BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196H17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 107,247,103 - 107,386,301
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430571L13Rik, Cacna2d2
Upstream geneWdr51a, Dusp7, Rpl29, Acy1, Abhd14a, Abhd14b, Pcbp4, Parp3, Rrp9, Iqcf1, Iqcf5, Iqcf3, Iqcf4, LOC100041096, Grm2, Tex264, Rad54l2, LOC100041128, Vprbp, Armet, Dock3, Mapkapk3, Cish, Hemk1
Downstream geneTmem115, Cyb561d2, Tusc4, Zmynd10, Rassf1, Tusc2, Hyal2, Hyal1, Nat6, Hyal3, Ifrd2, BY080835, Sema3b, Gnai2, Slc38a3, Gnat1, Sema3f, Rbm5, Rbm6, Mon1a, Mst1r, 4921517D21Rik, Camkv, Traip, Ube1l, D330022A01Rik, 6230427J02Rik, 1700021K14Rik, Ihpk1, Gmppb, Rnf123, Amigo3, Mst1, Apeh, Bsn, LOC100042108, Dag1, Nicn1, EG434437, Tcta, Rhoa, Gpx1, Usp4, LOC623859, 1700102P08Rik, Ccdc36, BC048562, Klhdc8b, LOC100042228, Ccdc71, Lamb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196H17.bB6Ng01-196H17.g
ACCGA018611GA018612
length9731,001
definitionB6Ng01-196H17.b B6Ng01-196H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,247,103 - 107,248,068)(107,385,281 - 107,386,301)
sequence
gaattcactgtatagaccaggctggcctcaaactcagagatctgcctttg
tctcctgagtgctgagattaaaggcatgggccaccaccacccagccaggc
tgtccatattcttgatagttagaaattgccaatttgggactggagagatg
acagcggttaggggtactgactgctcttccagaagaccctggttcaattc
ccagcatccacatggcagctcacaactgtctgttgtttaactccaagatc
tgaccacctcacatagacatacgtgcaggcaaaaacataccaacatgcat
aaaattaaaaaaaaatggcagtttggggaagagcagatggtggcagtagt
ccccggagtccctgtgcaggcatgggctccaaatatcacccacttcctcc
ctggtgccaaggcttcctgcctctgcctgtgggttctaggtataattcta
gttgtaatcttttttttaatttattttttattaggtattttcctcgttta
cattttcaatgctatcccaaaagtcccccatacccacccccctaatcccc
tacccacccactccccctttttggccctggggttcccctgtactggggca
tataaagtttacaagtccaatgggcctctctttgcagtgatggccgacta
ggccatcttttgatacatatgcagctagagactagttgtaatctttttta
cttttgtgtctggacaaggggtggaagggtcccagggaccttcttaggtt
cctctagcatcagggctcctgaggggtgaccctgggggctcaagggtgca
gggctctgaggggtgaccctggggctcagggatgctgaaagcattgccta
gagcctcttctctgtgctgctgtctgcctacgtcgatggctttggtgaga
atcgagagaaagggatatgctgatgtgtttcctttccccttttagcacct
gaagagtctcaggcaggtcgctg
gaattcctgcacctggaagaacatacctatcggactcagcaccacagtgt
gctgcaacaggtgatgacatcaccgagccgcagggctgctcactaacccc
ccctcaaagcagatccatcctcaccccattgtgcagatgaagctggggct
cagaagtcctcagtctccagtcacagctcaggggttctcccaggggctgt
gtgggtacatccctcaccctacttgctggttagctcaagagatactacga
agctcctctcaggcagaaagggattttcagctggccatgggtcagtaata
tgaatagggaaacaccgtggatctgggaagagactcaaggggcaggagat
catcttagtggcccaagctctttcctaggctagactaagactggaagcag
caagaggaccctgaaggccaagtgtagaggcacacacctttaatcccacc
acttgagaggcagaggcaggagcaaggccaacccagtctacatagtgagt
tccaggacagccagagctacatactgagaccatgtctttataaaaaacag
ggggaaggggctctaaagaaggtatataaagcgttgtgttctgcccatgg
tcagccagaagacctcttccaagagtgctctgttgataggtatagcttgg
gaccctcgtggcacaagggaccgggactgggggcactgctatagtttagt
tgttgatcactgaccctttggaagcagctgccagggctctgtctttttac
atttgtattttctatgtctgcatgttttgtctgcatgtatgtctatgtat
cacatgggtgcagacccaccggagccaagagagcctttgatttcttgcac
tggagttacagacagttgtagcagtcatgtgactgagaactgaatccagg
ttctagagagccacgatgctctacactgagcattgttcagccccagccag
cttgtctgatagagcactgctgcatgctcccctgagaccagtagagtcat
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_107247103_107248068
seq2: B6Ng01-196H17.b_42_1014

seq1  GAATTCACTGTATAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCTGCCTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTATAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCTGCCTTTG  50

seq1  TCTCCTGAGTGCTGAGATTAAAGGCATGGGCCACCACCACCCAGCCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAGTGCTGAGATTAAAGGCATGGGCCACCACCACCCAGCCAGGC  100

seq1  TGTCCATATTCTTGATAGTTAGAAATTGCCAATTTGGGACTGGAGAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATTCTTGATAGTTAGAAATTGCCAATTTGGGACTGGAGAGATG  150

seq1  ACAGCGGTTAGGGGTACTGACTGCTCTTCCAGAAGACCCTGGTTCAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGGTTAGGGGTACTGACTGCTCTTCCAGAAGACCCTGGTTCAATTC  200

seq1  CCAGCATCCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTTGTTTAACTCCAAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTTGTTTAACTCCAAGATC  250

seq1  TGACCACCTCACATAGACATACGTGCAGGCAAAAACATACCAACATGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACCTCACATAGACATACGTGCAGGCAAAAACATACCAACATGCAT  300

seq1  AAAATTAAAAAAAAATGGCAGTTTGGGGAAGAGCAGATGGTGGCAGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAAAAAAATGGCAGTTTGGGGAAGAGCAGATGGTGGCAGTAGT  350

seq1  CCCCGGAGTCCCTGTGCAGGCATGGGCTCCAAATATCACCCACTTCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGAGTCCCTGTGCAGGCATGGGCTCCAAATATCACCCACTTCCTCC  400

seq1  CTGGTGCCAAGGCTTCCTGCCTCTGCCTGTGGGTTCTAGGTATAATTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGCCAAGGCTTCCTGCCTCTGCCTGTGGGTTCTAGGTATAATTCTA  450

seq1  GTTGTAATCTTTTTTTTAATTTATTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAATCTTTTTTTTAATTTATTTTTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTA  500

seq1  CATTTTCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCACCCCCCTAATCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCATACCCACCCCCCTAATCCCC  550

seq1  TACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGGGTTCCCCTGTACTGGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGGGTTCCCCTGTACTGGGGCA  600

seq1  TATAAAGTTTACAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATGGCCGACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTTTACAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATGGCCGACTA  650

seq1  GGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACTAGTTGTAATC-TTTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGACTAGTTGTAATCTTTTTTA  700

seq1  CTTTTGTGTCTGGACAAGGGGTGGAA-GGTCCCAGGGACCTTCTTAGGTT  748
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGTCTGGACAAGGGGTGGAAGGGTCCCAGGGACCTTCTTAGGTT  750

seq1  CCTCTAGCATCAGGGCTCCTGAGGGGTGACCCT-GGGGCTCAGGGGTGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  CCTCTAGCATCAGGGCTCCTGAGGGGTGACCCTGGGGGCTCAAGGGTGCA  800

seq1  GGGCTCTGAGGGGTGACCCTGGGGCTCAGGGATGCTGAAAGCATTGCCTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGAGGGGTGACCCTGGGGCTCAGGGATGCTGAAAGCATTGCCTA  850

seq1  GAGCCTC-TCTCTGTGCTGCTGTCTGCCTACTGTCGATGGCTTTGGTGAG  896
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCTTCTCTGTGCTGCTGTCTGCCTAC-GTCGATGGCTTTGGTGAG  899

seq1  AATCGAGAG-AAGGGATATGCTGATGTGTTTCCTTTCCCC-TTTAGCA-C  943
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  AATCGAGAGAAAGGGATATGCTGATGTGTTTCCTTTCCCCTTTTAGCACC  949

seq1  TGAGGAGTCTCAGGCAGGT-GCTG  966
      ||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGAAGAGTCTCAGGCAGGTCGCTG  973

seq1: chr9_107385281_107386301
seq2: B6Ng01-196H17.g_71_1071 (reverse)

seq1  CATGACTCTACTGTGTTCCTCCAGGGGGAGCCATTGCAGGCAGTGGCCTC  50
      ||||||||||||| ||  |||   |||||||   |||| ||||||  |||
seq2  CATGACTCTACTG-GT--CTC--AGGGGAGC--ATGCA-GCAGTG--CTC  40

seq1  TATCAGGACAGCTGCTGGGGGCTGGACAAATGGCTCAGTGGTTAAGAGCA  100
      ||||||   |||||   ||||||| ||||   ||||||||    ||||||
seq2  TATCAGACAAGCTGGCTGGGGCTGAACAA--TGCTCAGTG---TAGAGCA  85

seq1  TTCGTGGCTCTTCTAG-ACCTGGGTTCAGTTCTCAGTCACATGACTGCTA  149
       ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -TCGTGGCTC-TCTAGAACCTGGATTCAGTTCTCAGTCACATGACTGCT-  132

seq1  ACAACTGTCTGTAACTCCAGTTGCAGGAAATCAAAGGCTCTCTTTGGCTC  199
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAACTGTCTGTAACTCCAG-TGCAAGAAATCAAAGGCTCTC-TTGGCTC  180

seq1  CGGTGGGTCCTGCACCCATGTGATACATAGACATACATGCAGACAAAACA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGT-CTGCACCCATGTGATACATAGACATACATGCAGACAAAACA  229

seq1  TGCAGACATAGAAAATACAAATGTAAAAAGACAGAGCCCTGGCAGCTGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACATAGAAAATACAAATGTAAAAAGACAGAGCCCTGGCAGCTGCT  279

seq1  TCCAAAGGGTCAGTGATCAACAACTAAACTATAGCAGTGCCCCCAGTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGGGTCAGTGATCAACAACTAAACTATAGCAGTGCCCCCAGTCCC  329

seq1  GGTCCCTTGTGCCACGAGGGTCCCAAGCTATACCTATCAACAGAGCACTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTTGTGCCACGAGGGTCCCAAGCTATACCTATCAACAGAGCACTC  379

seq1  TTGGAAGAGGTCTTCTGGCTGACCATGGGCAGAACACAACGCTTTATATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGAGGTCTTCTGGCTGACCATGGGCAGAACACAACGCTTTATATA  429

seq1  CCTTCTTTAGAGCCCCTTCCCCCTGTTTTTTATAAAGACATGGTCTCAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTAGAGCCCCTTCCCCCTGTTTTTTATAAAGACATGGTCTCAGT  479

seq1  ATGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTATGTAGACTGGGTTGGCCTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTATGTAGACTGGGTTGGCCTTG  529

seq1  CTCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGGTGGGATTAAAGGTGTGTGCCTCTACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGGTGGGATTAAAGGTGTGTGCCTCTACA  579

seq1  CTTGGCCTTCAGGGTCCTCTTGCTGCTTCCAGTCTTAGTCTAGCCTAGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCCTTCAGGGTCCTCTTGCTGCTTCCAGTCTTAGTCTAGCCTAGGA  629

seq1  AAGAGCTTGGGCCACTAAGATGATCTCCTGCCCCTTGAGTCTCTTCCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTGGGCCACTAAGATGATCTCCTGCCCCTTGAGTCTCTTCCCAG  679

seq1  ATCCACGGTGTTTCCCTATTCATATTACTGACCCATGGCCAGCTGAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACGGTGTTTCCCTATTCATATTACTGACCCATGGCCAGCTGAAAAT  729

seq1  CCCTTTCTGCCTGAGAGGAGCTTCGTAGTATCTCTTGAGCTAACCAGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTGCCTGAGAGGAGCTTCGTAGTATCTCTTGAGCTAACCAGCAA  779

seq1  GTAGGGTGAGGGATGTACCCACACAGCCCCTGGGAGAACCCCTGAGCTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGTGAGGGATGTACCCACACAGCCCCTGGGAGAACCCCTGAGCTGT  829

seq1  GACTGGAGACTGAGGACTTCTGAGCCCCAGCTTCATCTGCACAATGGGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGACTGAGGACTTCTGAGCCCCAGCTTCATCTGCACAATGGGGT  879

seq1  GAGGATGGATCTGCTTTGAGGGGGGGTTAGTGAGCAGCCCTGCGGCTCGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGGATCTGCTTTGAGGGGGGGTTAGTGAGCAGCCCTGCGGCTCGG  929

seq1  TGATGTCATCACCTGTTGCAGCACACTGTGGTGCTGAGTCCGATAGGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCATCACCTGTTGCAGCACACTGTGGTGCTGAGTCCGATAGGTAT  979

seq1  GTTCTTCCAGGTGCAGGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCAGGTGCAGGAATTC  1001