BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203B17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 22,473,662 - 22,585,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBbs9
Upstream geneSmarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25, Dock6, EG624219, Rab3d, BC010787, 2510048L02Rik, BC018242, 2310047B19Rik, Epor, Rgl3, C330001K17Rik, Prkcsh, Elavl3, Zfp653, Ecsit, EG625409, Cnn1, Elof1, Acp5, Pigyl, LOC100034724, 9530015I07Rik, 1810064F22Rik, Zfp809, BC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln, 9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, LOC100040805
Downstream geneBmper, LOC100040866
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203B17.bB6Ng01-203B17.g
ACCGA023413GA023414
length1,1861,109
definitionB6Ng01-203B17.b B6Ng01-203B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,583,939 - 22,585,139)(22,473,662 - 22,474,778)
sequence
gaattcctgctttctggaatgctgatggtacattccagcctataaaataa
gccattgccagagcttgtgacaatcacatgataaagacacagatcacaac
ccaaatgtgtgctgaacagaagacatgttgcctaagacaggagagcaccg
gtgagcatcaggcactggtctcacgggaagggaaacagctgtcctgcccc
caaaccccctttcacctgagtggtcatgtctggaagggcaatggctttct
gccatcaaaagtcagagaatttcagcacatggcaaaacatcaagtagctg
gcttctctatggatcaggaacaatctttgttcttcaaacttacactgctg
taaccaacctatgacttaaaattcctgagtctaaaaggtaggctagcatc
tctgaatgtgcaaaagctgtaaaatggcttattcactctgaagtgactct
taacaggactcagtacagccaggaagttatcagtctatttaaacaaatca
catctctacaacgtttgctcaggagattctcctgaccatgaggaggccat
gcacaccccacacgagtttgagaagcaaactttcttctaagacagtcccc
tactaacatggaaaacccaagtcagctttcatatcaaccaaggcaagaaa
tgttccctggacaacactggtggcgtgtctcaaacaatctggttcagcta
tgccctttatttatgaagacagatgctgctttgcgtattcccccaccacc
ttaccaccatctccaaggatattaaaaagatccatttctaaagctaggaa
atcaggcttcaacccaccattgtgtggtcataagaattacaccaagctac
tcgatgagtcatcagaccctggagtcaatcagcgaacaaattcgtcattt
tttcctcttttgacagaggtgactggctatccacaccacagcaaaataac
tggcaagagcaaggcaaggtcgggacagcaagccaaaggccctcttaagc
tcacacctaatcaactgtttaatttggcactgatgaacagcagtttgatg
catctccctctctgcaccacatacactatgtctcatataagcccagaaga
aaattctctctgactaagcgtagaaaggtcaattggcactgaaatcaagc
agcagttactcaagatggtgatgtgtgaactaaaag
gaattctgtgcctttgtcttttttattatgacaagaatccttgtacaccc
acagtccttggctgatgtaatggatgccattgttacagataccgtcaacc
tcatgtcattgttggcattgccgtcacagccaccatcactagagagtaca
cacatagataggatcttttggtcctcaagtttcagggaatacagggaaca
tgattttctctttaaggaagtgtcaagtttaaacatcctttcacgttgag
aaagttttacaaaagcagtgatcctgattgtagtgattcctgtagaatat
gttttatgtcacagcagtgttcagaagtagacttgtacttccacaatgta
ctttttcgtggctgcctatcttccccacccccctatgaattgctttaatg
gtggtatctgtacaagtgatgtcaggacacaggacagcaaatgcacagtg
gacatggctaacagacaggctgtgaacgaatagagttcacactgctccca
tgcgactaaggcagctctaagccacttcctcctcagcctcctcctcaaac
tctccctcttcctcagctgtagcgtcctggtactgctggtactcggacac
caggtcgttcatgttgctctcagcctcagtgaactccatctcatccatgc
cctcatctgtgtaccagtgtaggaaggccttgcatgggaacatggctgtg
aactgctctgagatgcctttgaacagctcctgaatagtggtgctgttgcc
aatgaatgtggcggacatttttaggccctgaggtggaatgtcacagacaa
ctatcttcacattgttggggatccactcaacaaagtagctgctgttcttg
ttttggacgttaagcatctgttcgtctacctcattcatagacatgtgggc
ccctgacacagcacccacagtcaagtggcgcccatggatctcagcagccg
tcagttcttggcatcaaacatctgctgggtgagctcagaactgtcaggca
cggtactgctggcttcctcggctggtcagggggcaaagcagcatgagagt
gcaaggcgaggtaggcaccaacatgttttataggccattttctgcagtca
tcatttagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_22583939_22585139
seq2: B6Ng01-203B17.b_47_1232 (reverse)

seq1  CTTTT-GTTCACA-TTCA-CATCTTGTGTTACTGCTGCTTGGTTTTCAGT  47
      ||||| |||||||  ||| ||||||| || |||||||||| | |||||||
seq2  CTTTTAGTTCACACATCACCATCTTGAGTAACTGCTGCTT-GATTTCAGT  49

seq1  GGCATATTGACTTTTCCTAACGCTAAGGTCCAAGAGAGAATTTTTCTCCT  97
      | || |||||| ||||   ||||| | |||  |||||||| |||||| ||
seq2  GCCA-ATTGACCTTTC--TACGCTTA-GTC--AGAGAGAA-TTTTCTTCT  92

seq1  GGGCCTTTATATGGAAGACATAGTGTAATGTGTGCCAGGAGAGGGGAGAT  147
      ||||  |||||||  ||||||||||| |||||   || |||| |||||||
seq2  GGGC--TTATATG--AGACATAGTGT-ATGTGGTGCA-GAGA-GGGAGAT  135

seq1  GCATTCAAACTGGCTGTTCATTCAGTGCCCAAATTAAACAGTTGATTAGG  197
      ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCA-TCAAACT-GCTGTTCA-TCAGTG-CCAAATTAAACAGTTGATTAGG  181

seq1  TGTGAGCCTTAAGAGGGCCTTTGGCTTGCTGTCCCGACCTTGCC-TGCTC  246
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTGAG-CTTAAGAGGGCCTTTGGCTTGCTGTCCCGACCTTGCCTTGCTC  230

seq1  TTGCCAGTTATTTTGCTGTGGTGTGGATAGCCAGTCACCTCTGTCAAAAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGTTATTTTGCTGTGGTGTGGATAGCCAGTCACCTCTGTCAAAAG  280

seq1  AGG-AAAAATGACGAATTTGTTCGCTGATTGACTCCAGGGTCTGATGACT  345
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAATGACGAATTTGTTCGCTGATTGACTCCAGGGTCTGATGACT  330

seq1  CATCGAGTAGCTTGGTGTAATTCTTATGACCACACAATGGTGGGTTGAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAGTAGCTTGGTGTAATTCTTATGACCACACAATGGTGGGTTGAAG  380

seq1  CCTGATTTCCTAGCTTTAGAAATGGATCTTTTTAATATCCTTGGAGATGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTTCCTAGCTTTAGAAATGGATCTTTTTAATATCCTTGGAGATGG  430

seq1  TGGTAAGGTGGTGGGGGAATACGCAAAGCAGCATCTGTCTTCATAAATAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGGTGGTGGGGGAATACGCAAAGCAGCATCTGTCTTCATAAATAA  480

seq1  AGGGCATAGCTGAACCAGATTGTTTGAGACACGCCACCAGTGTTGTCCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATAGCTGAACCAGATTGTTTGAGACACGCCACCAGTGTTGTCCAG  530

seq1  GGAACATTTCTTGCCTTGGTTGATATGAAAGCTGACTTGGGTTTTCCATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATTTCTTGCCTTGGTTGATATGAAAGCTGACTTGGGTTTTCCATG  580

seq1  TTAGTAGGGGACTGTCTTAGAAGAAAGTTTGCTTCTCAAACTCGTGTGGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGGGGACTGTCTTAGAAGAAAGTTTGCTTCTCAAACTCGTGTGGG  630

seq1  GTGTGCATGGCCTCCTCATGGTCAGGAGAATCTCCTGAGCAAACGTTGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATGGCCTCCTCATGGTCAGGAGAATCTCCTGAGCAAACGTTGTA  680

seq1  GAGATGTGATTTGTTTAAATAGACTGATAACTTCCTGGCTGTACTGAGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTGATTTGTTTAAATAGACTGATAACTTCCTGGCTGTACTGAGTC  730

seq1  CTGTTAAGAGTCACTTCAGAGTGAATAAGCCATTTTACAGCTTTTGCACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAGAGTCACTTCAGAGTGAATAAGCCATTTTACAGCTTTTGCACA  780

seq1  TTCAGAGATGCTAGCCTACCTTTTAGACTCAGGAATTTTAAGTCATAGGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGATGCTAGCCTACCTTTTAGACTCAGGAATTTTAAGTCATAGGT  830

seq1  TGGTTACAGCAGTGTAAGTTTGAAGAACAAAGATTGTTCCTGATCCATAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACAGCAGTGTAAGTTTGAAGAACAAAGATTGTTCCTGATCCATAG  880

seq1  AGAAGCCAGCTACTTGATGTTTTGCCATGTGCTGAAATTCTCTGACTTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAGCTACTTGATGTTTTGCCATGTGCTGAAATTCTCTGACTTTT  930

seq1  GATGGCAGAAAGCCATTGCCCTTCCAGACATGACCACTCAGGTGAAAGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGAAAGCCATTGCCCTTCCAGACATGACCACTCAGGTGAAAGGG  980

seq1  GGTTTGGGGGCAGGACAGCTGTTTCCCTTCCCGTGAGACCAGTGCCTGAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGGGGCAGGACAGCTGTTTCCCTTCCCGTGAGACCAGTGCCTGAT  1030

seq1  GCTCACCGGTGCTCTCCTGTCTTAGGCAACATGTCTTCTGTTCAGCACAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCGGTGCTCTCCTGTCTTAGGCAACATGTCTTCTGTTCAGCACAC  1080

seq1  ATTTGGGTTGTGATCTGTGTCTTTATCATGTGATTGTCACAAGCTCTGGC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGTTGTGATCTGTGTCTTTATCATGTGATTGTCACAAGCTCTGGC  1130

seq1  AATGGCTTATTTTATAGGCTGGAATGTACCATCAGCATTCCAGAAAGCAG  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTTATTTTATAGGCTGGAATGTACCATCAGCATTCCAGAAAGCAG  1180

seq1  GAATTC  1201
      ||||||
seq2  GAATTC  1186

seq1: chr9_22473662_22474778
seq2: B6Ng01-203B17.g_63_1171

seq1  GAATTCTGTGCCTTTGTCTTTTTTATTATGACAAGAATCCTTGTACACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCCTTTGTCTTTTTTATTATGACAAGAATCCTTGTACACCC  50

seq1  ACAGTCCTTGGCTGATGTAATGGATGCCATTGTTACAGATACCGTCAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCTTGGCTGATGTAATGGATGCCATTGTTACAGATACCGTCAACC  100

seq1  TCATGTCATTGTTGGCATTGCCGTCACAGCCACCATCACTAGAGAGTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCATTGTTGGCATTGCCGTCACAGCCACCATCACTAGAGAGTACA  150

seq1  CACATAGATAGGATCTTTTGGTCCTCAAGTTTCAGGGAATACAGGGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGATAGGATCTTTTGGTCCTCAAGTTTCAGGGAATACAGGGAACA  200

seq1  TGATTTTCTCTTTAAGGAAGTGTCAAGTTTAAACATCCTTTCACGTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTCTCTTTAAGGAAGTGTCAAGTTTAAACATCCTTTCACGTTGAG  250

seq1  AAAGTTTTACAAAAGCAGTGATCCTGATTGTAGTGATTCCTGTAGAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTACAAAAGCAGTGATCCTGATTGTAGTGATTCCTGTAGAATAT  300

seq1  GTTTTATGTCACAGCAGTGTTCAGAAGTAGACTTGTACTTCCACAATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATGTCACAGCAGTGTTCAGAAGTAGACTTGTACTTCCACAATGTA  350

seq1  CTTTTTCGTGGCTGCCTATCTTCCCCACCCCCCTATGAATTGCTTTAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCGTGGCTGCCTATCTTCCCCACCCCCCTATGAATTGCTTTAATG  400

seq1  GTGGTATCTGTACAAGTGATGTCAGGACACAGGACAGCAAATGCACAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATCTGTACAAGTGATGTCAGGACACAGGACAGCAAATGCACAGTG  450

seq1  GACATGGCTAACAGACAGGCTGTGAACGAATAGAGTTCACACTGCTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGCTAACAGACAGGCTGTGAACGAATAGAGTTCACACTGCTCCCA  500

seq1  TGCGACTAAGGCAGCTCTAAGCCACTTCCTCCTCAGCCTCCTCCTCAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGACTAAGGCAGCTCTAAGCCACTTCCTCCTCAGCCTCCTCCTCAAAC  550

seq1  TCTCCCTCTTCCTCAGCTGTAGCGTCCTGGTACTGCTGGTACTCGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCTTCCTCAGCTGTAGCGTCCTGGTACTGCTGGTACTCGGACAC  600

seq1  CAGGTCGTTCATGTTGCTCTCAGCCTCAGTGAACTCCATCTCATCCATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCGTTCATGTTGCTCTCAGCCTCAGTGAACTCCATCTCATCCATGC  650

seq1  CCTCATCTGTGTACCAGTGTAGGAAGGCCTTGCATGGGAACATGGCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCTGTGTACCAGTGTAGGAAGGCCTTGCATGGGAACATGGCTGTG  700

seq1  AACTGCTCTGAGATGCCTTTGAACAGCTCCTGAATAGTGGTGCTGTTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTCTGAGATGCCTTTGAACAGCTCCTGAATAGTGGTGCTGTTGCC  750

seq1  AATGAATGTGGCGGACATTTTTAGGCCCTGAGGTGGAATGTCACAGACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGTGGCGGACATTTTTAGGCCCTGAGGTGGAATGTCACAGACAA  800

seq1  CTATCTTCACATTGTTGGGGATCCACTCAACAAAGTAGCTGCTGTTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCACATTGTTGGGGATCCACTCAACAAAGTAGCTGCTGTTCTTG  850

seq1  TTTTGGACGTTAAGCATCTGTTCGTCTACCTCATTCATAGACATGT-GGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTGGACGTTAAGCATCTGTTCGTCTACCTCATTCATAGACATGTGGGC  900

seq1  CCCTGACACAGCACCCACAGTCAAGTGGCGCCCATGGATCTCAGGCAGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCTGACACAGCACCCACAGTCAAGTGGCGCCCATGGATCTCA-GCAGCC  949

seq1  GTCAGTTCTTGGCATCAAACATCTGCTGGGTGAGCTCAGGAACTGTCAGG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GTCAGTTCTTGGCATCAAACATCTGCTGGGTGAGCTCA-GAACTGTCA-G  997

seq1  GCACGGTACTGCTGGCTTCCCCGGCTGGTCAAGGGGGCAAAGCCAGGCAT  1049
      |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   ||||
seq2  GCACGGTACTGCTGGCTTCCTCGGCTGGTC-AGGGGGCAAAGC--AGCAT  1044

seq1  GAAGAAGTGC-AGGCGAGGGAAGGGCACCCACCATG-TTTATA-GCCATT  1096
      ||   ||||| |||||||| |  |||| ||| |||| |||||| ||||||
seq2  GA--GAGTGCAAGGCGAGGTA--GGCA-CCAACATGTTTTATAGGCCATT  1089

seq1  TTCTGCAGGTCATCATTTAGC  1117
      ||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTGCA-GTCATCATTTAGC  1109