BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201E21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 121,681,077 - 121,908,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492
Upstream geneLOC100040010, Ctnnb1, Ulk4, Trak1, Cck, Lyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr
Downstream geneLOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204, 9530059O14Rik, LOC666218, LOC671232, D9Ertd402e, Zfp445, LOC623874, Zfp167, EG666257, Zfp660, Zfp105, 1110059G10Rik, Kif15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201E21.bB6Ng01-201E21.g
ACCGA022119GA022120
length4701,122
definitionB6Ng01-201E21.b B6Ng01-201E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,681,077 - 121,681,552)(121,907,646 - 121,908,767)
sequence
atgtatgcacacatgcacggaacacaaccacatgcacacacacacgcata
ccgcgtagctgaatatgatcttgaacctctcattctcttgtgtccatgtc
ccccaagctgggattacagacatgtgccaccacactggcctgtatgtagc
actgagaatccaacccaagatcttatgaatataccttcttccaaggtagg
gaatgtaaaatataaagtaggcagggtcttgatgaaaaggcaacagaggc
atccccaaagatgtgtttggaggcgggagagacctgcttgatctgtatgg
ttggtggtctttagagcctgtggggagtggggggcacaggccccaccttt
ctatatgtctgcaaaagcagctgagcatgaccccacccttgcctagttag
agatgggggcttttgaagctctgtggccatacctgtctccatgctctcct
ggggcttctgggtatgacct
gaattctctttccctcttaggacatgaccttcctctctgaactggtgaat
tttaaagcattggtgagatcacttactgtctaagtcacattggcattttc
agtgttcttagtagttttgctttaacaaaatgtctttttcacaatccaga
atcaggtatttgatggaagcacaaagtacaggacaaagtaaattaaggag
actagtctccagctgacaaaatcaagccaagggctggcagtgtctcccga
ggaccaagagggcaatccgaagatcaggatagaggccttcataatgtcag
tcaggggactgccctgtgcaggtgggctgtgaaccagcaggattcaacca
cactggaagagcctcttagaacaaggacaaagcaaagccagtgagctttc
accttcaccttgactgacaaggggcacaaatgccttctctgaggttgtat
ggactgcaaatgcacatggcagatgccctgaacattggcaaacatcctaa
atgatgggcagattaagggaaactggcagactgtaatggcttgtctttat
tgtcagtttaactgaatttaaaatcactatggaaacacgtttctgggtgt
gtctatgagaatgtttccagaaagatttaactgaagagggaagatacgcc
ctctgtgtgggcagcaccatcctaagggctgggacctgggactgatgaac
agagaaagcaagaggagcagcagaggtcagcactctgctccctgtctgtg
gatacagtaacagctgcctcacgcttctgcctccatgccctcccaccgtg
aggaactgtatcttcaaagtgtgagccaaaagaaaccctttctccattaa
gtgactctgcctaatattttgatgcagccaagataaaattaactaataca
gtcgtataaaactttaactaatacagtgctattcacataaactaaagact
caagatttcttcttcattcagtgggagattgcagcagcagcttgtgctgc
tcatagagcatatgaggcctcttacagattacatgtcccccagatcttgt
aaataatctcccaaagaccttgggttgtttataagaaaaacttgagtctt
ctatggcaagcacaacaactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_121681077_121681552
seq2: B6Ng01-201E21.b_47_522

seq1  GAATTCATGTATGCACACATGCACGGAACACAACCACATGCACACACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTATGCACACATGCACGGAACACAACCACATGCACACACACA  50

seq1  CGCATACCGCGTAGCTGAATATGATCTTGAACCTCTCATTCTCTTGTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATACCGCGTAGCTGAATATGATCTTGAACCTCTCATTCTCTTGTGTC  100

seq1  CATGTCCCCCAAGCTGGGATTACAGACATGTGCCACCACACTGGCCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCCCCAAGCTGGGATTACAGACATGTGCCACCACACTGGCCTGTA  150

seq1  TGTAGCACTGAGAATCCAACCCAAGATCTTATGAATATACCTTCTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCACTGAGAATCCAACCCAAGATCTTATGAATATACCTTCTTCCAA  200

seq1  GGTAGGGAATGTAAAATATAAAGTAGGCAGGGTCTTGATGAAAAGGCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGAATGTAAAATATAAAGTAGGCAGGGTCTTGATGAAAAGGCAAC  250

seq1  AGAGGCATCCCCAAAGATGTGTTTGGAGGCGGGAGAGACCTGCTTGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCATCCCCAAAGATGTGTTTGGAGGCGGGAGAGACCTGCTTGATCT  300

seq1  GTATGGTTGGTGGTCTTTAGAGCCTGTGGGGAGTGGGGGGCACAGGCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTTGGTGGTCTTTAGAGCCTGTGGGGAGTGGGGGGCACAGGCCCC  350

seq1  ACCTTTCTATATGTCTGCAAAAGCAGCTGAGCATGACCCCACCCTTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCTATATGTCTGCAAAAGCAGCTGAGCATGACCCCACCCTTGCCT  400

seq1  AGTTAGAGATGGGGGCTTTTGAAGCTCTGTGGCCATACCTGTCTCCATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGATGGGGGCTTTTGAAGCTCTGTGGCCATACCTGTCTCCATGC  450

seq1  TCTCCTGGGGCTTCTGGGTATGACCT  476
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGGGCTTCTGGGTATGACCT  476

seq1: chr9_121907646_121908767
seq2: B6Ng01-201E21.g_67_1188 (reverse)

seq1  TCAGTTGTTGTGCTTCCCATAG-AGACTCCAAGTTTTCTTTATAAACAAC  49
      ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||  |||||||||||
seq2  TCAGTTGTTGTGCTTGCCATAGAAGACT-CAAGTTTTTCTTATAAACAAC  49

seq1  CCAAGGTCTTTTGGGAGATTATTTAC-AGATCTGGGGGACATGTAATCTG  98
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTC-TTTGGGAGATTATTTACAAGATCTGGGGGACATGTAATCTG  98

seq1  T-AGAGGCCTCATATGCTCTATGGAGCAGCAC-AGCTGGCTGCTGCAATC  146
      | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  TAAGAGGCCTCATATGCTCTAT-GAGCAGCACAAGCT-GCTGCTGCAATC  146

seq1  TCCCACTGAATGAAGAGGAAATCTTGAGTCTTTAGTTTTATGTGAATAGC  196
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCCACTGAATGAAGAAGAAATCTTGAGTCTTTAG-TTTATGTGAATAGC  195

seq1  ACTGTATTAGTT-AAGTTTTATACGACTGTATTAGTTAATTTTATCTTGG  245
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTAGTTAAAGTTTTATACGACTGTATTAGTTAATTTTATCTTGG  245

seq1  CTGCATCAAAATATTAGGCAGAGTCACTTAATGGAGAAAGGGTTTCTTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCAAAATATTAGGCAGAGTCACTTAATGGAGAAAGGGTTTCTTTT  295

seq1  GGCTCACACTTTGAAGATACAGTTCCTCACGGTGGGAGGGCATGGAGGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACACTTTGAAGATACAGTTCCTCACGGTGGGAGGGCATGGAGGCA  345

seq1  GAAGCGTGAGGCAGCTGTTACTGTATCCACAGACAGGGAGCAGAGTGCTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGTGAGGCAGCTGTTACTGTATCCACAGACAGGGAGCAGAGTGCTG  395

seq1  ACCTCTGCTGCTCCTCTTGCTTTCTCTGTTCATCAGTCCCAGGTCCCAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGCTGCTCCTCTTGCTTTCTCTGTTCATCAGTCCCAGGTCCCAGC  445

seq1  CCTTAGGATGGTGCTGCCCACACAGAGGGCGTATCTTCCCTCTTCAGTTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGGATGGTGCTGCCCACACAGAGGGCGTATCTTCCCTCTTCAGTTA  495

seq1  AATCTTTCTGGAAACATTCTCATAGACACACCCAGAAACGTGTTTCCATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTCTGGAAACATTCTCATAGACACACCCAGAAACGTGTTTCCATA  545

seq1  GTGATTTTAAATTCAGTTAAACTGACAATAAAGACAAGCCATTACAGTCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTTAAATTCAGTTAAACTGACAATAAAGACAAGCCATTACAGTCT  595

seq1  GCCAGTTTCCCTTAATCTGCCCATCATTTAGGATGTTTGCCAATGTTCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTTCCCTTAATCTGCCCATCATTTAGGATGTTTGCCAATGTTCAG  645

seq1  GGCATCTGCCATGTGCATTTGCAGTCCATACAACCTCAGAGAAGGCATTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTGCCATGTGCATTTGCAGTCCATACAACCTCAGAGAAGGCATTT  695

seq1  GTGCCCCTTGTCAGTCAAGGTGAAGGTGAAAGCTCACTGGCTTTGCTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCTTGTCAGTCAAGGTGAAGGTGAAAGCTCACTGGCTTTGCTTTG  745

seq1  TCCTTGTTCTAAGAGGCTCTTCCAGTGTGGTTGAATCCTGCTGGTTCACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTCTAAGAGGCTCTTCCAGTGTGGTTGAATCCTGCTGGTTCACA  795

seq1  GCCCACCTGCACAGGGCAGTCCCCTGACTGACATTATGAAGGCCTCTATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCTGCACAGGGCAGTCCCCTGACTGACATTATGAAGGCCTCTATC  845

seq1  CTGATCTTCGGATTGCCCTCTTGGTCCTCGGGAGACACTGCCAGCCCTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTTCGGATTGCCCTCTTGGTCCTCGGGAGACACTGCCAGCCCTTG  895

seq1  GCTTGATTTTGTCAGCTGGAGACTAGTCTCCTTAATTTACTTTGTCCTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATTTTGTCAGCTGGAGACTAGTCTCCTTAATTTACTTTGTCCTGT  945

seq1  ACTTTGTGCTTCCATCAAATACCTGATTCTGGATTGTGAAAAAGACATTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTGCTTCCATCAAATACCTGATTCTGGATTGTGAAAAAGACATTT  995

seq1  TGTTAAAGCAAAACTACTAAGAACACTGAAAATGCCAATGTGACTTAGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAGCAAAACTACTAAGAACACTGAAAATGCCAATGTGACTTAGAC  1045

seq1  AGTAAGTGATCTCACCAATGCTTTAAAATTCACCAGTTCAGAGAGGAAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTGATCTCACCAATGCTTTAAAATTCACCAGTTCAGAGAGGAAGG  1095

seq1  TCATGTCCTAAGAGGGAAAGAGAATTC  1122
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCTAAGAGGGAAAGAGAATTC  1122