BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197J03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,163,417 - 116,291,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD730003K21Rik
Upstream geneStt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164, Gadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819
Downstream geneRbms3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197J03.bB6Ng01-197J03.g
ACCGA019397GA019398
length958937
definitionB6Ng01-197J03.b B6Ng01-197J03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,290,631 - 116,291,582)(116,163,417 - 116,164,351)
sequence
gaattcatctctccctgctgcctgactggaatctacctcaagcccctatg
gccatgctttccctgtgaaccaaaataaacccttcctcccttcgttaagt
ttcttctatcaagtaatttgtcagagcaagaagaccagtaattcgctggg
ctccgggtgggggtgggaaaacggctcagcagttaaggacacttactgtt
cttactgatgacccaagtttgttccccagtgcacacattgggcagctcac
aaccacctgtatacaaccccagctccagggaacctgcctcctatagcaac
gtcactgacatgcacaaatgagcatatacacaagcaaattcatacattaa
taattaaaaagtaagatctatctgggggtgatggtgcatacctttttaat
gacagcatttaagaggcacaaagatgggtagatctttgtgaataaggtca
gactcatcgacatctgacttccaggccagcccaggctacctagtgagagc
ctatctcaataagtaaattttcaaacaaatgaaaaacacataaacaagaa
tttttttatgaggacagtaatggattattgttttcagccattaaataacc
atatttggaagaattatcacatttcttcattttagggttaatttaattaa
ttgaataggacaggaagtttagccacagtctgtgtagatcgctccaggta
aaagcacatgccacacaaggctgatgacctgagtgtgctctctggatcca
aggaaaggtagaaggagaagtgactctgtgaagttgtcctctgaaccttt
cgcacgcactgttggcgcacacacacacactgtgacacacatgtatacac
acacacaccacaagtattgataataacattttaaagatctgttttactct
tagtcatgtgcatacatgtgtgttgtgtgggggaatatgtttcatgttgt
atataggc

gaattcagatttctagttccttctcatacaatgaatggttgttgttgttg
tttgtttttgtttcttgttttttgctgtgtgctttggaagtaaagactga
taggccgaaaagtctctcggttttgtttgtttgctttggatgttgggtct
caagtagcacaggctagctccaagtttgttatgtagccgaggatgacctc
gaactcctgactctccggtctcccctccccctcatggttacaatcaagca
acaccatgcccagcttttgtagtaatggaggagatccaatccaggcgttg
agcatgataggtcagctctctaccaactgagttaacattaccctgcagtc
tgagatatcgctctgaaatatgatttgactttttttttatgactagttac
ttagttacttattttttaaaggaaaaataaaataacttgctggcctaaat
atgatttcttttaaccaggtctcatgctgaagttgaccttgaacgcagta
ttaacggactcaaactcctggtcctcctgcctctgcagtcagaatactga
gattagagagtgtaccacacctagtttcatgcagtgctggggatcgaggc
ccgcagcttcatgatctctgaaggaagcacagtattaactgagtgacagc
cccaggccacaattactgtcatgtcttcaatgtaagaattctagccgggc
acggtggctcacgcctgcaagcccagcactccactatggaggctgaggca
ggaagattgttgggaatctgagggcagcctgggctccgtgatgagacctt
atagcagaccgaatcggcagagtgctgtaatgacgagcagccattgagac
agtccccgacagccacaatccgagtctgaccagcacacaactgctccaga
gctggtggggaggcaagcgggtgggggaggggggtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116290631_116291582
seq2: B6Ng01-197J03.b_48_1005 (reverse)

seq1  GCCTATATAC-ACATG-AACATAT--CCCCACACAACACACATGTATGCA  46
      |||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATATACAACATGAAACATATTCCCCCACACAACACACATGTATGCA  50

seq1  CATGACTAAGAGTAAAACAGATCTTTAAAATGTTATTATCATTACTTGTG  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGACTAAGAGTAAAACAGATCTTTAAAATGTTATTATCAATACTTGTG  100

seq1  GTGTGTGTGTGTATACATGTGTGTCACAGTGTGTGTGTGTGCGCC-ACAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGTGTGTGTGTATACATGTGTGTCACAGTGTGTGTGTGTGCGCCAACAG  150

seq1  TGCGTGCG-AAGGTTCAGAGGACAACTTCACAGAGTCACTTCTCCTTCTA  194
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGCGAAAGGTTCAGAGGACAACTTCACAGAGTCACTTCTCCTTCTA  200

seq1  CCTTTCCTTGGATCCAGAGAGCACACTCAGGTCATCAGCCTTGTGTGGCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTGGATCCAGAGAGCACACTCAGGTCATCAGCCTTGTGTGGCA  250

seq1  TGTGCTTTTACCTGGAGCGATCTACACAGACTGTGGCTAAACTTCCTGTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTTTACCTGGAGCGATCTACACAGACTGTGGCTAAACTTCCTGTC  300

seq1  CTATTCAATTAATTAAATTAACCCTAAAATGAAGAAATGTGATAATTCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCAATTAATTAAATTAACCCTAAAATGAAGAAATGTGATAATTCTT  350

seq1  CCAAATATGGTTATTTAATGGCTGAAAACAATAATCCATTACTGTCCTCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATGGTTATTTAATGGCTGAAAACAATAATCCATTACTGTCCTCA  400

seq1  TAAAAAAATTCTTGTTTATGTGTTTTTCATTTGTTTGAAAATTTACTTAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAATTCTTGTTTATGTGTTTTTCATTTGTTTGAAAATTTACTTAT  450

seq1  TGAGATAGGCTCTCACTAGGTAGCCTGGGCTGGCCTGGAAGTCAGATGTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGGCTCTCACTAGGTAGCCTGGGCTGGCCTGGAAGTCAGATGTC  500

seq1  GATGAGTCTGACCTTATTCACAAAGATCTACCCATCTTTGTGCCTCTTAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTCTGACCTTATTCACAAAGATCTACCCATCTTTGTGCCTCTTAA  550

seq1  ATGCTGTCATTAAAAAGGTATGCACCATCACCCCCAGATAGATCTTACTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTCATTAAAAAGGTATGCACCATCACCCCCAGATAGATCTTACTT  600

seq1  TTTAATTATTAATGTATGAATTTGCTTGTGTATATGCTCATTTGTGCATG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTAATGTATGAATTTGCTTGTGTATATGCTCATTTGTGCATG  650

seq1  TCAGTGACGTTGCTATAGGAGGCAGGTTCCCTGGAGCTGGGGTTGTATAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACGTTGCTATAGGAGGCAGGTTCCCTGGAGCTGGGGTTGTATAC  700

seq1  AGGTGGTTGTGAGCTGCCCAATGTGTGCACTGGGGAACAAACTTGGGTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTTGTGAGCTGCCCAATGTGTGCACTGGGGAACAAACTTGGGTCA  750

seq1  TCAGTAAGAACAGTAAGTGTCCTTAACTGCTGAGCCGTTTTCCCACCCCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAGAACAGTAAGTGTCCTTAACTGCTGAGCCGTTTTCCCACCCCC  800

seq1  ACCCGGAGCCCAGCGAATTACTGGTCTTCTTGCTCTGACAAATTACTTGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGAGCCCAGCGAATTACTGGTCTTCTTGCTCTGACAAATTACTTGA  850

seq1  TAGAAGAAACTTAACGAAGGGAGGAAGGGTTTATTTTGGTTCACAGGGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAAACTTAACGAAGGGAGGAAGGGTTTATTTTGGTTCACAGGGAA  900

seq1  AGCATGGCCATAGGGGCTTGAGGTAGATTCCAGTCAGGCAGCAGGGAGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCCATAGGGGCTTGAGGTAGATTCCAGTCAGGCAGCAGGGAGAG  950

seq1  ATGAATTC  952
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  958


seq1: chr9_116163417_116164351
seq2: B6Ng01-197J03.g_69_1005

seq1  GAATTCAGATTTCTAGTTCCTTCTCATACAATGAATGGTTGTTGTTGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTTCTAGTTCCTTCTCATACAATGAATGGTTGTTGTTGTTG  50

seq1  TTTGTTTTTGTTTCTTGTTTTTTGCTGTGTGCTTTGGAAGTAAAGACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTGTTTCTTGTTTTTTGCTGTGTGCTTTGGAAGTAAAGACTGA  100

seq1  TAGGCCGAAAAGTCTCTCGGTTTTGTTTGTTTGCTTTGGATGTTGGGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCGAAAAGTCTCTCGGTTTTGTTTGTTTGCTTTGGATGTTGGGTCT  150

seq1  CAAGTAGCACAGGCTAGCTCCAAGTTTGTTATGTAGCCGAGGATGACCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAGCACAGGCTAGCTCCAAGTTTGTTATGTAGCCGAGGATGACCTC  200

seq1  GAACTCCTGACTCTCCGGTCTCCCCTCCCCCTCATGGTTACAATCAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCTGACTCTCCGGTCTCCCCTCCCCCTCATGGTTACAATCAAGCA  250

seq1  ACACCATGCCCAGCTTTTGTAGTAATGGAGGAGATCCAATCCAGGCGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATGCCCAGCTTTTGTAGTAATGGAGGAGATCCAATCCAGGCGTTG  300

seq1  AGCATGATAGGTCAGCTCTCTACCAACTGAGTTAACATTACCCTGCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATAGGTCAGCTCTCTACCAACTGAGTTAACATTACCCTGCAGTC  350

seq1  TGAGATATCGCTCTGAAATATGATTTGACTTTTTTTTTATGACTAGTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATCGCTCTGAAATATGATTTGACTTTTTTTTTATGACTAGTTAC  400

seq1  TTAGTTACTTATTTTTTAAAGGAAAAATAAAATAACTTGCTGGCCTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTACTTATTTTTTAAAGGAAAAATAAAATAACTTGCTGGCCTAAAT  450

seq1  ATGATTTCTTTTAACCAGGTCTCATGCTGAAGTTGACCTTGAACGCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTCTTTTAACCAGGTCTCATGCTGAAGTTGACCTTGAACGCAGTA  500

seq1  TTAACGGACTCAAACTCCTGGTCCTCCTGCCTCTGCAGTCAGAATACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGGACTCAAACTCCTGGTCCTCCTGCCTCTGCAGTCAGAATACTGA  550

seq1  GATTAGAGAGTGTACCACACCTAGTTTCATGCAGTGCTGGGGATCGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAGAGTGTACCACACCTAGTTTCATGCAGTGCTGGGGATCGAGGC  600

seq1  CCGCAGCTTCATGATCTCTGAAGGAAGCACAGTATTAACTGAGTGACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGCTTCATGATCTCTGAAGGAAGCACAGTATTAACTGAGTGACAGC  650

seq1  CCCAGGCCACAATTACTGTCATGTCTTCAATGTAAGAATTCTAGCCGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCCACAATTACTGTCATGTCTTCAATGTAAGAATTCTAGCCGGGC  700

seq1  ACGGTGGCTCACGCCTGCAAGCCCAGCACTCCACTATGGAGGCTGAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGGCTCACGCCTGCAAGCCCAGCACTCCACTATGGAGGCTGAGGCA  750

seq1  GGAAGATTGTTGGGAATCTGAGGGCAGCCTGGGCTCCGTGATGAGACCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATTGTTGGGAATCTGAGGGCAGCCTGGGCTCCGTGATGAGACCTT  800

seq1  ATAGCAGACCGAATCGGCAGAGTGCTGTAATGACGAGCAG-CAATGAGAC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  ATAGCAGACCGAATCGGCAGAGTGCTGTAATGACGAGCAGCCATTGAGAC  850

seq1  AGTCCCCGACAGCCACAATCCGAGTCTGACCAGCACACAACTGCTCCAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCGACAGCCACAATCCGAGTCTGACCAGCACACAACTGCTCCAGA  900

seq1  GCTGGT-GGGAGGCAGGCGGGGTGGGGAGGGGGGGAA  935
      |||||| |||||||| |||||  ||||||||||| ||
seq2  GCTGGTGGGGAGGCAAGCGGGTGGGGGAGGGGGGTAA  937


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |