BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198A04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,178,673 - 68,284,768
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneRora, 9530091C08Rik, Narg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198A04.bB6Ng01-198A04.g
ACCGA019722GA019723
length1,1101,194
definitionB6Ng01-198A04.b B6Ng01-198A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,283,668 - 68,284,768)(68,178,673 - 68,179,834)
sequence
gaattcatgcctgacaagttaaccaaactagctgtaggttaagtaaagta
ttctactgtcattatttttgaattctgttttgtgtgtgcatatgtgtggg
tgagtgtgtgcaataagtgtgttcccatatagacagcacactcaactatg
cagacatgcatgaagacaagaggtcagtggtgagtgtatttctcaatttc
tcttcaccttatttcttgagctaggatctctcatgtactctgaagatcac
ctttctcagctaggctggctggccagtgagacacagtagtcctcatttct
gcctccctagccataggactccgggtgtgtcccaccacacccggcttttg
tatgtgagttctgaagacctgaattcaggccctcctgcttatgcagcaag
cactttatccactgggtcatcgcccagctgttggagagttttgagttcat
gaagtttatatcacctgcctggatcttcaagttacttggatctaatagtt
ccctattctgtcgagagccattatgacatatggtaaatgaaatgcaattt
tcccaagtagcttgtttaaaaaggagaactcaaaatagctttgacttcac
tgtgaaactttgctgcctcttttcccttatgacaggaaccaggtcaataa
agatgggcagagaggctatggagaggaaaggtcagagaaatgcctcaggc
agtctttttcttttcgttttcttatttttgagaatgtgtatgtgtgtgta
catatgtatatgtatgttctcttgtctgtggggtgcatatatgggcacat
gtgtgcacatggatgggaagccctgagtctgggcatcaggtgtcttcctc
agtaagtatcttaaaggcagcggtctctcactcaaactttggagatcctg
gatagttagcctctgcagccatcttgcttccggggacccctcacctctgc
cctttaaaggctacaatcataggtggactgttcacagctgcactatagtt
tcctgagaatttcacaatcccatcttctgattacatcacaatgtccttta
acctctgcctcatctcctcagtcccacctggctgtcttaaattggtattc
atccacttac

gaattcatgactggaggtacaaggaacttggcagcacccaggcgtttggc
aagaaacccttccttcccttatagtagtaattaaaagcctgttccaaagt
ggaaattaatctggtacttcaaataagcagatatttattaagctactaga
agcaccctggcgtggtacaactggcatgggaatgtggggattaggacctt
gcagtgtgggactggataggtcacttcatctctctgagatcctgtttcct
tcccagaaagctgagaaaaccaggcaagatatttttgccagattccttat
tttttcttttttttactattttacagctgcaagaattctgtttgaaaata
tacaaggctagcatctggaacatggctcagtgggtaaggttgcttgctgt
gcaagcatgaagacccacctgagtgtgaacccagtagtcacctgaaagcc
aggcatgaccatgcattcctgaaactccagagttagggagagatgagtcc
tggaagctctggggttagttgagacaatgagacaattgaacttccacatg
agtgagagaccctgtctcaagggaataaggtagagtgtgtaaagacaccc
atgttgtgctctgatctctacacacacacggtcacacacacacacacaca
cacacacacacacacaaactattacacatgcacaacatgggaacacacat
atgcaaagatgaaagggttattaacaaaagtataactattaaaagaatat
tccagaaagagagcctgggtatttaccatatgataatcattgtttctgcc
aactaagtatccccggctcttttaaagtacatggtaggattttaaggacc
ttcttatttagggctcacccatagtcacaagacttgctgagagtctgtca
aatggtatttggacatgcaatagaaaaaatatattatgtccttccatgat
ctgattctctgggctctatttttctggagctcttccttggtcttgagttc
cttaggcaatgtattaccaatggaactatagtttcagtctagtcctcagt
ggaattaagtgaataataaagaaaacgagaccccttaatttcttatgttc
agttcataattaattagaacatttgtttggatggctcacaatggactaag
atttatccaaaagcatccattaatattgcctagacgtactcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68283668_68284768
seq2: B6Ng01-198A04.b_47_1156 (reverse)

seq1  GTAAGTGGTTGGAAATA-CAATTTAAGACAGCCA-GTGGGACTGAGGAGA  48
      |||||||| ||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTAAGTGGATG--AATACCAATTTAAGACAGCCAGGTGGGACTGAGGAGA  48

seq1  TGGAGCAGAGTTTAAAGGACA-TGTGATGTAATCAAGAAGATGGGATTGT  97
      ||  |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGAGGTTAAAGGACATTGTGATGTAATC-AGAAGATGGGATTGT  97

seq1  G-AATTCTCAG--AACTATAGTGCAGCTGTG-ACAGTCCACCTATGATTG  143
      | |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTCAGGAAACTATAGTGCAGCTGTGAACAGTCCACCTATGATTG  147

seq1  TAGCC-TTAAAGGGCAGAGGTGAGGGGTCCCCGG-AGCAAGATGGCTGCA  191
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGCCTTTAAAGGGCAGAGGTGAGGGGTCCCCGGAAGCAAGATGGCTGCA  197

seq1  GAGGCTAACTTATCCAGGATCTCC-AAGTTTGAGTGAGAGA-CGCTGCCT  239
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGGCTAAC-TATCCAGGATCTCCAAAGTTTGAGTGAGAGACCGCTGCCT  246

seq1  TTAAGATACTTACTGAGGAAGACACCTGATG-CCAGACTCAGGGCTTCCC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATACTTACTGAGGAAGACACCTGATGCCCAGACTCAGGGCTTCCC  296

seq1  ATCCATGTGCACACATGTGCCCATATATGCA-CCCACAGACAAGAGAACA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGTGCACACATGTGCCCATATATGCACCCCACAGACAAGAGAACA  346

seq1  TACATATACATATGTACACACACATACACATTCTCAAAAATAAGAAAACG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATACATATGTACACACACATACACATTCTCAAAAATAAGAAAACG  396

seq1  AAAAGAAAAAGACTGCCTGAGGCATTTCTCTGACCTTTCCTCTCCATAGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAAAGACTGCCTGAGGCATTTCTCTGACCTTTCCTCTCCATAGC  446

seq1  CTCTCTGCCCATCTTTATTGACCTGGTTCCTGTCATAAGGGAAAAGAGGC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCCCATCTTTATTGACCTGGTTCCTGTCATAAGGGAAAAGAGGC  496

seq1  AGCAAAGTTTCACAGTGAAGTCAAAGCTATTTTGAGTTCTCCTTTTTAAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTTTCACAGTGAAGTCAAAGCTATTTTGAGTTCTCCTTTTTAAA  546

seq1  CAAGCTACTTGGGAAAATTGCATTTCATTTACCATATGTCATAATGGCTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTACTTGGGAAAATTGCATTTCATTTACCATATGTCATAATGGCTC  596

seq1  TCGACAGAATAGGGAACTATTAGATCCAAGTAACTTGAAGATCCAGGCAG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACAGAATAGGGAACTATTAGATCCAAGTAACTTGAAGATCCAGGCAG  646

seq1  GTGATATAAACTTCATGAACTCAAAACTCTCCAACAGCTGGGCGATGACC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATAAACTTCATGAACTCAAAACTCTCCAACAGCTGGGCGATGACC  696

seq1  CAGTGGATAAAGTGCTTGCTGCATAAGCAGGAGGGCCTGAATTCAGGTCT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATAAAGTGCTTGCTGCATAAGCAGGAGGGCCTGAATTCAGGTCT  746

seq1  TCAGAACTCACATACAAAAGCCGGGTGTGGTGGGACACACCCGGAGTCCT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACTCACATACAAAAGCCGGGTGTGGTGGGACACACCCGGAGTCCT  796

seq1  ATGGCTAGGGAGGCAGAAATGAGGACTACTGTGTCTCACTGGCCAGCCAG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAGGGAGGCAGAAATGAGGACTACTGTGTCTCACTGGCCAGCCAG  846

seq1  CCTAGCTGAGAAAGGTGATCTTCAGAGTACATGAGAGATCCTAGCTCAAG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTGAGAAAGGTGATCTTCAGAGTACATGAGAGATCCTAGCTCAAG  896

seq1  AAATAAGGTGAAGAGAAATTGAGAAATACACTCACCACTGACCTCTTGTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGTGAAGAGAAATTGAGAAATACACTCACCACTGACCTCTTGTC  946

seq1  TTCATGCATGTCTGCATAGTTGAGTGTGCTGTCTATATGGGAACACACTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCATGTCTGCATAGTTGAGTGTGCTGTCTATATGGGAACACACTT  996

seq1  ATTGCACACACTCACCCACACATATGCACACACAAAACAGAATTCAAAAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCACACACTCACCCACACATATGCACACACAAAACAGAATTCAAAAA  1046

seq1  TAATGACAGTAGAATACTTTACTTAACCTACAGCTAGTTTGGTTAACTTG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACAGTAGAATACTTTACTTAACCTACAGCTAGTTTGGTTAACTTG  1096

seq1  TCAGGCATGAATTC  1101
      ||||||||||||||
seq2  TCAGGCATGAATTC  1110


seq1: chr9_68178673_68179834
seq2: B6Ng01-198A04.g_62_1255

seq1  GAATTCATGACTGGAGGTACAAGGAACTTGGCAGCACCCAGGCGTTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGACTGGAGGTACAAGGAACTTGGCAGCACCCAGGCGTTTGGC  50

seq1  AAGAAACCCTTCCTTCCCTTATAGTAGTAATTAAAAGCCTGTTCCAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACCCTTCCTTCCCTTATAGTAGTAATTAAAAGCCTGTTCCAAAGT  100

seq1  GGAAATTAATCTGGTACTTCAAATAAGCAGATATTTATTAAGCTACTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTAATCTGGTACTTCAAATAAGCAGATATTTATTAAGCTACTAGA  150

seq1  AGCACCCTGGCGTGGTACAACTGGCATGGGAATGTGGGGATTAGGACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCTGGCGTGGTACAACTGGCATGGGAATGTGGGGATTAGGACCTT  200

seq1  GCAGTGTGGGACTGGATAGGTCACTTCATCTCTCTGAGATCCTGTTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGGGACTGGATAGGTCACTTCATCTCTCTGAGATCCTGTTTCCT  250

seq1  TCCCAGAAAGCTGAGAAAACCAGGCAAGATATTTTTGCCAGATTCCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAAAGCTGAGAAAACCAGGCAAGATATTTTTGCCAGATTCCTTAT  300

seq1  TTTTTCTTTTTTTTACTATTTTACAGCTGCAAGAATTCTGTTTGAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTTTTTACTATTTTACAGCTGCAAGAATTCTGTTTGAAAATA  350

seq1  TACAAGGCTAGCATCTGGAACATGGCTCAGTGGGTAAGGTTGCTTGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGCTAGCATCTGGAACATGGCTCAGTGGGTAAGGTTGCTTGCTGT  400

seq1  GCAAGCATGAAGACCCACCTGAGTGTGAACCCAGTAGTCACCTGAAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATGAAGACCCACCTGAGTGTGAACCCAGTAGTCACCTGAAAGCC  450

seq1  AGGCATGACCATGCATTCCTGAAACTCCAGAGTTAGGGAGAGATGAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGACCATGCATTCCTGAAACTCCAGAGTTAGGGAGAGATGAGTCC  500

seq1  TGGAAGCTCTGGGGTTAGTTGAGACAATGAGACAATTGAACTTCCACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTCTGGGGTTAGTTGAGACAATGAGACAATTGAACTTCCACATG  550

seq1  AGTGAGAGACCCTGTCTCAAGGGAATAAGGTAGAGTGTGTAAAGACACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGACCCTGTCTCAAGGGAATAAGGTAGAGTGTGTAAAGACACCC  600

seq1  ATGTTGTGCTCTGATCTCTACACACACACGGTCACACACACACACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGCTCTGATCTCTACACACACACGGTCACACACACACACACACA  650

seq1  CACACACACACACACAAACTATTACACATGCACAACATGGGAACACACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACAAACTATTACACATGCACAACATGGGAACACACAT  700

seq1  ATGCAAAGATGAAAGGGTTATTAACAAAAGTATAACTATTAAAAGAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGATGAAAGGGTTATTAACAAAAGTATAACTATTAAAAGAATAT  750

seq1  TCCAGAAAGAGAGCCTGGGTATTTACCATATGATAATCATTGTTTCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAAGAGAGCCTGGGTATTTACCATATGATAATCATTGTTTCTGCC  800

seq1  AACTAAGTATCCCCGGCTCTTTT-AAGTACATGGTAGGATTTTAAGGACC  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGTATCCCCGGCTCTTTTAAAGTACATGGTAGGATTTTAAGGACC  850

seq1  TTCTTA-TTAGGGCTCACCCATAGTCACAAGACTTGCTGAGAGTCTGTCA  898
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTTAGGGCTCACCCATAGTCACAAGACTTGCTGAGAGTCTGTCA  900

seq1  AATGG-AATTGGACATGC-ATAGAAAAAATATA-TATGTCCTTCCATGAT  945
      ||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGGTATTTGGACATGCAATAGAAAAAATATATTATGTCCTTCCATGAT  950

seq1  CTTGATCTCTTGGCTCTA-TTTTCTGGAGC-CTTCCTTGGTC-TGAG-TC  991
      ||   ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||
seq2  CTGATTCTCTGGGCTCTATTTTTCTGGAGCTCTTCCTTGGTCTTGAGTTC  1000

seq1  CCTAAGCAAGG--ATACC-ATGGAAC-ATAGTTCCAG-CTAGTCCTCAGT  1036
      | || |||| |   |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||
seq2  CTTAGGCAATGTATTACCAATGGAACTATAGTTTCAGTCTAGTCCTCAGT  1050

seq1  GGAATTATAGTGAA-AAT-AAGAAACAGA----CCTTAATTTCTTATG-T  1079
      ||||||| |||||| ||| ||||||  ||    ||||||||||||||| |
seq2  GGAATTA-AGTGAATAATAAAGAAAACGAGACCCCTTAATTTCTTATGTT  1099

seq1  CAG-TCAT-ATATATTAG-ACATTTGTT--GAT-GCTCACA--TGACTAA  1121
      ||| |||| ||  ||||| |||||||||  ||| |||||||   ||||||
seq2  CAGTTCATAATTAATTAGAACATTTGTTTGGATGGCTCACAATGGACTAA  1149

seq1  GA-TTATCC-AAAGCAT-CATGAATAT--GCTAGACGTATCTCTTG  1162
      || |||||| ||||||| ||| |||||   ||||||||| ||||||
seq2  GATTTATCCAAAAGCATCCATTAATATTGCCTAGACGTA-CTCTTG  1194


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |