BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201G13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 66,491,199 - 66,626,348
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCar12, Aph1b
Upstream geneRbpms2, Oaz2, Zfp609, LOC100041180, Trip4, 2810417H13Rik, Csnk1g1, Ppib, Snx22, Snx1, 5730536A07Rik, Dapk2, Herc1, Fbxl22, Usp3
Downstream geneLOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1, Tln2, LOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201G13.bB6Ng01-201G13.g
ACCGA022193GA022194
length1,142699
definitionB6Ng01-201G13.b B6Ng01-201G13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,625,206 - 66,626,348)(66,491,199 - 66,491,897)
sequence
gaattccttggaagaaattagcagtgcaatttctttggattccgtaagtt
tattcattataaaatactaacagcaacatagattcctcagttttaagctg
ctgtgtgtgctgtctgaaactggcttgtctagggaaaactcacctttttt
atctctgagaagctgggcagggagatgaatgatggacctttgggagatct
tctctttgtgagagtgtagctaaaccacaaagtagtgtgacattgacact
tctcatttgctactgtgacaccaaacagtgccatcaccctaatggtacag
ggtaaagttggagatagaccaaatttcaagctggcatggaacttttcatc
ttcagcagttcgcctgggttctggttactgtgagacaaacagcattccct
tttcaggactacgcaagggctttgttagtcttccagataaggcctctggc
ttcctctgtaagaggaatgctactgcattgggagtctgctgtggagactg
ttcccaatccaagtcttttgggaacagagtgtaaagtagcaatgacctct
tggtggaagtgatgccttggtgatcccagcacacatgtgcactgtctata
agaaccaggggcagcagtgagagggtttggcagtgacacttaagatgaat
tacccaggaactaaaccttaattgatgaacttccaccatgcttaaaatat
ttgagtgtctatgtagagatgcaagacttataaagcttctagcaagaata
tagattacctgagaaaccactgtttctccttaaaggttacttcagctcta
aatcatgttagtgcctctgctggagtttattggttgtatcttcatataag
atttcccctggactagaaggacaaagacatagaaagcaaacagtaaactt
cactttacagagccaagaacaagaagatgcccacagggctgggatgtgtt
cctccctgagcatggttactactgctgtcttatacaccttgtatggagat
attccgataaatgtttgcttgtccgaggcatgagaaacctgagatttgac
tgttatttataccttggagctcctaagcaattctctggagataccccata
ttagaaatggaggctatatacatctcaattaatttaaaaaac
gaattcacagagatctgcttgcttctgcttcctgagcattgagatttaaa
agcatgtgctaccactgcctggcagaaaaaaaaattgagttgggatggtg
tctcaggtattccagactggtcatcaactccctttatagctgaagatgac
ttttgaactgatcttcctccttctgttttctaagtgcagaaattgcaggc
atgcacccaggttacatagtactggggattgaacccagggctttgtgcct
ctagacaaatactttaccaactataccccaaccttaataaaatttctgaa
tgtgtgctctatgtacacgtgcatgcaggtatgtgcacccaggagcatgc
gcagaggccagagaaggatgcagatgccctgctctcattctgtcttgttc
ctctgcagtgggtctcttgctgagcctgaattaggctggctgctgcaagc
cccaccaaccctcctgtctcctcctgcagtgctggggttgcagacagatg
attttattcttctctttttatgtggatctttctggttctcatgcctgtga
agcaagaacttcacacctgcctggtccactaggccacctccctagtcccc
taaaatactcctagtgcctagaaagtgcctgatgtgcttctccttagtgc
tttcctgtcctttcctatctctagttcttcctttaaatgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_66625206_66626348
seq2: B6Ng01-201G13.b_46_1187 (reverse)

seq1  GTTTTTTTAATTAATTGAGATTGTATAATAGCCT-CATTTCTAATATTGT  49
      ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| || 
seq2  GTTTTTTAAATTAATTGAGA-TGTAT-ATAGCCTCCATTTCTAATA-TGG  47

seq1  GGTATACTCAGAGAATTTGCTTA-GAGCTC--AAGTAT-AATAACAGTCA  95
      |||||   ||||||| ||||||| ||||||  | |||| |||||||||||
seq2  GGTATCTCCAGAGAA-TTGCTTAGGAGCTCCAAGGTATAAATAACAGTCA  96

seq1  AATTCTCAGGTTCTCCATGCCTCGGACAAGCAAACATTTTATCGGAATAT  145
      || |||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AA-TCTCAGGTTTCTCATGCCTCGGACAAGCAAACA-TTTATCGGAATAT  144

seq1  CTCCATACAAGGTGTATAAGACAGCAGTAGTAACCATGCTCAGGGAGGAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATACAAGGTGTATAAGACAGCAGTAGTAACCATGCTCAGGGAGGAA  194

seq1  CACATCCCAGCCCTGTGGGCATCTTCTTGTTCTTGGCTCTGTAAAGTGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCAGCCCTGTGGGCATCTTCTTGTTCTTGGCTCTGTAAAGTGAA  244

seq1  GTTTACTGTTTGCTTTCTATGTCTTTGTCCTTCTAGTCCAGGGGAAATCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTGTTTGCTTTCTATGTCTTTGTCCTTCTAGTCCAGGGGAAATCT  294

seq1  TATATGAAGATACAACCAATAAACTCCAGCAGAGGCACTAACATGATTTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAGATACAACCAATAAACTCCAGCAGAGGCACTAACATGATTTA  344

seq1  GAGCTGAAGTAACCTTTAAGGAGAAACAGTGGTTTCTCAGGTAATCTATA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAAGTAACCTTTAAGGAGAAACAGTGGTTTCTCAGGTAATCTATA  394

seq1  TTCTTGCTAGAAGCTTTATAAGTCTTGCATCTCTACATAGACACTCAAAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTAGAAGCTTTATAAGTCTTGCATCTCTACATAGACACTCAAAT  444

seq1  ATTTTAAGCATGGTGGAAGTTCATCAATTAAGGTTTAGTTCCTGGGTAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGCATGGTGGAAGTTCATCAATTAAGGTTTAGTTCCTGGGTAAT  494

seq1  TCATCTTAAGTGTCACTGCCAAACCCTCTCACTGCTGCCCCTGGTTCTTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTAAGTGTCACTGCCAAACCCTCTCACTGCTGCCCCTGGTTCTTA  544

seq1  TAGACAGTGCACATGTGTGCTGGGATCACCAAGGCATCACTTCCACCAAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGTGCACATGTGTGCTGGGATCACCAAGGCATCACTTCCACCAAG  594

seq1  AGGTCATTGCTACTTTACACTCTGTTCCCAAAAGACTTGGATTGGGAACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATTGCTACTTTACACTCTGTTCCCAAAAGACTTGGATTGGGAACA  644

seq1  GTCTCCACAGCAGACTCCCAATGCAGTAGCATTCCTCTTACAGAGGAAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCACAGCAGACTCCCAATGCAGTAGCATTCCTCTTACAGAGGAAGC  694

seq1  CAGAGGCCTTATCTGGAAGACTAACAAAGCCCTTGCGTAGTCCTGAAAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCTTATCTGGAAGACTAACAAAGCCCTTGCGTAGTCCTGAAAAG  744

seq1  GGAATGCTGTTTGTCTCACAGTAACCAGAACCCAGGCGAACTGCTGAAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCTGTTTGTCTCACAGTAACCAGAACCCAGGCGAACTGCTGAAGA  794

seq1  TGAAAAGTTCCATGCCAGCTTGAAATTTGGTCTATCTCCAACTTTACCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGTTCCATGCCAGCTTGAAATTTGGTCTATCTCCAACTTTACCCT  844

seq1  GTACCATTAGGGTGATGGCACTGTTTGGTGTCACAGTAGCAAATGAGAAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATTAGGGTGATGGCACTGTTTGGTGTCACAGTAGCAAATGAGAAG  894

seq1  TGTCAATGTCACACTACTTTGTGGTTTAGCTACACTCTCACAAAGAGAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATGTCACACTACTTTGTGGTTTAGCTACACTCTCACAAAGAGAAG  944

seq1  ATCTCCCAAAGGTCCATCATTCATCTCCCTGCCCAGCTTCTCAGAGATAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCAAAGGTCCATCATTCATCTCCCTGCCCAGCTTCTCAGAGATAA  994

seq1  AAAAGGTGAGTTTTCCCTAGACAAGCCAGTTTCAGACAGCACACACAGCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGTGAGTTTTCCCTAGACAAGCCAGTTTCAGACAGCACACACAGCA  1044

seq1  GCTTAAAACTGAGGAATCTATGTTGCTGTTAGTATTTTATAATGAATAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAACTGAGGAATCTATGTTGCTGTTAGTATTTTATAATGAATAAA  1094

seq1  CTTACGGAATCCAAAGAAATTGCACTGCTAATTTCTTCCAAGGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGGAATCCAAAGAAATTGCACTGCTAATTTCTTCCAAGGAATTC  1142

seq1: chr9_66491199_66491897
seq2: B6Ng01-201G13.g_65_763

seq1  GAATTCACAGAGATCTGCTTGCTTCTGCTTCCTGAGCATTGAGATTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGATCTGCTTGCTTCTGCTTCCTGAGCATTGAGATTTAAA  50

seq1  AGCATGTGCTACCACTGCCTGGCAGAAAAAAAAATTGAGTTGGGATGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGCTACCACTGCCTGGCAGAAAAAAAAATTGAGTTGGGATGGTG  100

seq1  TCTCAGGTATTCCAGACTGGTCATCAACTCCCTTTATAGCTGAAGATGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTATTCCAGACTGGTCATCAACTCCCTTTATAGCTGAAGATGAC  150

seq1  TTTTGAACTGATCTTCCTCCTTCTGTTTTCTAAGTGCAGAAATTGCAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACTGATCTTCCTCCTTCTGTTTTCTAAGTGCAGAAATTGCAGGC  200

seq1  ATGCACCCAGGTTACATAGTACTGGGGATTGAACCCAGGGCTTTGTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCCAGGTTACATAGTACTGGGGATTGAACCCAGGGCTTTGTGCCT  250

seq1  CTAGACAAATACTTTACCAACTATACCCCAACCTTAATAAAATTTCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACAAATACTTTACCAACTATACCCCAACCTTAATAAAATTTCTGAA  300

seq1  TGTGTGCTCTATGTACACGTGCATGCAGGTATGTGCACCCAGGAGCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTCTATGTACACGTGCATGCAGGTATGTGCACCCAGGAGCATGC  350

seq1  GCAGAGGCCAGAGAAGGATGCAGATGCCCTGCTCTCATTCTGTCTTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCCAGAGAAGGATGCAGATGCCCTGCTCTCATTCTGTCTTGTTC  400

seq1  CTCTGCAGTGGGTCTCTTGCTGAGCCTGAATTAGGCTGGCTGCTGCAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAGTGGGTCTCTTGCTGAGCCTGAATTAGGCTGGCTGCTGCAAGC  450

seq1  CCCACCAACCCTCCTGTCTCCTCCTGCAGTGCTGGGGTTGCAGACAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAACCCTCCTGTCTCCTCCTGCAGTGCTGGGGTTGCAGACAGATG  500

seq1  ATTTTATTCTTCTCTTTTTATGTGGATCTTTCTGGTTCTCATGCCTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTCTTCTCTTTTTATGTGGATCTTTCTGGTTCTCATGCCTGTGA  550

seq1  AGCAAGAACTTCACACCTGCCTGGTCCACTAGGCCACCTCCCTAGTCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAACTTCACACCTGCCTGGTCCACTAGGCCACCTCCCTAGTCCCC  600

seq1  TAAAATACTCCTAGTGCCTAGAAAGTGCCTGATGTGCTTCTCCTTAGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATACTCCTAGTGCCTAGAAAGTGCCTGATGTGCTTCTCCTTAGTGC  650

seq1  TTTCCTGTCCTTTCCTATCTCTAGTTCTTCCTTTAAATGTGTGTGTGTG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTCCTTTCCTATCTCTAGTTCTTCCTTTAAATGTGTGTGTGTG  699