BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205H02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 75,069,062 - 75,171,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyo5a, Myo5c, Gnb5
Upstream geneNr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1, BC031353, Arpp19, LOC100040812, LOC677501
Downstream geneBcl2l10, LOC384954, Mapk6, Leo1, EG666190, LOC100042070, Tmod3, Tmod2, Lysmd2, Scg3, LOC100042107, Bmp5, EG620071, Hmgcll1, Gfral, Hcrtr2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205H02.bB6Ng01-205H02.g
ACCGA025120GA025121
length5491,024
definitionB6Ng01-205H02.b B6Ng01-205H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,170,832 - 75,171,386)(75,069,062 - 75,070,057)
sequence
atcagagcagaaggagaaagaaataagaaagtcagataaaatagaaaaat
tatgcacaccaaggccaactgaaaagcagccacgcacacatgaaatctat
acggctgttgtacagggctaaggtttagagaaatgggaacaactgtcaca
agctactgagatgtctccatcccagcctactgcaggcagtccctgtcatt
cattgtatgctgtccccagcacatactgacagaagttaaagaatggactc
agttttttgaattcttgcaggccatttacacaagcccccaccactaggga
gcacgtcctatttaattcttttaaaagatttattaatttttatttaatgt
gtacaagtgcctgcctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatgtatgtatgtatgtat
gtgcaccaagtgtagacagtgtcctcagaggccagaagaaggggtcatat
cccgtggtactggagttacagacctgtgagctgctttgtgggtggtggg
gaattccacatggaatcagtctctctctctctccctctctctctccctct
ctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacagtcaccagtagagagttcttcaggaggcgtggtcaagggtcctctg
ggtaacatcaacctgttaggatgaagagcaaatgtccgtgtgtgacgctg
catggtcctgttgaaagtagtgcagaaatagtatccataacgcatgtgct
tcacgccagcaactcttcctctgttacctcacttcctcacagcgtccaca
ggaggcagctcccacaatcagcggggatgataagttgggacagtgctatg
gtcagtgactcactgggggtgacactgccctttagcagtaagggcagaag
ctgacctgtctctcctgatgctgtagggtgctctgggctactaagggtgc
tcttcatctttattggcatgtgggaagagacaaacgatgagcaccgactt
actccttgggaggccagtgcactgtgcttacagcaccagctatgactagg
cttgcctttgctggtgagccagtactccttgacagggtgtgcactctcaa
gttagaggctatctgaactagaagggcaggaagcagtgaaaacctcagat
gtgaagaggcaaggcaggccactcttccacaaaccctgaggtttccctgg
gaagagccccctggctgaactacacagcctgcagagagctctctagtctt
agtctgaggcacctagggaccctaggacactaagtccctccctccccagg
ggctgtctgccatttggtgagtcagaagtaagctttggaaagtggccaca
tcatgcctgtaggggagggagctagggagctgtgctgttgggctttgcca
tgctttgaagccacaagcattctgggggtaagtgcctttgtagtttgttc
tcaggcttgttgctgtgaagggccgctttaaccccttgcccccttcctct
ttaaaagctgcttttaagttcgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_75170832_75171386
seq2: B6Ng01-205H02.b_43_597 (reverse)

seq1  CCCACCACCCACATGGCAGCTCACTGGTCTGTAACTCCAGTGCCACGGGA  50
      |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCACCACCCACAAAGCAGCTCACAGGTCTGTAACTCCAGTACCACGGGA  50

seq1  TATGACCCCTTCTTCTGGCCTCTGAGGACACTGTCTACACTTGGTGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCCCTTCTTCTGGCCTCTGAGGACACTGTCTACACTTGGTGCACA  100

seq1  TACATACATACATACATATACATACATACATACATACATACATACATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATACATATACATACATACATACATACATACATACATAGA  150

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCAGGCACTTGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGGCAGGCACTTGTACA  200

seq1  CATTAAATAAAAATTAATAAATCTTTTAAAAGAATTAAATAGGACGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATAAAAATTAATAAATCTTTTAAAAGAATTAAATAGGACGTGCT  250

seq1  CCCTAGTGGTGGGGGCTTGTGTAAATGGCCTGCAAGAATTCAAAAAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTGGTGGGGGCTTGTGTAAATGGCCTGCAAGAATTCAAAAAACTG  300

seq1  AGTCCATTCTTTAACTTCTGTCAGTATGTGCTGGGGACAGCATACAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTCTTTAACTTCTGTCAGTATGTGCTGGGGACAGCATACAATGA  350

seq1  ATGACAGGGACTGCCTGCAGTAGGCTGGGATGGAGACATCTCAGTAGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGGGACTGCCTGCAGTAGGCTGGGATGGAGACATCTCAGTAGCTT  400

seq1  GTGACAGTTGTTCCCATTTCTCTAAACCTTAGCCCTGTACAACAGCCGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGTTGTTCCCATTTCTCTAAACCTTAGCCCTGTACAACAGCCGTA  450

seq1  TAGATTTCATGTGTGCGTGGCTGCTTTTCAGTTGGCCTTGGTGTGCATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTCATGTGTGCGTGGCTGCTTTTCAGTTGGCCTTGGTGTGCATAA  500

seq1  TTTTTCTATTTTATCTGACTTTCTTATTTCTTTCTCCTTCTGCTCTGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTATTTTATCTGACTTTCTTATTTCTTTCTCCTTCTGCTCTGATG  550

seq1  AATTC  555
      |||||
seq2  AATTC  555

seq1: chr9_75069062_75070057
seq2: B6Ng01-205H02.g_67_1090

seq1  GAATTCCACATGGAATCAGTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATGGAATCAGTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCCCTCT  50

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCT--CACACACACACACACACACACACACACACACA  98
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACA  100

seq1  CACAGTCACCAGTAGAGAGTTCTTCAGGAGGCGTGGTCAAGGGTCCTCTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCACCAGTAGAGAGTTCTTCAGGAGGCGTGGTCAAGGGTCCTCTG  150

seq1  GGTAACATCAACCTGTTAGGATGAAGAGCAAATGTCCGTGTGTGACGCTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACATCAACCTGTTAGGATGAAGAGCAAATGTCCGTGTGTGACGCTG  200

seq1  CATGGTCCTGTTGAAAGTAGTGCAGAAATAGTATCCATAACGCATGTGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCCTGTTGAAAGTAGTGCAGAAATAGTATCCATAACGCATGTGCT  250

seq1  TCACGCCAGCAACTCTTCCTCTGTTACCTCACTTCCTCACAGCGTCCACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCCAGCAACTCTTCCTCTGTTACCTCACTTCCTCACAGCGTCCACA  300

seq1  GGAGGCAGCTCCCACAATCAGCGGGGATGATAAGTTGGGACAGTGCTATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGCTCCCACAATCAGCGGGGATGATAAGTTGGGACAGTGCTATG  350

seq1  GTCAGTGACTCACTGGGGGTGACACTGCCCTTTAGCAGTAAGGGCAGAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGACTCACTGGGGGTGACACTGCCCTTTAGCAGTAAGGGCAGAAG  400

seq1  CTGACCTGTCTCTCCTGATGCTGTAGGGTGCTCTGGGCTACTAAGGGTGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTGTCTCTCCTGATGCTGTAGGGTGCTCTGGGCTACTAAGGGTGC  450

seq1  TCTTCATCTTTATTGGCATGTGGGAAGAGACAAACGATGAGCACCGACTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATCTTTATTGGCATGTGGGAAGAGACAAACGATGAGCACCGACTT  500

seq1  ACTCCTTGGGAGGCCAGTGCACTGTGCTTACAGCACCAGCTATGACTAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTGGGAGGCCAGTGCACTGTGCTTACAGCACCAGCTATGACTAGG  550

seq1  CTTGCCTTTGCTGGTGAGCCAGTACTCCTTGACAGGGTGTGCACTCTCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTTGCTGGTGAGCCAGTACTCCTTGACAGGGTGTGCACTCTCAA  600

seq1  GTTAGAGGCTATCTGAACTAGAAGGGCAGGAAGCAGTGAAAACCTCAGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGGCTATCTGAACTAGAAGGGCAGGAAGCAGTGAAAACCTCAGAT  650

seq1  GTGAAGAGGCAAGGCAGGCCACTC-TCCAC-AACCCTGAGGTTTCCCTGG  696
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGGCAAGGCAGGCCACTCTTCCACAAACCCTGAGGTTTCCCTGG  700

seq1  GAAGAG-CCCCTGGCTGAACTACACAGCCTGCAGAGAGCTCTCTAGTCTT  745
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCCCCCTGGCTGAACTACACAGCCTGCAGAGAGCTCTCTAGTCTT  750

seq1  AGTCTGAGGCACCTAGGGA-CCTAGGACACTAAGTCCCTCCCTCCCCA-G  793
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTCTGAGGCACCTAGGGACCCTAGGACACTAAGTCCCTCCCTCCCCAGG  800

seq1  GGCTGTCTGCCA-TTGGTGAGTCAG-AGTAAGCTT--GGAAGT-GCCACA  838
      |||||||||||| |||||||||||| |||||||||  | |||| ||||||
seq2  GGCTGTCTGCCATTTGGTGAGTCAGAAGTAAGCTTTGGAAAGTGGCCACA  850

seq1  GCATG-CTGTAGGGGA-GGAGCTA-GGAGCTGTGCTG-TGGGCAT--GCA  882
       |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |   ||
seq2  TCATGCCTGTAGGGGAGGGAGCTAGGGAGCTGTGCTGTTGGGCTTTGCCA  900

seq1  TGC-TTGAGGCCACAAGCATTCT-GTGGTAAGTG-CTTTGTAGTTTGTTC  929
      ||| |||| |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCTTTGAAGCCACAAGCATTCTGGGGGTAAGTGCCTTTGTAGTTTGTTC  950

seq1  TCAGGCT--GTGCTGTG-AGGGCCGCCTTAA-CCCTTG-CCCCTTCC-CT  973
      |||||||   ||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||| ||
seq2  TCAGGCTTGTTGCTGTGAAGGGCCGCTTTAACCCCTTGCCCCCTTCCTCT  1000

seq1  TTTAGAGCTGC-CTTAAGTTCGCC  996
      || | ||||||  |||||||||||
seq2  TTAAAAGCTGCTTTTAAGTTCGCC  1024