BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203I20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 21,263,936 - 21,409,663
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDnm2, Tmed1, AB124611, Carm1, Yipf2, 1810026J23Rik
Upstream geneZfp26, Zfp426, 5730601F06Rik, 7030419G21Rik, LOC100041205, 2210010B09Rik, 5730577I03Rik, Fbxl12, Ubl5, Pin1, Olfm2, Col5a3, Rdh8, A230050P20Rik, Angptl6, Ppan, Eif3s4, Dnmt1, Edg5, Mrpl4, Icam1, Icam4, Icam5, Glp1, B230118G17Rik, Raver1, Tyk2, Cdc37, Pde4a, Keap1, Edg8, Atg4d, BC021438, Cdkn2d, Ap1m2, Slc44a2, Ilf3, Qtrt1
Downstream geneEG666043, Smarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25, Dock6, EG624219, Rab3d, BC010787, 2510048L02Rik, BC018242, 2310047B19Rik, Epor, Rgl3, C330001K17Rik, Prkcsh, Elavl3, Zfp653, Ecsit, EG625409, Cnn1, Elof1, Acp5, Pigyl, LOC100034724, 9530015I07Rik, 1810064F22Rik, Zfp809, BC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln, 9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, Bbs9, LOC100040805
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203I20.bB6Ng01-203I20.g
ACCGA023735GA023736
length3371,126
definitionB6Ng01-203I20.b B6Ng01-203I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,409,328 - 21,409,663)(21,263,936 - 21,265,067)
sequence
caggacagccagggctatacagagaaaccctgtctcaaacaaaacaaaac
aaaacaagtcctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtctgtgt
ctgtgtctgtatctgtctgcctgtctgtgaacctacaacactggggcagt
agcaagaatcatgcacacccaccagggatctactaccactacacatttca
gatctgatctctgagcctggcctgactacagatggggagtctctcctgct
ggattagggagtggcttgctccttcctgtccctaaacttgctaatggcat
ctacaatggtccctgactccatatttaaagatatagt
gaattcatgcagactagatgagcactctgagccatagcctgtcccaccaa
ctgtgtattttcacttcttttgagacagagtctcactttgcagctaggca
ggatttgaactcattgtattccagatgggccttgaacttttgattctcta
tatgaacctcctgagtagcggggacagcatacccagggcctgactggcat
gtacagggaacactggggtgctggtggctagcagacctgttgtgttttga
gattccttcattgccagagtctactggaatcctgaggtctagggtagggc
tggggagaagaccatgaaaggaacacctgcccagagctggcctgcataaa
ggatcaagtcagtccctgactttctccatcttcaagggaacacaaacgtc
ccacctctgcctgagtttactacttagatctttgttggaacttaccttgg
ggataagaccagacctgtatagctatggtaagaagggaccttagactagt
gccaaagtgggtcacatgggaggaggcatggctgcttagggcaaggtgac
agttataggggcatagttggatctttttgggctgagaggacaggtgtgtc
tctcaggtgtgttctgtcctgtgtcccctaagcttgaatgcctctgaccc
tttgcctaatggtggcattgcccatattatgcacagccttggtgggacat
tggaaagcagccctgtgtttctgtcacatgtgttatgttgtcaccaggct
gccccacttccccacctctggcctaatagatgctgcagacatgcattcac
cacactcctctggctgaaaagagtgtatctgggctgtttagagagcagta
gtgtgtgcagaggtagagaggccagagagggaggtatagctgagccccag
aggatcatgagttcctcacactgaagcttgggacttaagctacagagcca
gggaatttgggcagacagctgttcactcctgaaaggttcaggagtctaaa
ggatgagctgtgagcaagcgtggtcttcccttcagtaccttagaacaccc
agtgctgggagcttctgttcagactggattgttgagccttgagtagtagc
tggtactgttaaaaattacctagagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_21409328_21409663
seq2: B6Ng01-203I20.b_47_382 (reverse)

seq1  CTATCTCTTTAAATATGGAGTCAGGGACCATTGTAGATGCCATTAGCAAG  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCTTTAAATATGGAGTCAGGGACCATTGTAGATGCCATTAGCAAG  50

seq1  TTTAGGGACAGGAAGGAGCAAGCCACTCCCTAATCCAGCAGGAGAGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGACAGGAAGGAGCAAGCCACTCCCTAATCCAGCAGGAGAGACTC  100

seq1  CCCATCTGTAGTCAGGCCAGGCTCAGAGATCAGATCTGAAATGTGTAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGTAGTCAGGCCAGGCTCAGAGATCAGATCTGAAATGTGTAGTG  150

seq1  GTAGTAGATCCCTGGTGGGTGTGCATGATTCTTGCTACTGCCCCAGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGATCCCTGGTGGGTGTGCATGATTCTTGCTACTGCCCCAGTGTT  200

seq1  GTAGGTTCACAGACAGGCAGACAGATACAGACACAGACACAGACACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTCACAGACAGGCAGACAGATACAGACACAGACACAGACACATAC  250

seq1  ACACACACACACACACACACACACAGGACTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACAGGACTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTT  300

seq1  GAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTG  336

seq1: chr9_21263936_21265067
seq2: B6Ng01-203I20.g_65_1190

seq1  GAATTCATGCAGACTAGATGAGCACTCTGAGCCATAGCCTGTCCCACCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGACTAGATGAGCACTCTGAGCCATAGCCTGTCCCACCAA  50

seq1  CTGTGTATTTTCACTTCTTTTGAGACAGAGTCTCACTTTGCAGCTAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATTTTCACTTCTTTTGAGACAGAGTCTCACTTTGCAGCTAGGCA  100

seq1  GGATTTGAACTCATTGTATTCCAGATGGGCCTTGAACTTTTGATTCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGAACTCATTGTATTCCAGATGGGCCTTGAACTTTTGATTCTCTA  150

seq1  TATGAACCTCCTGAGTAGCGGGGACAGCATACCCAGGGCCTGACTGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACCTCCTGAGTAGCGGGGACAGCATACCCAGGGCCTGACTGGCAT  200

seq1  GTACAGGGAACACTGGGGTGCTGGTGGCTAGCAGACCTGTTGTGTTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGGAACACTGGGGTGCTGGTGGCTAGCAGACCTGTTGTGTTTTGA  250

seq1  GATTCCTTCATTGCCAGAGTCTACTGGAATCCTGAGGTCTAGGGTAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTCATTGCCAGAGTCTACTGGAATCCTGAGGTCTAGGGTAGGGC  300

seq1  TGGGGAGAAGACCATGAAAGGAACACCTGCCCAGAGCTGGCCTGCATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAAGACCATGAAAGGAACACCTGCCCAGAGCTGGCCTGCATAAA  350

seq1  GGATCAAGTCAGTCCCTGACTTTCTCCATCTTCAAGGGAACACAAACGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAGTCAGTCCCTGACTTTCTCCATCTTCAAGGGAACACAAACGTC  400

seq1  CCACCTCTGCCTGAGTTTACTACTTAGATCTTTGTTGGAACTTACCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCTGCCTGAGTTTACTACTTAGATCTTTGTTGGAACTTACCTTGG  450

seq1  GGATAAGACCAGACCTGTATAGCTATGGTAAGAAGGGACCTTAGACTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGACCAGACCTGTATAGCTATGGTAAGAAGGGACCTTAGACTAGT  500

seq1  GCCAAAGTGGGTCACATGGGAGGAGGCATGGCTGCTTAGGGCAAGGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGTGGGTCACATGGGAGGAGGCATGGCTGCTTAGGGCAAGGTGAC  550

seq1  AGTTATAGGGGCATAGTTGGATCTTTTTGGGCTGAGAGGACAGGTGTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAGGGGCATAGTTGGATCTTTTTGGGCTGAGAGGACAGGTGTGTC  600

seq1  TCTCAGGTGTGTTCTGTCCTGTGTCCCCTAAGCTTGAATGCCTCTGACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGTGTGTTCTGTCCTGTGTCCCCTAAGCTTGAATGCCTCTGACCC  650

seq1  TTTGCCTAATGGTGGCATTGCCCATATTATGCACAGCCTTGGTGGGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTAATGGTGGCATTGCCCATATTATGCACAGCCTTGGTGGGACAT  700

seq1  TGGAAAGCAGCCCTGTGTTTCTGTCACATGTGTTATGTTGTCACCAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCAGCCCTGTGTTTCTGTCACATGTGTTATGTTGTCACCAGGCT  750

seq1  GCCCCACTTCCCCACCTCTGGCCTAATAGATGCTGCAGACATGCATTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACTTCCCCACCTCTGGCCTAATAGATGCTGCAGACATGCATTCAC  800

seq1  CACACTCCTCTGGCTGAAAAGAGTGTATCTGGGCTGTTTAGAGAGCAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCTCTGGCTGAAAAGAGTGTATCTGGGCTGTTTAGAGAGCAGTA  850

seq1  GTGTGTGCAGAGGTAGAGAGGCCAGAGAGGGAGGTATAGCTGAGCCCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCAGAGGTAGAGAGGCCAGAGAGGGAGGTATAGCTGAGCCCCAG  900

seq1  A-GATCATGAGTTCCTCACACTGAAGCTTGGGACCTAAGCTACAGAGCCA  949
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGATCATGAGTTCCTCACACTGAAGCTTGGGACTTAAGCTACAGAGCCA  950

seq1  GGG-ATTTGGGCAGACAGCTGTTCACTCCTGAAAGGTTCAGGAGTCTAAA  998
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTGGGCAGACAGCTGTTCACTCCTGAAAGGTTCAGGAGTCTAAA  1000

seq1  -GATGAGGCTTGTGAGGCCAAGCGTGGTCTTCCCCTTCAGTACTTTAG-A  1046
       ||||||   ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  GGATGAG--CTGTGAG--CAAGCGTGGTCTT-CCCTTCAGTACCTTAGAA  1045

seq1  CACCCAAGTGCTTGGGAGCTTCTTGTTCAGACTGGTCTGTTGAGCCTTGA  1096
      ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CACCC-AGTGC-TGGGAGCTTC-TGTTCAGACTGGATTGTTGAGCCTTGA  1092

seq1  GTAGTAGCTGGTACTGTTTAAAAATTACCTAAGAGC  1132
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GTAGTAGCTGGTACTG-TTAAAAATTACCT-AGAGC  1126