BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205C18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 93,634,855 - 93,782,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC674371
Upstream geneLOC667009, LOC100040114
Downstream geneLOC384967, EG384968, 1190002N15Rik, EG667601, Slc9a9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205C18.bB6Ng01-205C18.g
ACCGA024924GA024925
length1,1531,182
definitionB6Ng01-205C18.b B6Ng01-205C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,634,855 - 93,635,991)(93,781,358 - 93,782,509)
sequence
gaattcatcattatcaatctttgcacatgtccttaattctcttcacttgg
gtccattttgatacatatataacaaaacaatattacggtagattctgcat
ttgtttgtatataagcaaataatggatagaaaaacccatatattcttgta
aacaggtcctacctcacagtgatgttcatcattaagaactgcaactcaag
tgatacccaatgatcctattcatttctcaagagcattatctgtttccttg
ccagtaactatcatgcatctttatttctcgttatatctccagatcaccat
cccacatcttcattctattttttagtctttcattatattttaaatttaca
gaataaacactggattcaaaagttccaaacacatctattctcttgatcat
gcacacaacatttagttttgcattgtgtttagtttgtcttcttaaatgca
ttccagatgtcttccttcctttctcagaatatcagccaatattttcaaaa
gctcaatggtgtatatatagtaagattattcaattttatcaaataaagaa
atatgtactcaatcaagtgcaacaaatgataatatttttttccttagctt
atcttccccttagtggctcaataatacaaactcattgtcaaggctctatg
tccattatattattgctccatagtccttgaatttatgtctcatgtttagg
acacagaggtgattatgatgatgaagcacaggagatttctctttctcaca
aattacttttaattacatggactaaaactcagacaatggtcagagctgat
ggcaaaacaaaagctgagaataacatttttgtgtttattaaagaattgat
ctgcttcataggctgagacaaagccccccaatgatttatatatcctggat
caccccatttctgatctgattttaaagcacttttgaccttggatattcat
ctacctcattgccatccaccctccattttgcttaaacaatctaaaataaa
atgttcatgtttggaggtatggaacttggtcctctaactttatccaatct
cctatgacaacattataccattcatctctacttcattatcacttagccat
aaggcttttcctctaatttttttatattttaagaatcaacagaagatatt
gca

gaattcttggttaacacattctgtgtatcaagaccctgtacaacacagta
acaaagcaagaaagagccagggcatttcatttgacacctgacatcagcca
tcatgagctacagctgaattaaaactacaggtttggtctacagagttggc
tcagagattaagagcacttagttctcttccagtggacctggctttgagtc
ctagcatcaatatggcatcttaaaaatctataaccccattttaggggatc
caatgacactctcaaggctctttggataccaggcatgcaattggtgcaca
ggtgtattgtaagtgagacatgcatacacatacaaaattaataaaggtac
aaaccctttctatatttatttcttgtcataaaaatatgtgagtatcatct
ccattcactaataaatcaagtgtttatatgattaacacaacaacacaaac
atctcaagatgttaagtattgaagcctatacctaaaacctaatattgcaa
tggcctgtaaggcttactgctaaccaaccagttcatcgtagatcacaaga
ctatgtgatagaacattttctctttgattatcaaaggtcccctcccccta
atctcaagagacaggctttaaactagtagggaaccatgttaagaatatct
cttctttgttgctcttaggatgagaattttgaacaccaaagagaacaaaa
ttgctttagccattttgatgaattttgttcaaataaggaaaagtagaaga
taaatgttataaaagatgtattgaaaactattttccacttaaaaggaaaa
actacaaatttctatttacaggacaatagtgaaatcctactttatgccca
gtgagaccccaggaatttctgttatgtttaagcccttttgaatttaggaa
catactttaaaatttttaaattccaataatctgtcaatataatatctgga
agatatttattcttatgatttgcttttgttacgaatttatagacattttt
gcctcactaataaaaaagtagaactttgaaggccatttgtccttccttct
tggcaagtgtagcaaatgtcacacaaagatgggatatcattctgggtctt
aaaagttcaatatcttcaattccctctattaaagtttttgctttaatgac
cagcacatgggaatgtaatccatgtaagaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_93634855_93635991
seq2: B6Ng01-205C18.b_43_1195

seq1  GAATTCATCATTATCAATCTTTGCACATGTCCTTAATTCTCTTCACTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTATCAATCTTTGCACATGTCCTTAATTCTCTTCACTTGG  50

seq1  GTCCATTTTGATACATATATAACAAAACAATATTACGGTAGATTCTGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTTTGATACATATATAACAAAACAATATTACGGTAGATTCTGCAT  100

seq1  TTGTTTGTATATAAGCAAATAATGGATAGAAAAACCCATATATTCTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTATATAAGCAAATAATGGATAGAAAAACCCATATATTCTTGTA  150

seq1  AACAGGTCCTACCTCACAGTGATGTTCATCATTAAGAACTGCAACTCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCCTACCTCACAGTGATGTTCATCATTAAGAACTGCAACTCAAG  200

seq1  TGATACCCAATGATCCTATTCATTTCTCAAGAGCATTATCTGTTTCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCCAATGATCCTATTCATTTCTCAAGAGCATTATCTGTTTCCTTG  250

seq1  CCAGTAACTATCATGCATCTTTATTTCTCGTTATATCTCCAGATCACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAACTATCATGCATCTTTATTTCTCGTTATATCTCCAGATCACCAT  300

seq1  CCCACATCTTCATTCTATTTTTTAGTCTTTCATTATATTTTAAATTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATCTTCATTCTATTTTTTAGTCTTTCATTATATTTTAAATTTACA  350

seq1  GAATAAACACTGGATTCAAAAGTTCCAAACACATCTATTCTCTTGATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACACTGGATTCAAAAGTTCCAAACACATCTATTCTCTTGATCAT  400

seq1  GCACACAACATTTAGTTTTGCATTGTGTTTAGTTTGTCTTCTTAAATGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAACATTTAGTTTTGCATTGTGTTTAGTTTGTCTTCTTAAATGCA  450

seq1  TTCCAGATGTCTTCCTTCCTTTCTCAGAATATCAGCCAATATTTTCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATGTCTTCCTTCCTTTCTCAGAATATCAGCCAATATTTTCAAAA  500

seq1  GCTCAATGGTGTATATATAGTAAGATTATTCAATTTTATCAAATAAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATGGTGTATATATAGTAAGATTATTCAATTTTATCAAATAAAGAA  550

seq1  ATATGTACTCAATCAAGTGCAACAAATGATAATATTTTTTTCCTTAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTACTCAATCAAGTGCAACAAATGATAATATTTTTTTCCTTAGCTT  600

seq1  ATCTTCCCCTTAGTGGCTCAATAATACAAACTCATTGTCAAGGCTCTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCCCTTAGTGGCTCAATAATACAAACTCATTGTCAAGGCTCTATG  650

seq1  TCCATTATATTATTGCTCCATAGTCCTTGAATTTATGTCTCATG-TTAGG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCATTATATTATTGCTCCATAGTCCTTGAATTTATGTCTCATGTTTAGG  700

seq1  ACACAGAGGTGATTATGATGATGAAGCACAGGAGATTTCTC-TTCTCACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACACAGAGGTGATTATGATGATGAAGCACAGGAGATTTCTCTTTCTCACA  750

seq1  AATTAC-TTTAATTACATGGACTAAAACTCAGACAATGGTCAGAGCTGAT  797
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTTTTAATTACATGGACTAAAACTCAGACAATGGTCAGAGCTGAT  800

seq1  GGCAAAACAAAAGCTGAGAATAACATTTTTGTGTTTATTAAAGAATTGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACAAAAGCTGAGAATAACATTTTTGTGTTTATTAAAGAATTGAT  850

seq1  CTGCTTCATAGGCTGAGACAAAG-CCCCCAATGATTTATATATCCTGGAT  896
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCATAGGCTGAGACAAAGCCCCCCAATGATTTATATATCCTGGAT  900

seq1  CACCCCATTTTCTGATCTGATTTTAAAGCACTTTTGACCTTGGATATTCA  946
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACCCCA-TTTCTGATCTGATTTTAAAGCACTTTTGACCTTGGATATTC-  948

seq1  ATCTACCTCATTG-CATCCCACCCCCATTTTGCTTAAACAATCTAAA--T  993
      ||||||||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||   
seq2  ATCTACCTCATTGCCATCCACCCTCCATTTTGCTTAAACAATCTAAAATA  998

seq1  AAATGTTCATGTTTTGAGGTATTGAACTTGGT-CTCT-ACTTTATCC-AT  1040
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  AAATGTTCATGTTTGGAGGTATGGAACTTGGTCCTCTAACTTTATCCAAT  1048

seq1  CTCCTA-GACAACCATATACCATCCATC-CTCACTCATTATCACTTAGCC  1088
      |||||| ||||||  |||||||| |||| ||   ||||||||||||||||
seq2  CTCCTATGACAACATTATACCATTCATCTCTACTTCATTATCACTTAGCC  1098

seq1  ATTAAGGCTTT--CTCTA--TTTTTTTTATTTTAAG-ATCA--AATAGAT  1131
      | |||||||||  |||||  |||||| ||||||||| ||||  |  ||||
seq2  A-TAAGGCTTTTCCTCTAATTTTTTTATATTTTAAGAATCAACAGAAGAT  1147

seq1  ATTGCA  1137
      ||||||
seq2  ATTGCA  1153


seq1: chr9_93781358_93782509
seq2: B6Ng01-205C18.g_68_1249 (reverse)

seq1  GATTCTTTCATGG-CTACATT-CCATGTGGCTGTCATTAAAGC-AAAACT  47
      ||||||| |||||  |||||| |||||||   ||||||||||| ||||||
seq2  GATTCTTACATGGATTACATTCCCATGTGCTGGTCATTAAAGCAAAAACT  50

seq1  T--ATAGA--GAAT--GAGATA-TGAACTTCTAAGA-CCAGAATGAT---  86
      |  |||||  ||||   ||||| ||||||| ||||| ||||||||||   
seq2  TTAATAGAGGGAATTGAAGATATTGAACTTTTAAGACCCAGAATGATATC  100

seq1  CCATC-TTGTGTGACA-TTGCTACACTTGCCA--GAGGA--GACAAAT-G  129
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||   ||||  ||||||| |
seq2  CCATCTTTGTGTGACATTTGCTACACTTGCCAAGAAGGAAGGACAAATGG  150

seq1  CCTTCAAAG-TCTAACTTTTTATTAGTGA-GCAAAAATGTCTATAAATTC  177
      ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAAAGTTCTACTTTTTTATTAGTGAGGCAAAAATGTCTATAAATTC  200

seq1  GTAACAAAAGCAAATCAT-AGAAT-AATATCT--CAGATATTATAATGAC  223
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| ||||
seq2  GTAACAAAAGCAAATCATAAGAATAAATATCTTCCAGATATTATATTGAC  250

seq1  AGATTATT-GAATTTAAAAATTTTAAAGTATGTTCCTAAATTCAAAAGGG  272
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATTGGAATTTAAAAATTTTAAAGTATGTTCCTAAATTCAAAAGGG  300

seq1  CTTAAACATAACAGAAATTCCT-GGGTCTCACTGGGCAT-AAGTAGGATT  320
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTAAACATAACAGAAATTCCTGGGGTCTCACTGGGCATAAAGTAGGATT  350

seq1  TCACTATTGTCCTGTAAATAGAAATTTTGTAGTTTTTCCTTTTAAGTGGA  370
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATTGTCCTGTAAATAGAAA-TTTGTAGTTTTTCCTTTTAAGTGGA  399

seq1  AAATAGTTTTCAATACATCTTTTATAACA-TTATCTTCTACTTTTCCTTA  419
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTTTTCAATACATCTTTTATAACATTTATCTTCTACTTTTCCTTA  449

seq1  TTTGAACAAAATTCATCAAAATGGCTAAAGCAATTTTGTTCTCTTTGGTG  469
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAAAATTCATCAAAATGGCTAAAGCAATTTTGTTCTCTTTGGTG  499

seq1  TTCAAAATTCTCATCCTAAGAGCAACAAAGAAGAGATATTCTTAACATGG  519
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATTCTCATCCTAAGAGCAACAAAGAAGAGATATTCTTAACATGG  549

seq1  TTCCCTACTAGTTTAAAGCCTGTCTCTTGAGATTAGGGGGAGGGGACCTT  569
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTACTAGTTTAAAGCCTGTCTCTTGAGATTAGGGGGAGGGGACCTT  599

seq1  TGATAATCAAAGAGAAAATGTTCTATCACATAGTCTTGTGATCTACGATG  619
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATCAAAGAGAAAATGTTCTATCACATAGTCTTGTGATCTACGATG  649

seq1  AACTGGTTGGTTAGCAGTAAGCCTTACAGGCCATTGCAATATTAGGTTTT  669
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGTTGGTTAGCAGTAAGCCTTACAGGCCATTGCAATATTAGGTTTT  699

seq1  AGGTATAGGCTTCAATACTTAACATCTTGAGATGTTTGTGTTGTTGTGTT  719
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAGGCTTCAATACTTAACATCTTGAGATGTTTGTGTTGTTGTGTT  749

seq1  AATCATATAAACACTTGATTTATTAGTGAATGGAGATGATACTCACATAT  769
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATATAAACACTTGATTTATTAGTGAATGGAGATGATACTCACATAT  799

seq1  TTTTATGACAAGAAATAAATATAGAAAGGGTTTGTACCTTTATTAATTTT  819
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGACAAGAAATAAATATAGAAAGGGTTTGTACCTTTATTAATTTT  849

seq1  GTATGTGTATGCATGTCTCACTTACAATACACCTGTGCACCAATTGCATG  869
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTATGCATGTCTCACTTACAATACACCTGTGCACCAATTGCATG  899

seq1  CCTGGTATCCAAAGAGCCTTGAGAGTGTCATTGGATCCCCTAAAATGGGG  919
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTATCCAAAGAGCCTTGAGAGTGTCATTGGATCCCCTAAAATGGGG  949

seq1  TTATAGATTTTTAAGATGCCATATTGATGCTAGGACTCAAAGCCAGGTCC  969
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATTTTTAAGATGCCATATTGATGCTAGGACTCAAAGCCAGGTCC  999

seq1  ACTGGAAGAGAACTAAGTGCTCTTAATCTCTGAGCCAACTCTGTAGACCA  1019
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAGAGAACTAAGTGCTCTTAATCTCTGAGCCAACTCTGTAGACCA  1049

seq1  AACCTGTAGTTTTAATTCAGCTGTAGCTCATGATGGCTGATGTCAGGTGT  1069
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTAGTTTTAATTCAGCTGTAGCTCATGATGGCTGATGTCAGGTGT  1099

seq1  CAAATGAAATGCCCTGGCTCTTTCTTGCTTTGTTACTGTGTTGTACAGGG  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAATGCCCTGGCTCTTTCTTGCTTTGTTACTGTGTTGTACAGGG  1149

seq1  TCTTGATACACAGAATGTGTTAACCAAGAATTC  1152
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATACACAGAATGTGTTAACCAAGAATTC  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |