTTGCATATGAATTGGAATAA  998
      |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |  |
seq2  GGAGCAATGTGGAGCTTAA--CCACTAATCTTGCATATGAATTGGGAATA  997

seq1  TATTTACTCTTGGAATAAAGGAAAGTAAGGATTTCTAACTTGAAGAAAAA  1048
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  TATTTACTCTTGGAAT-AAGGAAAGTAAGGATTTCTAACTTGAAG--AAA  1044

seq1  AGTAAGCAGAA-GAGGAGAGTAGGTAGGAAATTA-GGCTTTAGCCGTTAA  1096
      ||||||  ||| |||   |||||||||  ||||| |||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCGAATGAGAGAAGTAGGTAG--AATTAGGGCTTTAGCCGTTAA  1092